특수관계인간 저가 임대료 부당행위계산부인 적정 여부

사 건 2024구합24249 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 AA에너지 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 19. 판 결 선 고

2025. 11. 27.

1. 피고가 2023. 3. 30. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세 66,208,050원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문 기재와 같다.

• 가. 원고는 1965. 12. 20. 설립되어 프로판 가스 가화조정기 및 부수품의 제조 및 판매, 부동산 임대업 등을 영위하는 회사이다. 원고는 1969. 8. 23. BB 동구 CC동 1151-7, 1층에 지점으로서 ‘CC영업소’를 설치한 후 별도의 사업자등록을 하여 부동산 임대업을 영위하고 있다(이하 위 지점을 ‘이 사건 사업장’이라 함). DDD은 1999. 1.20. 원고의 이사로 취임한 후 2021. 11. 1. 대표이사로 취임하였고, DDD의 아들 EEE은 2015. 1. 1. 원고의 사내이사이자 대표이사로 취임하였다.
• 나. 원고는 2006. 2. 25. DDD이 대표이사로 있는 주식회사 FF에너지(이하 ‘FF에너지’라 함)와 이 사건 사업장에 있는 가스충전소(이하 ‘이 사건 가스충전소’라 함)를 FF에너지에 보증금 없이 월 임대료 2,300,000원의 조건으로 임대하는 계약(이하 ‘이사건 임대계약’이라 함)을 체결하였다.
• 다. FF에너지는 2016. 12. 15. GGGG가스 주식회사(이하 ‘GGGG가스’라 함)와 이 사건 가스충전소를 GGGG가스에 보증금 1,000,000,000원, 월 임대료 20,000,000원에 전대하는 계약(이하 ‘이 사건 전대계약’이라 함)을 체결하였다.
• 라. GGGG가스는 2016. 12. 15. 사단법인 BB광역시 RRRR운송사업조합(이하 ‘RRRR조합’이라 함)과 이 사건 가스충전소를 RRRR조합에 보증금 없이 월 임대료 3,000,000원에 전전대하는 계약(이하 ‘이 사건 전전대계약’이라 함)을 체결하였다.
• 마. KK지방국세청장은 2022. 7. 20.부터 2022. 9. 23.까지 EEE이 대표이사인 주식회사 JJJJJ에 대한 법인통합조사를 실시하였고, 그 결과 원고에 대한 특수관계인간 저가임대에 따른 부당행위계산부인 자료를 파생하여 피고에게 통보하였다.
• 바. 피고는 원고에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 사건 전대계약에 따 른 임대료와 이 사건 전전대계약에 따른 임대료 차액 212,400,000원을 익금산입하여

2023. 3. 30. 원고에게 2017 사업연도 법인세 66,208,050원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 함).

• 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2024.

9. 10. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고의 주장 이 사건 전대계약상 전대조건은 GGGG가스가 이 사건 가스충전소에 대한 치열한 유치 경쟁이라는 특수한 상황에 놓여 있었던 사정에 따라 정해진 것으로서 이 사건 임대계약의 시가로 볼 수 없고, 이 사건 전전대계약의 조건인 월 임대료 3,000,000원을 시가로 보아야 한다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 관련 법리 (가) 법인세법 제52조 에서 정한 부당행위계산부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 참조). (나) 부당행위계산의 부인에 관하여 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 2018. 7. 26. 선고 2016두40375 판결 참조).

(2) 구체적 판단 살피건대, 앞서 든 증거 및 갑제6호증, 을제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 이 사건 전대계약상의 전대 조건을 이 사건 임대계약에 대한 시가로 보아 원고에 대하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하므로, 이 사건 처분은 취소하여야 한다. (가) ① DDD은 FF에너지의 대표이사이자 FF에너지 발행 주식 지분 45%를 보유한 최대주주이고, 원고 발행 주식 지분 45%를 보유하고 있으므로, FF에너지는 부가가치세법 제29조 제4항, 같은 법 시행령 제26조 제1항, 법인세법 시행령 제2조 제8항 에 따라 원고의 특수관계인이다. ② 원고와 FF에너지 사이의 이 사건 임대계약의 체결일이 2006. 2. 25.임은 앞서 본 바와 같고, 위 임대계약은 임대기간에 관하여 제4조에서 ‘전(월)세 기한은 임차인에게 부동산을 명도한 날로부터 특약 기간까지로 한다’, 특약으로서 ‘무허가 사무실과 화장실로 인해서 행정관서로부터 영업정지 등의 제재가 없는 한 임대인의 신축허가 가능기일까지로 한다’고 정하고 있다. 위 임대계약 체결일 이후 월 임대료 2,300,000원의 조건은 변동이 없었다. ③ GGGG가스는 원고의 사실관계 확인요청에 대하여 2024. 1. 30. 다음과 같이 답변하였다. (나) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 임대계약은 사실상 임대기간을 정하지 않은 것으로 보이고, 이 사건 임대계약에 따른 임대료 월 2,300,000원의 조건은 이 사건 임대계약 체결시로부터 이 사건 전대계약 체결시까지 약 10년의 기간 동안 변동이 없었을 뿐만 아니라, 이 사건 임대계약과 이 사건 전대계약 사이의 임대료 차이가 상당함에도 불구하고 이 사건 전대계약 체결 이후에도 변동이 없었는바, 위와 같은 임대조건은 이 례적인 것으로서 원고와 FF에너지가 특수관계에 있었기 때문에 가능하였던 것으로 보이기는 한다. (다) 그러나 앞서 본 GGGG가스의 답변서 기재에 의하면, 이 사건 전대계약의 조건인 월 임대료 20,000,000원은 이 사건 전전대계약을 통한 GGGG가스의 판매증대 효과와 이 사건 전대계약 및 전전대계약 체결 당시 GGGG가스가 경쟁사들과 경쟁 상황에 놓여 있었던 사정을 고려하여 시가보다 높게 책정되었을 가능성이 있어 보인다. 피고의 주장과 같이 이 사건 전대계약 및 전전대계약 체결 당시 GGGG가스는 RRRR조합에 대한 가스공급 권한을 두고 다른 가스공급업체와 경쟁을 하였던 것이지 이 사건 가스충전소를 두고 다른 가스공급업체와 경쟁을 한 것은 아니었던 것으로 보이기는 하나, 당시 GGGG가스가 RRRR조합에 대하여 가스를 공급하기 위해서는 가스충전소를 우선적으로 확보해 둘 필요가 있었을 것으로 보이므로, 그러한 특수한 사정이 이 사건 전대계약 조건을 정하는 데 반영되었을 가능성을 배제할 수 없다. (라) 그렇다면 이 사건 전대계약의 조건인 월 임대료 20,000,000원은 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행 령’이라 함) 제89조 제1항이 정하고 있는 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격’으로 보기는 어렵다고 보아야 하는바, 피고는 구 법인세법 시행령 제89조 가 정하고 있는 시가를 구체적으로 입증하여 이 사건 임대계약 조건의 부당성 및 원고에 대한 법인세액을 산정하여야 함에도 불구하고 이 사건 전대계약의 존재 사실만 가지고 이 사건 처분으로 나아갔다.

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하여, 주문과 같이 판결한다.