항만보수공사의 영세율 적용 여부

본 이의신청은 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 이를 기각합니다.

청구법인 〇〇(주)(대표 김〇〇)는 〇〇시 〇〇구 〇〇동 〇〇번지 소재하는 운송회사인 바, 〇〇지방해양수산청장으로부터 〇〇항 제4부두 유지보수공사(이하 ‘쟁점공사’라 함) 시행허가를 받아 1999. 8.25.부터 공사를 시행하여 2000. 4.18.에 준공하여 〇〇지방해양수산청장으로부터 준공확인필증을 받았으며, 동 사업시행에 대하여 공급가액 3,982,149,499원으로 하여 2000. 8. 1.자로 〇〇지방해양수산청장 에게 세금계산서를 교부하고 2000년도 제2기 분으로 부가가치세를 신고납부 하였으 나, 우리청에서 처분청에 대한 업무감사 시 2000년 1기분 부가가치세 과세기간 중에 쟁점 공사의 준공이 이루어짐으로써 역무제공이 완료되었음에도 2000년 2기분 과세기간인 2000. 8. 1.자로 세금계산서를 교부한 것은 사실과 다른 세금계산서를 교부한 것이므로 2000년 1기분 기간에는 세금계산서 미교부 및 부가가치세가 신고 납부되지 않았다는 이유로 2000년도 2기분 과세기간에 대하여 이미 신고 납부된 부가가치세 398,214,950원을 환급하고 2000년 1기분 과세기간에 대하여 부가가치세 535,798,214원을 부과처분하자 이에 불복하였다.

쟁점공사는 조세특례제한법 제105조 제3호 의 2에 의거 사회간접자본시설을 건설하여 국가에 기부채납 하였는 바, 이는 영세율 적용대상임에도 청구인이 착오에 의하여 부가가치세 과세 분 세금계산서를 교부한 것이므로 부가가치세 과세처분을 취소하여 달라고 주장한다.

당초 과세처분 사유는 공급시기를 다르게 하여 세금계산서를 교부한 사실에 대한 과세인 바, 청구주장은 경정청구의 대상으로서 과세처분 사유와 관계가 없으며, 경정청구의 기간도 이미 경과되었으므로 청구주장은 받아들일 수 없다고 주장한다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 청구법인이 시행한 항만보수공사가 사회간접자본시설에대한민간투자법에 의한 공급으로서 영세율 적용대상인 지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 함) 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다. 1~3. 생략 3의 2. 사회간접자본시설에대한 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역 4~6. 생략

② 생략

○ 사회간접자본시설에대한민간투자법(이하 “민투법”이라 함) 제4조 【민간투자사업의 추진방식】

1. 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식

2. 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료 시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 쟁점공사가 사회간접자본시설을 건설하여 국가에 기부채납 하였으므로 이는 영세율 적용대상이라고 주장하고 있으나, 사회간접자본 시설을 위한 민자유치 방식은 전시 민투법에 의한 방법과 항만법 등 개별법에 의한 방식으로 구분되고, 민투법에 의한 민자유치사업은 전시 민투법 제5조 및 제6조의 규정에 의하여 기획예산처 장관을 위원장으로 하는 민자유치사업심의위원회에서 일반지침과 사업대상목록이 포함된 민자유치기본계획을 수립하여 고시하고 사업시행자를 지정하는 것이며, 전시 조특법에 의한 영세율 적용은 이처럼 민투법에 의한 사업시행을 말하는 것이고, 항만법 등 개별법에 의한 민자유치 방식은 포함되지 않는다 할 것인 바,(같은 뜻 ; 국세청 부가 46015- 3893, 2000.11.28. 검토내용 참조) 살피건대, 청구법인이 〇〇해양수산청과 주고받은 쟁점 공사와 관련한 각종 공문서 및 세금계산서에 의하면 쟁점 공사는 항만법 제9조 등의 근거에 의하여 시행된 〇〇항 제4부두 유지보수공사임을 알 수 있고, 동 유지보수공사는 본래 해양수산청 귀속 국가소유인 항만시설을 보수하였던 공사로서 민투법 제4조 제1호 또는 제2호의 방식으로 국가에 기부한 것이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 당심이 〇〇해양수산청에 쟁점공사에 대한 사업시행 경위 및 청구법인이 민투법에 의한 사업시행자인지의 여부에 대하여 조회한 결과, 〇〇해양수산청 〇〇 91570- 1188(2003. 5.15.)호에 의하면 쟁점 공사는 민투법에 의한 사업이 아니고 항만법 제9조 에 의한 사업으로서 청구법인 또한 동 항만법 제9조 제2항 등의 절차에 따라 시행된 것이라고 회신하고 있다. 따라서, 쟁점공사는 조특법 제105조 제3의 2 규정에 의하여 민투법 제4조의 방식대로 사회간접자본시설을 건설하여 국가에 기부채납한 것이 아니므로 영세율 적용대상이라고 볼 수 없다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 (기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.