비사업용 토지 해당 여부

사 건 2024구합22724 법인세부과처분취소 원 고 A 피 고 Z 변 론 종 결

2024. 11. 21. 판 결 선 고

2025. 2. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 10. 4. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 법인세 205,134,430원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고(2008. 3. 31. B 주식회사에서 상호가 변경되었음, 이하 명칭 전후를 불문하고 원고로만 칭함)는 토목공사업, 주택건설업 등을 영위하는 회사로서, OO OO구 OO동 000-0 전 664㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 함)에 관하여 2006. 10. 26.자 임의경매로 인한 매각을 원인으로 하여 2006. 12. 11. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2018. 6. 5. C지역주택조합에 이 사건 토지를 매매대금 1,580,150,000원에 매도하고, 2019. 12. 20. 이 사건 토지에 관하여 C지역주택조합 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 다. 피고는 2023. 10. 4. 이 사건 토지가 법인세법 제55조의2 제2항 에서 규정하고 있는 비사업용토지로서 그 양도에 따른 소득 역시 같은 조 제1항에 따른 법인세 과세 대상에 해당함에도 원고가 2019년 귀속 법인세 신고·납부 시 이를 신고·납부하지 않았음을 이유로, 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 의 세율(토지 등의 양도소득의 100분의 10)을 적용하여 원고에게 아래 표 기재와 같이 이 사건 토지 양도에 따른 법인세 및 가산세 합계 205,134,430원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 함).(표 생략)
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 1. 2. D지방국세청장에게 이의를 신청하였으나, D지방국세청장은 2024. 3. 6. 이를 기각하였다. 이에 원고는 2024. 3. 15. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 내용의 재결을 청구하였으나, 조세심판원은 2024. 6. 26. 이를 기각하는 내용의 재결을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제4호증, 을제2호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고는 이 사건 토지를 매수한 뒤 이를 자재창고 부지로 사용하였다. 원고는 창고건물 철거 후 OO광역시 OO구청과 공공용지 사용 계약을 체결하여, 이 사건 토지는 2014년부터 2016년까지 야외 운동기구 및 공공주차장 부지로 사용되었고, 공공용지 사용 계약 종료 후에도 위와 같은 상태가 유지되었다. 이에 따라, 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 가.목이 정한, 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지에 해당하고, 법인세법 제55조의2 제2항 의 ‘대통령령으로 정하는 기간’, 즉 ’ 법인세법 시행령 제92조의3 제1호 가 정한 비사업용 토지 해당 기간‘ 요건도 충족하지 못한 토지이므로 법인세법 제55조의2 제2항 이 정한 비사업용 토지에 해당하지 않았던 것으로 보아야 한다. 그럼에도 불구하고 이 사건 토지가 비사업용 토지임을 전제로 내려진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

앞서 든 증거들, 갑제5호증, 갑제6호증, 을제1호증, 을제3호증의 각 기재 또는 영상과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 이 사건 토지를 양도할 당시 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제2항 에 따라 원고의 비사업용 토지에 해당하였다고 판단된다. 원고의 주장은 이와 전제를 달리한 것으로서 받아들일 수 없다.

• 가. 원고가 이 사건 토지를 양도할 당시 이 사건 토지는 나대지 상태였던 것으로 보이고, 위 토지를 양도하기 전에도 이를 그 지목대로 전(田)의 용도로 사용하였던 것으로는 보이지 않는다. 오히려 원고가 이 사건 토지를 보유하는 동안 이 사건 토지 일부에는 건물이 건축되어 있었고, 위 건물이 철거된 뒤에는 운동기구가 설치되거나 차량이 주차되었던 것으로 보인다. 결국 원고가 이 사건 토지를 보유하는 동안 이 사건 토지는 그 사실상의 현황에 비추어 농지, 임야 및 목장 용지에 해당하였다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 가 정한 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’로서, 같은 호 가.목 내지 다.목이 정한 예외에 해당하지 않는 한 비사업용 토지에 해당한다고 볼 것인바, 이하에서 위 각 목의 예외에 해당하는지 여부를 하나씩 살핀다.
• 나. 원고가 이 사건 토지를 보유하던 기간 중 ① 2007년에는 이 사건 토지 중 370㎡ 부분이 현황상 도로에 해당한다는 이유로 이에 대한 재산세가 부과되지 않았고, ② 2014년부터 2016년까지는 이 사건 토지 전체에 대한 재산세가 부과되지 않았다. 위 ②와 관련하여, OO광역시 OO구가 구 OO광역시 빈집 정비 지원 조례(2018. 7. 11. OO광역시조례 제5789호로 폐지된 것) 등을 근거로 이 사건 토지 위에 있던 건물을 국·시비 및 구비 등 예산으로 마련된 비용을 들여 철거하고, 2013. 5.경 및 2014. 6.경 이 사건 토지 중 100㎡에 운동시설 4개와 부대시설(평상)을 설치하였다가 2020. 12.경 이를 철거하였던 것으로 보이며, 위 재산세 면제 역시 이에 따라 이루어진 것으로 보인다. 그런데 OO광역시 OO구가 이 사건 토지 중 일부를 사용하게 된 위와 같은 경위와 그 근거 법령의 내용 등에 비추어, 이는 구 지방세법(2018. 12. 31. 법률 제16194호로 개정되기 전의 것) 제109조 제2항 단서에 따라 유료로 이를 사용하는 경우에 해당하였던 것으로 보인다. 설령 OO광역시 OO구청의 이 사건 토지 사용에 따른 재산세 감면이 관련 법령에 따라 적법하게 이루어진 것이라 하더라도, 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항에 따라 이는 3년을 초과할 수 없다. 결국 위 ① 및 ②에 해당하였던 기간을 제외하면, 이 사건 토지를 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 가.목에 따라 ‘지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지’에 해당하였다고 볼 수는 없다.
• 다. 원고의 이 사건 토지 보유 기간 중 위 나.항의 ①, ②와 같이 재산세가 감면된 기간을 제외한 나머지 기간 동안, 원고에 대하여 이 사건 토지가 구 지방세법(2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상에 해당함을 전제로 재산세가 부과되었고, 원고는 별다른 이의 제기 없이 이를 납부하였던 것으로 보인다. 결국 위 기간 동안 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나.목이 정한, ‘ 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지’에 해당하였다고 볼 수 없다.
• 라. 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 다.목은 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 ‘토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것’을 비사업용 토지에서 제외하고 있다. 법인세법 시행령 제92조의8 제1항 제7호 는 하치장용 토지 등의 토지를 위와 같이 비사업용 토지에서 제외되는 토지 중 하나로 열거하고 있고, 구체적으로는 ‘물품의 보관·관리를 위하여 별도로 설치·사용되는 하치장·야적장·적치장 등(건축법에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 당해 사업연도중 물품의 보관·관리에 사용된 최대면적의 100분의 120 이내의 토지’가 이에 해당한다. 원고는 이와 관련하여 원고가 이 사건 토지의 소유권을 취득한 뒤 이를 자재창고 부지 용도로 사용하였다고 주장한다. 2014. 4.경 이전에 이 사건 토지 지상에 건물이 있었던 것으로 보이기는 하나, 위 건축물이 누구에 의해 언제 건축되었고 그 부지 면적과 현황은 어떠했으며 및 사용 용도는 무엇이었는지 등을 나타내는 단서가 전혀 없다. 그 밖에 원고가 이 사건 토지를 보유하던 중 이 사건 토지를 원고의 사업과 직접 관련된 용도로 사용하였다고 볼 만한 사정도 발견되지 않는다.
• 마. 위와 같이 원고가 이 사건 토지를 보유하던 기간 중 이 사건 토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 에 해당하는 토지에 해당하였고, 같은 호 각 목이 정한 예외에 해당하였던 기간을 뺀 나머지 기간은 법인세법 시행령 제92조의3 (비사업용 토지의 기간기준) 제1호가 정한 요건을 충족한다고 보인다.

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여, 주문과 같이 판결한다.