부동산 취득시 은행차입금에 대한 지급이자를 자본적지출로 볼 수 있는지 여부

본 이의신청은 이를 기각합니다.

청구법인 사회복지법인 성○○은 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○가 산 ○○번지 임야 9,157㎡, 같은 동 산 ○○번지 임야 1,935.5㎡, 같은 동 산○○번지 임야 361.5㎡ (이상 합계 11,454㎡, 이하 ‘쟁점 토지’라 함)를 1993년 6월에 정신요양원 건립용 부지로 사용할 목적으로 경락에 의하여 취득하였다가 장기간의 법적 분쟁으로 인하여 착공을 포기하고 1999. 6. 17.자로 양도한 사실에 대하여 2000.12. 7.자로 1999사업년도분 법인세 102,403,320원과 특별부가세 72,478,030원 합계 174,881, 356원 부과처분하자 이에 불복하였다.

첫째, 청구법인은 쟁점 토지를 양도한 이후에 수익사업을 개시하였으므로 법인세법 제103조 규정에 의한 비영리법인의 특례규정을 적용하여 과세하여야 하고(쟁점 1), 둘째로 쟁점 토지 취득시 자본적지출(취득에 소요된 은행차입금에 대한 이자비용)을 취득원가에 가산하여 하므로 이을 인정하여 달라(쟁점 2)고 주장한다.

• 가. 쟁점 1에 대하여 비영리 법인의 양도소득에 대한 특례규정의 적용은 부동산 양도일이 속하는 사업연도를 기준으로 적용하는 것이므로 청구주장을 인정할 수 없고,
• 나. 쟁점 2에 대하여 당초 과세자료 처리시 청구인이 증빙서류를 제시하지 아니하였으므로 이를 검토할 수 없었으므로 당초 결정은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 사건 다툼은 비영리법인에 대한 부동산 양도소득 특례 규정을 적용할 수 있는 지의 여부와 부동산 취득시 은행차입금에 대한 지급이자를 자본적지출로 볼 수 있는 지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 법인세법 제103조 (비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례) 제2항에 의하면 “과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산 등 양도소득에 대하여는 제99조(과세표준) 및 제101조(세율)의 규정에 불구하고 소득세법 제92조 (양도소득세 과세표준의 계산)의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조(비영리 내국법인의 자산 양도차익의 예정신고 등) 제1항의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다.”고 규정하고 있으며, 동법 시행령 제145조(비영리내국법인의 양도소득에 대한 특례) 제2항에 의하면 “법 제103조의 규정에 의한 부동산 등 양도소득에 대한 특례는 제1항의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다.”고 규정하고 있다. 한편, 법인의 특별부가세 과세표준의 계산에 대하여 법인세법 제99조 (과세표준) 제2항과 제3항 및 제140조(특별부가세의 과세표준 계산) 제2항에 의하면 “토지 등의 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 양도하기 위하여 직접 지출한 비용을 공제한 금액”으로 하며, 동법 시행령 제72조 제1항 1호와 제2항 1호에 의하면 “법인에 있어서 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세․등록세․기타 부대비용을 가산한 금액과 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 포함한 금액으로 한다.”고 규정하고 있다. 또한 동법 시행령 제52조(건설자금에 충당한 차입금의 이자의 범위) 제5항에 건설자금의 명목으로 차입한 것으로서 그 건설 등이 준공된 후에 남은 차입금에 대한 이자는 각 사업연도의 손금으로 하며, 준공일은 당해 건설 등의 목적물이 전부 준공된 날로 한다고 규정하고 있으며, 제6항에는 제5항에서 준공된 날이라고 함은 토지를 매입하는 경우에는 그 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

○ 쟁점1에 대하여 청구법인이 쟁점 부동산을 양도한 시기는 1999. 6. 17.이고 수익사업을 개시한 시기는 1999. 8. 6.인 사실에는 다툼이 없으나, 전시 법령에 의거 비영리법인이 양도소득에 대하여 소득세법을 준용할 수 있는 특례규정은 각 사업연도 단위별로 적용한다고 규정하고 있어 동일 사업연도인 1999년도에 부동산 양도와 수익사업이 있었으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

○ 쟁점2에 대하여 청구법인은 1957.10. 1.부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 정신요양원을 운영하여 왔으며, 동 요양시설이 ○○시 ○○항 배후도로 부지에 편입됨에 따라 시설을 이전할 목적으로 1993.10.21. ○○직할시 사회 00000-0000호로 기본재산취득허가를 받아 쟁점 토지를 경락에 의하여 취득하였으나, 종전 소유자의 명도거부 등으로 수년간 법정분쟁에 휘말리게 되어 시설이전이 어렵게 되자 부득이 양도하게 되었다. 한편 처분청은 청구법인이 쟁점 부동산을 양도한 후 별도의 수익사업이 없었다는 이유로 법인세 및 특별부가세 신고가 누락된 사실을 확인하고 실지거래가액을 조사하여 법인세 및 특별부가세를 과세하게 되었으며, 이에 대하여 처분청의 당초 결정결의서에 의하면 취득가액을 경락가액 836,920, 000원과 등록세 등 부대비용 20,435,560원 종전건물의 철거비용 52,220,000원 등 909,575,560원으로 결정하고 필요경비 750,000원을 인정하여 양도차익을 339, 674,440원으로 결정한 사실을 알 수 있다. 청구법인은 세법에 전문지식이 없는 관계로 당초 조사시 이자비용은 취득가액으로 인정이 되지 않은 것으로 오해하여 전혀 제시하지 않음으로써 인정받지 못하였으므로 추가로 인정하여 달라고 주장하는 바, 살피건대, 청구법인이 쟁점 부동산을 취득할 때 감독관청의 허가서류인 ○○직할시 사회 00000-0000(93.10.21.)호 사회복지법인 기본재산 처분허가 (여기서 ‘처분허가’라 함은 취득 및 담보제공을 의미함)기록에 의하면 쟁점 부동산 취득과 관련하여 (주)○○상호신용금고로부터 700,000,000원을 차입하고 담보를 제공하도록 허가한 사실을 알 수 있으며, 청구법인의 장부 및 지출결의서 등에 의하여 차입금으로 1993.10.22.자로 대출받은 즉시 취득시 경락대금의 잔금을 지급하였고, 1994. 10.28.자로 ○○구청으로부터 전시 ○○항 배후도로 편입 보상금을 수령하여 지급한 사실을 알 수 있는 바, 토지취득에 대한 건설자금의 이자는 전시 근거법령의 취지에 따라 토지 취득시 계약금 지급시부터 잔금 지급시까지의 기간에 대하여 계산하는 것이고 잔금을 지급한 이후에 발생되는 이자는 각 사업연도의 손금으로 보는 것이므로 1999사업연도의 법인세 계산시 토지의 장부가액이나 특별부가세 계산 시 취득가액으로 인정할 수 없다 할 것이다.

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 (기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.