토지의 자본적지출 관련 매입세액

본 이의신청은 이를 기각합니다.

청구인 김○○은 ○○광역시 ○○대구 ○○동 ○○번지에 사업장을 둔 주택건설 사업자(상호: ○○주택)로서 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 ○○아파트 및 상가를 신축하여 판매하면서 청구 (주)○○건설을 시공자로 하여 공사비 25,549, 805,925원에 공사를 시행하였으며, 동 공사비 중 부가가치세 과세면적비율인 35.5%인 9,070,181,068원에 대한 세금계산서(세액: 907,018,110원)를 수취하여 1996년 2기 ~ 1998년 1기 부가가치세 신고 시 각각 매입세액으로 공제한 사실이 있는 바, 처분청은 위 매입세액 중 부지조성공사와 관련한 매입세액 130,007,162원은 매출세액에서 불공제하고 2002. 3. 8.자로 1998년도 1기분 부가가치세 143,007,870원을 부과처분 하자 청구인은 이에 대하여 불복을 제기하였다.

부지정지공사는 아파트 공사를 함에 있어서 토목공사와 병행하여 짓는 과정에서 필수적으로 발생하는 건축과 관련한 구축물 부분이므로 전부를 공제하여야 하며, 처분청에서 과세근거로 삼은 공사원가명세서는 형식에 불과하므로 실질내용을 밝혀서 처리하여야 하며, 1998년도 1기분에 대하여 1998년도 10월에 부가가치세 환급조사를 받았음에도 불구하고 또다시 통합조사를 하는 것은 중복조사 금지규정에 어긋나므로 과세처분은 부당하다고 주장한다.

첫째 주장에 대하여, 청구인이 아파트를 신축하였던 토지는 당초 임야로서 부지조성공사에 대한 세부내역을 알 수 있는 증빙이 없어 사업자가 건축 허가 시 ○○시 ○○구청에 제출한 공사원가계산서를 근거로 토지관련 매입세액을 산출한 것이므로 당초 결정은 정당하며, 둘째 주장에 대하여, 국세환급금 결정을 위한 확인조사는 중복조사 금지규정의 적용을 받지 아니하므로 당초결정은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 토지의 자본적 지출 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는 지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 (납부세액) 제2항 및 동법시행령 제60조(매입세액의 범위) 제6항, 제61조(매입세액의 안분계산)에 의하면 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자와 관련된 매입세액 포함)과 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않으며, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 공통매입세액에 대하여 총공급가액 중 면세분 공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 면세관련 매입세액을 계산한다.”고 규정되어 있으며, 또한 국세기본법 제81조 의 3(중복조사의 금지) 및 동법시행령 제63조의 2(중복조사의 금지)에 의하면 “세무공무원은 조세의 탈루를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 또는 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등 특별히 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정․재조사를 할 수 없다.”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 살피건대, 쟁점 아파트에 대한 건축 허가서에 의하면 사업시행자는 청구인을 비롯하여 청구 외 ○○건설(주), 청구 외 ○○그룹지역주택조합, 청구 외 ○○상선(주)직원직장주택조합, ○○지역주택조합 등이 공동으로 추진하였으며, 총부지면적은 23,505.64㎡인데 대부분이 임야로서 공사 착공을 위하여 11,065, 500,000원의 부지 조성공사비가 투입된 사실을 알 수 있으며, 이 부지조성비에는 절토 등 임야를 대지로 조성하는 자본적 지출에 해당하는 비용이 포함되었고, 이 중 청구인의 지분은 13,127㎡에 해당함을 알 수 있다. 또한 쟁점 아파트 신축분양 시 부가가치세 과세부분의 면적이 35.5%이며 이는 서로 간에 다툼이 없는 사실이다. 한편, 처분청은 매입세액불공제 대상(토지 자본적 지출) 금액을 산출하기 위하여 위 사업시행자가 ○○광역시 ○○구청에 제출한 공사원가계산서에 의거 토지 자본적 지출에 해당하는 공사비와 터파기 등 건축물 착공을 위한 부대공사비로 안분하였으며, 이 금액을 다시 청구인 지분을 산출하고 여기에 부가가치세 과세비율인 35.5%를 곱하여 계산한 결과 청구인이 부가가치세 신고 시 공제받은 매입세액 중 130,007,162원은 매입세액 불공제 대상임을 확인하였다. 청구인은 이에 대하여 쟁점 부지조성공사비는 건물 착공을 위하여 필수적으로 소요되는 비용이므로 매입세액 불공제는 부당하다고 주장하고 있으나, 쟁점 아파트 건설용 부지는 대부분 임야로서 아파트를 착공하기 위해서는 대지상태 조성공사가 반드시 필요한 실정이며, 이러한 공사는 결국 형질변경으로 인한 토지의 가치를 크게 증대시키는데 투입되는 자본적 지출에 해당하는 비용으로서 전시 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법시행령 제60조 제6항의 규정에 의한 매입세액 불공제 대상이라 할 것이고, 처분청은 부지조성공사비에 대하여 모두 자본적지출로 판단한 것이 아니고 터파기 등 건축공사와 관련한 비용에 대해서는 부가가치세 과세부분에 대하여 공제대상 매입세액으로 인정하였으므로 청구주장은 받아들일 수 없다. 또한 청구인은 이 사건 과세처분을 위한 세무조사에 대하여 중복조사금지 규정에 위배되는 부당한 결정이라고 주장하고 있으나, 청구인이 주장하는 첫 번째 세무조사는 국세환급금 결정을 위한 확인조사로서 전시 국세기본법시행령 제63조 의 2에 의한 중복조사 금지 예외사항으로서 중복조사 금지 적용을 받지 아니하므로 처분청의 행위는 정당하다 할 것이고 청구주장은 인정할 수 없다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65 조 제1항 제2호(기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.