일괄양도가액 기준시가 안분계산 적법여부

사 건 2024구합22625 법 인세등부과처분취소 원 고 HHH 피 고 BBB세무서장 제 1 심 판 결 변 론 종 결

2024. 11. 21. 판 결 선 고

2025. 1. 16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2023. 4. 25. 원고에 대하여 한 321,307,160원의 납부고지처분을 취소한다.

• 가. 피고의 법인세부과처분 및 소득금액변동통지

(1) 원고는 부동산임대업을 영위하는 주식회사 DD(이하 ‘DD’라 함)의 대표이사이고, DD가 발행한 주식 5,000주를 모두 보유하고 있다.

(2) DD는 2017. 5. 19. 부산 00구 00동 000-0 대 70㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 함)에 관하여 2013. 6. 17. 강제경매로 인한 매각을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 위 매각가격은 32,116,000원이었다. 원고는 2014. 1. 10. K로부터 이 사건 토지 위의 단층 무허가주택(이하 ‘이 사건 주택’이라 함)을 매매대금 10,500,000원에 매수하였다.

(3) 원고와 DD는 2017. 2. 14. S건설 주식회사(이하 ‘S건설’이라 함)와 이 사건 토지 및 건물을 일괄하여 대금 952,650,000원(이하 ‘이 사건 매매대금’이라 함)에 매각하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 함)을 체결하였고, S건설은 2017. 6. 9.경까지 DD에게 위 매매대금을 모두 지급하였다. 이후 S건설은 2019. 12. 2. 이 사건 토지에 관하여 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

(4) 원고는 주식회사 Y감정평가법인에 이 사건 토지에 대한 감정평가를 의뢰하였고, 위 감정법인은 2018. 12. 12. 이 사건 토지에 관한 감정평가액을 137,200,000원(기준시점 2017. 6. 12.)으로 평가한 감정평가서를 작성하였다.

(5) 한편, DD는 이 사건 토지의 양도에 관한 법인세 신고를 하지 않았고, 피고는 2020. 5. 19. DD에게 과세자료 해명 안내문을 발송하였다. 그러자 DD는 2020. 7. 24. 이 사건 매매대금과 관련하여 이 사건 토지 부분은 52,650,000원, 이 사건 주택 부분은 900,000,000원으로 각 기재하여 1차 소명을 하였고, 2020. 8. 31. 다시 이 사건 매매대금과 관련하여 이 사건 토지 부분은 137,200,000원, 이 사건 주택 부분은 815,450,000원으로 각 기재하여 2차 소명을 하면서 2017 사업연도 법인세 기한 후신고를 하였다.

(6) 피고는 DD가 특수관계인에 해당하는 원고에게 이익을 분여할 목적으로 이 사건 토지의 양도가액을 과소하게 신고한 것으로 판단하고, 구 법인세법(2018. 12. 24.법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제52조 등에 따라 아래와 같이 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택의 기준시가 등으로 안분하는 방법으로 이 사건 토지의 양도가액을 900,683,337원으로 정하여 2021. 2. 26. DD에게 2017 사업연도 법인세 157,705,460원을 결정·고지(이하 ‘이 사건 법인세부과처분’이라 함) 하였다.

(7) 한편, 피고는 같은 날 DD에게 소득자를 원고, 소득금액을 763,483,337원으로 하는 2021. 2. 1.자 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 함)를 하였다.

• 나. 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지 취소 등 청구의 소의 경과

(1) DD는 피고를 상대로 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지에 대하여 주위적으로는 무효확인을, 예비적으로는 취소를 구하는 소를 제기하였다.

(2) 1심인 부산지방법원(2022구합21734호)은 2023. 1. 20. DD의 청구를 모두 기각하는 판결을 선고하였다. 이에 불복한 DD는 부산고등법원(2023누20539호)에 항소하였으나, 항소심은 2023. 7. 19. 원고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였다. 이에 불복한 DD는 대법원(2023두51618호)에 상고하였으나, 상고심은 2023. 11. 30. 심리불속행기각 판결을 선고하였고, 같은 날 위 판결이 확정되었다(이하 이상의 판결들을‘관련 판결’이라 함).

• 다. 피고의 원고에 대한 납세처분 및 그 경과

(1) 피고는 DD가 이 사건 소득금액변동통지에 따른 원천징수분 근로소득세를 신고·납부하지 않자 2021. 11. 15. DD에 대하여 인정상여분에 대한 원천징수분 근로소득세 294,290,880원을 납부하라고 결정·고지 하였다. 하지만 DD는 이를 납부하지 않았다.

(2) 이에 피고는 원고가 DD의 주식 100%를 소유한 과점주주라는 전제 하에 삼성 원고를 DD의 제2차 납세의무자로 지정하여 2023. 4. 14. 원고에게 DD의 체납세액 321,307,160원을 납부할 것을 결정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 함) 하였다.

(3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 1. 4. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구(이하 ‘이 사건 행정심판’이라 함) 하였으나, 조세심판원은 2024.4. 30. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을제1호증 내지 을제8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

• 가. 원고의 주장

(1) 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지가 위법하다는 주장(제1주장) 이 사건 처분은 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지의 적법·유효함을 전제로 하고 있는바, 아래와 같은 이유로 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지가 위법한 이상 그에 기초한 이 사건 처분도 위법한 것으로 보아야 한다. (가) 원고와 DD는 이 사건 매매대금 952,650,000원 중 137,200,000원을 이 사건 토지에, 815,450,000원을 이 사건 주택에 각 귀속시키기로 약정하였으므로, DD에 대한 법인세는 이 사건 토지의 양도가액이 137,200,000원임을 전제로 산정되어야 한다. 그런데 피고는 위와 같은 원고와 DD 사이의 약정에 대해 부당행위계산을 부인하여 이 사건 토지의 양도가액이 900,683,337원임을 전제로 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지를 하였는바, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항 제1호에 의하면 이 사건 토지의 양도가액은 감정평가액인 137,200,000원으로 인정되어야 하고 기준시가를 기준으로 안분한 것은 그 근거규정이 없이 임의로 이루어진 것으로서 위법하다. (나) 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 은 ‘법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다’고 정하고 있는 바, 설령 이 사건 토지의 시가 산정에 제89조 제2항 제1호가 적용되지 않는다 하더라도, 같은 항 제2호에 따른 이 사건 토지의 시가는 74,200,000원(= 2017년 개별공시지가 1,060,000원 × 70㎡)로 산정되고, 이는 137,200,000원에 미치지 못하므로 부당계산부인의 여지는 없다.

(2) 원고는 DD의 과점주주가 아니라는 주장(제2주장) 원고는 2012. 12. 5. 부사회에 DD의 주식 5,000주 중 2,550주를 매매대금 13,000,000원으로 하여 양도하였으므로, 원고는 DD의 과점주주라고 볼 수 없다. 따라서 원고를 DD의 과점주주라는 전제에 선 이 사건 처분은 취소를 면할 수 없다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 제1주장에 대한 판단

(1) 구 법인세법 제52조 제2항 은 ‘부당행위계산 부인 규정(같은 조 제1항)을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격, 즉 시가를 기준으로 한다’고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제89조 는‘법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고(제1항), 시가가 불분명한 경우에는감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액에 의하며(제2항 제1호), 위 제1호의 가액이 없는 경우 상속세 및 증여세법(이하 ’상증세법‘이라 함) 제38조 내지 제39조의3, 제61조 내지 제66조의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액(제2항 제2호)에 의한다’고 규정하고 있다. 이 사건의 경우, 이 사건 매매대금이 952,650,000원이고 ‘특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래’였다면 위 매매대금 전체를 이 사건 토지 및 주택에 적정한 비율로 안분하는 방법으로 배분하였을 것으로 판단된다. 따라서 이 사건과 같은 일괄매매에 있어 각 목적물의 양도가액을 정하기 위해서는, 이 사건 토지 및 주택의 매매당시의 시가를 평가하여 그 비율을 알아낸 다음 그 비율에 의하여 이 사건 매매대금 중에서 이 사건 토지의 양도가액을 추출하는 등 적정한 비율로 안분하는 것이 가장 합리적이라고 할 것이나(대법원 1988. 4. 25. 선고 86누241 판결 취지 참조), 그 시가를 알 수 없는 경우에는 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우에는 ‘그 감정가액의 비율’로(구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호 참조), 감정한 가액이 없는 경우에는 ‘상증세법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액을 이용하여 그 비율’로(같은 항 제2호 참조) 각 안분하는 것이 문언에 부합하는 체계적 해석이다. 이에 대하여 원고는, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호 에 따라 계산을 할 경우 감정평가법인이 감정한 가액이 있다면 ’감정가액의 비율로 안분한 금액‘이 아니라‘감정한 가액 자체’와 비교하여 부당행위계산 부인 여부를 판단하여야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 매매계약의 목적물 중 이 사건 토지의 감정평가액만이 존재하고 이 사건 주택의 감정평가액이 존재하지 않음은 앞서 본 것과 같으므로, 원고의 주장과 같이 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호 에 따라 ‘감정한 가액 자체’와 이 사건 토지의 양도가액을 비교하여 부당행위계산 부인 여부를 판단해야 한다고 해석할 수는 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건에 있어 이 사건 토지 및 주택의 매매당시의 시가를 평가할 수 있는 증거는 제출되지 않았고, 이 사건 토지에 대한 2017. 6. 12. 기준의 감정평가서가 존재함은 앞서 본 바와 같으나, 이 사건 주택에 대한 감정평가서는 존재하지 않으므로, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호 를 적용할 수 없다. 그리고 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호 에 의하더라도, 구 상증세법(2020.12. 22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제61조 제1항 제1호에 따른 이 사건 토지에 대한 개별공시지가나 같은 항 제4호에 따른 이 사건 주택에 대한 개별주택가격(다만, 부속토지로서 이 사건 토지도 포함한 가격임)은 존재한다. 그러나 구 상증세법 제61조 제1항 제2호는 ‘제4호에 해당하는 건물은 제외한다’고 명시적으로 규정하고 있고, 구 국세청 건물 기준시가 산정방법 고시(2016. 12. 30. 국세청고시 제2016-21호에 의해 2017. 1. 1.부터 시행된 것) 제3조 제1항도 ‘건물 기준시가 산정방법은 일부 공공업무시설, 교정 및 군사시설을 제외한 모든 용도의 건물(무허가 건물을 포함한다)에 대하여 적용하나, 부동산 가격공시에 관한 법률 제17조 (개별주택가격의 결정·공시 등) 등에 따라 토지와 건물의 가액을 일괄하여 산정·공시(또는 고시)한 개별주택 등의 경우에는 이를 적용하지 아니 한다’고 규정하고 있으므로, 이 사건 주택에 대해 구 상증세법 제61조 제1항 제3호에 따른 국세청장이 산정·고시하는 가액(이하 ‘고시기준시가’라 함)은 존재하지 않는다. 그런데 이 사건 주택에 관한 개별주택가격은 이 사건 토지를 포함한 가격이고, 이 사건 토지의 개별공시지가는 이 사건 토지에 대한 것이므로, 위 요소들만으로는 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택에 대해 적정한 비율로 안분계산하는 것이 불가능하다.

(3) 다만, 아래와 같은 관련 상증세법이나 소득세법에서 정하고 있는 규정들의 내용과 안분계산의 현실적 필요성 등을 고려할 때, 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12.대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제64조 제3호, 구 토지와 건물등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시(2015. 8. 24. 국세청고시 제2015-43호로 시행되었다가 2021. 8. 24. 폐지된 것, 이하 ‘이 사건 고시’라 함) 제2조를 준용 또는 유추적용하여 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택에 안분하는 것이 가장 합리적인 안분계산방법으로 판단된다. (가) 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 은 ‘상증세법제38조 내지 제39조의3, 제61조 내지 제66조의 규정을 준용하여 평가한 가액’을 적용하여 계산한 금액에 따른다고 규정하고 있고, 구 상증세법 시행령 제49조 제3항은 ‘제1항 각호(법 제60조 제2항에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것으로 보는 매매거래가액, 감정기관의 감정가액, 수용·경매 또는 공매에서의 보상가액·경매가액·공매가액)의 가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액(동일감정기관이 동일한 시기에 감정한 각각의 감정가액을 말한다)이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물의 가액이 구분되지 아니하는 경우에는 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있다. 비록 위 구 상증세법 시행령 제49조 제3항은 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 이 직접 준용하고 있는 규정은 아니지만, 구 상증세법 제60조와 제61조 내지 제66조의 내용 및 관계, 구 상증세법 시행령 제49조 제3항의 내용 및 입법취지 등에 비추어 보면, 토지, 건물 등 수개의 자산을 일괄거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 때에 그 가액의 합리적인 산정방법을 부가가치세법 시행령 제64조 에 따르도록 규정한 것이라 보아야 한다. (나) 한편, 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제100조 제2항은 ‘양도차익을 계산할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있고, 구 소득세법 제100조 제2항 위임을 받은 소득세법 시행령 제166조 제6항 은 ‘토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 제99조 제1항 제1호 가, 나, 라목은 위 제100조에 따른 기준시가에 관하여 정하면서 원칙적으로 토지에 대해서는 개별공시지가를, 건물(주택에 해당하는 건물은 제외)에 대해서는 고시 기준시가를, 주택에 대해서는 개별주택가격 및 공동주택가격을 기준시가로 보도록 규정하고 있으며, 이는 구 상증세법 제61조 제1항 제1호, 제2호, 제4호에서 규정하고 있는 내용과 매우 유사하다. 한편, 이 사건에 있어, 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택에 안분하는 문제는, DD에게는 이 사건 토지의 양도소득 등에 관하여 법인세법이 적용되는 사안이지만, 반대로 원고에게는 이 사건 주택의 양도소득 등에 관하여 소득세법이 적용되는 사안이 된다. 따라서 안분계산 방법에 관하여 위와 같이 소득세법령의 규정을 참고하는 것이 불합리하다고 보기도 어렵다. (다) 구 상증세법 시행령 제49조 제3항, 소득세법 시행령 제166조 제6항 이 준용하고 있는 부가가치세법 시행령 제64조 는 ‘① 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가, 즉 토지에 대한 개별공시지가, 건물(주택 제외)에 대한 고시 기준시가, 주택에 대한 개별주택가격 및 공동주택가격이 모두 있는 경우에는 ’공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액‘(제1호)을, ② 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 ’그 감정평가가액에 비례하여 안분계산한 금액‘(제2호)을, ③ 위 두 경우를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 ’국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한 금액‘(제3호)을 각 공급가액으로 산정하도록 규정하고 있다. 이 사건 토지 및 주택에 대해서 이 사건 토지의 개별공시지가 및 이 사건 주택의 개별주택가격만으로는 안분계산이 불가능하고, 이 사건 건물에 대해서는 감정평가가액이 존재하지 않음은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 이 사건 매매대금은 위 제3호에 의해서만 안분계산이 가능하게 된다. 한편, 이 사건 고시 제2조는 ’토지의 기준가액은 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목에 따른 토지의 기준시가(개별공시지가)로 하고, 건물 등의 기준가액은 같은 법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 따라 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법(고시기준시가)을 준용하여 계산한 가액으로 한다‘고 규정하고 있고, 이에 의하면 이 사건 주택 부분의 기준시가를 산정해낼 수 있다. (라) 또한, 앞서 본 바와 같이 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 에서 안분계산은 ’공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액‘에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있는 점, 구 상증세법 시행령 제50조 제6항도 ’법 제61조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 개별공시지가는 평가기준일 현재 고시되어 있는 것을 적용한다‘고 규정하고 있는 점, ’ 소득세법 시행령 제164조 제3항 이 ‘구 소득세법 제99조 제1항 제1호 가 내지 라목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다’고 규정하고 있는 점, 통상 새로 고시된 개별공시지가나 공동주택가격 등은 전년도에 고시된 것보다 높으므로, 해당년도의 개별공시지가나 공동주택가격 등이 고시되기 전에는 직전년도에 고시된 것을 해당 거래의 공동주택가격으로 보도록 의제하여야 납세자를 보호하고 법적 안정성과 예측가능성을 기할 수 있는 측면이 있는 점(이후 새로 고시된 가격에 따라 매번 가액을 새로 산정해야 하는 법적 불안정 상태가 초래될 수 있다) 등에 비추어 보면, 이 사건 고시 제2조를 준용 또는 유추적용하여 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택에 안분계산할때 그 기준시점은 이 사건 매매계약이 체결된 날로 봄이 상당하다.

(4) 이 사건 고시 제2조에 따라 이 사건 매매대금 중 이 사건 토지 및 주택 부분을 산정해보면, 이 사건 매매대금이 952,650,000원인 사실은 앞서 본 바와 같고, 을제5호증 내지 을제8호증의 기재에 의하면, 이 사건 매매계약 체결일인 2017. 2. 14.을 기준으로 당시 고시되어 있던 이 사건 토지의 개별공시지가는 44,940,000원 = 642,000원 × 70㎡ 인 사실, 이 사건 주택에 고시 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액이 2,592,900원인 사실이 인정된다. 따라서 이 사건 매매대금은 아래와 같이 이 사건 토지 부분 900,683,337원, 이 사건 주택 부분 51,966,663원으로 안분되고, 이는 피고가 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지에 있어 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택 부분에 안분한 가액과 동일하다.

○ 이 사건 토지 부분의 매매대금 안분계산 = 952,650,000원 × 44,940,000원 / (44,940,000원 + 2,592,900원) = 900,683,337원

○ 이 사건 주택 부분의 매매대금 안분계산 = 952,650,000원 × 2,592,900원 / (44,940,000원 + 2,592,900원) = 51,966,663원 (원 단위 미만 반올림)

(3) 소결론 결국 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지에 있어서 피고가 이 사건 토지의 시가를 산정한 방식은 정당한 것으로 보아야 한다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

• 라. 제2주장에 대한 판단 살피건대, 을제1호증, 을제5호증의 각 기재에 의하면, 원고는 주식등변동상황명세서상 2012년말 이후 DD 총발행주식 5,000주를 모두 보유하고 있었고, DD 설립 이후 현재까지 DD의 사내이사로 등기되어 있는 사실이 인정되는바, 피고가 원고가 DD의 과점주주에 해당한다고 본 것은 정당하다. 이에 대하여 원고는 2012. 12. 5. DD의 주식 2,550주를 부사회로 양도하였다고 주장하며 주식양도계약서 및 원고가 부사회로부터 주식매매대금 1,300만 원을 영수하였다는 취지가 기재된 영수증, 원고의 인감증명서(갑제1호증)를 제출하였으나, 위 주식 양도계약서 및 영수증에는 2022. 7. 1.자 BB지방법원 등기국 확정일자가 찍혀 있어 위 계약서 및 영수증의 실제 작성일자를 확인하기 어려워 그 기재 내용을 믿기 어렵다. 달리 원고의 주장에 부합하는 증거는 제출되지 않았다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여, 주문과 같이 판결한다.