특수관계인 간 저가임대 해당 여부

사 건 2024구합22984 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 ○○ 피 고

□□세무서장 변 론 종 결 2025. 11. 27. 판 결 선 고 2025. 11. 27.

1. 피고가 2024. 1. 3. 원고에 대하여 한 2019년 제1기 부가가치세 17,315,840원(가산세 포함), 2019년 제2기 부가가치세 16,795,500원(가산세 포함), 2020년 제1기 부가가치세 16,033,250원(가산세 포함), 2020년 제2기 부가가치세 15,529,350원(가산세포함), 2021년 제1기 부가가치세 14,598,300원(가산세 포함), 2021년 제2기 부가가치세 14,079,610원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1965. 12. 20. 설립되어 프로판 가스 가화조정기 및 부수품의 제조 및 판매, 부동산 임대업 등을 영위하는 회사이다. 원고는 1969. 8. 23. ○○시 ○○구 ○○동 **-*, 1층에 지점으로서 ‘○○영업소’를 설치한 후 별도의 사업자등록을 하여 부동산 임대업을 영위하고 있다(이하 위 지점을 ‘이 사건 사업장’이라 함). 성AA은 1999. 1. 20. 원고의 이사로 취임한 후 2021. 11. 1. 대표이사로 취임하였고, 성AA의 아들 성BB은 2015. 1. 1. 원고의 사내이사이자 대표이사로 취임하였다.
• 나. 원고는 2006. 2. 25. 성AA이 대표이사로 있는 주식회사 △△(이하 ‘△△’라 함)와 이 사건 사업장에 있는 가스충전소(이하 ‘이 사건 가스충전소’라 함)를 △△에 보증금 없이 월 임대료 2,300,000원의 조건으로 임대하는 계약(이하 ‘이 사건 임대계약’이라 함)을 체결하였다.
• 다. △△는 2016. 12. 15. ◇◇ 주식회사(이하 ‘◇◇’라 함)와 이 사건 가스충전소를 ◇◇에 보증금 1,000,000,000원, 월 임대료 20,000,000원에 전대하는 계약(이하 ‘이 사건 전대계약’이라 함)을 체결하였다.
• 라. ◇◇는 2016. 12. 15. 사단법인 ○○시 개인택시운송사업조합(이하 ‘개인택시조합’이라 함)과 이 사건 가스충전소를 개인택시조합에 보증금 없이 월 임대료 3,000,000원에 전전대하는 계약(이하 ‘이 사건 전전대계약’이라 함)을 체결하였다.
• 마. ○○지방국세청장은 2022. 7. 20.부터 2022. 9. 23.까지 성BB이 대표이사인 주식회사 ■■에 대한 법인통합조사를 실시하였고, 그 결과 원고에 대한 특수관계인간 저가임대에 따른 부당행위계산부인 자료를 파생하여 ○○시 □□세무서장에게 통보하였다.
• 바. ○○시 □□세무서장은 원고에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세 부과를 고지하고, 피고에게 부가가치세 과세자료를 통보하였다.
• 사. 피고는 이 사건 임대계약을 특수관계인 간 저가임대로 보고 △△가 ◇◇에 전대한 월 임대료 20,000,000원을 시가로 적용하여, 2024. 1. 3. 원고에 대하여 2019년 제1기 부가가치세 17,315,840원(가산세 포함, 이하 같음), 2019년 제2기 부가가치세 16,795,500원, 2020년 제1기 부가가치세 16,033,250원, 2020년 제2기 부가가치세 15,529,350원, 2021년 제1기 부가가치세 14,598,300원, 2021년 제2기 부가가치세 14,079,610원의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 함).
• 아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2024. 5. 16. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제3호증 내지 갑 제6호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고의 주장 이 사건 전대계약상 전대조건은 ◇◇가 이 사건 가스충전소에 대한 치열한 유치 경쟁이라는 특수한 상황에 놓여 있었던 사정에 따라 정해진 것으로서 이 사건 임대계약의 시가로 볼 수 없고, 이 사건 전전대계약의 조건인 월 임대료 3,000,000원을 시가로 보아야 한다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 관련 법리 (가) 사업자가 특수관계에 있는 자에게 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 임대한 경우에 있어서 과세표준이 되는 부동산임대용역의 시가는 사업자와 특수관계 없는 자와의 정상적인 거래에서 형성되는 가격을 기준으로 하여야 하고, 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 부동산의 위치, 주위환경, 이용상황, 인접 및 유사지역내의 부동산에 대한 적정거래 가능가격 등을 참작하여 산정한 가격을 기준으로 삼아야 한다(대법원 1997. 9. 9. 선고 97누1570 판결 등 참조). (나) 부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나과세표준인 공급가액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 1992. 9.22. 선고 92누2431 판결 참조).

(2) 구체적 판단 살피건대, 앞서 든 증거 및 갑제7호증, 을제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에의하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 이 사건 전대계약상의 전대 조건을 이 사건 임대계약에 대한 시가로 보아 원고에 대하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하므로, 이 사건 처분은 취소하여야 한다. (가) ① 성AA은 △△의 대표이사이자 △△ 발행 주식 지분 45%를 보유한 최대주주이고, 원고 발행 주식 지분 45%를 보유하고 있으므로, △△는 부가가치세법 제29조 제4항, 같은 법 시행령 제26조 제1항, 법인세법 시행령 제2조 제8항 에 따라 원고의 특수관계인이다. ② 원고와 △△ 사이의 이 사건 임대계약의 체결일이 2006. 2. 25.임은 앞서 본 바와 같고, 위 임대계약은 임대기간에 관하여 제4조에서 ‘전(월)세 기한은 임차인에게 부동산을 명도한 날로부터 특약 기간까지로 한다’, 특약으로서 ‘무허가 사무실과 화장실로 인해서 행정관서로부터 영업정지 등의 제재가 없는 한 임대인의 신축허가 가능기일까지로 한다’고 정하고 있다. 위 임대계약 체결일 이후 월 임대료 2,300,000원의 조건은 변동이 없었다. ③ ◇◇는 원고의 사실관계 확인요청에 대하여 2024. 1. 30. 다음과 같이 답변하였다.

• 당사는 ‘○○개인택시로의 전전대를 통한 당사 판매증대 효과’와 당시 경쟁사들과의 임차 유치 경쟁 상황을 감안하여, 2017년 1월 1일 △△로부터 해당 충전소를 시장 내 임차료 수준보다 높은 조건인 ‘보증금 10억원 및 월세 2천만원’에 현재까지 전차하여 오고 있음

• 전전차인인 ○○개인택시는 해당 충전소의 시장 내 적정 임차료가 월세 3백만원 정도라고 주장하여 당사는 해소를 부산개인택시에 2017년 1월 1일 ‘보증금 0원 및 월세 3백만원’에 전전대하였음

• 당사는 해당 계약을 통한 판매증가 효과가 전차 조건과 전전대 조건을 상회할 것으로 판단하여 상기 조건으로 각각 계약을 체결하였음

• 실제로 당사가 전차하기 이전 판매량(2016년 월평균)은 196톤/월에 그쳤으나, 당사가 전차하여 ○○개인택시에 전전대한 이후에는 판매량(2017년 월평균)이 402톤/월로 크게 증가함 (나) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 임대계약은 사실상 임대기간을 정하지 않은 것으로 보이고, 이 사건 임대계약에 따른 임대료 월 2,300,000원의 조건은 이 사건 임대계약 체결시로부터 이 사건 전대계약 체결시까지 약 10년의 기간 동안 변동이 없었을 뿐만 아니라, 이 사건 임대계약과 이 사건 전대계약 사이의 임대료 차이가 상당함에도 불구하고 이 사건 전대계약 체결 이후에도 변동이 없었는바, 위와 같은 임대조건은 이례적인 것으로서 원고와 △△가 특수관계에 있었기 때문에 가능하였던 것으로 보이기는 한다. (다) 그러나 앞서 본 ◇◇의 답변서 기재에 의하면, 이 사건 전대계약의 조건인 월 임대료 20,000,000원은 이 사건 전전대계약을 통한 ◇◇의 판매증대 효과와 이 사건 전대계약 및 전전대계약 체결 당시 ◇◇가 경쟁사들과 경쟁 상황에 놓여 있었던 사정을 고려하여 시가보다 높게 책정되었을 가능성이 있어 보인다. 피고의 주장과 같이 이 사건 전대계약 및 전전대계약 체결 당시 ◇◇는 개인택시조합에 대한 가스공급 권한을 두고 다른 가스공급업체와 경쟁을 하였던 것이지이 사건 가스충전소를 두고 다른 가스공급업체와 경쟁을 한 것은 아니었던 것으로 보이기는 하나, 당시 ◇◇가 개인택시조합에 대하여 가스를 공급하기 위해서는 가스충전소를 우선적으로 확보해 둘 필요가 있었을 것으로 보이므로, 그러한 특수한 사정이 이 사건 전대계약 조건을 정하는 데 반영되었을 가능성을 배제할 수 없다. (라) 그렇다면 이 사건 전대계약의 조건인 월 임대료 20,000,000원은 부가가치세법시행령 제62조 제1호 가 정하고 있는 ‘사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’으로 보기는 어렵다고 보아야 하는바, 피고는 부가가치세법 시행령 제62조 가 정하고 있는 시가를 구체적으로 입증하여 이 사건 임대계약 조건의 부당성 및 원고에 대한 부가가치세액을 산정하여야 함에도 불구하고 이 사건 전대계약의 존재 사실만 가지고 이 사건 처분으로 나아갔다.

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하여, 주문과 같이 판결한다.