공사비 이중지급 부당행위계산부인 해당 여부

사 건 2022구합23785 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 SSS 피 고 BBB세무서장 제 1 심 판 결 변 론 종 결

2023. 12. 7. 판 결 선 고

2024. 2. 15.

1. 피고가 2020. 1. 8. 원고에 대하여 한 별지 1. 표 ‘고지세액’란 기재 각 법인세 부과 처분(가산세 포함) 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2014. 10. 21. 주택판매업 등을 목적으로 설립된 회사로, 주식회사 H건설(이하 ’H건설‘이라고 한다)과 특수관계법인이다. 김CC은 원고의 주식 100%를 소유하고 있는 사람으로, 원고의 공동대표이사로 재직하면서 2017년 2,400,000,000원, 2018년 2,900,000,000원을 보수로 각 지급받았다.
• 나. 원고는 대구 O구 OO동 OO 일원에서 대구 OO HH 아파트 752세대를 신축․분양하는 사업(이하 ’BB 사업‘이라고 하고 위 아파트는 ’BB아파트‘라고 한다)을 시행하기 위하여 2015. 7. 22. H건설과 BB 아파트 신축공사에 관하여 공사대금을 100,682,000,000원(부가가치세 포함, 이하 같다)으로 정하여 도급계약을 체결하였다. 이후 원고와 H건설은 공사대금을 141,200,000,000원으로 증액하였고, BB 아파트는 2018. 3. 26.경 준공되었다.
• 다. 또한 원고는 대구 OO군 OO읍 OO리 OO 일원에서 대구 JJ HH아파트 783세대를 신축․분양하는 사업(이하 ’JJ리 사업‘이라고 하고 위 아파트는 ’JJ리 아파트‘라고 하며 BB 아파트와 통틀어 ’이 사건 각 아파트‘라고 한다)을 시행하기 위하여 2015. 11. 10. H건설과 JJ리 아파트 신축공사에 관하여 공사대금을 108,410,000,000원으로 정하여 도급계약을 체결하였다(원고와 H건설 사이에 체결된 도급계약을 통틀어 ’이 사건 도급계약‘이라고 한다). 이후 원고와 H건설은 공사대금을 136,500,000,000원으로 증액하였고, 죽곡리 아파트는 2018. 11. 30.경 준공되었다.
• 라. 한편 원고는 이 사건 도급계약과는 별도로, 이 사건 각 아파트 신축을 위한 전기․소방․정보통신․소화설비․기계설비․조경공사에 관하여 관련 공사면허를 가지고 있는 업체 등(이하 ’전문공사업체‘라고 한다)과 사이에 총 공사대금 합계 30,056,500,000원의 도급계약을 따로 체결하였는데(이하 해당 공사를 통틀어 ’쟁점 공사‘라고 한다), 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다. (표 생략)
• 마. K지방국세청은 2019. 8. 20.부터 2019. 11. 18.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 후(이하 ’이 사건 조사‘라고 한다) 과세관청인 피고에게, ① 원고가 대표이사 김CC에게 지급한 보수 중 원고가 김CC의 부(父)로서 H건설의 전 대표이사인 김WW이 같은 기간 동안 H건설로부터 지급받은 보수를 초과하는 부분인 2017사업연도 2,248,000,000원(2,400,000,000원 –152,000,000원), 2018 사업연도 2,748,000,000원(2,900,000,000원 - 152,000,000원)의 합계 4,996,000,000원(이하 ’쟁점보수‘라고 한다)은 그 실질이 이익처분에 따른 상여금이므로 과다경비 등의 손금불산입 규정(법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조)에 따라 각 사업연도의 손금에서 제외되어야 하고, ② 원고가 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음에도 쟁점 공사에 관하여 전문공사업체와 별도의 도급계약을 체결함으로써 특수관계법인인 H건설에 쟁점 공사비 상당액을 시가보다 과다하게 지급하였으므로 부당행위계산부인 규정(법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호)에 따라 H건설에 지급한 공사대금 중 쟁점 공사비 상당액을 손금부인하여야 한다는 내용의 조사결과를 통보하였다.
• 바. 이에 따라 피고는 2020. 1. 8. 원고에 대하여 별지 1. 표 ‘고지세액’란 기재와 같이 2015 내지 2018 사업연도 법인세 합계 9,293,485,700원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 사. 원고는 2020. 3. 30. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 8. 3. 원고의 청구를 기각하는 재결을 하였다.
• 아. 한편, 피고는 2021. 12. 13. 위 조세심판원 심판절차 진행 과정에서 쟁점 공사비와 관련된 처분사유를 ‘원고가 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비는 H건설이 부담해야 할 비용을 원고가 대신 부담한 것으로서 이익분여에 해당하므로 부당행위계산부인 규정(법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호)에 따라 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비 자체를 손금부인하는 것’으로 변경하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 3, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 처분 중 쟁점 보수 및 쟁점 공사비를 손금부인함을 전제로 이루어진 부분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로, 이를 손금부인하지 않고 산출된 정당세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

• 가. 쟁점 보수 손금부인 부분에 관하여

1. 절차적 위법(중복세무조사) 주장 K국세청은 2018. 6. 11.부터 2018. 6. 29.까지 실시된 국세청의 정기종합감사 과정에서 쟁점 보수 중 2017 사업연도 해당분이 법인세 부과 대상인지 여부에 관하여 조사를 실시하고도 아무런 과세처분을 하지 아니하다가 2019. 8. 20.부터 2019.11. 18.까지 원고에 대하여 이 사건 조사를 다시 실시하였고 그에 따라 피고가 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분 중 쟁점 보수를 손금부인하여 이루어진 2017 사업연도 법인세 부과처분 부분은 위법한 중복세무조사에 기초한 것이어서 위법하다.

2. 처분사유 부존재 주장 김CC은 원고의 대표이사로서 BB 사업, JJ리 사업과 관련하여 사업부지선정, 금융자본 조달, 분양마케팅 활동, 시행사업 관리, 시공사업 현장관리 등 중요한 직무를 총괄하여 수행함으로써 원고의 매출액과 영업이익의 비약적 증대에 크게 기여하였다. 이에 따라 원고는 정관 규정에 따라 정기주주총회 및 이사회 결의를 거쳐 대표이사의 직무집행에 대한 정당한 대가로서 김CC에게 보수를 지급하였던 것이다. 또한 피고는 원고의 특수관계법인인 H건설의 종전 대표이사 김WW의 보수를 김CC에 대한 적정 보수액으로 보았으나, 김CC과 김WW은 그 지위나 수행한 업무 내용 등이 크게 다르므로 피고의 위와 같은 기준은 자의적인 것으로 부당하다. 따라서 원고가 김CC에게 지급한 보수 중 김WW의 보수를 초과하는 부분인 쟁점 보수가 실제로는 이익처분에 의한 상여금에 해당한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분 중 쟁점 보수 손금부인 부분은 위법하다.

• 나. 쟁점 공사비 손금부인에 관하여

1. 처분사유 변경 부당 주장 이 사건 처분 중 쟁점 공사비 상당액의 손금부인 부분에 관하여 조세심판원 심판절차 진행과정에서 변경된 처분사유는 당초 처분사유와 기본적 사실관계의 동일성이 유지된다고 볼 수 없다. 위와 같은 처분사유 변경은 부적법하여 허용될 수 없다.

2. 처분사유 부존재 주장

• 가) 변경 전 처분사유에 관하여 보면, 원고가 이 사건 도급계약을 통하여 H건설로부터 시가보다 고가로 이 사건 각 아파트 건설공사를 제공받았음을 인정할 증거가 없으므로, 처분사유를 인정할 수 없다.
• 나) 설령 앞서 본 바와 같은 처분사유 변경이 허용된다고 하더라도, 변경된 처분사유에 의하면 손금부인의 대상이 되는 거래의 상대방은 특수관계인인 H건설이 아니라 제3자인 전문공사업체이므로 부당행위계산부인 규정 자체가 적용될 수 없다. 또한 원고와 H건설이 체결한 이 사건 도급계약에는 쟁점 공사가 포함되어 있지 않고 H건설이 전문건설업체 등과 도급계약을 체결한 것도 아니므로 원고가 H건설이 부담해야 할 쟁점 공사비를 대신 부담한 것으로 볼 수 없는바, 부당행위계산부인의 대상인 이익분여에 해당하지도 않는다. 더군다나 원고와 H건설 사이의 관계 등에 비추어 볼 때 원고가 H건설에 이익을 분여할 아무런 이유도 없다. 나아가 설령 원고의 행위가 이익분여에 해당하더라도 원고가 지급한 쟁점 공사비 상당액에 대한 인정이자를 익금산입하고 해당액 상당의 차입금의 지급이자를 손금부인해야 하는 것이지 쟁점 공사비 상당액 전액을 손금부인할 수 없다. 따라서 변경된 처분사유 역시 어느 모로 보더라도 인정할 수 없다.

별지 2. 기재와 같다(관계 법령의 개정이 이 사건 판단에 영향을 미치지 아니하므로 편의상 현행 법령을 기준으로 살펴본다).

• 가. 쟁점 보수 손금부인 부분에 관한 판단

1. 인정사실

• 가) 원고의 주주 및 임원 현황 김CC은 원고의 주식 100%를 소유하고 있다. 김CC은 원고가 설립된 2014.10. 21.부터 현재까지 원고의 사내이사이고, 그 중 2014. 10. 21.부터 2015. 1. 7.까지, 2016. 11. 9.부터 2020. 8. 5.까지, 2020. 11. 2.부터 2021. 6. 17.까지는 공동대표이사로 재직하였다. 한편 박WW은 2014. 10. 21.부터 2015. 1. 7.까지 및 2016. 11. 9.부터 2020. 8. 5.까지 공동대표이사로 재직하였고, NNN은 2020. 11. 2. 원고의 공동대표이사로 취임하여 2021. 6. 17.부터는 단독으로 대표이사로 재직하고 있다.
• 나) 쟁점 보수 관련 주주총회 및 이사회 의결 등

(1) 원고의 정관 제38조는 ‘임원의 보수 또는 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회의 결의로 정한다’고 규정하고 있다.

(2) 원고가 임원 보수에 관하여 의결한 것으로 기재된 주주총회 및 이사회 의사록의 구체적 내용은 아래 표 기재와 같다.

• 다) 원고의 보수 지급내역 및 재무상황 등

(1) 원고는 설립 이후 2016 사업연도까지는 김CC에게 보수를 지급하지 않다 가, 2017 사업연도에는 2,400,000,000원, 2018 사업연도에는 2,900,000,000원을 보수로 각 지급하였다.

(2) 원고가 2015 내지 2018 사업연도에 김CC 이외의 임직원에게 지급한 보수는 아래 표 기재와 같다.

(3) 원고의 2015 내지 2018 사업연도의 매출액, 영업이익, 당기순이익 및 미처분이익잉여금은 아래 표 기재와 같다.

• 라) 해명자료 제출 경위

(1) K국세청 법인납세과 담당공무원은 2018. 6. 25. H건설 담당자를 수신자로 하여 아래와 같은 내용이 기재된 ‘해명자료 제출 안내문’을 발송하였다. 해명자료 제출 안내문 상호: 원고

2018. 6. 11. ~ 2018. 6. 29.까지 실시하는 국세청의 정기종합감사와 관련하여 법인세법 제122조 의 질문・조사권 및 국세청 및 지방세무관서 감사규정 제19조에 따라 아래 내용에 대하여 해명을 요구하니 사실 확인에 필요한 장부 및 증빙서류를 2018. 6. 26.까지 제출하여 주시기 바랍니다. ◇ 해명할 사항 및 증빙서류 ◇ 세목 귀속 해명할 사항 금액 제출할 서류 비고 ---------------------------------------------------------------------- 법인 2017 인건비(김CC) 24억 원 1. 급여지급규정

2. 김CC님의 급여 관련

• 급여지급 금융 증빙

• 관련 이사회 회의록

(2) 이에 따라 원고는 2017 사업연도에 김CC에게 지급한 급여와 관련한 금융자료, 급여지급규정, 급여지급대장 등의 소명자료를 제출하였다. [인정근거] 갑 제2, 3, 6 내지 9, 33호증, 을 제1, 10, 12, 13, 15, 17 내지 22호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 절차적 위법(중복세무조사) 여부

• 가) 관련 법리 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결 참조). 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 참조).
• 나) 구체적 판단 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, K국세청이 2018. 6.경 원고에게 해명자료 제출을 요구하여 자료를 제공받은 행위(이하 ‘이 사건 1차 조사’라 한다)를 세무조사에 해당한다고 보기는 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

(1) K국세청의 해명자료 제출요구에 따라 원고의 세무업무를 지원하던 H건설 소속 직원과 세무자문 담당 회계사가 K국세청을 방문하여 담당공무원에게 김CC에게 급여를 지급한 사실을 증빙할 자료를 제출하고 이에 대한 설명을 한 사실은 인정된다. 그러나 ① 이 사건 1차 조사의 대상은 원고가 2017 사업연도에 김CC에게 지급한 급여와 관련된 내용에 한정된 점, ② K국세청이 원고에게 제출을 요구한 자료는 급여지급 규정, 급여지급 금융증빙, 관련 이사회 회의록, 전년 대비 급여 상승 사유, 퇴직금 중간정산 여부에 관한 자료였고, 이에 따라 원고가 제출한 자료는 김CC 급여관련 법인 의견서, 주식변동상황명세서, 급여대장, 급여이체증빙, 정관, 이사회 회의록으로 원고가 이미 작성하여 보유하고 있던 자료들이거나 그에 관한 설명자료에 불과한 점, ③ H건설 소속 직원 등이 K국세청을 방문하여 설명을 한 것은 자료제출과정의 일부로 보이고 담당공무원이 실질적으로 세무조사에 해당할 정도의 질문조사권을 행사한 것으로 보이지 않는 점, ④ 이 사건 1차 조사 당시 피고 담당공무원이 원고의 사무실, 사업장 등을 방문하여 장부나 물건 등을 직접 조사한 사실이 없고, 해명자료 제출안내 시 세무조사 개시를 위한 사전통지 등의 절차도 진행되지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 1차 조사 당시 원고의 영업의 자유나 법적안정성이 침해될 정도의 조사가 이루어진 것으로 보이지는 않는다. (2) 국세기본법 제2조 제21호 는 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동’을 ‘세무조사’로 규정하고 있다. 그런데 ① 이 사건 1차 조사는 원고에 대한 과세표준이나 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것이 아니라 상급기관인 국세청이 K국세청에 대한 정기종합감사를 하는 과정에서 세무행정의 적법성, 타당성을 검증하기 위하여 이루어진 것인 점, ② 원고나 H건설의 해명자료 제출 이후 과세에 필요한 자료수집 등의 행위가 추가적으로 이루어졌다고 볼 만한 사정이 없고 실제로 이 사건 1차 조사 후 원고에게 법인세 등이 부과되지도 않았던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 1차 조사가 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것이라 고 보기도 어렵다.

3. 처분사유 인정 여부(쟁점 보수가 손금부인 대상인지 여부)

• 가) 관련 법리 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 법인세법 제19조, 제20조, 제26조 및 법인세법 시행령 제43조 의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조 의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적․계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 구 법인세법 시행령 제43조 에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단

(1) 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 김CC에게 2017 사업연도 및 2018 사업연도에 지급한 쟁점 보수는 특별한 사정이 없는 한 대표이사의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입의 대상이 된다고 봄이 타당하다. (가) 김CC은 원고의 주식 100%를 소유한 사람이자 원고 설립 이후 2021.6. 17.까지의 대부분 기간 동안 원고의 대표이사로 재직한 사람으로서 원고로부터 지급받는 자신의 보수를 별다른 제약 없이 자유롭게 정할 수 있는 지위에 있었고, 기본급, 수당 등 보수의 구성항목이 정하여져 있는 연봉계약서를 작성한 사실도 없다. (나) 원고는 2016 사업연도에 7,481,680,069원, 2017 사업연도에 36,994,749,521원의 미처분이익잉여금이 각각 발생하였음에도 주주에게 배당금을 지급하는 등의 방법으로 이를 처분하지 않고 이를 모두 차기 이월하였고, 그 중 상당부분이 쟁점 보수의 명목으로 처분되었다. (다) 원고의 2018 사업연도 영업이익과 당기순이익은 2017 사업연도에 비하여 큰 폭으로 감소하였음에도 불구하고 김CC에게 지급한 보수는 2018. 8.부터 월 200,000,000원에서 월 300,000,000원으로 대폭 인상되었고, 김CC이 2018 사업연도에 지급받은 보수 총 2,900,000,000원은 원고의 2018 사업연도 영업이익인 2,945,083,911원과 거의 동일한 수준이다. 원고가 주장하는 바와 같은 매출액과 영업이익 증대에 대한 김CC의 기여도를 충분히 감안하더라도 위와 같은 보수 지급 내역은 매우 이례적이다. (라) 원고는 같은 기간 공동대표이사인 박WW에게는 아무런 보수도 지급하지 않았다. 또한 원고가 2018 사업연도에 상무이사가 된 김CC에게 지급한 보수는 총 52,004,686원으로 2018 사업연도에 김CC에게 지급한 보수는 그 55배에 달한다.

(2) 나아가 피고가 김CC에 대한 정당한 직무집행의 대가를 2017 사업연도 152,000,000원, 2018 사업연도 152,000,000원으로 보아 위 금액만을 손금에 산입한 것이 정당한지 본다. 살피건대, 피고는 김CC이 원고의 임원으로 근무하면서 BB 사업과 JJ리 사업을 성공적으로 마무리한 사정 및 동종업계 임원들의 보수 수준 등을 종합적으로 고려하여 김CC의 정당한 직무집행의 대가를 원고와 특수관계에 있는 H건설의 회장인 김WW의 급여로 산정하였는데 이는 원고의 다른 임원진의 보수를 크게 상회하는 것이어서 특별히 부당하게 원고에 불리한 것으로 보이지 않는 점, 김CC에 대한 정당한 직무집행의 대가의 범위에 관한 증명책임은 원고가 부담하는 것인데 이에 관하여 원고가 제출한 자료들은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료로 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 김CC의 정당한 직무집행 대가로 인정한 금액이 부당하다고 보기도 어렵다.

(3) 결국 원고가 김CC에게 지급한 보수 중 H건설이 김WW에게 지급한 보수를 초과하는 부분인 쟁점 보수를 손금부인한 것이 위법하다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 나. 쟁점 공사비 손금부인 부분에 관한 판단

1. 처분사유 변경 가부

• 가) 관련 법리 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환․변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결 등 참조). 그러나 행정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 처분청은 당초 처분의 근거로 삼은 사유와 기본적 사실관계가 동일성이 있다고 인정되는 한도 내에서만 다른 사유를 추가 또는 변경할 수 있고, 이러한 기본적 사실관계의 동일성 유무는 처분사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적 사실에 착안하여 그 기초인 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한지에 따라 결정되므로, 추가 또는 변경된 사유가 처분 당시에 이미 존재하고 있었다거나 당사자가 그 사실을 알고 있었다고 하여 당초의 처분사유와 동일성이 있다고 할 수 없다(대법원 2011. 11. 24. 선고 2009두19021 판결 등 참조). 그리고 이러한 법리는 행정심판 단계에서도 그대로 적용된다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2013두26118 판결).
• 나) 구체적 판단 이 사건 처분 중 쟁점 공사비 관련 부분의 당초 처분사유는 원고가 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음에도 쟁점 공사에 관하여 전문공사업체와 별도의 도급계약을 체결함으로써 특수관계법인인 H건설에 쟁점 공사비 상당액을 시가보다 과다하게 지급하였으므로 H건설에 지급한 공사대금 중 쟁점 공사비 상당액을 손금부인한다는 것이고, 조세심판원 심판절차 진행과정에서 변경된 처분사유는 원고가 특수관계법인인 H건설이 부담해야 할 비용인 쟁점 공사비를 전문공사업체에 대신 부담한 것은 이익분여에 해당하므로 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비 자체를 손금 부인한다는 것이다. 그러나 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 위와 같이 변경된 처분사유는 당초 처분사유와 기본적 사실관계가 동일하다고 볼 수 없으므로, 위와 같은 내용의 처분사유의 변경은 허용되지 않는다(이처럼 처분사유의 변경 자체가 허용되지 않는다고 보는이상, 당초 처분사유에 따라 산출된 사업연도별 부당행위계산부인 금액 합계액의 한도 내에서 변경된 처분사유에 따라 전문공사업체로부터 수취한 세금계산서의 합계액으로 정당세액이 산출되어야 한다는 취지의 피고의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다).

(1) 원고가 이 사건 도급계약에 따라 H건설에 지급한 공사대금이 시가보다 과다하다는 것과 원고가 H건설이 부담해야 할 비용인 쟁점 공사비를 대신 부담하였다는 것은 서로 양립할 수 있는 사실관계로써 상호 영향을 미치지 아니하는 별개의 것이어서, 중복 없이 개별적으로 이를 각각의 처분사유로 삼아 세액을 결정하는 과세처분을 하는 것이 가능하다.

(2) 쟁점 공사비와 관련된 당초 처분사유와 변경된 처분사유는 부당행위계산부인 규정에 따라 손금부인 대상이 되는 행위의 구체적 내용, 상대방, 그 귀속시기까지 서로 달리 하고 있다. 특히 처분사유가 변경됨에 따라 사업연도별 손금부인 내역이 크게 달라지고(피고는 변경된 처분사유에 따르더라도 H건설의 기성금청구서에 기재된 전체 작업진행율을 기준으로 손금부인 되어야 하므로 그 사업연도별 내역에 변화가 없다는 취지로도 주장하나, 변경된 처분사유에 따라 H건설이 아닌 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비를 손금부인의 대상으로 삼는 이상 H건설의 전체 작업진행율은 고려할 바가 아니다) 그에 따라 사업연도별로 과세되는 법인세액도 달라질 수밖에 없는데, 법인세와 같은 기간과세에 있어서 과세기간은 소송물을 구분짓는 결정적인 요소가 되기 때문에 이처럼 과세기간을 변경하는 취지의 처분사유의 변경은 허용되지 않는다고 보아야 한다.

(3) 피고가 처분사유의 변경이 허용되어야 한다는 근거로 드는 판례(대법원1989. 12. 12. 선고 88누7255)는 과세관청이 법인의 보유주식 양도로 인한 투자자산 처분손실액을 ‘저가양도’로 보아 손금부인한 과세처분을 하였다가 항고소송 과정에서 주식의 매입이 ‘고가매입’이라고 처분사유를 변경한 사안에 관한 것으로, 위 사안에서는 처분사유 변경에도 불구하고 손금부인의 대상이 ‘투자자산 처분손실액’으로 그대로 유지되고 그 처분손실액의 부인을 통한 법인세 자체의 귀속사업년도 역시 달라지 않으므로, 이를 이 사건에 그대로 원용하기는 적절치 않다.

2. 당초 처분사유 인정 여부

• 가) 관련 법리 법인세법 제52조 제2항 은 부당행위계산의 부인을 적용함에 있어서 건전한 사회 통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환 비율 그 밖에 이에 준하는 것을 포함한다)인 시가를 기준으로 한다고 규정하고 있다. 부당행위계산의 부인에 관하여 적용기준이 되는 이러한 ‘시가’에 대한 주장․증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결, 대법원 2018. 7. 26. 선고 2016두40375 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 앞서 본 바와 같이 처분사유 변경이 허용되지 않는 이상 당초 처분사유 인정여부만 문제되는데, 원고의 주장과 같이 원고와 H건설 사이에 체결된 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 원고가 H건설로부터 제공받은 이 사건 각 아파트 건설공사의 시가가 전체 공사대금에서 쟁점 공사비를 제외한 금액(또는 그 이하의 금액)임을 인정하기 부족하고, 달리 위 시가를 입증할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분 중 쟁점 공사비를 손금부인한 부분에 관한 종전 처분사유는 인정되지 않고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
• 다. 취소의 범위

1. 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이다. 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다. 그러나 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1992. 7. 24. 선고 92누4840 판결, 법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

2. 위 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분 중 쟁점 보수를 손금부인한 부분은 적법하고 쟁점 공사비를 손금부인한 부분은 위법하나, 이 사건에서 이 사건 변론에서 나타난 자료만으로는 원고에 대한 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분 중 쟁점 보수 및 쟁점 공사비를 모두 손금부인하지 않음을 전제로 원고가 주장하는 정당세액을 초과하는 부분 전체를 취소하기로 한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.