비영업용부동산 해당 여부 및 특별부가세 감면대상 해당 여부

본 이의신청은 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 이를 기각합니다.

청구법인 (주)○○는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 거주하는 자로서 1993. 4. 17. ○○시 ○○구 ○○동○○번지 토지 9,917.7㎡를 취득하여 1998. 1.24.에 공장건물 4,590㎡를 신축ㆍ준공하여 1998. 2.15.에 양도하였으며, 이에 대한 특별부가세 감면신청한 사실이 있는 바, 처분청은 쟁점 부동산이 법인의 고유 업무에 사용하지 않고 양도하였다는 이유로 매매용 부동산으로 판단하고 1996년부터 1998. 2.14.까지의 지급이자 중 308, 071,351원을 손금불산입하여 1998사업년도분 법인세 108,189,351원과 특별부가세 40,477,352원을 부과처분하였다. 청구인은 이에 대하여 불복을 제기하였다.

쟁점 공장용지를 1993. 4.17.에 취득하여 3년 이내인 1995. 5.15. ○○시 ○○구청으로부터 건축허가를 받아 1995년도부터 사실상 건설에 착공하여 3년 이내에 업무용으로 사용하였으므로 비업무용 부동산에 해당되지 아니하고, 청구법인은 쟁점 공장 양도시까지 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인으로서 공장 준공 후에 재무구조 개선에 따른 금융부채 상환을 위하여 부득이 공장을 양도한 것이므로 특별부가세 감면대상으로서 매매용 부동산에도 해당되지 않아 이 건 과세처분은 부당하다고 주장한다.

쟁점 공장건물 건설업체의 건설공사실적증명서에 공사착공일이 1997. 8.28.로 표시되어 있어 토지 취득일로부터 3년이 넘은 후에 착공이 되었으므로 비업무용에 해당하고, 건물을 준공하여 청구법인의 고유 업무에 직접 사용하였거나 임대한 사실이 없이 양도하였으므로 매매용 부동산에 해당하여 관련 지급이자 손금불산입하고 법인세 및 특별부가세 추징한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 쟁점 부동산이 비업무용 부동산에 해당하는지의 여부와 특별부가세 감면요건에 해당되는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 구 법인세법 제18조 의 3(지급이자의 손금불산입)

① 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것

○ (구) 법인세법 시행령 제43조 의 2【지급이자의 손금불산입】

① 법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하“비업무용부동산등”이라 한다)을 말한다.

1. 부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산

3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산

4. 법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산

5. 업무에 적합한 시설기준을 갖추지 못하였거나 업무와의 관련정도가 적은 부동산

③ 제1항의 규정에 의한 비업무용부동산등의 판정기준에 관하여는 재정경제부령으로 정한다.

④ 법 제18조의 3 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액”이라 함은 다음의 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.(1993.12.31. 개정) 제1항 및 제2항의 자산가액의 합계액(총차입금 한도) 지급이자× 총 차 입 금

○ (구)법인세법시행규칙【지급이자의 손금불산입】제18조

② 영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 의한 비업무용 부동산 등은 부동산(제4항 제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 2년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 토지의 경우에는 당해 토지를 취득한 후 5년(제2호에 해당하는 토지의 경우에는 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 또는 중소기업창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우 당해 공장건설계획기간을 말한다. ※ 당해 조문에서 규정하는 5년은 1997.12.31. 구 법인세법 시행규칙 제령 675호로 개정된 것이며 그 이전에는 3년으로 규정됨) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다.

2. 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에 규정된 공장용 부지(제1호와 제3,4는 생략)

③ 생략

④ 다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제2항 및 제3항의 규정에 의한 법인의 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다.(1997.12.31. 개정) (제1~11호, 제13~24호 생략)

12. 매매용 부동산. 다만, 다음 각목의 부동산으로서 당해 부동산을 취득한 후 2년(나목 및 라목의 경우에는 5년. 이하 이 호에서 같다)이 경과되지 아니한 것(도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 취득한 후 2년이 경과한 것과 주택 등 건물의 신축용 토지를 취득한 후 2년 이내에 공사에 착공하고 공사가 진행 중인 것을 포함한다)을 제외한다.

• 가. 부동산매매업(한국표준산업분류상의 부동산분양공급업 및 건축물자영건설업을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용 부동산
• 나. 주택신축판매업[한국표준산업분류상의 주거용건물분양공급업 및 건축물자영건설업(주거용에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 영위하는 법인이 취득한 주택신축용 토지
• 다. 건설업을 영위하는 법인이 취득한 건물신축용 토지
• 라. 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 의한 아파트형 공장의 신축용 토지 (제⑤,⑥항 생략)

⑦ 제2항 및 제4항 제12호의 규정을 적용함에 있어서 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 때(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)에는 당해 토지(제4항 각호의 규정에 의한 일정 면적을 초과하는 토지를 제외한다)를 업무에 직접 사용한 것으로 본다. 이 경우 정당한 사유 없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간 동안에는 비업무용 부동산으로 본다.

⑧ 제2항 및 제4항 제12호 단서의 규정에 의한 기한 내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날(제5항 제1호에 해당하는 경우에는 제6항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 비업무용 부동산으로 본다. 이 경우 제2항 및 제4항 제12호 단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업연도 이전 사업연도의 지급이자 및 영 제30조 제1호의 규정에 의한 유지ㆍ관리비를 손금에 산입하지 아니하는 때에는 다음 각호의 방법에 의하여 계산하여 증가하는 세액 중 하나를 선택하여 동 세액을 제2항 및 제5항 제12호의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부한다.(1997.12.31. 개정)

1. 전사업연도의 각 사업연도 소득ㆍ과세표준 등을 다시 계산함에 따라 산출되는 결정세액에서 전사업연도의 결정세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)

2. 전사업연도의 과세표준금액과 손금에 산입되지 아니하는 지급이자 등을 합한 금액에 법 제22조의 규정에 의한 세율(공공법인의 경우에는 조세감면규제법 제59조의 규정에 의한 세율)을 적용하여 산출한 세액에서 전사업연도의 산출세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)

○ 조세감면규제법 제40조의3(법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제)

① 대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다(단서 생략)

1. 1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것(단서 생략)

2. 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구에 재무구조개선계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다)을 얻을 것

3. 부동산 양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환적립금으로 적립할 것. (제②~⑦항 생략)

○ 구조세감면규제법 시행령 제37조의 3(법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제)

① 법 제40조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 부동산의 양도일까지 계속하여 5년 이상 사업을 영위한 내국법인(제4항의 규정에 의한 자구금융기관을 제외한다)을 말한다(단서 생략) (제②~⑤항 생략)

⑥ 법 제40조의 3 제1랑 단서 및 동항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사업용부동산”이라 함은 당해 법인 또는 자구금융기관의 사업에 사용되는 부동산으로서 법인세법시행령 제43조 의 2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 해당하지 아니하는 것을 말한다.(이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

○ 토지취득 후 실제 건물 착공시기에 대한 판단 전시 법령에 의하면 청구법인이 쟁점 토지를 공장용지 구입하고 3년에 업무에 사용하지 않은 경우에는 비업무용 부동산으로 보도록 규정(법인세법 시행규칙 제18조 제2항 단서)되어 있으며, 토지를 취득하여 업무에 사용하기 위하여 건설에 착공한 때에는 착공일에 업무용으로 사용한 것으로 보는 것이며, 그 착공일이 불분명할 때는 착공신고서를 제출한 날을 착공일로 보도록 규정(법인세법시행규칙 제18조 제7항)되어 있는 바, 청구법인이 쟁점 토지를 1993. 4.17.에 매입한 사실은 다툼이 없으나, 청구법인은 쟁점 토지를 위와 같이 취득하여 3년 이내인 1995. 5.15.에 건축허가를 득하여 착공을 하였다고 주장하고, 처분청은 토지 취득 후 3년이 경과된 후인 1997. 8.28.에 착공하였으므로 비업무용 판정 유예기간 이내에 업무에 사용하지 않았으므로 비업무용 토지에 해당된다고 주장하고 있다. 살피건대, 청구법인이 쟁점 토지를 1993. 4.17.에 취득하여 건물을 착공한 경위를 보면 청구 외 ◯◯종합건설을 시공자로 하고 청구 외 ○○건축사사무소를 감리자로 하여 1995. 5.15.에 건축허가를 받은 사실이 있으나, 1997. 7월에 청구 외 (주)○○을 시공자로 하여 다시 건축허가를 신청, 동년 8월 17일에 다시 허가를 받은 사실과 1998. 1.24.에 준공된 사실을 알 수 있으며, 시공자인 (주)○○에 대하여 청구법인이 확인하여 준 건설공사실적증명서에 의하면 1997. 8. 28.에 착공한 것으로 기록된 사실이 확인되고, 청구법인의 결산서상 연도별 건설가계정에 의하더라도 1995사업연도 건설가계정 잔액이 343,463,954원이고 1996년도 말에는 모두 소모품비 및 금형으로 대체되어 잔액이 없는 것 등으로 보아 1995년도에 허가를 받은 사실에 대해서는 실제 착공을 하지 않은 것으로 보이는 바, 설사 1995년도 허가서에 의하여 공사에 착공하였다고 하더라도 착공신고서 제출일이 1996. 5. 8.인 것으로 확인되는 바, 이때는 이미 토지 취득일로부터 3년이 경과된 이후이므로 토지 취득일로부터 비업무용 토지에 해당되지 않을 수 없다 할 것이다. 또한 청구법인은 쟁점토지에 공장을 신축하였으나 자금난을 이유로 업무용에 사용하지 아니하고 곧바로 양도하였으므로 전시 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제12호 의 규정에 의한 부동산매매업을 주업으로 하지 않는 법인의 매매용 부동산으로서 토지와 건물이 모두 비업무용부동산에 해당된다 할 것이다.

○ 특별부가세 감면배제 사유에 대하여 전시 법령의 취지를 종합하여 보면 부동산을 양도할 때까지 5년 이상 계속하여 사업을 영위하는 법인이 1997. 6.30. 이전에 취득한 사업용부동산을 재무구조개선계획에 따라 1999.12.31. 이전에 부동산을 양도하는 경우에 특별부가세를 감면하며, 이때 비업무용부동산은 해당되지 아니한다고 규정되어 있는 바, 이 사건의 쟁점 부동산은 전시 쟁점 1에서 살펴본 바와 같이 매매용부동산으로서 비업무용부동산에 해당될 뿐만 아니라, 부동산의 준공 취득일이 1998. 1.24.로서 1997. 6.30. 이전에 취득한 부동산이 아니므로 감면조건에 해당되지 않는다 할 것이므로 법인세 추징한 당초 결정은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 (기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.