조세특례제한법 106조의7에 따른 경감세액이 부가가치세 환급대상인지 여부

사 건 2023구합21069 부가가치세경정거부처분취소 원 고 주식회사 신AAAAAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 11. 30. 판 결 선 고

2023. 12. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 7. 8. 원고에 대하여 한 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1978. 7. 28. 설립되어 ‘신AAA AAAA’라는 상호로 일반택시운송사업 등을 영위하던 회사로, 2022. 1. 11. 사업목적을 기존 사업에서 석유화학제품 수출 및 수입업으로 변경하고 상호도 현재와 같이 변경하였다.
• 나. 원고는 2019. 12. 20. 한BBBBBBBBB과 사이에 원고가 소유하고 있던 차량, 일반택시운송사업 면허권 등을 4,560,000,000원(부가가치세 별도, 계약금: 계약시 부가가치세 포함 500,000,000원 지급, 잔금: 2020. 1. 10. 부가가치세 포함 4,516,000,000원 지급)에 양도․양수하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 하고, 그에 따른 거래를 ‘이 사건 거래’라고 한다)을 체결하였다.
• 다. 원고는 한BBBBBBBBB에 2019. 12. 20. 위 계약금 관련 공급가액 454,545,455원의 세금계산서(이하 ‘① 쟁점세금계산서’라고 한다)를, 2019. 12. 31. 위 잔금 관련 공급가액 4,105,454,545원의 세금계산서(이하 ‘② 쟁점세금계산서’라고 한다)를 각 발급하였다.
• 라. 원고는 2020. 1. 21. 2019년 2기 부가가치세 확정신고를 하면서, 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의7 제1항이 정하는 ‘일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감 특례 규정’(이하 ‘이 사건 특례 규정’이라고 한다)에 따라 부가가치세 납부세액에서 그 100분의 99에 해당하는 금액이 경감됨을 전제로, ‘매출세액 527,265,953원, 매입세액 20,690,630원, 경감세액 501,509,569원(이하 ‘이 사건 경감세액’이라고 한다), 납부세액 5,065,754원‘으로 하여 이를 신고․납부하였다.
• 마. 원고는 이 사건 계약 상 잔금 지급기일인 2020. 1. 10.이 경과하도록 잔금이 지급되지 않자 한BBBBBBBBB과 후속 합의를 통하여 잔금 지급기일을 2020. 2. 10.로 연장해주었는데, 연장된 기일에도 잔금이 지급되지 않자 2020. 4. 6. 한BBBBBBBBB에 이 사건 계약의 해제를 통보하였다.
• 바. 한편 원고와 한BBBBBBBBB은 2019. 12. 31. CCCC시장에게 이 사건 계약에 따른 일반택시 전부 양도․양수 신고(이하 ’이 사건 양도․양수 신고‘라고 한다)를 하였다. CCCC시장은 2020. 1. 17. 이 사건 계약에 따른 일반택시 전부 양도․양수 신고를 수리하였었는데, 이후 원고는 이 사건 계약이 해제되었음을 이유로 이 사건 양도․양수 신고수리의 취소를 신청하였고, CCCC시장은 2020. 4. 24. 이를 취소하였다.
• 사. 원고는 2020. 4. 28. 이 사건 계약 해제를 사유로 하여 공급가액 Δ454,545,455 원의 세금계산서(이하 ’① 수정세금계산서‘라고 한다)와 공급가액 Δ4,105,454,545원의 세금계산서(이하 ’② 수정세금계산서‘라고 한다)를 각 발급하고, 2020. 7. 22. 2020년 1기 부가가치세 확정신고를 하면서, ‘매출세액 Δ456,000,000원, 매입세액 2,966,163원, 환급세액 460,469,702원’으로 하여 이를 신고하였다.
• 아. 피고는 2020. 11.경부터 2021. 1.까지 원고의 2020년 1기 부가가치세 확정신고 (환급)에 대한 서면확인 결과, ② 쟁점세금계산서는 이 사건 계약에 따른 일반택시 전 부 양도․양수 신고가 수리된 2020. 1. 17.이 이 사건 거래의 공급시기이므로 공급시기 착오에 의하여 발급된 것이라고 보았다. 이에 따라 원고는 2021. 1. 7. 2019년 2기 부가가치세에 관하여 ‘매출세액 116,720,499원, 매입세액 20,690,630원, 경감세액 95,069,569원, 가산세 41,054,545원, 납부세액 42,014,845원’으로 수정신고를 하고,

2021. 2. 22. 2020년 1기 부가가치세에 관하여 ‘매출세액 Δ45,454,545원, 매입세액 2,966,163원, 가산세 41,054,545원, 환급세액 8,869,702원’으로 수정신고를 하였다(이하 ‘이 사건 각 수정신고’라고 한다).

• 자. 그러나 원고는 2021. 5. 6. 다시 피고에게 ② 쟁점세금계산서 발급이 적법하다는 등의 사유로 이 사건 각 수정신고를 다시 당초신고 내용으로 환원시켜달라는 취지로 경정청구를 하였고, 피고는 2021. 7. 5. 이 사건 각 수정신고 내용이 적법하다고 보아 이를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 차. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하 였으나, 조세심판원은 2022. 12. 6. 원고의 심판청구를 기각하는 재결을 하였다.
• 카. 원고의 2019년 2기, 2020년 1기 각 부가가치세 확정신고 및 이 사건 각 수정신 고의 내역을 정리하면 아래 표 기재와 같다. 구분 매출세액 매입세액 경감세액 가산세 납부세액 2019년 2기 당초신고 527,265,953 20,690,630 501,509,569 5,065,754 수정신고 116,720,499 20,690,630 95,069,569 41,054,545 42,014,845 차액 410,545,454

• 406,440,000 Δ41,054,545 Δ36,969,091 2020년 1기 당초신고 Δ456,000,000 2,966,163

• Δ460,469,702 수정신고 Δ45,454,545 2,966,163

• 41,054,545 Δ8,869,702 차액 Δ410,545,455

• - Δ41,054,545 Δ451,600,000 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 9호증, 을 제1 내지 9호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 ①, ② 쟁점세금계산서를 전제로 2019년 2기 부가가치세 확정신고를 하였고, 이 사건 특례 규정에 따라 경감받은 이 사건 경감세액 501,509,569원(부가가치세 납부세액의 99%) 중 대부분을 구 조세특례제한법 제106조의7 제2항 내지 제4항에 따라 소속 운수종사자(부가가치세 납부세액의 90%) 등에게 이미 지급하였다. 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것으로 이는 국가가 해당 세액을 실제로 납부받았는지 여부와 관계없고, 원고가 위와 같이 소속 운수종사자 등에게 이 사건 경감세액 일부를 직접 지급한 것은 국가에 납부한 것과 동일한 기납부세액의 성격을 가지기도 한다. 따라서 ①, ② 쟁점세금계산서에 관하여 ①, ② 수정세금계산서가 발급된 이상 이 사건 경감세액 중 소속 운수종사자 등에게 직접 지급한 금액 또는 적어도 거기에서 착오 발급에 의한 가산세 등을 제한 잔여분이라도 원고에게 환급되어야 한다(이하 ‘① 주장’이라고 한다).

2. 원고는 2019. 12. 31. 소속 운수종사자를 포함한 전직원이 퇴사하고 CCCC시 장에 대하여 이 사건 양도․양수 신고를 마침으로써 사실상 폐업하였다. 따라서 ② 쟁 점세금계산서의 공급시기는 CCCC시장의 이 사건 양도․양수 신고 수리일인 2020.

1. 17.이 아니라 부가가치세법 시행령 제28조 제9항 에 따라 위 폐업일인 2019. 12. 31.이 되므로, 이를 공급시기로 ② 쟁점세금계산서를 발급한 것은 적법하다(이하 ‘② 주장’이라고 한다).

3. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. ① 주장에 대한 판단 원고가 이 사건 경감세액 중 소속 운수종사자 등에게 직접 지급한 금액은 부가가치세 환급대상에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다. 그 구체적인 이유는 아래와 같다.

1. 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부받았는지 여부와 관계없이 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것(대법원 2013. 3. 21. 선고 2011다95564전원합의체 판결 등 참조)이다. 그런데 원고가 이 사건 경감세액 중 소속 운수종사자 등에게 직접 지급한 금액은 그 지급 상대방이 매출 발생의 원인이 되는 거래와는 무관한 점, 과세기간 내 전체 매출세액에서 전체 매입세액을 차감한 납부세액을 기준으로 산출되는 점 등에서 일반소비세적 성격을 가진 부가가치세와는 그 성질을 달리하는 것이므로, 이를 ‘거래징수된 부가가치세’에 해당한다고 평가할 수는 없다. 따라서 이는 당초부터 부가가치세 환급대상이 될 여지가 없다.

2. 비록 구 조세특례제한법 제106조의7 제2항 내지 제4항이 일반택시 운송사업자로 하여금 소속 운수종사자 등에 대한 경감세액 지급 의무를 부과하고, 같은 조 제7항은 의무 해태 시 추징 규정을 두고 있기는 하지만, 그에 따라 추징된 금액은 일반택시 운송사업자가 원래 지급하여야 할 운수종사자에게 지급된다는 점에서, 일반택시 운송사업자가 부담하는 위와 같은 의무를 납세 의무와 동일하게 볼 수 없다.

3. 원고의 주장과 같이 일반택시 운수종사자 등이 구 조세특례제한법 제106조의7 제2항 내지 제4항에 따라 일반택시 운송사업자를 상대로 직접적인 사법상 권리를 취득하는 것은 아니지만, 일반택시 운수종사자 등이 위 조항에 따라 경감세액을 지급받은 뒤 경감세액이 후발적으로 감소된 경우에는 일반 부당이득반환 법리에 따라 일반택시 운송사업자에 이를 반환할 의무를 부담한다고 봄이 타당하다. 이 사건의 경우에도 원고는 경감세액을 지급하였던 소속 운수종사자들을 상대로 부당이득반환을 구할 수 있 다고 할 것이고, 단지 현실적으로 이를 회수하는 데 어려움이 있다는 사정만으로 그에 관하여 아무런 귀책사유가 없는 국가가 소속 운수종사자들을 대신하여 그 반환의무를 부담한다고 볼 수 없다.

• 라. ② 주장에 대한 판단

1. 원고와 한BBBBBBBBB은 2019. 12. 31. CCCC시장에게 이 사건 양 도․양수 신고를 하였음은 앞서 본 바와 같고, 갑 제7, 8, 9호증의 각 기재에 의하면 원고가 2019. 12. 31.자로 소속 운수종사자들을 퇴사처리였고, 사내이사 김DD을 비롯한 원고의 이사진이 사임한 사실을 인정할 수 있다.

2. 그러나, 앞서 든 증거와 을 제11, 12, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 위 인정사실만 으로는 원고가 2019. 12. 31. 영업을 실질적으로 폐업하였다고 보기 부족하고 달리 이 를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없

• 다. 가) 원고가 영위하고 있던 일반택시운송사업의 가장 핵심적인 자산은 택시 차량, 일반택시운송사업 면허권이라고 할 것이다. 그런데 여객자동차 운수사업법 제14조 제2 항 본문은 일반택시운송사업 면허권을 양도․양수하려면 시․도지사의 인가를 받아야 한다고 규정하고 있는바, 같은 법 제14조 제1항에 따른 신고는 이른바 ‘행정요건적 신고’에 해당한다. 따라서 이 사건 양도․양수 신고만으로는 일반택시운송사업 면허권이 한BBBBBBBBB에 양도된 것으로 볼 수 없고[특히 CCCC시장은 이 사건 양 도․양수 신고를 그대로 수리한 것이 아니라, 이를 반려하였다가 원고와 한BBBBBBBBB이 2020. 1. 5. 다시 일반택시 전부 양도․양수 신고를 하자 2020. 1. 17. 이를 수리하였던 것으로 보인다(을 제13호증 참고)], 원고가 소유하고 있던 택시 차량의 소유권이 이전되었다고 볼 만한 증거도 제출된 바 없다. 결국 원고는 2019. 12. 31. 여전히 일반택시운송사업에 관한 핵심적인 자산을 그대로 보유하고 있었다.
• 나) 나아가 원고와 한BBBBBBBBB 사이에 체결된 이 사건 계약 제3조 제3항은 ‘본 계약은 원고가 관련 법률상 요구되는 관계당국에 대한 신고의 수리 등 요건을 모두 구비하여 자산을 모두 양도하고 한BBBBBBBBB은 대금을 전액 지급함으로써 완결되는 것’으로 규정하고 있고, 한BBBBBBBBB이 이 사건 계약의 잔금지급을 지체하던 중 원고와 한BBBBBBBBB 사이에 작성된 2020. 1. 31.자 후속합의서 제2항은 ‘이 사건 계약에 따른 영업경영 및 회계에 관한 모든 권리는 매매대금 지급완료시까지 원고에게 있다.’고 규정하고 있다. 이에 비추어 보면 원고와 한BBBBBBBBB은 양도대금 전액이 지급되기 전까지는 일반택시운송사업의 경영에 관한 권리를 원고에게 유보시키기로 하였던 것으로 봄이 상당한데, 원고는 2019. 12. 31.까지 이 사건 계약에 따른 양도대금 중 계약금 500,000,000원만을 지급받은 상태였다.
• 다) 실제로 이 사건 계약에 따른 일반택시 전부 양도․양수 신고가 2020. 1. 17. 수리된 이후에서야, 원고는 2020. 2. 20. 사업자세적상 주업종을 택시운송업에서 부동 산업으로 변경하였고, 한BBBBBBBBB도 2020. 2.경부터 일반택시운송사업을 통 한 매출을 올리기 시작하였다.
• 라) 원고는 ② 쟁점세금계산서의 공급시기를 2020. 1. 17.로 보게 되면 원고 소속 운수종사자들이 이 사건 특례 규정에 따른 경감세액을 지급받는 혜택을 전혀 받을 수 없는 문제가 생긴다는 취지로 주장하나, 조세법률주의의 원칙에 비추어 볼 때 원고가 주장하는 위와 같은 사정은 ② 쟁점세금계산서의 공급시기 판단에 고려할 사항으로 볼 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.