처분사유 변경은 허용되지 아니함

사 건 2022구합23792 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 AA 피 고 000세무서장 변 론 종 결 2023. 12. 7. 판 결 선 고 2024. 2. 15.

1. 피고가 2020. 1. 8. 원고에 대하여 한 별지 1. 표 ‘고지세액’란 기재 각 법인세 부과 처분(가산세 포함) 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2013. 4. 11. 주택판매업 등을 목적으로 설립된 회사로, 주식회사 HH건설(이하 ‘HH건설’이라고 한다)과 특수관계법인이다.
• 나. 원고는 대구 ○○동 ○○○ 일원에서 대구○○동 ○○○○ 아파트 966세대를 신축․분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 하고, 위 아파트는 ‘이 사건 아파트’라고 한다)을 시행하기 위하여 2013. 12. 24. HH건설과 이 사건 아파트 신축공사에 관하여 공사대금을 143,203,129,000원(부가가치세 포함, 이하 같다)으로 정하여 도급계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 도급계약’이라고 한다). 이후 이 사건 아파트는 2016. 6.경 준공되었다.
• 다. 한편 원고는 이 사건 도급계약과는 별도로, 이 사건 아파트 신축을 위한 전기․소방․정보통신․소화설비․기계설비공사에 관하여 관련 공사면허를 가지고 있는 업체등(이하 ‘전문공사업체’라고 한다)과 사이에 총 공사대금 합계 15,784,400,000원의 도급계약을 따로 체결하였는데(이하 해당 공사를 통틀어 ‘쟁점 공사’라고 한다), 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다.
• 라. BB지방국세청은 2019. 8. 20.부터 2019. 11. 18.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 후 과세관청인 피고에게, 원고가 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음에도 쟁점 공사에 관하여 전문공사업체와 별도의 도급계약을 체결함으로써 특수관계법인인 HH건설에 쟁점 공사비 상당액을 시가보다 과다하게 지급하였으므로 부당행위계산부인 규정(법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호)에 따라 HH건설에 지급한 공사대금 중 쟁점 공사비 상당액을 손금부인하여야 한다는 내용의 조사결과를 통보하였다.
• 마. 이에 따라 피고는 2020. 1. 8. 원고에 대하여 별지 1. 표 ’고지세액‘란 기재와 같이 2014 내지 2016 사업연도 법인세 합계 5,378,852,480원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라고 한다).
• 바. 원고는 2020. 3. 30. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 8. 3. 원고의 청구를 기각하는 재결을 하였다.
• 사. 한편, 피고는 2021. 12. 13. 위 조세심판원 심판절차 진행 과정에서 이 사건 처분사유를 ‘원고가 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비는 HH건설이 부담해야 할 비용을 원고가 대신 부담한 것으로서 이익분여에 해당하므로 부당행위계산부인 규정(법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호)에 따라 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비 자체를 손금부인하는 것’으로 변경하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 처분 중 쟁점 공사비를 손금부인함을 전제로 이루어진 부분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로, 이를 손금부인하지 않고 산출된 정당세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

• 가. 처분사유 변경 부당 주장 조세심판원 심판절차 진행과정에서 변경된 처분사유는 당초 처분사유와 기본적 사실관계의 동일성이 유지된다고 볼 수 없다. 위와 같은 처분사유 변경은 부적법하여 허용될 수 없다.
• 나. 처분사유 부존재 주장

1. 변경 전 처분사유에 관하여 보면, 원고가 이 사건 도급계약을 통하여 HH건설으로부터 시가보다 고가로 이 사건 각 아파트 건설공사를 제공받았음을 인정할 증거가 없으므로, 처분사유를 인정할 수 없다.

2. 설령 앞서 본 바와 같은 처분사유 변경이 허용된다고 하더라도, 변경된 처분사유에 의하면 손금부인의 대상이 되는 거래의 상대방은 특수관계인인 HH건설이 아니라 제3자인 전문공사업체이므로 부당행위계산부인 규정 자체가 적용될 수 없다. 또한 원고와 HH건설이 체결한 이 사건 도급계약에는 쟁점 공사가 포함되어 있지 않고 HH건설이 전문건설업체 등과 도급계약을 체결한 것도 아니므로 원고가 HH건설이 부담해야 할 쟁점 공사비를 대신 부담한 것으로 볼 수 없는바, 부당행위계산부인의 대상인 이익분여에 해당하지도 않는다. 더군다나 원고와 HH건설 사이의 관계 등에 비추어 볼 때 원고가 HH건설에 이익을 분여할 아무런 이유도 없다. 나아가 설령 원고의 행위가 이익분여에 해당하더라도 원고가 지급한 쟁점 공사비 상당액에 대한 인정이자를 익금산입하고 해당액 상당의 차입금의 지급이자를 손금부인해야 하는 것이지 쟁점공사비 상당액 전액을 손금부인할 수 없다. 따라서 변경된 처분사유 역시 어느 모로 보더라도 인정할 수 없다.

별지 2. 기재와 같다(관계 법령의 개정이 이 사건 판단에 영향을 미치지 아니하므로 편의상 현행 법령을 기준으로 살펴본다).

• 가. 처분사유 변경 가부

1. 관련 법리 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환․변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결 등 참조). 그러나 행정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 처분청은 당초 처분의 근거로 삼은 사유와 기본적 사실관계가 동일성이 있다고 인정되는 한도 내에서만 다른 사유를 추가 또는 변경할 수 있고, 이러한 기본적 사실관계의 동일성 유무는 처분사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적 사실에 착안하여 그 기초인 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한지에 따라 결정되므로, 추가 또는 변경된 사유가 처분 당시에 이미 존재하고 있었다거나 당사자가 그 사실을 알고 있었다고 하여 당초의 처분사유와 동일성이 있다고 할 수 없다(대법원 2011. 11. 24. 선고 2009두19021 판결 등 참조). 그리고 이러한 법리는 행정심판 단계에서도 그대로 적용된다(대법원 2014. 5. 16. 선고2013두26118 판결).

2. 구체적 판단 이 사건 처분의 당초 처분사유는 원고가 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함 되어 있음에도 쟁점 공사에 관하여 전문공사업체와 별도의 도급계약을 체결함으로써 특수관계법인인 HH건설에 쟁점 공사비 상당액을 시가보다 과다하게 지급하였으므로 HH건설에 지급한 공사대금 중 쟁점 공사비 상당액을 손금부인한다는 것이고, 조세심판원 심판절차 진행과정에서 변경된 처분사유는 원고가 특수관계법인인 HH건설이 부담해야 할 비용인 쟁점 공사비를 전문공사업체에 대신 부담한 것은 이익분여에 해당하므로 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비 자체를 손금부인한다는 것이다. 그러나 앞서든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 위와 같이 변경된 처분사유는 당초 처분사유와 기본적 사실관계가 동일하다고 볼 수 없으므로, 위와 같은 내용의 처분사유의 변경은 허용되지 않는다(이처럼 처분사유의 변경 자체가 허용되지 않는다고 보는 이상, 당초 처분사유에 따라 산출된 사업연도별 부당행위계산부인 금액 합계액의 한도 내에서 변경된 처분사유에 따라 전문공사업체로부터 수취한 세금계산서의 합계액으로 정당세액이 산출되어야 한다는 취지의 피고의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다).

• 가) 원고가 이 사건 도급계약에 따라 HH건설에 지급한 공사대금이 시가보다 과다하다는 것과 원고가 HH건설이 부담해야 할 비용인 쟁점 공사비를 대신 부담하였다는 것은 서로 양립할 수 있는 사실관계로써 상호 영향을 미치지 아니하는 별개의 것이어서, 중복 없이 개별적으로 이를 각각의 처분사유로 삼아 세액을 결정하는 과세처분을 하는 것이 가능하다.
• 나) 당초 처분사유와 변경된 처분사유는 부당행위계산부인 규정에 따라 손금부인 대상이 되는 행위의 구체적 내용, 상대방, 그 귀속시기까지 서로 달리 하고 있다.특히 처분사유가 변경됨에 따라 사업연도별 손금부인 내역이 크게 달라지고(피고는 변경된 처분사유에 따르더라도 HH건설의 기성금청구서에 기재된 전체 작업진행율을 기준으로 손금부인 되어야 하므로 그 사업연도별 내역에 변화가 없다는 취지로도 주장하나, 변경된 처분사유에 따라 HH건설이 아닌 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비를 손금부인의 대상으로 삼는 이상 HH건설의 전체 작업진행율은 고려할 바가 아니다) 그에 따라 사업연도별로 과세되는 법인세액도 달라질 수밖에 없는데, 법인세와 같은 기간과세에 있어서 과세기간은 소송물을 구분짓는 결정적인 요소가 되기 때문에 이처럼 과세기간을 변경하는 취지의 처분사유의 변경은 허용되지 않는다고 보아야 한다.
• 다) 피고가 처분사유의 변경이 허용되어야 한다는 근거로 드는 판례(대법원1989. 12. 12. 선고 88누7255)는 과세관청이 법인의 보유주식 양도로 인한 투자자산처분손실액을 ‘저가양도’로 보아 손금부인한 과세처분을 하였다가 항고소송 과정에서 주식의 매입이 ‘고가매입’이라고 처분사유를 변경한 사안에 관한 것으로, 위 사안에서 는 처분사유 변경에도 불구하고 손금부인의 대상이 ‘투자자산 처분손실액’으로 그대로 유지되고 그 처분손실액의 부인을 통한 법인세 자체의 귀속사업년도 역시 달라지 않으므로, 이를 이 사건에 그대로 원용하기는 적절치 않다.
• 나. 당초 처분사유 인정 여부

1. 관련 법리 법인세법 제52조 제2항 은 부당행위계산의 부인을 적용함에 있어서 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환 비율 그 밖에 이에 준하는 것을 포함한다)인 시가를 기준으로 한다고 규정하고 있다. 부당행위계산의 부인에 관하여 적용기준이 되는 이러한 ‘시가’에 대한 주장․증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결, 대법원 2018. 7. 26. 선고 2016두40375 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 본 바와 같이 처분사유 변경이 허용되지 않는 이상 당초 처분사유 인정 여부만 문제되므로, 위 법리에 비추어 그에 관하여 본다. 원고의 주장과 같이 원고와 HH건설 사이에 체결된 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 원고가 HH건설로부터 제공받은 이 사건 아파트 건설공사의 시가가 전체 공사대금에서 쟁점 공사비를 제외한 금액(또는 그 이하의 금액)임을 인정하기 부족하고, 달리 위 시가를 입증할 만한 증거가 없다. 따라서 위와 같은 시가를 전제로 쟁점 공사비를 손금부인한 종전 처분사유는 인정되지 않고, 원고의 이 부분 주장은 이유있다.

• 다. 취소의 범위 을 제13호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 2014 내지 2016 사업연도 법인세에 관하여 쟁점 공사비를 손금부인하지 않고 산출된 정당세액은 별지 1.표 ‘정당세액’란 기재 각 금액인 사실을 인정할 수 있다. 따라서 이 사건 처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.