기술 및 인력개발비 세액공제 적용 여부

본 이의신청을 이를 기각합니다.

청구법인 ○○화학(주)는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재한 불화합물(프레온가스) 제조업체로서 1997~2001년도에 대하여 아래 표1과 같이 각 사업연도별로 법인세 신고납부 시 기술 및 인력개발비 세액공제액(2000.12.29.자 조세특례제한법 개정 시 “연구․인력개발비에 대한 세액공제”로 제목이 개정되었음) 1,054,952,286원을 해당 사업연도별 산출세액에서 공제 받은 사실이 있다. 【표1】사업연도별 법인세 신고 시 기술 및 인력개발비 세액공제 신청내용 단위: 원(이하 같음) 사업 년도

① 공제신청서상 개발비 총지출액

② (①×15%) 공제세액

③ 직전2년 평균 대비증가지출액

④ (③×50%) 공제세액

⑤ 공제적용세액 (②④중 큰 것) 1997 1,119,212,799 167,881,920 407,835,513 203,917,757 203,917,757 1998 1,287,225,400 193,083,810 303,163,948 151,581,974 193,083,810 1999 1,486,818,128 223,022,719 529,519,935 264,759,968 264,759,968 2000 1,428,387,843 214,258,176 243,846,235 121,923,118 214,258,176 2001 1,192,883,833 178,932,575

• - 178,932,575 계 6,514,528,003 1,054,952,286 이에 대하여 처분청은 아래 표2와 같이 기술 및 인력개발비 세액공제 대상이 되지 아니하는 비용(보조직원의 인건비, 복리후생비, 일반소모품비, 기계장치 및 공구 등) 2,174,892,996원(이하 “쟁점경비”라 한다)이 포함되어 있는 사실 등을 확인하고 이를 부인하여 2002.12.10.자로 아래 표3과 같이 법인세 689,886,810원을 부과 처분하였다. 이 때 처분청은 기술 및 인력개발비 세액공제액을 부인하는 대신 일부의 금액에 대하여 연구 및 인력개발을 위한 설비투자세액공제 29,077,665원을 추가로 인정하였으며, 이와 관련한 시설이 감가상각대상 자산에 해당하여 아래 표4와 같이 상각 범위 내 금액인 즉시상각의제에 해당하는 금액을 제외한 금액 352,73 9,478원에 대하여 해당 사업연도별로 손금불산입하였다. 【표2】당초 결정 시 개발비 세액공제 대상금액 산출내역 사업 년도

① 장부상 총지출액 세액공제대상 제외금액

⑤ (①-④)차감 세액공제대상

② 신고 시 제외

③ 추징 시 제외

④ 계(②+③) 1997 1,294,815,446 175,602,647 131,510,538 307,113,185 987,702,261 1998 1,401,360,743 114,135,343 423,983,743 538,119,086 863,241,657 1999 1,609,267,453 122,208,325 784,375,358 906,583,683 702,683,770 2000 1,809,564,461 380,176,736 513,830,914 894,007,650 915,556,811 2001 1,366,842,166 173,958,333 321,192,443 495,150,776 871,691,390 계 7,481,850,269 966,081,384 2,174,892,996 3,140,974,380 4,340,875,889 【표3】기술 및 인력개발비 세액공제액 부인 등 추징세액 계산내역 사업 년도

① 당초 결정 시 적정세액공제 (표2⑤×15%)

② (표1⑤-①) 과다공제세액

③ 설비투자 세액공제 추인액

④ 차감세액 (②-③)

④ 가산세 등

⑥ (④+⑤) 추징한 세액 1997 148,155,346 55,762,411 0 55,762,411 32,749,263 88,511,674 1998 129,486,249 63,597,561 0 63,597,561 30,380,554 93,978,115 1999 105,402,573 159,357,395 15,879,785 143,477,610 173,152,018 316,629,628 2000 137,183,539 77,074,637 1,525,550 75,549,098 29,266,614 104,815,712 2001 130,753,713 48,178,862 11,672,330 36,506,532 49,445,149 85,951,681 계 650,981,422 403,970,866 29,077,665 374,893,202 314,993,609 689,886,810 【표4】감가상각 자산에 대한 손금불산입 내역 1999년도 2000년도 2001년도 계 자산 해당 금액 317,595,693 30,511,000 194,873,600 542,980,293 즉시상각의제금액 100,522,578 15,915,588 73,802,649 190,240,815 차감 손금부인액 217,073,115 14,595,412 121,070,951 352,739,478 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 제기하였다.

처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 부인한 개발비 지출금액은 화학공정상 공정기술 노하우를 취득하기 위하여 기술개발연구에 소비된 공정부품에 해당하는 바, 연구 및 인력개발비 세액공제의 범위는 연구전담부서에서 연구용으로 사용하는 원재료, 부품 등으로 규정하고 있으며, 연구라 함은 기술개발을 의미하고 기술개발이라 함은 기술개발촉진법 제2조 제1항 에서 규정하는 바와 같이 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용해서 재료, 제품, 장치시스템 및 공정 등에서 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함하는 것이므로 세액공제를 부인한 당초 결정은 부당하다고 주장한다.

기술개발촉진법 제2조 제1항 규정은 기술개발에 대한 용어를 정의한 것에 불과하며, 동 규정에 장치시스템, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정이 포함되어 있다하여, 기술개발을 위하여 지출한 모든 비용이 조세특례제한법에 규정한 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되는 것은 아니며, 기술개발을 위하여 지출한 비용 중 연구 및 인력개발비 세액공제는 조세특례제한법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조 제2항 규정에 따르는 것으로 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제는 조세특례제한법 제11조 및 같은 법 시행령 제10조 규정에 따라 각각 세액공제 여부를 판단하여야 하는 것인 바, 청구법인의 경우 조세특례제한법 제10조 및 시행령 제9조 제2항의 규정에 의하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용은 공정기술개발과 관련하여 최종 연구목표로 하는 연구목적 제품이 최적의 상태에서 최상의 제품이 생산될 수 있는 제조공정기술을 연구하는 과정에서 최종 목표로 하는 제품을 생산하는 데 반복적으로 투입되는 전담부서 직원의 인건비, 전담부서에서 연구용으로 사용하는 재료인 견본품, 부품․원재료와 시약류구입 비용 등에 한정되는 것이고, 공정기술 노-하우 취득을 목적으로, 연구 아이템별로 제조기술에 대한 공정연구 시 교체, 유지, 수선, 철거를 반복적으로 수행하는 과정에서 지출된 기기, 기계 등, 공구 등, 일반소모품비 등의 지출비용은 전담부서에서 연구용으로 사용하는 재료인 견본품, 부품․원재료와 시약류 구입비용 등에 해당되지 아니하는 것이므로 청구대상금액에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한 당초 결정은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 쟁점이 되는 2,174,892,996원의 비용이 기술 및 인력개발비 세액공제 대상이 되는 지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 조세특례제한법(1996.12.30. 법률 제9195호로 개정된 것과 1998.12.28. 법률 제5584호로 개정된 것, 2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것) 제9조 내지 제11조 의 규정을 정리하여 보면 2003.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 기술 및 인력개발(2000.12.29 ‘연구․인력개발’로 개정됨)을 위한 비용 중 시행령 별표6에서 정하는 비용이 있는 경우에는 당해 연도에 지출한 비용의 15%(2000년까지 중소기업 외에는 10%) 또는 직전 4년간(1998.12.28개정 전에는 2년간)의 평균발생액을 초과하는 금액의 50%에 대하여 연구․인력개발비세액공제를 할 수 있다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법시행령 별표6의 내용을 요약하여 보면 연구개발 전담부서 직원의 인건비, 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품, 부품․원재료와 시약류구입비, 전담부서에서 직접사용하기 위한 연구․시험용 시설의 임차에 필요한 비용, 위탁 및 공동기술개발비, 기술정보비 또는 도입기술의 소화개량비 등을 공제대상으로 열거하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 전시 조세특례제한법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조 제2항(별표6)에 의하면 연구․인력개발비 세액공제에 대하여 자체기술개발의 경우 연구전담부서에서 직접적으로 연구활동을 하는 직원의 인건비와 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류구입비 및 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구․시험용 시설의 임차비용 등에 한하여 공제대상이 된다고 규정하고 있으며,

(2) 국세청 예규 서이 46012-12123(2002.11.27.)호에 의하면 화학공장에서 공정기술 노하우를 취득하기 위하여 기술개발연구에 소비되는 기기는 “전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류 구입비”에 해당하지 않는다고 해석하고 있고,

(3) 국세청 예규 법인 46012-2604(1997.10.10.)호의 취지에 의하면 “연구․시험용 시설의 직접구입비는 기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다”고 해석하고 있는 바,

(4) 청구법인의 경우 당초 처분청이 세액공제 대상에서 부인한 쟁점경비는 기기 또는 기계장치 등 시설물의 구입비로서 감가상각대상 자산에 해당할 뿐만 아니라, 청구법인의 주장과 같이 교체, 유지, 철거 등을 반복적으로 행하는 등 공정 연구용으로 소비된다고 하더라도 수년간 반복사용이 가능한 시설장치에 해당하여 연구․인력개발설비투자세액공제의 대상이 될 뿐, 전시 국세청 예규의 해석취지와 같이 연구․인력개발비세액공제의 대상이 되는 비용에 포함되지 않는다 할 것이므로 처분청이 이 부분에 대하여 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외하고 이 사건 과세처분을 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 (기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.