창업중소기업세액감면해당여부

부 산 지 방 법 원 제 1 행 정 부 판 결 사 건 2025구합20433 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 AA 피 고 SS세무서장 변 론 종 결 2025. 11. 27. 판 결 선 고 2026. 1. 15.

1. 이 사건 소 중 각 농어촌특별세 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다. 2. 제1항의 소 각하 부분을 제외한 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다. 3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 11. 2. 원고에 대하여 한 ① 2019년 귀속 법인세(가산세 포함) 16,747,857원의 부과처분, ② 2020년 귀속 법인세(가산세 포함) 260,913,573원의 부과처분2), ③ 2019년 귀속 농어촌특별세 4,393,800원의 부과처분 가운데 2,458,839원을 초과하는 부분 및 ④ 피고가 2023. 11. 15. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 농어촌특별세 15,681,242원의 부과처분 가운데 5,905,695원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

• 가. 원고의 대표이사 BB은 2015. 12. 14. 서울 ○○구 ○○로 00을 사업장소재지로 하여 ‘CC’(이하 ‘이 사건 사업체’라고 함)라는 상호로 건설업(종목: 주택신축판매) 사업자등록을 하였고, 2018. 6. 30. 이 사건 사업체에 대한 폐업을 등록하였다.
• 나. BB은 2017. 12. 8. 주택건축공사업, 주거용임대업, 주거용건물 개발 및 공급업 등을 목적으로 하는 주식회사인 원고를 설립하였다. 원고는 2017. 12. 13. 건설업(종목:건축공사업)을 주업종으로 하여 사업자등록을 하였다. BB은 원고 발행주식 100%를 보유한 주주이다.
• 다. 원고는 2018~2022년 법인세 및 농어촌특별세를 신고·납부하면서, 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제6조 제1항에 따라 창업중소기업에 대한 감면(이하 ‘이 사건 감면’이라 함)을 적용하여 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 것으로 하여 세액을 산정하였다.
• 라. 피고는 2023. 7. 12. 원고에 이 사건 감면 대상에 해당하는지에 관한 확인을 요구하였고, 이에 대한 원고의 소명에도 불구하고 2023. 9. 6. 원고가 이 사건 감면의 적용 대상이 아님을 전제로 2018, 2019, 2020, 2022년 귀속 법인세에 관하여 추가세액과 가산금을 부과할 것임을 예고하였다. 원고는 2023. 9. 27. 피고에 과세전적부심사를 신청하였으나, 피고는 2023. 10. 25. 원고에 이를 채택하지 않는다고 통지하였다.
• 마. 피고는 2023. 11. 2. 원고에 아래와 같이 이 사건 감면 적용 배제를 전제로 2018, 2019, 2020, 2022년 귀속 법인세 및 가산세 합계 527,162,433원을 경정·고지(이하에서 통틀어서 ‘종전 각 과세처분’이라 함)하고, 2022년 귀속 농어촌특별세 8,553,300원을 부과하였다.
• 바. 원고는 설령 원고가 이 사건 감면의 적용 대상이 아니라 하더라도 조세특례제한법 제7조, 제29조의7, 제30조의4 등에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면, 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제, 중소기업 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제 등의 적용 대상에는 해당함을 전제로, 2023. 11. 10. 피고에 아래와 같이 종전 각 과세처분에 따른 각 세액에 관한 감액경정(2020년 귀속 법인세에 관한 가산세에 대해서는 증액경정)을 청구하였다(이하에서 통틀어서 ‘이 사건 각 경정청구’라고 함).
• 사. 피고는 이 사건 각 경정청구를 받아들여 원고에 그에 따른 환급세액 상당을 각 환급하였다(종전 각 과세처분 중 위 각 감액경정에 따라 감액되어 남은 부분을 이하에서 통틀어서 ‘이 사건 각 과세처분’이라 함). 이 사건 각 과세처분의 본세 및 가산세 내역은 아래와 같다.
• 아. 원고는 이 사건 각 경정청구 당시 아래와 같이 법인세 감면세액에 따른 농어촌특별세를 각 신고하였고, 2024. 1. 23. 이를 각 납부하였다.
• 자. 원고는 이 사건 각 과세처분에 불복하여 2024. 1. 20. 조세심판원에 그 취소를 구하는 재결을 청구하였으나, 조세심판원은 2024. 12. 19. 이를 기각하는 재결을 하였다.
• 차. 이 사건 관련 법령은 [별지] 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증, 갑제7호증, 갑제8호증, 갑제11호증 내지 갑제15호증, 갑제21호증 내지 갑제23호증, 을제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지

피고는 이 사건 사업체가 2017. 4. 23. 이후 매출이 없어 실질적으로 폐업한 것이어서, BB이 2017. 12. 8. 원고를 설립한 것은 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제3호 (현행 조세특례제한법 제6조 제10항 제3호)이 정한 ‘폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우’에 해당하여 이를 창업으로 볼 수 없고, 따라서 원고에 이 사건 감면이 적용될 수 없음을 이유로 이 사건 각 과세처분을 하였다. 그러나 이 사건 사업체의 영업 방식에 의하여 건물 분양 단계에서만 매출이 발생하였을 뿐, BB은 2017. 4. 23. 이후로 2017. 10.경에는 서울 강서구 가양동 토지와 관련하여, 2018. 3.경에는 인천 남동구 간석동 토지와 관련하여 소규모 주택 건설 사업을 위하여 토지 매매계약을 체결하여 가계약금을 지급하였고, 직원들에게 급여를 지급하는 등 계속하여 이 사건 사업체의 운영을 계속하였다. 원고가 설립된 뒤 발생한 매출 정도와 이에 따른 원재료의 매입 및 하도급 비용의 지급과 고용 창출 등을 보아도, 이것들의 규모가 이 사건 사업체에 비하여 현저히 커, 원고의 설립은 창업에 해당한다고 보아야 한다. 피고는 이 사건 사업체와 원고의 공사 현장이 인접하였고, 원재료 매입처와 고용한 일용근로자가 겹쳤다는 점 등을 이 사건 각 과세처분의 근거로 들었으나, 이는 원고가 수행한 전체 공사 현장과 매입처 및 근로자 등에 비추어 극히 일부에 불과하다. 따라서 이 사건 각 과세처분은 그 처분사유가 인정될 수 없어 위법하므로 모두 취소되어야 한다. 설령 원고에 이 사건 감면이 적용될 수 없다고 하더라도, 원고는 법인세를 신고·납부하면서 회계법인을 통하여 과세관청에 이 사건 감면 적용 여부에 관하여 질의하는 등 필요한 조치를 다하였다. 그렇다면 원고가 당초 이 사건 감면이 적용됨을 전제로 법인세를 신고·납부한 데에 정당한 사유가 인정된다고 할 것이므로, 이 사건 각 과세처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 이 사건 소 중 각 농어촌특별세 부과처분의 취소 청구 부분의 적법 여부 직권 판단(청구취지 ③, ④ 부분) 원고는 피고가 원고에 대하여 2023. 11. 2. 2019년 귀속 농어촌특별세 4,393,800원 및 2023. 11. 15. 2022년 귀속 농어촌특별세 15,681,242원을 각 부과하였음을 전제로 위 각 과세처분 중 정당세액, 즉 원고에 이 사건 감면이 적용되어 법인세 감면이 이루어지는 경우 원고가 납부하여야 할 정당한 농어촌특별세액을 각 초과하는 부분의 취소를 구한다. 그런데 앞서 본 바와 같이, 피고는 농어촌특별세법 제7조 제1항 에 따라 2023. 11. 2. 원고에 2022년 귀속 농어촌특별세 8,553,300원을 부과하였고, 원고는 2023. 11. 10. 피고에 이 사건 각 경정청구를 하면서 법인세 감면세액에 따른 농어촌특별세를 각 신고하고, 2024. 1. 23. 이를 각 납부하였다. 그 밖에 피고가 농어촌특별세법 제8조 에 따라 2023. 11. 2. 및 2023. 11. 15. 원고에 2019년 및 2022년 귀속 각 농어촌특별세를 부과하였다고 볼 아무런 근거가 없다. 결국 이 사건 소 중 위 각 부과처분의 취소를 구하는 부분은 존재하지 않는 처분을 대상으로 한 것으로서 모두 부적법하다.

4. 이 사건 각 과세처분의 적법 여부 판단(청구취지 ①, ② 부분)

• 가. 이 사건 감면의 입법취지 구 조세특례제한법 제6조 는 제1항에서 창업중소기업에 대한 소득세 또는 법인세의 감면에 관하여 규정하면서 제6항 제4호에서 ‘폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우’를 창업의 범위에서 제외하고 있는데, 그 취지는 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업창출의 효과가 있는 경우에만 소득세 또는 법인세의 감면혜택을 주려는 데 있다고 봄이 상당하다(대법원 2014. 3. 27. 선고 2011두11549 판결 등 참조).
• 나. 이 사건 각 과세처분 중 법인세 부분에 관하여 앞서 든 증거들, 갑제2호증 갑제3호증, 갑제5호증, 갑제6호증, 갑제9호증, 갑제10호증, 갑제18호증 내지 갑제20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 이 사건 감면 규정의 위와 같은 취지에 비추어 종합하면, BB이 원고를 설립한 것은 이 사건 사업체 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우에 해당한다고 판단된다. 결국 원고의 설립은 이 사건 감면의 적용 요건인 창업에 해당한다고 보기 어렵고, 이를 전제로 한 이 사건 각 과세처분은 적법하다고 판단된다. 원고의 주장은 이에 반하는 것으로서 받아들일 수 없다.

(1) 구 조세특례제한법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것) 제5조에 따라, 구 조세특례제한법 제6조 제6항 을 적용할 때 같은 종류의 사업의 분류는 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 작성·고시하는 표준분류(이하 "한국표준산업분류"라 함)에 따른 세분류를 따른다. 그런데 이 사건 사업체와 원고가 각 영위한 사업은 한국표준산업분류상 세분류상 ‘주거용 건물 건설업’으로서 동일하다.

(2) BB은 이 사건 사업체의 사업으로서 서울 중랑구 면목동에서 ‘CC’라는 이름의 공동주택(이하 ‘이 사건 공동주택’이라 함)을 건축하여 이를 분양하였다. 이 사건 사업체의 2017년 매출은 이 사건 공동주택의 분양으로써 2017. 3. 2., 2017. 3. 29. 및 2017. 4. 23. 각 230,000,000원씩 발생하였고, 2017. 4. 23. 이후로는 매출이 발생한 바 없다. 이 사건 사업체의 2017. 12. 31. 기준 당기순이익은 위 3건의 매출액 합계 690,000,000원에서 매출원가와 판매비·관리비, 영업 외 비용(이자비용) 등을 공제한 나머지인 1,925,580원에 그쳤다. 또한 이 사건 사업체의 2017. 12. 31. 기준 자산은 현금 512,217원에 그쳤다. 이러한 점들에 비추어, 이 사건 사업체는 2017. 4. 23. 이후로 더 이상 영업이 이루어지지 않았던 것으로 보인다.

(3) 원고가 2017. 10. 31. 서울 ○○구 ○○동 00 공장용지 1,095㎡ 중 합계 2,502분의 50 공유지분에 관하여 매매대금 합계 195,290,000원의 매매계약을 각 체결하였고, 위 토지를 포함한 4필지 지상에 오피스텔을 건축하기 위한 계획안과 도면이 작성되었다. 그리고 원고가 2018. 3. 6. 인천 남동구 간석동 000 대 206㎡ 및 그 지상 단독주택에 관하여 매매대금 510,000,000원의 매매계약을 체결하고, 같은 날 그 매도인에게 위 매매계약을 위한 가계약금 명목으로 1,000,000원을 지급하였으며, 위 토지를 포함한 2필지 지상에 공동주택을 건축하기 위한 계획안과 도면이 작성되기도 하였다. 그러나 원고가 그 뒤 위 각 매매계약을 이행하였거나, 위 오피스텔 혹은 공동주택 건축을 위하여 비용을 지출하는 등 구체적으로 위 각 사업을 진행하였다고 볼 만한 추가적인 사정이 발견되지 않는다. 그러한 이상, 위와 같은 점들만으로 원고가 2017. 4. 23. 이후에도 계속하여 이 사건 사업체의 사업을 영위하였다고 보기는 어렵다.

(4) 원고는 설립된 뒤 이 사건 사업체의 사업장소재지 인근인 서울 ○○구 ○○동 00 및 00 지상에서 이 사건 사업체 이름인 ‘CC’와 유사한 ‘CD’이라는 이름의 공동주택 건축공사를 하면서 매출이 발생하였다. 그 뒤 원고가 부산 ○○구 ○○동, 부산 ○○구 ○○동, 부산 ○○구 ○○동, 부산 ○○구 ○○동, 부산 ○○구 ○○동, 부산 ○○구 ○○동 등지에서 공동주택 혹은 오피스텔 등의 건축사업을 영위한 것으로 보이기는 한다. 그러나 원고가 적어도 사업을 개시할 당시에는 앞서 본 바와 같이 이 사건 사업체와 사업 내용상 유사성 외에도 지역적 유사성 역시 가지고 있었던 것으로 판단된다. 같은 맥락에서, 원고가 사업을 개시한 초기에는 이 사건 사업체와 같은 거래처들로부터 건설 자재를 매입하였고, 그 뒤 부산 일대로 사업 범위를 확대하면서 매입처 역시 다변화되었던 것으로 보인다. 원고가 사업의 지역 범위를 옮기거나 넓히고, 공동주택 외 오피스텔 건축 등 사업의 내용과 건설 자재 매입 등을 위한 거래처를 다변화하였으며, 고용 인력을 확대하였다는 등의 사정은 원고가 설립되어 사업을 개시한 뒤의 것이다. 즉, 위와 같은 사정들은 BB이 원고를 설립한 것이 이 사건 사업체를 폐업한 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우에 해당하는지 여부를 판단하는 데에 직접적으로 관련된다고 볼 수 없다.

(5) 원고가 2017. 10. 18. DD에게 20,000,000원을 지급하였고, DD은 2017. 5. 19.부터 2017. 12. 1.까지 급여 등 명목으로 합계 22,800,000원을 지급한 것으로 보이기는 한다. 그러나 이 사건 사업체의 영업과 관련하여 원고와 DD의 구체적인 관계를 알기 어려운 데다, DD이 위와 같이 급여 등 명목으로 돈을 지급한 상대방이 원고의 이 사건 사업체 운영과 관련된 사람인지 여부도 알기 어렵다.

• 다. 이 사건 각 과세처분 중 가산세 부분에 관하여

(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없으나, 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다 할 것이다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2001두7886 판결).

(2) 갑제19호증의 기재에 의하면, 원고를 대리한 회계법인이 2016. 12.경 및 2017. 1.경 국세청에 원고의 설립에 따른 이 사건 감면 적용 여부에 관하여 질의하였던 사실이 인정된다. 그러나 위 각 질의에 관한 답변은 구 조세특례제한법 제6조 제1항 에 해당하고 같은 조 제6항에 따라 창업에서 제외되는 경우에 해당하지 않는다면 이 사건 감면의 적용이 가능하다는 취지에 그친다. 위 각 답변이 이 사건 사업체의 구체적인 영업 내용과 원고 설립 당시의 상황, 원고의 설립 후 사업의 내용 등에 관한 구체적인 사실관계를 전제로 한 과세관청의 구체적인 견해라고 볼 수는 없다. 나아가 이 사건 감면의 적용 요건이나 구 조세특례제한법 제6조 제6항 의 해석 등에 관하여 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있다고 보이지도 않는다. 이러한 점들에 비추어, 원고가 당초 법인세 신고·납부 당시 이 사건 감면이 적용될 수 없다는 점에 관하여 알지 못한 데 대하여 정당한 사유가 인정될 수는 없다고 판단된다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장 또한 받아들일 수 없다.

• 라. 소결 이 사건 각 과세처분은 적법하다.

따라서 이 사건 소 중 각 농어촌특별세 부과처분의 취소 청구 부분은 부적법하여 각하하고, 위 각하 부분을 제외한 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 모두 기각하여, 주문과 같이 판결한다.