세무조사 개시 당시를 기준으로 세무조사대상 선정사유가 있었음에도, 신고 내용상 탈루나 오류의 혐의를 밝히지 못하여 결과적으로 혐의 내용에 따른 과세처분에 이르지 못하였다는 결과만을 가지고 피고가 원고를 세무조사대상으로 선정한 것이 위법하다고 단정할 수는 없음
세무조사 개시 당시를 기준으로 세무조사대상 선정사유가 있었음에도, 신고 내용상 탈루나 오류의 혐의를 밝히지 못하여 결과적으로 혐의 내용에 따른 과세처분에 이르지 못하였다는 결과만을 가지고 피고가 원고를 세무조사대상으로 선정한 것이 위법하다고 단정할 수는 없음
사 건 2024구합21271 부과처분 취소청구의 소 원 고 D 주식회사 피 고 K세무서장 제 1 심 판 결 변 론 종 결
2025. 2. 27. 판 결 선 고
2025. 4. 10.
1. 이 사건 소 중 피고가 2022. 10. 12. 원고에 대하여 한 2017년도 소득금액변동통지89,309,796원 및 2019년도 소득금액변동통지 1,941,516,713원의 취소를 구하는 부분에 관한 소를 모두 각하한다.
2. 제1항의 소 각하 부분을 제외한 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.
3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 10. 12. 원고에 대하여 한 2017년도 소득금액변동통지 89,309,796원, 019년도 소득금액변동통지 1,941,516,713원, 2019년도 법인세 6,195,090원 부과처분, 2019년도 2기분 부가가치세 13,379,000원 부과처분, 2020년도 근로소득세(갑) 158,507,600원 부과처분을 각 취소한다.
3. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단(제3주장에 관한 판단)
(1) 이 사건 소 중 이 사건 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니한 것으로서, 필요적 전치주의에 위배되어 부적법하다.
(2) 원고는 소장에서 이 사건 각 소득금액변동통지의 취소를 구하였다가 청구취지 변경을 통해 이 부분 소를 취하하였고, 이후 다시 청구취지 변경을 통해 이 부분을 청구취지에 포함하였으나, 이는 제소기간이 도과된 이후 소가 제기된 것으로 보아야 하므로 부적법하다.
(1) 조세처분의 취소를 구하는 행정소송에 있어서는 국세기본법 제56조 제2항 등에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3항 및 제20조의 규정이 적용되지 아니하는바, 조세소송은 일반의 행정소송에 적용되는 행정심판의 임의적 전치주의와는 달리 반드시 국세기본법이 정한 심사청구 또는 심판청구 등을 거쳐야 한다.
(2) 갑제1호증 내지 갑제3호증, 을제8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 피고의 과세처분에 불복하여 과세전적부심사, 이의, 행정심판을 거쳤으나, 위 절차에서 2017년 소득금액변동통지에 대하여는 다투었다고 볼 만한 아무런 증거가 없고, 원고가 위와 같이 2017년 소득금액변동통지에 대하여 전심절차를 거치지 아니한데 정당한 사유가 있다고 인정할 만한 사정도 보이지 않는다. 결국 이 사건 소 중 2017년 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.
(3) 이 사건 소 중 2019년 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분에 관하여 살피건대, 과세전적부심사결정서, 이의신청에 대한 결정서 및 조세심판결정문의 각 기재에 의하면, 원고는 위 각 절차에서 2019년 소득금액변동통지의 적법성에 관하여 다투어 온 사실이 인정된다. 따라서 원고가 2019년 소득금액변동통지에 대하여 전심절차를 거치지 않고 이 사건 소를 제기한 것으로 보기는 어렵다.
(2) 원고가 이 사건 소의 청구취지를 아래와 같이 변경하여 온 사실은 기록상 명백하다. (가) 원고는 소장 청구취지에 ‘피고가 2022. 10. 12. 원고에 대하여 한, 2017년도 소득금액변동통지 89,309,796원, 2019년도 소득금액변동통지 1,941,516,713원, 2019년도법인세 6,195,090원 부과 처분, 2019년도 2기분 부가가치세 13,379,000원 부과 처분,2020년도 근로소득세(갑) 158,507,600원 부과 처분을 각 취소한다’고 기재하였다가, 2024. 10. 11. 이 법원에 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 제출하면서 청구취지를 ‘피고가 2022. 10. 12. 원고에 대하여 한, 2019년도 법인세 6,195,090원 부과 처분, 2019년도 2기분 부가가치세 13,379,000원 부과 처분, 2020년도 근로소득세(갑) 158,507,600원 부과 처분을 각 취소한다’로 변경하였다. 이에 피고는 2024. 10. 25. 원고의 위 청구취지 변경은 ‘피고가 2022. 10. 12. 원고에 대하여 한, 2017년도 소득금액변동통지 89,309,796원, 2019년도 소득금액변동통지 1,941,516,713원의 취소를 구하는 부분’에 대한 소의 일부 취하를 하는 것으로 보아, 이에 대해 이 법원에 소취하동의서를 제출하였다. (나) 이후 원고는 2024. 12. 11. 다시 이 법원에 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 제출하면서 청구취지를 ‘피고가 원고에 대하여 한, 2018년도 기타소득세 19,564,840원, 2019년도 법인세 6,195,090원 부과 처분, 2019년도 2기분 부가가치세 13,379,000원 부과처분, 2019년 기타소득세 427,133,670원, 2020년도 근로소득세(갑) 158,507,600원 부과처분을 각 취소한다’로 변경하였다가, 2025. 2. 24. 다시 이 법원에 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 제출하면서 청구취지를 소장 청구취지와 동일하게 ‘피고가 2022. 10.12. 원고에 대하여 한, 2017년도 소득금액변동통지 89,309,796원, 2019년도 소득금액변동통지 1,941,516,713원, 2019년도 법인세 6,195,090원 부과 처분, 2019년도 2기분 부가가치세 13,379,000원 부과 처분, 2020년도 근로소득세(갑) 158,507,600원 부과 처분을 각취소한다’로 변경하였다.
(3) 살피건대, 이 사건 소 중 이 사건 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분은 원고의 2024. 10. 11.자 청구취지 및 청구원인변경신청을 통해 소를 일부 취하한 것으로 보아야 하고, 이에 대해 피고가 원고의 위 소 취하에 동의한 점, 원고는 2024. 12. 11.자 청구취지 및 청구원인 변경신청을 통해 이 사건 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 것이 아닌 위 각 통지에 기초하여 부과된 각 기타소득세 부과처분의 취소를 구하는 의사를 표시한 점 등에 비추어 보면, 원고는 2025. 2. 24.자 청구취지 및 청구원인 변경신청을 통해 이 부분에 관한 새로운 소를 제기한 것으로 보아야 한다. 원고가 2024. 12. 11.청구취지 및 청구원인 변경신청을 한 것은 조세심판원의 결정을 통지받은 날로부터 90일 이 경과한 사실은 기록에 비추어 명백하다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분은 제소기간 도과 후에 제기된 것이어서 부적법하다.
(1) 추가로 인정되는 사실 갑제4호증, 을제2호증, 을제9호증의1, 2, 을제10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 추가로 인정된다. (가) G세무서가 2022. 4.경 이 사건 세무조사에 앞서 작성하여 피고에게 제출한 조사대상 선정 검토표(분석보고서), 조사대상 선정 검토표의 각 기재에 의하면, G세무서는 원고에 대하여 ① 자녀 인건비 가공 계상혐의 251,000,000원, ② 특수관계자 임대료 부당행위계산 부인 80,000,000원, ③ 유형자산처분이익 등 과소신고 혐의 315,000,000원, ④ 가공세금계산서 수취 혐의 303,000,000원, ⑤ 법인자금 사적사용 혐의 192,000,000원, ⑥ 업무용승용차 업무 외 사용 혐의 333,000,000원의 혐의가 인정된다고 보아 원고를 조사대상으로 선정하여 2017 ~ 2020 사업연도에 대한 통합조사를 실시하기로 하였다. (나) 원고의 대표이사였던 CBG은 이 사건 조사가 시작된 2022. 6. 13.‘귀청(서)에서 2022. 6. 13.부터 2022. 7. 2.까지 실시하는 비정기 조사와 관련하여 국세기본법 제81조의2 제2항 및 제81조의7 제1항에 따라 교부한 아래의 서류를 수령하고 조사공무원으로부터 납세자권리헌장을 낭독 받고, 조사사유, 조사기간, 제91조의18 제1항에 따른 납세자 보호위원회에 대한 심의 요청사항·절차 및 권리구제 등 납세자 권익보호절차에 대해 설명 받았음을 확인합니다’라고 기재한 ‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독 확인서’에 서명하여 피고에게 제출하였는데, 위 확인서에 기재된 교수 서류에는 ‘세무조사(사전) 통지’가 포함되어 있다. (다) 피고가 이 사건 조사를 개시하면서 원고에게 교부한 ‘세무조사 통지’의 내용은 다음과 같다. (라) G세무서가 작성한 ‘법인세사업자 조사종결 보고서’의 기재에 의하면, 이 사건조사 결과 당초 조사대상 선정 검토표(분석보고서)에 기재되었던 위 (가)항의 ① 내지 ⑥혐의에 대해서는 혐의 내용이 확인되지 않았다.
(2) 구체적 판단 살피건대, 앞서 인정된 사실 변론 전체의 취지에 의해 인정되는 다음의 사정들에 비추어 보면, 피고가 위법하게 원고를 세무조사대상으로 선정하였다거나 조사범위를 확대하였다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다. (가) 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 는 ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 세무조사대상 선정사유로 규정하고 있는데, 그 의미는 통상 정당한 세액의 전부 또는 일부를 부과하지 않았거나 부족하게 신고하여 누락한 세액이 있을 가능성을 뒷받침하는 객관적인 자료가 있는 경우라고 해석함이 타당하다[구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 의 재조사 개시 사유(‘조세탈루의 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우’)와 달리 제81조의6 제3항 제4호에서는 그 요건을 완화하여 탈루 외에 ‘오류’까지 언급하고 있는 점, 재조사와 세무조사는 그 대상과 요건, 입법취지 등에 차이가 있는 점 등에 비추어 보면, 세무조사대상 선정사유를 재조사 개시사유와 같이 ‘조세의 탈루 사실을 확인할 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 인정할 수 있는 경우’(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조)로 엄격하게 제한하여 해석할 것은 아니다]. 살피건대, 을제9호증의1, 2[조사대상 선정 검토표 및 조사대상 선정 검토표(분석보고서)]의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 객관적인 자료에 기초하여 개별납세자 분석을 통해 원고를 세무조사대상으로 선정한 것으로 보인다. 다만 이 사건 조사 결과 피고가 원고를 세무조사대상으로 선정한 근거가 되었던 혐의를 밝히지 못한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 세무조사 개시 당시를 기준으로 세무조사대상 선정사유가 있었음에도, 신고 내용상 탈루나 오류의 혐의를 밝히지 못하여 결과적으로 혐의내용에 따른 과세처분에 이르지 못하였다는 결과만을 가지고 피고가 원고를 세무조사 대상으로 선정한 것이 위법하다고 단정할 수는 없다. (나) 국세기본법은 제81조의11에서 세무조사는 통합조사가 원칙인 것으로 정하고 있고, 반드시 세무조사대상 선정사유로 삼은 혐의에 한정하여 조사를 하여야 한다고 정하고 있지 않다. 피고는 이 사건 조사를 개시함에 있어 원고에게 이 사건 조사가 통합조사인 점 및 조사대상 과세기간을 특정하여 통지하였고, 이 사건 조사를 진행하면서 위 조사범위를 확대하였다고 인정되지 않는다.
(1) 을제11호증 내지 을제15호증의 각 기재에 의하면 아래의 사실이 인정된다. (가) 원고의 2019 사업연도 급료계산서에는 원고의 SSS에 대한 월급(기본급)은 1월부터 3월까지는 매월 51,638,400원, 4월부터 12월까지는 매월 25,224,800원, HHH에 대한 월급여(기본급)는 1월부터 12월까지 매월 22,687,500원, 상여금은 임직원 모두 매 분기말 기본급 100%를 지급하는 것으로 되어 있는데, SSS과 HHH에 대한 7월부터 12월까지의 급여는 지급한 급여 금액과 미지급 급여 금액이 구분되어 기재되어 있다. (나) 원고의 2019 사업연도 결산보고서에는 SSS과 HHH에 대한 미지급 급여·상여금은 377,030,700원인데, 미지급 급여·상여금에 대한 소득세 및 주민세 194,719,330원은 예수금 계정으로 계상(194,719,330원 = 7월 ~ 12월 미지급급여 차액에 대한 소득세 90,793,560원 + 7월 ~ 12월 미지급급여 차액에 대한 주민세 9,079,440원 + 분기상여 소득세 및 주민세 94,846,330원)되어 있고, 나머지 182,311,370원은 미지급금 계정으로 계상(182,311,370원 = SSS 2019년 7월 ~ 12월 급여차액분 30,011,760원 + SSS 분기 상여금 미지급금처리 71,343,700원 + HHH 2019년 7월~12월 급여차액분 29,083,140원 + 51,872,770원)되어 있다. (다) 원고는 위와 같이 이 사건 급여를 예수금 및 미지급금 계정으로 계상한 2019 사업연도 재무제표에 대해 B회계법인으로부터 외부 회계감사를 받았다. (라) 원고의 2019 사업연도 손익계산서상 급여 금액 합계인 1,493,969,270원과 원천징수이행상황신고서상 원고가 원천징수를 이행한 급여 금액 합계인 1,116,938,570원의 차액은 이 사건 급여 금액인 377,030,700원과 일치한다.
(2) 살피건대, 소득세법 시행령 제49조 제1항 제1호 에 의하면 근로소득의 수입시기는‘근로를 제공한 날’이고, 앞서 인정된 사실에 의하면, SSS과 HHH는 2019 사업연도에 원고의 근로자였고, 그 급여가 정해져 있었으므로, 이 사건 급여는 2019년에 그 수입이 확정된 것으로 보아야 한다. 따라서 소득세법 제135조 에 따라 피고가 원고에 대하여 이 사건 급여에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다고 판단한 것은 정당하고, 그에 따른 이 사건 근로소득세 부과처분이 실질과세 원칙에 위배된다고 할 수 없다. SSS과 HHH가 사후적으로 이 사건 급여의 수령을 포기하였다 하더라도 위 결론이 달라지는 것은 아니다.
(3) 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.
따라서 이 사건 소 중 피고가 2022. 10. 12. 원고에 대하여 한 이 사건 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분에 관한 소는 부적법하므로 모두 각하하고, 위 소 각하 부분을 제외한 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 모두 기각하여, 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.