매립용역을 제공하고 받은 매립지의 시가

본 이의신청은 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 이를 기각합니다.

청구법인 ○○어업개발(주)(대표 송○○)는 청구 외 ○○조합중앙회와 청구외 ○○수산(주)(대표 김○○) 등 11개 원양어업회사(이하 “출자법인”이라 한다)가 공동 출자하여 ○○시 ○○항 배후시설용 토지조성(이하 “공유수면 매립”이라 한다)을 목적으로 설립된 법인으로서, 청구법인이 자본금 316억원을 26억원으로 감소시키면서 청구법인의 공유수면 매립지(이하 “쟁점 매립지”라 한다)를 자본감소의 대가로 출자법인에 양도한 건에 대하여, 처분청이 당초 쟁점 매립지의 장부가액과 감정가액의 차이 16,542,897,614원에 대하여 부당행위계산 부인하였다가 우리청 감사관의 시정지시에 따라 【표】와 같이 쟁점 매립지의 장부가액과 총사업비의 차이 2,235,378,502원에 대하여 추가로 부당행위계산 부인하였는바, 【표】쟁점 매립지의 시가 (단위: 원) 구 분 시가 기준 금 액 익금산입(당초) 익금산입(쟁점) 청구법인 장부가액 26,648,902,444 처분청(당초) 감정가액 43,191,800,058 16,542,897,614 처분청(감사) 총사업비 45,427,178,560 2,235,378,502 쟁점 매립지의 감정가액과 총사업비의 차액에 대한 2001년 사업연도 법인세 774,9 39,060원을 결정고지하자, 청구법인은 이에 불복하여 2003. 8. 5. 이의신청을 하였다

처분청은 총사업비를 쟁점 매립지의 시가로 보았으나 총사업비는 매립면허를 받은 자가 매립지를 취득할 수 있는 한도금액에 불과한 것이지 쟁점 매립지의 시가가 아니므로 감정평가액을 쟁점 매립지의 시가로 보아야 하며, 또한, ○○지방해양수산청장(이하 “수산청”이라 한다)이 정산한 총사업비에는 부가가치세 4,488,851,647원(이하 “부가가치세 상당액”이라 한다)이 포함되어 있어 이는 국세청의 해석(부가46015-943, 2001. 6.28.)에 따라 부가가치세 납부대상이 아니므로 총사업비에서 제외하여야 한다고 주장한다.

매립용역을 제공하고 그 대가로 총사업비에 대응되는 매립지를 받았다면 제3자간의 일반적인 거래가액인 총사업비가 매립지의 시가에 해당되므로 당초 처분 정당하고, 총사업비에 부가가치세 명목이 있으나 세금계산서를 교부한 사실 및 실제 납부한 사실이 없는 점을 보면 실질적인 부가가치세로 볼 수 없고 총사업비의 일부로 보는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이다.

• 가. 쟁점 공유수면 매립에 소요된 총사업비를 쟁점 매립지의 시가로 본 처분이 정당한지 여부(쟁점1)와 쟁점 매립지의 시가를 계산하는데 있어 부가가치세 상당액을 총사업비에서 제외하여야 하는지 여부(쟁점2)를 가리는 데 있다. 나 관계법령

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 ‘공급가액’이라 한다)으로 한다. 다만 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

⑥ 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다.

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하“특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(이하 단서생략)

○ 공유수면매립법 제26조 【매립지의 소유권취득 등】

① 국가․지방자치단체 또는 매립면허를 받은 자는 제25조의 규정에 의한 준공인가를 받은 날에 다음 각호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 각각 취득한다.

1. 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 국가 또는 지방자치단체

2. 매립된 바닷가에 상당하는 면적(매립된 바닷가 중 매립공사의 시행으로 인하여 새로이 설치된 공용시설 또는 공공시설의 용지에 포함된 바닷가를 제외한다)을 집합 구획한 매립지는 국가. 이 경우 국가가 소유권을 취득하는 매립지의 위치는 제25조의 규정에 의하여 매립면허를 받은 자가 정한 매립지가 아닌 곳으로 한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 대통령령이 정하는 당해 매립공사에 소요된 총사업비(조사비․설계비․순공사비․보상비 기타 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지는 매립면허를 받은 자

4. 제1호 내지 제3호의 규정에 의하여 국가․지방자치단체 또는 매립면허를 받은 자가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 잔여매립지(이하“잔여 매립지”라 한다)는 국가

○ 공유수면매립법 시행령 제20조 【매립지의 소유권취득 및 총사업비】

④ 법 제26조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 당해 매립공사에 소요된 총사업비”라 함은 당해 매립공사의 준공인가 신청일을 기준으로 하여 당해 매립공사와 관련된 다음 각호의 비용을 합산한 금액을 말한다.

7. 이윤: 제1호 내지 제5호의 비용합계액의 100분의 10에 상당하는 금액

• 다. 사실관계 및 판단 이 건 결정과 관련한 처분청의 관계기록과 청구인이 제시하는 증빙서류에 의하여 사실관계를 살펴본다.

(1) 청구법인은 1990. 6. 5. 출자법인(12개)에 의해 설립, 1991. 6.10. 매립 면허권을 취득, 1991.11.26. 매립 공사에 착수, 2001. 1.29. 출자법인별로 매립지양도, 2001. 2.21. 피면허인을 출자법인별로 변경 받아 공유수면 매립면허, 2001. 3. 5. 쟁점 매립지를 감정평가, 2001. 3.30. 쟁점 매립지를 자본감자 대가로 출자법인별로 대물변제 결정, 2001. 4. 2. 출자법인별로 매립공사 준공인가를 받았다.

(2) 청구법인은 2001. 2.21., 2001. 3.31. 및 2001. 5.14. 자본 감소 회계처리를 하였다. 심리하건대, (쟁점1) 쟁점 매립지의 시가가 총사업비로 볼 수 있는지 여부 총사업비는 매립면허를 받은 자가 매립지를 취득할 수 있는 한도금액에 불과한 것이지 쟁점 매립지의 시가가 아니므로 감정평가액을 쟁점 매립지의 시가로 보아야 한다고 주장하나 전시한 법인세법 시행령 제89조 제2항 에서 보듯이 감정평가액을 시가로 보는 경우는 “시가가 불분명할 경우”에만 적용되어야 하고, 이 건의 경우와 같이 총사업비는 청구인이 공유수면매립 준공인가 신청 시 공사금액 등을 감안한 후 수산청에 제출하여 수산청이 관련규정에 따라 검토 정산한 후 승인한 금액에 따라 매립지의 면적이 확정되는바, 총사업비는 전시한 법인세법 시행령 제89조 제1항 의 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이고 시가에 해당된다 할 것이다. 부가가치세법 시행령 제48조 제6항 에서 “공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다.”고 규정하고 있는 점, 청구법인이 총사업비에 대응되는 쟁점 매립지를 취득하였다가 이를 다시 출자법인에 양도할 경우에 있어서의 시가라는 점을 종합하면, 처분청이 쟁점 매립지의 시가를 총사업비로 보아 과세한 당초처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (쟁점2) 총사업비에 부가가치세 상당액이 포함되어 있어 이를 총사업비에서 제외하여야 하는지 여부 총사업비에 부가가치세 명목이 있으나 세금계산서를 교부한 사실 및 실제 납부한 사실이 없는 점을 보면 실질적인 부가가치세로 볼 수 없으므로 총사업비에서 제외할 이유가 없고, 설령 청구법인의 주장과 같이 총사업비에 부가가치세 상당액이 포함되어 있다고 하더라도 사업자가 공유수면매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 매립지 일부의 소유권을 취득한 것이라면 이는 금전 이외의 대가를 받는 경우에 해당하여 그 공사비 총액 중에 포함된 부가가치세도 국가에 공급한 용역의 시가에 포함된다 할 것이다. (대법원 2002두4051, 2003. 9. 5. 판결) 따라서, 청구법인이 부가가치세 상당액이 포함된 총사업비가 시가인 쟁점 매립지를 수산청으로부터 취득하였다가 이를 다시 양도한 것이므로 양도당시 쟁점 매립지의 시가는 총사업비가 타당하다고 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 (기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.