무자료 매입액에 대하여 매출환산시 적용할 매매총이익률 적용방법

처분청이 청구법인에게 2004. 4. 6.자로 결정 고지한 1999년도 2기분 ~ 2002년도 2기분 부가가치세 194,131,510원과 1999사업연도 ~ 2002사업연도 법인세 175, 123,380원은 이중 2000년도 2기분~2001년도 2기분 부가가치세와 2000사업연도 ~ 2001사업연도 법인세는 세금계산서를 수취하지 아니하고 매입한 금액에 대해 2000년도 매매총이익률 5.06%, 2001년도 매매총이익률 4.77%를 적용하여 매출누락액을 산출하는 방법으로 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인 ○○(주)는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 ○○호에서 컴퓨터소프트웨어 및 게임용 CD 등을 판매하는 법인으로서 2000년 제2기분 ~ 2001년 제2기분 과세기간 중에 청구 외 (주)○○(이하 ‘(주)○○테크’라 함)로부터 컴퓨터소프트웨어 751,393,000원어치를 매입하였으나 세금계산서 수취하지 않고 기장을 누락한 사실(이하 ‘무자료매입’이라 함)이 있으며, 1999년 제2기분 ~ 2001년 제1기분 과세기간 중에 청구 외 ○○넷 등에 컴퓨터 등을 판매하고 41,608,936원을 누락한 사실이 있고, 2000년 제2기분과 2002년 제2기분 중 청구 외 ○○소프트웨어 등으로부터 허위 기재분 세금계산서를 수취하여 11,009,300원의 매입세액을 공제받은 사실이 있다. 1999년 2기 2000년 2기 2001년 1기 2001년 2기 2002년 2기

① 무자료 매입액 291,512,000 309,373,000 150,508,000

② 환산한 매출액(① ×매매이익률) 350,164,832 377,574,075 183,136,006

③ 직접매출누락액 2,175,000 33,273,936 6,160,000

④ 매출누락액합계(②+③) 2,175,000 383,438,768 383,734,075 183,136,006

⑤ 누락분매출세액(④×10%) 217,500 38,343,877 38,373,408 18,313,601

⑥ 매입세액 부당 공제액 3,327,512 11,009,300

⑦ 과소신고납부한 세액 217,500 41,671,389 38,373,408 18,313,601 11,009,300

⑧ 가산세 231,420 36,549,497 29,678,158 12,406,468 5,680,798

⑨ 고지세액(⑦+⑧) 448,920 78,220,886 68,051,566 30,720,069 16,690,098 【표1】청구인에 대한 과세기간별 매출누락 및 부가가치세 과세처분 내역 이에 처분청은 무자료 매입분에 대하여 전국평균 매매총이익률로 매출누락액을 계산하는 등 매출누락 및 매입세액 부당공제분에 대하여 과세기간별로 부가가치세 경정하고, 2004. 4. 6.자로 위 표1과 같이 1999년도 제2기분 등 부가가치세 194,131,510원을 고지하였으며, 이와 관련하여 법인세 신고누락분에 대해서도 동일자로 1999사업연도 ~ 2002사업연도분 법인세 175,123,380원을 고지하는 등 총 369,254,890원을 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 7. 2.자로 이의신청을 제기하였다.

• 가. 무자료매입을 모두 청구법인에게 과세하는 것이 타당한지 여부 (주)○○테크로부터 세금계산서를 수취하지 않고 매입한 금액은 청구법인의 대표이사인 최○○이 개인으로 운영하던 청구 외 ○○테크노(000-00-00000)와 최○○의 배우자인 임○○ 명의로 운영하던 ○○소프트(000-00-00000)에서 매입한 금액이 포함되어 있음에도 자료발생처인 (주)○○테크의 원시 장부에 ○○소프트라고만 기재됨으로 인하여 청구법인이 모두 매입한 것으로 오해하여 과세한 것이니 청구법인이 실제로 매입하지 않은 부분은 과세금액에서 제외하여야 한다.
• 나. 매매총이익률 적용방법에 대한 당부 청구법인이 일반적으로 거래하는 매입․매출에 대한 실질적인 매매이익률은 3%에 불과함에도 이보다 월등히 높은 17~18%의 이익률을 적용하는 것은 부당하므로 실질적인 매매이익률을 적용하여 한다.
• 다. 매출액을 이중으로 기장한데 대한 감액요구 PC방 등에 매출한 부분에 대하여 기타로 신고한 후 추후 세금계산서 교부하여 이중으로 매출신고 한 이중매출 부분을 매출액에서 차감하여야 한다.
• 라. 수입금액 전체를 실제 매매이익률을 적용한 추계결정 요구 장부의 주요한 부분이 미비하거나 허위이므로 총매입금액에 실지매매총이익률을 적용하여 추계결정방법으로 수입금액을 산정하여야 한다.

• 가. 청구1에 대하여

2004. 4.20. 조사공무원이 청구법인의 대표자 최○○으로부터 확인서를 작성하면서 (주)○○테크로부터 업무용소프트웨어 및 게임용 CD 등을 무자료로 구입하고, 구입한 매입상품 등을 매입한 각 과세기간에 청구법인의 사업장에서 매출하였다고 확인하고 조사공무원의 강요 없이 서명날인 하였고 최○○의 배우자 임○○은 2001. 9. 15. ○○소프트(000-00-00000)란 상호로 개업하여 2004. 2.10. 폐업하였으며, ○○테크노(000-00-00000, 대표자 최○○)도 1997.9.15. 개업하여 2003. 3. 1. 폐업하였고, 무자료매입 사업연도인 2001~2002 사업연도에 위 개인 사업체들의 연간 수입금액이 1 ~ 3억원에 불과하며, 청구법인이 제출한 무자료매입처인 쟁점법인 소유의 통장사본 상 입금내역에서 나타나는 임○○, 옥○○, 원○○, 이○○, 이○○가 개인사업체의 직원이라고 입증할 수 있는 갑근세 신고내역이 없는 반면, 청구법인의 2002년 손익계산서상 잡급으로 29,500,000원이 비용으로 계상되어 있는 것으로 보아 청구법인의 직원자격으로서 (주)○○테크에 매입대금을 지급한 것으로 판단되므로 쟁점 무자료매입액 전부를 청구법인의 귀속으로 보아 과세처분 한 것은 정당하다.

• 나. 청구2에 대하여 청구법인은 무자료매입액에 대한 실제 매출장부를 제출하지 않고 있어 실지거래 한 매매총이익률을 적용하여 수입금액을 추계로 환산할 수 없으므로, 과세관청이 부가가치세법 시행령 제69조 제1항 4호 라목의 규정에 의하여 매매총이익률에 의하여 추계경정한 것은 정당하다.
• 다. 청구3에 대하여 청구법인의 위 세 번째 주장에 대한 아무런 입증자료도 없이 자기 합리적인 주장만 하고 있어 신빙성이 없으며, 청구법인이 2001년 2기에 ○○시에 소재하는 ○○소프트(000-00-00000)에 대한 매출을 매입으로 신고한 것은 회계사무실 내지 청구법인이 세금계산서합계표 작성시 오류로 인한 것이고 2002년 2기 자료상인 (주)○○미디어(000-00-00000)로부터 110,093,000원의 가공세금계산서를 수취한 것은 부가가치세 및 법인세를 포탈하기 위한 행위로 볼 수밖에 없다.
• 라. 청구4에 대하여 청구법인의 주장처럼 신고금액 대비 매입누락비률이 2000년 2기 22.9%, 2001년 1기 11.6%, 2001년 2기 14.4%이고, 신고매입 대비 가공매입비률이 2002년 2기 14.9%에 불과하여 이를 두고 청구법인 장부의 주요한 부분이 미비하거나 허위라고 할 수 없고, 청구법인의 두 번째 주장에 대하여 반박하였던 것처럼 무자료매입액에 대한 실제매출 장부를 제출하지 않으므로 총매입금액에 실지매매총이익률을 적용하여 추계로 수입금액을 산정할 수도 없다 할 것이므로 국세청장이 동종업종의 매매총이익률을 적용하여 추계수입금액을 계산하여 결정한 당초 과세처분은 정당합니다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼의 쟁점은 쟁점금액을 쟁점 무자료매입에 대한 실제 매입자가 모두 청구법인으로 볼 수 있는지의 여부(쟁점1)와 무자료 매입액에 대하여 매출환산시 적용할 매매총이익률 적용방법에 대한 당부(쟁점2) 및 신고한 매출액에 대하여 이중 계산된 부분이 있는지 여부(쟁점3), 그리고 청구법인에 대한 수입금액 전체를 추계로 결정할 수 있는 지의 여부(쟁점4)를 가리는데 있다.
• 나. 근거법령

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① (생략)

② 사업장 관할세무서장사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

○ 부가가치세법 시행령 제69조 【추계결정·경정방법】

① 법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계는 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다.

1. 기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 법 제21조 제1항의 규정에 의한 경정을 받지 아니한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법

2. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산한 생산량에 그 과세기간 중에 공급한 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법

3. 국세청장이 사업의 종류, 지역 등을 감안하여 사업과 관련된 인적물적 시설(종업원, 객실, 사업장, 차량, 수도, 전기 등)의 수량 또는 가액과 매출액의 관계를 정한 영업효율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산하는 방법

4. 국세청장이 사업의 종류별, 지역별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법

• 가. 생산에 투입되는 원·부재료 중에서 일부 또는 전체의 수량과 생산량과의 관계를 정한 원단위 투입량
• 나. 인건비, 임차료, 재료비, 수도광열비, 기타 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율
• 다. 일정기간동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가와의 관계를 정한 상품회전율
• 라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률
• 마. 일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

5. 추계결정경정대상사업자에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법 (이하생략)

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출매입처별계산서합계표 또는 매출매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 (2000.12.29. 개정) 3~4. (생략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

○ 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 󰡒대통령령이 정하는 사유󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (1998.12.31. 개정)

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

○ 청구1에 대하여 청구법인은 쟁점법인으로부터의 무자료매입액 전부를 청구법인의 귀속으로 보아 과세처분 한 것은 부당하며 동 무자료매입액은 청구법인 외 최○○의 귀속으로 보아야 한다고 주장하나,

2004. 4.20.자로 청구법인의 대표자 최○○이 작성한 확인서에 의하면 (주)○○테크로부터 업무용소프트웨어 및 게임용 CD 등을 무자료로 구입하고, 구입한 매입상품 등을 매입한 각 과세기간에 청구법인의 사업장에서 매출하였다고 인정하였을 뿐만 아니라, 대표이사 또는 그 배우자가 개인적으로 운영하는 ○○테크노 및 ○○소프트는 2000도 및 2001년도에 신고된 매출규모가 아래 표2와 같이 청구법인의 10%에도 미달하고, 거래 내용을 사업장별로 구분할 수 있는 자료가 전혀 제시되지 않고 있으며, 청구법인이 제출한 무자료매입처인 쟁점법인 소유의 통장사본 상 입금내역에서 나타나는 임○○, 옥○○, 원○○, 이○○, 이○○가 개인사업체의 직원이라고 입증할 수 있는 갑근세 신고내역이 없는 반면, 청구법인의 2002년 손익계산서상 잡급으로 29,500,000원이 비용으로 계상되어 있는 것으로 보아 청구법인의 직원자격으로 (주)○○테크에 매입대금을 지급한 것으로 볼 수밖에 없으므로 청구주장은 신빙성이 없는 것으로 판단되고 무자료 매입자료를 청구법인에게 모두 과세한 당초 결정은 아무런 잘못이 없다. 【표2】청구법인과 대표자 개인사업장에 대한 신고 수입금액 비교표 (단위: 천원) 구 분 청구법인

○○테크노

○○소프트 무자료매입액 비 고 2000년 매출 2,876,761 270,893 174,407 291,512 2001년 매출 3,847,011 309,909 33,665 459,881

○ 청구2에 대하여 무자료매입에 대하여 매출액으로 환산시 매매총이익률을 적용함에 있어 청구법인에서 실지거래에 기초한 매매총이익률을 적용하여야 한다는 청구주장과 청구법인이 무자료매입액에 대한 실제 매출장부를 제출하지 않아 부가가치세법시행령 제69조 제1항 4호 라목의 규정에 의하여 국세청장이 업종별 지역별로 정한 매매총이익률에 의하여 계산하였다는 처분청의 의견에 대하여 살피건대, 전시 부가가치세법시행령 제69조 제1항 에서 규정한 추계방법 중 매매총이익률에 의한 추계방법은 국세청장이 업종별․지역별로 정한 매매총이익률을 적용하는 방법(위 조항 4호 라목)과 당해 업체의 기장 등에 의하여 계산할 수 있는 매매총이익률을 적용하는 방법(위 조항 5호) 중에서 합리적인 방법을 선택할 수 있다 할 것인바, 처분청이 적용한 방법은 아래 표3과 같이 도매분과 소매분으로 나누어 국세청장이 업종별로 정한 매매총이익률을 선택하였으나 당해 매매총이익률은 도매분의 경우 연마지 장의용품 등 기타도매업에 적용하는 이익률이고, 소매분의 경우에도 컴퓨터 및 사무기기에 적용하는 이익률로서 청구법인과 같이 컴퓨터용 소프트웨어만 판매하는 경우와는 전혀 부합하지 아니할 뿐만 아니라, 이 사건의 경우 도매분과 소매분에 대하여 각각 다른 품목을 적용함으로써 통상 같은 품목의 경우 도매업의 이익률이 소매업의 이익률보다 낮게 나타나는 일반적인 현상과 반대현상으로 나타나는 모순이 있어 합리적인 적용방법이라고 할 수 없으며, 【표3】당초 결정시 과세기간별로 적용한 매매총이익률 현황 도소매 구 분 매출액 구성비 연도별 적용률 적용업종코드번호 적용업종 2000년 2001년 2000년 2001년 도매분 97.8% 93.8% 16.85% 18.37% 519992 기타도매업 (연마지․장의용품 등) 소매분 2.2% 6.2% 12.75% 11.92% 523531 소매 및 소비용품수리 (컴퓨터 및 사무기기) 국세청장이 정하는 업종별 매매총이익률 자료에는 청구법인의 업종과 동일한 소프트웨어 도매업에 대한 매매총이익률이 따로 정하여진 것이 없다. 그렇다면 청구법인의 경우 총매입액의 80% 이상을 정상적으로 기장을 하였고 이 기장내용에 의하여 결산 및 법인세 신고를 하였는 바, 청구법인의 기장에 의한 매매총이익률을 적용하는 것이 합리적인 방법이라 할 것이며, 청구법인이 법인세 신고시 제출한 결산서에 의하여 청구법인의 상품매매에 대한 매매총이익률을 산출하면 아래 표4와 같이 2000년도의 경우 5.06%이고, 2001년도의 경우 4.77%이므로 무자료매입액에 대해 이 비율을 적용하여 매출누락액을 계산하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 【표4】청구법인의 결산서상 매매총이익률 산출내역표 사업연도 총매출액 매출원가 매출이익 매매총이익률 2000년도 2,876,761,133 2,738,158,162 138,602,971 5.06% 2001년도 3,847,011,514 3,671,544,088 175,467,426 4.77%

○ 쟁점3에 대하여 청구법인은 PC방 등에 매출한 부분에 대하여 기타로 신고한 후 추후 세금계산서 교부하여 이중으로 매출신고 한 부분이 있어 2001년 2기에 ○○시에 소재한 ○○소프트의 매출을 매입으로 신고하고 2002년 2기에는 (주)○○미디어로부터 가공매입세금계산서를 수취하였다고 주장하나, 동 주장에 대한 아무런 입증자료를 제시하지 아니하므로 인정할 수 없다.

○ 쟁점4에 대하여 청구법인의 장부의 주요한 부분이 미비하거나 허위이므로 총매입금액에 실지매매총이익률을 적용하여 총수입금액을 추계방법으로 결정하여달라고 주장하나, 이 사건의 경우 신고금액 대비 매입누락비율이 2000년도 10.6%, 2001년도 11.8%로서 이를 두고 청구법인 장부의 주요한 부분이 미비하거나 허위라고 할 수 없으므로 전체를 추계경정할 만한 사유에는 해당하지 않는 것으로 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 일부 이유 있는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.