체비지를 환지처분 공고일 이전에 양도하는 경우 특별부가세 납세의무 해당 여부

처분청이 2002. 7.12. 자로 청구인에게 결정 고지한 처분 중

1. 1998. 1. 1.~12.31. 사업연도 법인(특별부가)세 585,057,210원은 부과제척기간이 경과한 체비지의 양도차익 631,754,690원을 차감하여 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지청구는 기각합니다.

청구법인 ○○지구토지구획정리조합(000-00-0000)은 1988. 7.19.~1997.12.30. ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 일대의 토지 160,468.2㎡를 토지구획정리사업시행지구로 하는 토지구획정리사업의 시행자로서, 구획정리사업 시행과정에서 취득한 체비지 38,866.80㎡(이하 “쟁점체비지”라고 한다)를 양도함에 따라 발생한 양도소득에 대하여 처분청이 2002. 7.12.자로 법인(특별부가)세 1998. 1. 1.~12.31. 사업연도분 585,057,210원, 1999. 1. 1.~12.31. 사업연도분 67,582,210원, 2000. 1. 1. ~12.31. 사업연도분 16,426,680원을 부과하는 처분을 하자, 청구법인은 처분을 경정하라는 취지의 이의신청서를 2002.10. 8. 제출하였다.

이 건 부과처분 중 첫째, 환지처분 공고일 이전에 양도한 토지(이하 “쟁점1토지”라고 한다)는 청구법인에게 소유권이 없으므로 특별부가세 납세의무도 없으며, 토지소재지 면적(㎡) 잔금청산일 등기접수일 양도가액(원)

○○리 ○○번지 189.9 1993.12.23.

1998. 8.25. 45,600,000

○○리 ○○번지 603.8

1995. 6.10.

1998. 8.25. 232,000,000

○○리 ○○번지 287.3 1995.11.30.

1998. 9.12. 67,104,000

○○리 ○○번지 4,355.8 1994.10.30.

1998. 9.15. 945,000,000

○○리 ○○번지 745.8

1996. 8.28. 1998.12.14. 190,400,000

○○리 ○○번지 844.3

1994. 4. 4. 1998.12.10. 216,750,000 쟁점1토지 둘째, 1994.12.31. 이전에 양도한 토지(이하 “쟁점2토지”라고 한다)는 처분일 현재 부과제척기간이 경과되었으므로 처분은 부당하다고 주장한다. 토지소재지 면적(㎡) 잔금청산일 등기접수일 양도가액 양도차익

○○리 ○○번지 189.9 1993.12.23.

1998. 8.25. 45,600,000 25,314,406

○○리 ○○번지 844.3

1994. 4. 4. 1998.12.10. 216,750,000 479,702,526

○○리 ○○번지 4,355.8 1994.10.30.

1998. 9.15. 945,000,000 126,737,758 합 계 1,207,350,000 631,754,690 쟁점2토지

첫째, 토지구획정리사업의 시행자가 구획정리사업 시행과정에서 취득한 체비지를 양도함에 따라 발생한 양도소득은 모두 특별부가세과세대상이며, 둘째, 쟁점2토지 중 부과제척기간이 경과하였음이 인정되는 토지 3필지(○○리 ○○,○○,○○번지)의 양도차익 505,016,932원은 당초 결정과세표준에서 차감하여 경정결정하고, 나머지 청구는 받아들일 수 없다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 첫째, 토지구획정리사업시행자가 구획정리사업 시행과정에서 취득한 체비지를 환지처분 공고일 이전에 양도하는 경우 특별부가세 납세의무가 있는지(이하 “쟁점1”이라 한다), 둘째, 쟁점2토지의 양도행위에 대한 특별부가세 부과제척기간이 경과하였는지 여부(이하“쟁점2”이라 한다)를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서생략)

2. 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간(94.12.22. 개정)

○ 국세기본법시행령 제12조 의 3 【국세부과제척기간의 기산일】

① 법 제26조의 2 제3항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.(90.12.31. 개정)

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서제출기한의 다음날.

○ 법인세법 기본통칙 7-1-5…59의2 【과세되는 토지 등의 범위】 과세되는 토지 등의 범위는 다음 각 호의 예에 의하여 처리한다.

3. 토지구획정리사업시행자가 공사대금으로 취득한 체비지를 양도하는 경우에는 과세되는 토지 등으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 쟁점1에 대하여 청구법인은 쟁점1토지가 명의만 청구법인으로 등재되었을 뿐이며, 청구법인에게는 관리권만 있지 소유와 처분에 관한 권리가 없어서 사실상의 소유자가 아니고, 양도소득의 실질귀속자라고 할 수 없으므로 실질과세의 원칙에 따라 특별부가세 납세의무도 없다는 취지로 국심2000서981(2001. 1.18.)호, 재일46014-2726 (1997. 11.20)호, 국세기본법 제14조 제1항 의 법령 및 예규를 들고 있으나, 양도소득의 실질귀속자가 있다면 이는 청구법인이 실질 귀속자를 밝혀서 입증하여야 할 것이나 이를 입증하지 못하고 있으며, 적시한 예규 및 법령의 규정은 쟁점이 달라서 이 건에 인용하기에는 부적절하고, 또한, 쟁점1토지는 청구법인이 공사대금으로 취득한 ○○지구토지구획정리사업지구 내의 체비지로서, 법인세법 기본통칙 7-1-5…59의2 【과세되는 토지 등의 범위】에 규정한 과세대상토지에 해당하며, 청구법인이 매매계약에 의하여 임의로 양도하였음이 확인되므로 특별부가세의 납세의무가 없다는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

○ 쟁점2에 대하여 (가) 청구법인이 쟁점체비지의 양도소득과 관련하여 법인세 과세표준 신고서를 제출한 적이 없다는 사실, 쟁점2토지 중 ○○리 ○○번지 844.3㎡를 제외한 3필지의 토지는 1994.12.31. 이전에 양도하였으므로 부과처분일 현재 특별부가세제척기간이 경과하였다는 사실에는 다툼이 없다. (나) 쟁점2토지 중 ○○리○○번지 토지는 등기부등본의 등기접수일을 양도시기로 보고 당초 결정하였으나, 사실상의 거래는 청구법인이 1994. 4. 4.에 청구 외 ○○종합건설(주)에 양도하였으며, 사실상의 양도일로부터 부과제척기간을 계산하면 7년이 경과하였다고 주장하고 있는 바, 주장에 대한 사실 확인을 위하여 처분청에 제출된 ○○종합건설(주)의 1997. 1. 1.~12.31. 사업연도 법인세 과세표준 신고서 및 신고서에 첨부된 부동산매매계약서 내용을 살펴본 바, ○○종합건설(주)가 ○○읍 ○○리 6블록 9노트(○○번지로 등기) 체비지 843.12㎡를 1994. 4. 6.에 취득하여 1997. 5. 7. 신○○과 신○○에게 양도하였다는 사실이 기재되어 있고, 양도로 인한 특별부가세를 납부한 사실이 있는 것으로 보아 실제 거래는 1994. 4. 6.에 청구법인이 ○○종합건설(주)에 양도하고 1997. 5. 7.에 ○○종합건설(주)가 신○○과 신○○에게 양도하였다는 청구주장은 신빙성이 있다고 하겠다.

(3) 위와 같이 심리한 결과 청구법인에게 부과한 이 건 처분 중 1998. 1. 1.~ 12.31. 사업연도법인(특별부가)세 과세표준 1,792,344,897원은, 양도일로부터 부과제척기간이 경과한 쟁 점2토지 관련 양도차익 631,754,690원을 차감한 1,160, 590,207원으로 하여 경정 결정하는 것이 적법하다고 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 일부 이유 있는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 (경정)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.