매입세액 공제 여부

처분청이 청구법인에 대하여 2003.10.16.자로 고지한 2001년도 제2기분 부가가치세 203,324,770원은 매입세액 123,040,711원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

청구법인 ○○건설산업(주)는 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재한 법인으로 2001. 7.16. 위 같은 곳에 소재한 부동산(대지 1,372㎡, 지하1층․지상8층건물 5,311.44㎡, 이하 건물부분에 대하여 ‘쟁점건물’이라 함)을 ○○지방법원 ○○지원 1999타경45425 등의 부동산 임의경매에 의하여 전소유자 청구 외 남○○으로부터 2,173,000,000원에 취득한 사실이 있으며, 동 남○○으로부터 쟁점건물 부분 취득에 대하여 공급가액을 1,230,407,093원으로 하는 세금계산서를 수취하여 2001년도 2기분 부가가치세 예정신고 시 매입세액으로 공제하여 부가가치세 환급을 받은 사실이 있는 바, 처분청은 쟁점 건물을 경매 취득할 때 실제 부가가치세의 거래징수가 없었다는 이유로 매입세액으로 인정하지 않고 2003.10.16.자로 2001년도 제2기분 부가가치세 203,324,770원을 부과처분 하였다. 청구법인은 이에 대하여 불복하고 2003.11.24.자로 이의신청을 제기하였다.

청구법인은 부가가치세법 기본통칙, 국세청 및 재정경제부의 부가가치세 질의회신 등 2003. 3. 3. 이전의 각종 예규자료에 의하여 경매 취득한 건물의 경우 부가가치세에 대한 별도의 약정이 없다고 하더라도 경락가액에 포함된 것으로 보아 매입세액으로 인정하도록 하여 왔으며, 2001년도 7월에 거래가 있었던 이 사건의 경우에도 부가가치세 매입세액 공제대상으로 인정하는 것이 세무관서의 일관된 관행이었는데도 2003. 3. 3.자로 형성된 새로운 예규를 인용하여 매입세액 공제를 인정하지 않는 것은 소급과세 금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되는 위법․부당한 처분이므로 이 사건 과세처분을 취소하여 달라고 주장한다.

이 사건 부동산 경매 시 감정한 가액은 부가가치세가 포함되지 않았으며, 실제 경락대금 수수시에도 부가가치세를 거래 징수함이 없이 사실상 폐업상태에 있었던 전소유자로부터 세금계산서만을 교부 받아 매입세액으로 공제하였고,

2003. 3. 3.자 재정경제부의 새로운 예규가 생성되기 이전의 거래에 대해서도 심사․심판 결정사례 및 법원 판례에서 매입세액 공제대상으로 볼 수 없다고 결정 또는 판결한 사실이 있으므로 당초 과세처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 부가가치세를 별도로 거래 징수함이 없이 경매 취득한 건물에 대하여 세금계산서를 교부 받은 경우 부가가치세 매입세액으로 공제할 수 있는 지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 이 사건 과세요건 성립일 현재의 관계 법령은 다음과 같다.

○ 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석․적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(…)가 성립한 소득․수익․재산․행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(…)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② ～⑤ 생략

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(…)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(…)에서 다음 각호의 세액(…)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급 받을 세액(…)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 2001. 7.16. ○○지방법원 ○○지원 경매개시결정(1999타경45425호외 2건)에 의한 부동산 임의경매에 참여하여 쟁점 토지와 건물을 전소유자 남○○으로부터 2,173,000,000원에 경락을 받아 취득한 사실이 있으며, 2001. 7.30.에 청구법인 명의로 소유권 이전되었음이 등기부등본에 의하여 확인되고, 위 남○○은 2001. 7.16.자로 건물부분에 대한 공급가액을 1,230,407,093원으로 세금계산서를 교부하였으며, 이에 근거하여 청구법인은 2001년도 제2기분 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제받은 사실을 알 수 있다. 한편, 처분청은 공급자 남○○이 이 사건 부동산은 경매에 의하여 양도한 행위에 대하여 부가가치세 신고를 하지 아니함에 따라 경락가액을 과세시가표준액으로 안분하여 2001.10.31.납기로 2001년도 제2기분 부가가치세 140,082,964원을 부과처분한 사실이 있다. 청구법인은 이에 대하여 국세청 및 재정경제부에서 2003. 3. 3. 이전까지 수차례 경락에 의하여 사업용부동산을 취득한 경우 경락대금에 부가가치세가 포함된 것으로 보아 세금계산서를 교부받은 경우 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다고 예규를 통하여 공표하였을 뿐만 아니라,

2003. 3. 3.자 재정경제부 예규(소비46015-56)를 변경하면서도 2003. 3. 3. 이후에 경매된 것부터 부가가치세 매입세액을 공제할 수 없다고 한 바 있으므로 동 예규가 공표되기 이전의 이 사건 거래에 대하여 부가가치세를 추징하는 것은 소급과세금지원칙 및 신의성실의 원칙에 위반되는 부당한 처분이라고 주장하고 있어 살피건대, 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이며(대법원2001두403, 2003. 9. 5.), 소급과세금지원칙이라 함은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우, 그 효력발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 것인 바(대법원2001두403, 2003. 9. 5., 대법원97누7493.1997. 9. 5. 등 참조). “경락으로 취득한 건물에 대한 부가가치세의 매입세액에 대하여 경락가액에 부가가치세에 대한 별도의 표기가 없을 경우 경락가액 중 부가가치세가 포함되는 것으로 보는 것이며, 동 재화에 대하여 경매 또는 사업자가 세금계산서를 교부한 경우 세금계산서를 교부받은 자는 자기의 매출세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다”고 부가가치세법 기본통칙 13-48-1, 재정경제부 소비 46015-82 (2001. 3.31.), 국세청 부가 46015-805(2001. 5.30.), 국세청 제도 46015-11988 (2001. 7. 9.), 국세청 전화세무 상담센터 서삼 46015-10547(2002. 3.30.) 등에서 일관되게 해석하고 있을 뿐만 아니라, 재정경제부 소비 46015-56(2003. 3. 3.)호로 “사업용 자산이 법원의 경매에 의하여 공급되는 경우로서 당해 자산을 감정평가가액에 의하여 경매하고 부가가치세에 대하여 별도의 언급이 없는 경우 경락가액에 부가가치세는 포함되지 아니한 것으로 보는 것이며, 이 경우 세금계산서를 교부받은 경락자는 자기의 매출세액에서 매입세액으로 공제받을 수 없다”고 해석을 변경하면서 “이 해석은 2003. 3. 3. 이후 경매에 의하여 최초로 공급하는 것부터 적용하는 것”라고 부연함으로써 2003. 3. 3.이 되기 전에 경매로 취득한 건물은 종전의 해석에 따르는 것을 분명하게 명시하고 있는 바, 이는 신의성실의 원칙과 소급과세금지 원칙을 설명하는 전시 대법원 판례(2001두403, 2003. 9. 5.)의 취지에 충분히 부합된다 할 것이고, 변경되는 해석은 2003. 3. 3. 이후 경매에 의하여 최초로 공급하는 것부터 적용한다고 적용시기를 명백히 하였음에도 2001. 7.16.자 경매로 부동산이 양도된 이 사건에 대하여 2003. 3. 3.자 개정된 해석의 취지를 적용하여 과세처분을 한 당초결정은 신의성실의 원칙과 소급과세금지 원칙을 위반한 부당한 것으로서 취소함이 타당하다 할 것이다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 있는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 (경정)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.