증빙 없는 면세매출의 부가가치세 과세여부

본 이의신청은 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 이를 기각합니다.

청구인은 〇〇시 〇〇구 〇〇동 〇〇번지에서 ‘〇〇제약’이란 상호로 한약재도매 및 제조업을 영위하다 1999. 4. 1.부터 법인 전환한 ‘(주)〇〇제약’의 대표이사로 재직 중인 자로서, 처분청이 조사하여, 청구법인의 컴퓨터에 수록된 매입과 매출자료(이하 “전산자료”라 한다) 근거를 1999. 1. 1.~1999. 3.31. 기간의 매출누락 798,884,009원을 적출하여 1999년도 제1기 분 부가가치세 131,775,910원과 1999년도 분 종합소득세 62,242,350원을 2001.10.10. 고지결정하자 이에 불복하여 2002. 1. 8. 이의신청을 제기하였다.

첫째, 처분청은 전산자료의 매출금액 전부를 과세매출로 보아 결정하였으나, 동 금액에는 청구인이 이미 신고한 면세매출 101,749,400원이 포함되어 있어 면세매출 신고금액만큼 중복과세 되었으므로 이를 차감하여야 하고, 둘째, 처분청은 전산자료의 매출금액 전부를 과세매출로 보아 부가가치세를 결정하였으나, 동 금액에는 수치ㆍ법제 대상 품목 이외에는 국내산 약초를 건조ㆍ절단ㆍ포장한 『규격품 한약』의 매출액이 포함되어 있는바, 『규격품 한약』매출 분 693,572,250원은 원생산물 본래의 성상이 변하지 아니하는 정도의 원시가공을 거친 것이므로, 이를 부가가치세 예규(재 소비 46015-313 2000.10.20.)에 따라 면세하여야 하며, 셋째, 1999년도 귀속 종합소득세 신고하면서, 임의로 과세소득 증액 신고한 24,000,000원은 이를 감액 결정하여야 하고, 넷째, 실제 지급하였으나 과소 계상한 인건비 103,819,060원은 손비로 추가 인정하여야 한다고 주장한다.

첫째, 청구인의 전산자료에는 과세매출과 면세매출이 구분되어 있지 아니하고, 면세매출 신고 분에 대하여 매출일자나 품목별 매출액 등을 구체적으로 제시함이 없어 면세매출 신고 분이 중복 과세되었는지가 확인되지 아니하므로 당초 처분 정당하고, 둘째,『규격품 한약』을 면세한다는 예규(재 소비 46015-313, 2000.10.20.)는 2000.10.20. 이후의 공급 분부터 면세하도록 하고 있으므로 당초 처분 정당하며, 셋째, 증액 신고 된 내용이 무엇인지 구체적인 자료를 제출하고 있지 아니하여 청구주장 인정하기 어렵고, 넷째, 청구인이 부외비용과 관련한 서류의 제출요구에도 이를 제출하지 아니하다가, 조사당시 발견되지 아니한 경비 장을 근거로 인건비 추가 지급한 사실을 주장하는 것은 신빙성이 없으므로 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 쟁점1) 전산자료의 매출금액에 청구법인이 면세매출로 이미 신고한 금액이 포함되어 있는지 여부를 가리고, 쟁점2) 『규격품 한약』이 면세에 해당되는지 여부를 가리며, 쟁점3) 소득금액 임의 증액 신고 분을 인정할 것인지 여부를 가리고 쟁점4) 과소 계상한 인건비가 실제 지급되었는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것. 2~18. (생략)

② ~⑤ (생략)

○ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. (생략)

2. 확정 신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때. 3~4. (생략)

② ~③ (생략)

• 다. 사실관계 및 판단 처분청의 관계기록과 청구인이 제시하는 증빙서류로 사실관계를 살펴보면, 처분청은 청구인의 사업장에서 작성ㆍ보관하고 있는 컴퓨터 수록자료 중 『기간별 제품수불집계표』의 매출금액을 기준으로 매출누락을 적출하였고, 같은 집계표의 매입금액을 기준으로 매출누락에 대응하는 원가를 추인하였음을 알 수 있다. 심리하건대, 〇 쟁점1 처분청은 전산자료상 1999. 1. 1.부터 1999. 3.31.까지 매출총액(공급가액 기준, 이하 같다)이 1,264,553,459원이고, 신고과세표준은 과세 분 465,669,450원, 면세 분 101,749,400원이며, 이에 따라 과세 분 매출누락이 798,884,009원이고 면세매출 101,749,400원은 그대로 인정하였는바, 청구인은 면세매출로 신고한 101,749,400원은 전산자료상 총매출액 1,264,553,459원에 포함되어 있음에도 이를 별도의 매출로 보아 총수입금액을 결정한 것은 부당하다고 주장하나, 청구인이 일부 제시한 매출처원장은 매출품목을 “〇〇외”로 표기되어 있어 당해 물품이 과세인지 면세인지가 불분명하고, 매출 집계표의 모든 품목에 부가가치세가 별도로 표기되어 있는 점으로 보아 청구주장을 인정하기 어렵다. 〇 쟁점2 청구인은 원생산물 본래의 성상이 변하지 아니하는 정도의 원시가공을 거친 『규격품 한약』은 부가가치세 면세대상이라는 해석(재 소비 46015-313 2000.10.20.)에 따라 쟁점 규격품한약 693,572,250원에 대하여 부가가치세를 면세하여야 한다고 주장하나, 이 해석은 그 적용 시기를 2000.10.20. 이후 공급 분부터 적용하도록 하고 있고, 쟁점 거래 시기는 1999. 1. 1.~1999. 3.31.이므로 청구주장 받아들일 수 없다. 〇 쟁점3 청구인은 1999년 귀속 종합소득세 신고 시 소득금액 24,000,000원을 임의로 증액하였다고 주장하나, 증액 신고한 내용에 대한 구체적인 자료를 제출하고 있지 아니하여 청구주장 받아들일 수 없다. 〇 쟁점4 청구인은 1999. 1월부터 1999. 3월까지 인건비 171,900,044원을 과소계상 하였다 주장하나, 부외비용과 관련한 서류의 제출요구에 응하지 아니하다가 조사당시 발견되지 아니한 경비 장을 근거로 인건비 추가 지급한 사실을 주장하는 것은 신빙성이 없다고 본다. 따라서 쟁점1 내지 쟁점4에 대한 처분청의 당초 처분에는 달리 잘못이 없고, 청구주장은 이유 없다고 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 (기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.