사실과 다른 매입세금계산서인지 여부

본 이의신청은 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 이를 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재 하는 부동산 임대업을 주업으로 하는 법인으로서 1997.11.17. 자본금 200,000,000원으로 설립등기하고 1999. 9. 8. 사업자등록 한 후 1999.11.10. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 930.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)지상에 건축허가를 득 한 후 1999.12.15.부터 ○○종합건설과 공사도급계약을 체결하고 공사를 하던 중 2000.12.18. 시공회사 부도로 공사가 중단되었다가 2001. 2. 7.부터는 ○○건설(주)가 도급계약 체결하고 현재까지 공사가 진행 중인 이 건에 대하여 처분청이 2000.2기부터 조사시점인 2000. 2기까지 개업일 이후 수취한 매입세금계산서 전부를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 2001. 5.14.자 부가가치세 1999. 2기 136,980,740원, 2000. 1기 133,292,210원, 2000. 2기 예정 76,132,010원, 합계 346,404,960원을 부과처분하고 2000. 2기 확정 환급신청금액 130,323,819원을 환급 거부하자 이에 불복하였다.

• 가. 청구법인의 실체 및 자금능력 여부 청구법인은 자본금 200,000,000원으로 부동산임대 등을 목적사업으로 법인설립을 하고 사업자 등록하였으며 1998. 1. 5.자로 주주임원소유 쟁점토지매수권의 권리의무 일부를 승계 받아 1999.11.10.자 ○○구청으로부터 청구법인 명의로 건축허가를 받고 1999.12.15.자 청구법인과 ○○종합건설이 직접 공사도급계약을 체결한 바 있으며, 처분청은 청구법인을 자금여력이 없는 명의상의 법인으로 보았으나 토지대금일부와 공사대금을 ○○대학에서 차입하여 지급하였을 뿐 토지 계약금 등1,415,050, 000원은 청구법인 주주 임원 8인이 지급한 것을 승계 한 것이고, 제부대비용 343, 071,400원, 급료 등 일반관리비 22,839,250원, 등록세 81,864,800원은 청구법인이 직접 지급하였는바, 청구법인이 적법한 절차에 의하여 법인설립 및 사업자등록신청을 하고 직접건축허가 및 공사도급계약체결 하여 공사가 진행중인데 토지대금 일부 및 공사대금을 차입하였다 하여 자금여력이 없는 것으로 보아 실지 사업자가 아니라는 처분청의 판단은 부당하다는 주장이다.
• 나. 토지취득의 정당성 쟁점토지는 1997. 2.26. ○○시와 2,275,000,000원에 매매계약 체결하고 대금지급은 청구법인이 계약금 및 중도금 1,365,000,000원(60%)을 지급하고, 1999. 4.30. 잔금 910,000,000원(40%)을 ○○대학이 지급한 후, 2001. 4.23. 위 지분대로 소유권 이전등기를 하였으며, 쟁점토지의 청구법인지분의 취득자금은 주주임원의 장기차입금으로 계상되어 있어 토지취득은 정당하다는 주장이다.
• 다. 건물신축에 따른 제 사실관계 1999.11.10. 청구법인 명의로 쟁점토지에 지하3층 지상14층의 건축허가를 득한 후 ○○종합건설과 도급금액 10,725,000,000원에 공사도급계약을 직접체결 하여 공사가 진행 중 2000.12.18. 시공회사 부도로 공사가 중단되고 2001. 2. 7. ○○건설(주)와 추가공사 5,500,000,000원에 대한 도급계약을 체결하여 진행 중이며, 이 기간 동안 지급한 공사대금 3,600,000,000원을 ○○대학에서 차입하여 지급한 이 건에 대하여 처분청은 ○○대학의 결산서 상 대여금이 없고 시설비를 ○○대학이 시공회사에 직접 지출되었다 하여 청구법인의 장부상 차입금을 인정하지 아니하였으나 이는 ○○대학이 사립학교법 상 교비를 대여할 수 없는 규정 때문에 계정과목을 대여금으로 사용 할 수 없어서 변칙적인 회계처리를 하였을 뿐 사실상 대여금이 정당하며 그 이유로는 시공회사에 공사비로 지급된 수표에 청구법인이 배서하여 지급한 사실이 확인되고, ○○대학의 차입금 중 1,310,000,000원을 2001. 2월 ~ 3월 중 변제한 사실을 보더라도 청구법인이 차입금으로 계상 한 것은 정당하므로 청구법인을 실지 사업자로 보지 않고 ○○대학을 실지 사업자로 보아 청구법인이 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 한 당초처분은 부당하다는 주장이다.

청구법인의 대표 조○○과 주주는 ○○대학 대학장 정○○의 처와 그 자녀들로서 청구법인과 ○○대학은 특수관계에 해당하고, ○○대학이 쟁점토지 지상에 신축중인 공사대금 등 지급내용을 확인한바 교비 지출결의서 상 시설비 및 건물 유지비 계정과목에서 4,610,000,000원이 시공자 ○○건설에 직접 지출되었으나 청구법인은 장부상 장기차입금 계정에서 ○○대학으로부터 4,510,000,000원을 차입하여 ○○건설에 공사비를 지출한 것으로 기장하고 있어 서로 다른 회계처리를 하고 있는바, 사립학교법 제29조 제6항 에서 “교비 회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여 할 수 없다”라고 규정하고 있어 교비는 대여가 불가능하고 1999년도 ○○대학 장부 및 결산서에 청구법인에 교비를 대여한 사실 없으며 공사대금 전부를 ○○대학이 시공회사인 ○○건설에 직접 지급하였으므로 신축중인 건물의 사실상 소유주는 ○○대학으로 판단한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 공사대금을 특수관계있는 다른 법인이 지급하였으므로 청구법인이 실지사업자로 아니라 하여 수취한 매입세금계산서 전부를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격 없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체를 포함한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12.22. 신설) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994.12.22. 개정)

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액 3의 2. 접대비 및 미와 유사한 비용으로서 대통령령이 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액 (1980.12.13. 신설)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (1993.12.31. 개정)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. (1999.12.28. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단 살피건대, 쟁점토지는 1997. 2.26. ○○시와 2,275,000,000원에 매매계약 체결하고 토지대금은 청구법인이 1,365,000,000원(60%을 납입하고, 학교법인 ○○학원(○○대학)이 910,000,000(40%)원을 납입한 후 2001. 4.23. 청구법인 지분 6/10, 학교법인 ○○학원 지분 4/10로 소유권이전등기를 하였으며, 쟁점토지 지상의 건물신축과정을 살펴보면 1999.11.10. 청구법인이 학교법인 ○○학원 지분 4/10의 사용승낙을 받아 지하3층 지상14층 연면적 9,203.26㎡로 건축허가를 받고, 1999.12.15. 청구법인과 ○○종합건설이 도급금액 10,725,000,000원에 직접 공사도급계약 체결하고 공사를 하던 중 2000.12.18. 시공회사 부도로 공사가 중단된 후 2001. 2. 7. ○○건설(주)와 잔여공사 도급계약(도급금액 5,500,000,000원)을 체결하여 현재까지 공사가 진행 중이며, 공사대금 지급내용을 살펴보면 1999.12.18. 공사도급 계약금 900,000,000원을 ○○종합건설에 지급하고 그 후 2000. 4.22.부터 2000.10.25.까지 기성청구에 따라 2,700,000,000원을 ○○종합건설에 지급하였으며, 그 자금원은 청구법인의 장부상 장기차입금계정에 ○○대학에서 차입하여 지급한 것으로 되어 있으나, ○○대학의 지출결의서에서 시설비지출로 회계처리 한 것으로 볼 때 ○○대학에서 지급한 사실이 확인되고, 그 후 2001. 4.27. ○○건설(주)에 공사대금 400,000,000원, 2001. 6.29. 2,300,000,000원 합계 2,700,000,000원을 지급하였으며, 그 자금원은 금융기관에서 대출받은 1,500,000,000원 및 분양금 일부로 지급한 사실이 확인된다. 심리컨대, 청구법인의 대표 조○○과 주주는 ○○대학교 대학장 정○○의 처와 그 자녀들로서 청구법인과 ○○대학교는 특수관계에 해당하고, 토지지분 4/10에 해당하는 대금 910,000,000원을 ○○대학교가 지급하고 잔액 1,365,000,000원은 주주들이 지급한 후 청구법인의 장기차입금으로 계상 하였으며, 공사초기 공사대금 대부분(36억원)을 ○○대학교가 지급한 점으로 보아 청구법인은 자금여력이 없는 것으로 보이고,

○○대학교 장부상 지출된 공사대금이 시설비로 지출되어 있으며 이 금액이 청구법인의 장부상 장기차입금으로 계상 되어 있으나, 사립학교법상 교비는 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없도록 규정하고 있어 청구법인에 대여하였다고 볼 수 없는바, 청구법인은 사업능력이 없는 것으로 판단되므로 실지 공사대금을 지급한 ○○대학교를 실지사업자로 보아야 할 것이며, 실지 사업자가 아닌 청구법인이 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 당초처분은 정당 한 것으로 판단된다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 (기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.