무자료 매입세액상당액의 필요경비 산입 여부

1. ○○세무서장이 2002.10. 7.자로 청구인에게 결정고지한 별지 표1의 1997년 제2기분 등 부가가치세 947,576,560원은 별지 표2와 같이 각 과세기간별로 부가가치세 과세표준에서 용기보증금을 차감하여 경정합니다.

2. ○○세무서장이 2002.10. 7.자로 청구인에게 결정고지한 별지 표3의 1999년 과세연도분 등 종합소득세 887,038,910원은, 1999~2001년 과세연도분은 표4와 같이 각 과세연도별 소득금액에서 지정기부금을 공제하고 2000~2001년 과세연도분은 산출세액에서 조세특례제한법 제7조 의 중소제조업에 대한 특별세액 감면을 적용하여 경정합니다.

3. 나머지 청구는 기각합니다. 별지 표1 ○○세무서장의 부과처분 과세기간 세 목 결정고지세액 1997년 제2기 부가가치세 44,284,230원 1998년 제1기 부가가치세 72.483.410원 1998년 제2기 부가가치세 73,475,530원 1999년 제1기 부가가치세 126,673,550원 1999년 제2기 부가가치세 128,749,920원 2000년 제1기 부가가치세 128,167,520원 2000년 제2기 부가가치세 107,193,090원 2001년 제1기 부가가치세 97,768,500원 2001년 제2기 부가가치세 83,488,510원 2002년 제1기 부가가치세 85,292,300원 합 계 947,576,560원 표2. 부가가치세과세표준에서 차감할 용기보증금 과세기간

1997. 2기

1998. 1기

1998. 2기

1999. 1기

1999. 2기

2000. 1기 금액(원) 5,223,000 88,829,650 14,527,370 100,304,220 86,700,470 74,954,140 표3. ○○세무서장의 부과처분 과세연도 세 목 결정고지세액 1997년 종합소득세 25,324,930원 1998년 종합소득세 188,739,250원 1999년 종합소득세 487,394,060원 2000년 종합소득세 116,319,780원 2001년 종합소득세 69,560,890원 합계 887,038,910원 표4. 소득금액에서 공제할 지정기부금 과세연도별 1999년 2000년 2001년 금액 16,425,000원 40,000,000원 47,065,000원

청구인 김○○은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 거주하면서 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 󰡐○○양조장󰡑이란 상호로 장류 제조업을 영위하는 사업자로서,

○○지방국세청장이 세무조사한 결과를 청구인의 사업장 및 주소지 관할세무서장에게 각각 통보하였고, 세무조사결과를 통보받은 ○○세무서장 및 ○○세무서장(이하 󰡐처분청󰡑이라 한다)이 【표1】,【표2】와 같이 각각 결정고지하자, 이에 불복하여 2002.12.11. 이의신청을 제기하였다. 【표1】 부가가치세 조사적출 및 부과처분내용 (단위: 원) 처분청 과세기간 매출누락적출 결정고지세액 비 고

○○ 세무서장 1997년 제2기 369,035,394 44,284,230 과세표준 장부경정 1998년 제1기 604,028,220 72,483,410 1998년 제2기 612,296,148 73,475,530 1999년 제1기 702,612,825 126,673,550 1999년 제2기 752,334,438 128,749,920 2000년 제1기 801,548,072 128,167,520 2000년 제2기 711,301,241 107,193,090 과세표준 추계경정 2001년 제1기 690,211,808 97,768,500 2001년 제2기 630,339,881 83,488,510 2002년 제1기 391,185,630 85,292,300 합 계 6,564,893,657 947,576,560 처분청 과세연도 경정증 소득금액 결정고지세액 비 고

○○세무서장 1997년 79,944,894 25,324,930 실지조사결정 1998년 458,813,901 188,439,250 1999년 772,740,350 487,394,060 2000년 154,244,544 116,319,780 추계조사결정 2001년 138,108,980 69,560,890 합 계 1,603,852,669 887,038,910 【표2】 종합소득세 조사적출 및 부과처분내용 (단위: 원)

(1) 처분청은 탈세 제보한 금전출납부(이하 󰡐쟁점 금전출납부󰡑라 한다)를 근거로 하여 실지조사방법에 의하여 1997년~1999년 과세연도 종합소득세를 결정하였으나, 쟁점 금전출납부는 거래의 상당부분이 누락 또는 오기되어 󰡒과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위󰡓인 경우에 해당하므로 1997년~1999년 과세연도 종합소득세는 추계조사방법에 의하여 경정하여야 한다.

(2) 쟁점 금전출납부의 판매금액은 용기보증금이 포함되어 있으며, 1997년도에는 개당 1,000원씩, 1998년부터는 개당 1,500원씩 반환하여 쟁점금전출납부에 의하여 반환사실이 확인되는 금액은 【표3】과 같이 143,898,300원이고, 【표3】쟁점 금전출납부상 용기보증금 반환금 (단위: 원) 연도별 합계 1997년 1998년 1999년 2000년 금 액 143,898,300 5,223,000 24,820,000 78,890,500 42,964,800 쟁점 금전출납부의 판매금액란과 수입금액란의 차이 225,914,130원은 【표4】와 같이 용기보증금 반환금이므로 이를 모두 부가가치세 과세표준에서 차감하여 경정하여야 한다. 【표4】쟁점 금전출납부의 판매금액과 수입금액의 차이 (단위: 원) 연도별 합계 1997년 하반기 1998년 1999년 2000년 상반기 금 액 225,914,130 18,526,800 79,282,290 88,052,780 40,052,260

(3) 【표5】와 같이 사찰에 기부한 기부금 150,215,000원을 필요경비 산입하여 종합소득세를 경정하여야 한다. 【표5】기부금 내용 (단위: 원) 연도별 합계 1998년 1999년 2000년 2001년 금 액 150,215,000 31,725,000 31,425,000 40,000,000 47,065,000

(4) 쟁점 금전출납부상 확인된 무자료 매입금액은 공급대가로서 이를 필요 경비에 산입하면서 1.1로 나누어 공급가액으로 환산하여 부가가치세 매입세액상당액을 필요경비에 산입하지 아니하였는 바, 청구 외 ○○식품(주), 청구 외 (주)○○화학으로부터 매입한 경우는 청구인이 부가가치세 매입세액상당액을 부담하지 않았음이【표6】의 계산과정에서 알 수 있으므로 부가가치세 매입세액상당액 25,341,218원을 해당 과세연도의 필요경비에 추가로 산입하여 경정하여야 한다. 【표6】무자료 매입에 따른 부가가치세 상당액 (단위: 원) 구분 공급대가 ① 세금계산서수취 (공급대가)② 무자료매입

③ (①-②) 부가가치세상당액 (③/1.1)*10％ 금액 328,942,000 50,188,600 278,753,400 25,341,218

(5) 청구인의 사업장은 조세특례제한법 제7조 에서 규정하는 󰡐중소기업에 대한 특별세액감면󰡑대상 업체임에도 처분청이 【표2】와 같이 2000년~2001년 과세연도 종합소득세는 추계조사방법에 의하여 결정하였다는 이유로 이를 감면하지 아니한 것은 부당하다.

(1) 쟁점 금전출납부는 청구인의 사업장에서 원시기록한 장부로 판명되어 이를 근거로 수입과 지출을 확인할 수 있었고, 이것이 󰡒과세표준 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위󰡓인 경우에 해당되지 아니하므로 1997년~1999년 과세연도 종합소득세를 실지조사 방법에 의하여 결정한 당초처분은 정당하다.

(2) 용기보증금 반환에 대한 약정이 없고 이를 구분하여 회계처리 및 관리한 증빙이 없으므로 당초처분 정당하다.

(3) 당초결정시 1998년 과세연도 기부금 31,725,000원과 1999년 과세연도 기부금 중 15,000,000원은 필요경비에 이미 산입하였고, 1999년 과세연도 기부금 16,425, 000원은 종교단체 고유목적사업에 사용되지 않아서, 2000년~2001년 과세연도 기부금은 당해 연도 소득금액을 추계조사방법으로 결정하였으므로 이를 필요경비 불산입한 당초처분은 정당하다. (5)󰡐중소기업에 대한 특별세액감면󰡑을 배제한 것은 추계조사결정하였기 때문이 아니라 적출내용이 부당과소신고에 해당되었기 때문으로 당초처분정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 1997년~1999년 과세연도 종합소득세를 실지조사방법에 의하여 결정한 당초처분이 옳은지 여부

(2) 용기보증금을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부

(3) 기부금을 필요경비에 산입할 수 있는지 여부

(4) 무자료 매입한 경우 부가가치세 매입세액상당액을 필요경비에 산입할 수 있는지 여부

(5) 2000년~2001년 과세연도 종합소득세 결정시 중소기업에 대한 특별세액감면이 가능한지 그 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관계법령

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

③ 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙 서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다.

○ 같은 법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

① 법 제80조 제3항 단서에서 󰡒대통령령이 정하는 사유󰡓라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미미 또는 허위인 경우

○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

⑦ 통상적으로 용기 또는 포장을 당해 사업자에게 반환할 것을 조건으로 그 용기대금과 포장비용을 공제한 금액으로 공급하는 경우에는 그 용기대금과 포장비용은 과세표준에 포함하지 아니한다.

○ 소득세법 제34조 【기부금의 필요경비불산입】

① 사회복지문화예술교육종교자선 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 󰡒지정 기부금󰡓이라 한다) 중 당해연도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 필요경비에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 제2항의 규정에 의하여 필요경비에 산입하는 기부금과 제45조의 규정에 의한 이월결손금을 차감한 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 󰡒필요경비산입한도액󰡓이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 사업자의 소득금액의 계산에 있어서 이를 당해연도의 필요경비에 산입하지 아니한다.

○ 소득세법 제33조 【필요경비불산입】

① 거주자가 당해연도에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 규정하는 것은 부동산임대소득금액사업소득금액일시재산소득금액기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 이를 필요경비에 산입하지 아니한다.

9. 부가가치세의 매입세액(이하 단서생략)

○ 조세특례제한법 제7조 【중소제조업 대한 특별세액감면】

① 제조업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인 중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 같은 법 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】

① 소득세법 제80조 제3항 단서 또는 법인세법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계를 하는 경우에는 제5조, 제7조의 2, 제7조의 3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제62조 제1항제2항, 제94조, 제102조, 제123조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 37조의 개정규정에 한한다.)  제3항의 규정은 이를 적용하지 아니한다(이하 단서생략)

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제31조 제4항  제5항, 제63조, 제6조 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다.

○ 같은 법 시행령 제122조 【과소신고소득금액의 범위】 법 제128조 제3항에서 󰡒대통령령이 정하는 과소신고금액󰡓이라 함은 법인의 경우에는 법인세법시행령 제118조 의 규정에 의한 부당과소신고금액을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 쟁점(1)에 대하여 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사방법에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 추계조사결정은 납세자의 장부나 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없어 달리 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 경우에 한하여 예외적으로 허용되고 있는 것인 바, 쟁점금전출납부는 청구인 사업장의 수입과 지출을 원시기록한 장부로서 이를 근거로 과세표준과 세액을 결정하기에 부족함이 없고, 실지조사방법에 의한 소득세액이 추계결정방법에 의한 소득세액보다 많다는 이유만으로 추계조사방법에 의하여 소득금액을 결정하여야 한다는 청구주장은 전시 관계법령을 오해한 것으로서 받아들일 수 없다(같은 뜻: 국심2002중 1068, 2002. 7. 5.외 다수)

○ 쟁점(2)에 대하여

(1) 청구인이 제조  판매하는 품목은 간장, 된장, 고추장이고, 이들을 운반하기 위한 포장으로 간장은 재활용이 가능한 플라스틱 18ℓ용기(이하 󰡐쟁점용기󰡑라 한다)를, 된장과 고추장은 1회용 포장(캔 또는 박스)을 사용하고 있다.

(2) 쟁점 용기에 󰡒본 공통은 ○○양조장의 재산입니다󰡓란 문구와 ○○양조장의 상호, 상표가 새겨져 있고, ○○양조장 사업장 안에는 반환된 쟁점 용기를 보관  세척하는 공간과 시설이 있다.

(3) 쟁점 금전출납부는 판매금액  현금수입  현금지출로 구분되어 있고, 판매금액란에는 쟁점 용기보증금이 포함된 금액을, 현금수입과 현금지출란은 쟁점 용기보증금을 상계하는 것 외에는 실제 현금 입출금을 기록한 것임을 거래명세표, 청구 외 직원 양○○의 설명에 의하여 확인된다.

(4) 쟁점 금전출납부상 판매금액과 수입금액의 차이는 【표7】과 같다. 【표7】쟁점 금전출납부상 판매금액과 수입금액 (단위: 원) 과세기간 판매금액① 수입금액② 차이(①-②)

1997. 7. 1.~1997.12.31. 567,664,450 549,139,650 18,526,800

1998. 1. 1.~1998.12.31. 1,708,201,700 1,628,919,410 79,282,290

1999. 1. 1.~1999.12.31. 1,986,230,850 1,898,178,070, 88,052,780

2000. 1. 1.~2000. 6.30. 1,102,861,130 1,062,808,870 40,052,780 합 계 5,364,960,130 5,139,046,000 225,914,130

(5) 일부 고정거래처를 제외하고는 모두 현금거래이고, 대손금 발생이 없으며, 각 과세연도 말 현재의 외상매출금 잔액은 【표8】과 같다. 【표8】결산서상 외상매출금 잔액 (단위: 원) 과세연도 1997.12.31. 1998.12.31. 1999.12.31.

2000. 6.30.현재 외상매출금 27,316,140 28,061,410 8,062,920

(6) 청구 외 ○○상사(대표 최○○)는 청구인으로부터 가장 많은 간장을 공급받는 고정거래처임에도 쟁점 금전출납부의 지출금액에 쟁점 용기보증금의 반환에 대한 지출이 전혀 없고, 이에 최○○은 쟁점 용기를 반환할 목적으로 용기보증금을 지불하였다가 반환할 때 이를 외상매입금에서 차감하였다고 진술하였다.

(7) 이러한 사실관계를 종합해 보면, 첫째, 쟁점 용기에는 청구인의 재산임이 표기되어 있어 거래당사자들과 굳이 서면으로 약정을 하지 아니하였더라도 통상 반환될 것으로 알려져 있고, 둘째, 쟁점 용기보증금을 구분하여 별도의 회계처리를 하지는 않았으나 신뢰할 수 있는 쟁점 금전출납부에 의해 그 금액을 구분할 수 있으며, 셋째, 반환된 쟁점 용기 중 대부분을 세척하여 재사용하고 있고, 재사용이 불가능할 정도로 훼손된 것도 반환받아 이를 폐기처분하고 있는 실태로 보면, 처분청의 의견과 같이 반환된 쟁점 용기를 청구인이 새로 구입한 것으로 보는 데는 무리가 있고 쟁점 금전출납부의 판매금액과 수입금액의 차이는 쟁점 용기보증금 외에는 달리 설명되지 아니하는 사실로 보아 청구주장은 상당한 이유가 있다고 본다. 다만, 지출이 확인된【표3】의 용기보증금은 그대로 부가가치세 과세표준에서 제외하되, 【표4】의 금액은 【표8】의 외상매출금 잔액을 가감한 산식(용기보증금=판매금액-수입금액-당기외상매출금+전기외상매출금)에 의하여 산출된 【표9】의 금액을 부가가치세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다. 【표9】 과세표준에서 제외하여야 할 용기보증금 (단위: 원) 과세기간 【표3】① 【표4】② 당기말 외상매출금

③ 전기말 외상매출금

④ 과세표준에서 제외할 금액

① +(②-③+④) 1997년 하반기 5,223,000 18,526,800 27,316,140 5,223,000 1998년 24,820,000 79,282,290 28,061,410 27,316,140 103,357,020 1999년 70,890,500 88,052,780 280,610,410 187,004,690 2000년 상반기 42,964,800 40,052,260 8,062,920 74,954,140 합 계 143,898,300 225,914,130 370,538,850

○ 쟁점(3)에 대하여

(1) 【표5】의 기부금 지급사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없고, 1998년 과세연도 기부금 31,725,000원과 1999년 과세연도 기부금 15,000,000원은 처분청이 당초 필요경비에 산입하였음이 확인된다.

(2) 처분청은 2000년~2001년 과세연도 소득금액을 추계조사방법에 의해 결정하였다는 이유로 지출 사실이 확인된 기부금 40,000,000원과 47,065,000원(이하 󰡐쟁점 기부금󰡑이라 한다)을 각각 필요경비에 불산입하였으나, 소득금액을 추계조사방법에 의해 결정하는 경우에는 2000. 1. 1. 이후 지급하는 기부금을 소득공제할 수 있도록 해석(서일46011-10579, 2002. 4.27.)하는 점으로 보아 처분청이 관련 법리를 오해한 것으로 보이고, 1999년 과세연도 기부금 중 나머지 16,425,000원은 사리탑불사 보시금으로서 종교의 보급 및 교화를 위한 기부금으로 인정하지 아니할 근거가 없다.

○ 쟁점(4)에 대하여 청구인은 【표6】의 산식과 같이 공급대가에서 세금계산서 수취분을 차감한 무자료 매입금액을 세금계산서 수취분의 단가로 나눌 경우 매입수량의 단위가 소숫점 없이 나누어진다는 사실을 쟁점 금전출납부에 의하여 확인된 무자료 매입 금액에 부가가치세 매입세액상당액이 포함되지 아니한 근거로 제시하고 있으나, 이러한 산식만으로는 청구인이 부가가치세 매입세액상당액을 부담하지 아니하였다는 객관적인 증빙이 될 수 없고, 다른 거래처와의 무자료 매입금액과 비교할 때 청구 외 ○○식품(주), 청구 외 (주)○○화학과의 거래만 유독 부가가치세 매입세액상당액을 부담하지 아니하였다는 주장은 설득력이 없어 이 건의 경우는 부가가치세 매입세액 상당액이 무자료 매입금액에 포함되었는지가 불분명한 경우에 해당되고, 당해 매입금액 중 부가가치세 매입세액상당액이 포함되었는지가 불분명한 경우에는 동 매입금액의 110분의 100에 해당하는 금액을 소득금액 계산상 손금에 산입한다는 해석(법인46012-1762, 1999. 5.10.)에 따른 처분청의 당초처분은 정당하다고 본다.

○ 쟁점(5)에 대하여 청구인이 전시한 조세특례제한법 제7조 의 중소제조업에 대한 특별세액감면(이하󰡐쟁점 세액감면󰡑이라 한다)이 동법 제128조 제1항에 의해 추계과세 시 감면배제 대상에서 제외되는 규정을 들어 쟁점 세액감면을 하여야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 동법 제128조 제3항의 부당과소신고금액에 해당된다하여 쟁점 세액감면을 배제한 것이라 주장하는 데 대하여 살펴보면, 첫째, 동법 제128조 제3항은 실지조사방법에 의하여 적출된 부당과소신고금액에 대하여 적용하여야 하는 것이지 청구인의 경우와 같이 추계결정함으로써 부당과소신고금액의 구분이 불가능하게 된 경우에는 이를 적용할 여지가 없다고 본다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 일부 이유 있는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 (기각) 및 제3호(경정)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.