재개발 조합원 현물출자 자산의 취득시기 및 평가가액 적정 여부

사 건 2022구합23495 법인세경정거부처분취소 원 고 AAAAAA아파트주택재건축정비사업조합 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 9. 5. 판 결 선 고

2025. 1. 23.

1. 피고가 2021. 4. 23. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 법인세 268,752,551원 및 2018 년 귀속 법인세 440,585,635원의 환급 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 00 00구 00동 000-00 일원 24,127㎡에서 공동주택 000세대 및 상가 00호를 건축하는 내용의 주택재건축정비사업(이하 ‘이 사건 정비사업’이라 함)을 시행하기 위하여 2010. 10. 5. 조합설립인가를 받고, 2015. 9. 2. 사업시행계획인가를, 2016.2. 24.에는 관리처분계획인가를 받아 정비사업을 시행하였으며, 2019. 7. 19. 준공인가를 받은 뒤 2021. 3. 2. 총회에서 조합 해산을 결의하였다.
• 나. 원고는 당초 이 사건 정비사업을 위하여 원고의 조합원들로부터 현물출자 받은 [별지1] ‘부동산 목록’ 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 함)의 취득가액을 사업시행계획인가일인 2015. 9. 2.를 기준으로 감정평가한 금액인 98,249,000,000원(이하 ‘당초 감정가액’이라 하고, 이를 산출한 감정평가를 ‘당초 감정평가’라고 함, ❶)으로 보아 이를 손금에 산입하여 2017년 및 2018년 법인세를 각 신고·납부하였다.
• 다. 원고는 2020. 4. 28. 피고에 ① 이 사건 각 부동산의 취득가액이 관리처분계획인가를 받은 2016. 2. 24.(이하 ‘이 사건 기준일’이라 함) 기준 이 사건 각 부동산에 대한 감정평가액인 112,055,000,000원(이하 ‘이 사건 감정가액’이라 하고, 이를 산출한 감정평가를 ‘이 사건 감정평가’라고 하며, 그 감정평가서를 ‘이 사건 각 감정평가서’라 함,❷)이라고 하며 당초 감정가액과의 차액 상당인 13,806,000,000원(=❷-❶)을 추가로 손금에 산입하고, ② 모델하우스 공사비 및 분양보증보험료를 손금산입하여 아래와 같이 2017년 및 2018년 법인세를 각 경정하며, 그에 따른 법인세 감액분으로서 2017년 법인세에 해당하는 526,463,000원 및 2018년 법인세에 해당하는 440,585,635원(합계 966,000,000원)을 각 환급해 줄 것을 청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 함)하였다.
• 라. 피고는 2020. 7. 2. 원고에 이 사건 경정청구 중 위 ① 부분은 받아들이지 않고 (이하 이 부분을 ‘이 사건 경정거부처분’이라 함), 위 ② 부분만을 받아들여 아래와 같이 2017년 귀속 법인세액을 경정하여 기납부세액 중 257,710,449원만을 환급한다고 통보하였다.
• 마. 원고는 이 사건 경정거부처분에 불복하여 2020. 9. 1. 조세심판원에 그 취소를 구하는 재결을 청구하였다. 조세심판원은 2021. 2. 22. 원고가 이 사건 각 부동산을 취득한 시기는 이 사건 기준일로 보아야 하나, 이 사건 감정가액이 이 사건 각 부동산에 대한 이 사건 기준일의 객관적인 평가액인지 여부가 불분명하다고 보아, ‘이 사건 경정 거부처분은 이 사건 기준일을 기준으로 이 사건 각 부동산의 시가(취득가액)를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 정정한다’는 내용의 결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라 함)을 하였다.
• 바. 피고는 이 사건 재조사 결정에 따라 이 사건 기준일을 기준시점으로 한 이 사건 각 부동산 시가를 재조사한 다음, 2021. 4. 23. 2017년 및 2018년 법인세 과세표준 및 세액을 아래 표 기재와 같이 유지한다는 취지로 통지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 함). 피고는 이 사건 처분의 근거로서 이 사건 감정가액이 이 사건 기준일로부터 3년 4개월이 지난 시점에 소급하여 이루어진 감정에 의한 것으로서 그 가액이 이 사건 각 부동산의 소재지 지가 상승률에 비해 너무 커서 이를 시가로 볼 수 없음을 전제로, 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 함)에 따른 보충적 평가방법을 적용하여 이 사건 각 부동산의 취득가액을 평가하고, 그 금액이 당초 감정가액보다 낮으므로 이 사건 각 부동산에 대한 이 사건 기준일의 시가를 당초 감정가액이라고 보았다.
• 사. 피고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 6. 15. 조세심판원에 그 취소를 구하는 재결을 청구하였다. 조세심판원은 2022. 8. 8. 이를 기각하는 결정을 하였다. 이 사건 관련 법령은 [별지2] 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제6호증, 을제1호증, 을제2호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 조세심판원은 이 사건 재조사결정을 통해 피고가 사업시행계획인가일이 아닌 이 사건 기준일을 기준시점으로 이 사건 각 부동산의 취득가액을 재조사해야 한다고 판단하였다. 피고는 이 사건 재조사결정에도 불구하고 이 사건 감정가액을 근거 없이 배척한 채 이 사건 각 부동산에 대한 이 사건 기준일 당시의 시가에 관하여 형식적으로만 재조사를 한 후 이 사건 경정거부처분을 유지하는 내용의 이 사건 처분을 하였고, 이는 이 사건 재조사결정의 기속력에 반한다(이하 ‘제1주장’이라 함).
• 나. 이 사건 감정가액은 이 사건 기준일을 기준시점으로 이 사건 각 부동산을 평가한, 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 시가로서, 이 사건 각 부동산의 적법한 취득가액에 해당한다. 그럼에도 불구하고 피고는 위와 같이 이 사건 경정거부처분을 유지하는 취지의 이 사건 처분을 하였다(이하 ‘제2주장’이라 함).

3. 제2주장에 관한 판단

• 가. 관련 법리 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제41조 제1항 제3호 및 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제72조 제2항 제3호 나목은 ‘내국법인이 현물출자에 따라 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시 해당 자산의 시가로 한다.’고 규정하고 있는데, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)은 위 규정에서 말하는 ‘시가’의 개념이나 그 산정방법을 별도로 규정하지 않다. 다만 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 제1호 라목의 괄호는 ‘법 제52조의 규정에 의한 시가’를 그 이하의 조문에서 ‘시가’로 약칭하도록 규정하고 있다. 이러한 관련 규정의 문언 내용과 체계 등을 종합하여 보면, 구 법인세법 시행령 (2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제72조 제2항 제3호 나목에서 말하는 ‘시가’ 역시 구 법인세법 제52조 의 규정에 의한 시가를 의미한다고 봄이 타당하다. 그러므로 원칙적으로는 구 법인세법 제52조 제2항 에 따라 ‘건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’에 의하여야 한다. 그리고 시가가 불분명한 경우에는 구 법인세법 제52조 제4항 의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 각 호에 따라 먼저 제1호에서 규정한 ‘감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)’을, 그 다음으로 제2호에서 규정한 ‘상증세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액’을 차례로 적용하여 계산한 금액에 의하여야 한다. 그리고 시가가 불분명한 경우에 감정기관의 감정가액을 구 법인세법 시행령(2017. 2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항 제1호에 따라 시가로 볼 수 있기 위해서는 그 감정가액이 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 가액이라는 점이 인정되어야 한다(대법원 2024. 7. 25. 선고 2022두60745 판결 등 참조).
• 나. 이 사건 감정가액이 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 가액에 해당하는지 앞서 든 증거들, 을제3호증, 을제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 앞서 본 관련 법리에 비추어 종합하면, 이 사건 감정가액은 이 사건 기준일을 기준시점으로 이 사건 각 부동산의 시가를 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액이라고 판단된다. 따라서 이를 원고의 이 사건 각 부동산에 대한 취득가액으로 인정할 수 있고, 달리 이 사건 감정가액보다 객관적이고 합리적인 평가방법에 의하여 평가된 가액으로서 이 사건 각 부동산의 객관적 교환가격을 적정하게 반영하는 시가에 해당하는 가액이 존재한다고 인정할 만한 증거가 없다.

(1) 이 사건 감정가액은 당초 감정가액의 약 114%에 해당하는 금액으로서 그 차액이 13,806,000,000원에 달한다. 당초 감정가액의 기준시점이 원고가 사업시행계획인가를 받은 날인 2015. 9. 2.인 반면 이 사건 감정가액의 기준시점은 약 5개월 후인 이 사건 기준일(2016. 2. 24.)로서 그 시간적 간격이 비교적 짧기는 하다. 그러나 위 기간 동안 이 사건 각 부동산 일대의 공시지가 및 부동산 거래 가액 상승에 더하여, 이 사건 기준일 당시 이 사건 각 부동산의 시가에 이 사건 정비사업에 따른 개발이익이 반영되었을 가능성을 감안하면, 이 사건 감정가액과 당초 감정가액의 위와 같은 차이는 수긍할 여지가 있어 보인다. 더욱이 피고는 당초 감정평가와 이 사건 감정평가가 그 평가기준과 평가방법은 물론 비교표준지 또한 동일함에도 불구하고 이 사건 각 부동산 평가액이 위와 같이 달라졌다고 주장하나, 당초 감정평가가 구체적으로 어떤 기준과 방법 및 내용에 따라 이루어졌는지를 알 수 있는 자료가 제출되지 않았다.

(2) 피고는 이 사건 감정평가가 ① 이 사건 기준일로부터 3년 4개월이 지난 때에, ② 이 사건 정비사업으로 인하여 이 사건 각 부동산의 현황이 이 사건 기준일과 달라진 상태에서 실지조사 없이 이루어졌다는 점을 문제 삼는다. 그러나 이른바 소급감정이라는 점만으로 감정가액을 시가로 볼 수 없는 것은 아니다(대법원 2008. 2. 1. 선고 2004두1834 판결 등 참조). 이 사건 감정평가액은 2개의 감정평가법인이 수행한 이 사건 감정평가에 따른 감정가액의 평균으로서, 감정의 주체와 경위 등을 감안하면, 이 사건 각 부동산의 현황이 이 사건 기준일 당시와 달라진 상황에서 감정평가가 이루어졌다는 점만으로 이 사건 감정평가의 객관성과 합리성을 부정하기 어렵다. 이 사건 감정평가 당시 이 사건 각 부동산에 대한 실지조사 없이 이루어졌다는 점 역시 감정평가에 관한 규칙 제10조 제2항 제1호에 따라 물리적인 접근 곤란 등으로 실지조사가 불가능하거나 매우 곤란한 경우로서 실지조사를 하지 않고도 객관적이고 신뢰할 수 있는 자료를 충분히 확보할 수 있는 경우에 해당한다고 볼 여지도 있어, 그 자체로 이 사건 감정가 액의 객관성·합리성을 부인할 정도의 사정으로 보기 힘들다.

(3) 이 사건 각 감정평가에서 이 사건 각 부동산 중 집합건물(아파트) 및 근린생활시설에 대하여 거래사례비교법에 따라 평가가 이루어졌다. 그 과정에서 이루어진 기준호 및 거래 사례의 선정 및 비교와 그에 따른 기준호의 기준단가 결정, 각 평가 대상 집합건물 및 근린생활시설에 대한 개별 요인(층 효용, 향 효용, 유형별 효용, 위치별 효용, 기타 효용 등) 적용 등이 합리성·객관성이 결여되었다거나, 관련 규정에 어긋난다고 볼 만한 사정을 찾기 어렵다.

(4) 이 사건 각 감정평가서에 단독주택 중 대지 부분 평가가액과 관련하여 특정 비교표준지를 선정한 구체적인 이유가 기재되어 있지는 않다. 그러나 이 사건 각 감정평가서에는 평가 대상 단독주택 부지와 ① 용도지역·지구·구역 등 공법상 제한이 같거나 유사할 것, ② 실제 이용상황 등이 같거나 유사할 것, ③ 주위환경 등이 같거나 유사할 것, ④ 당해 또는 인접 시·군·구 안의 인근지역에 위치하며 지리적으로 가급적 가까이 있을 것 등을 선정 기준으로 삼았다고 기재되어 있고, 위와 같은 비교표준지 선정의 일반 기준이 그 자체로 합리적이지 않다거나 감정평가에 관한 규칙 제14조 제2항 제1호 등 관련 규정에 어긋나는 것으로 보이지 않는다. 감정 대상 단독주택 부지마다 이루어진 비교표준지 선정의 객관성이나 합리성을 배척할 구체적인 단서도 찾기 어렵다. 또한 이 사건 각 감정평가서에는 단독주택 중 대지 부분 평가가액과 관련하여 ① 가로조건, ② 접근조건, ③ 환경조건, ④ 획지조건, ⑤ 행정적 조건 및 ⑥ 기타조건 등을 비교표준지와의 비교 항목으로 두고, 각 단독주택 부지에 대하여 위 6가지 개별 요인마다 비교표준지와의 비교값을 책정하여 이를 모두 곱한 값을 개별요인 비교값으로 두었으며, 비교표준지와의 비교에 관한 간단한 내용도 서술되었다. 위와 같은 내용으로도 그 객관성과 합리성에 대한 구체적인 반증의 가능성은 상당 부분 확보되었다고 판단된다. 결국 이 사건 각 감정평가는 각 감정 대상 단독주택 부지에 대하여 선정된 비교표준지 및 그와의 비교치가 구체적으로 어떤 이유에서 잘못되었는지가 밝혀짐으로써(예컨대 특정 단독주택 부지가 환경조건에서 비교값이 1.00로 책정되었으나 그 부지가 비교표준지에 비하여 환경조건이 나빠 비교값이 더 작아야 한다는 등) 그 객관성·합리성이 탄핵될 수밖에 없는데, 이러한 사정을 인정할 만한 근거도 발견되지 않는다.

(5) 이 사건 각 감정평가서에는 단독주택 중 대지 부분 평가가액과 관련하여 감정 대상 토지 인근 유사 토지의 거래 또는 보상 사례를 참작하기 위한 것으로서 ‘그 밖의 요인 보정’(감정평가에 관한 규칙 제14조 제2항 제5호)을 위한 값, 즉 이른바 ‘격차율’이 산정되어 각 비교표준지의 공시지가에 적용되었다. 피고는 각 단독주택 부지의 가액을 산출하기 위하여 해당 토지의 비교표준지 공시지가에 위 격차율을 곱하게 되면,위 격차율의 산출에 있어 분모에 비교표준지 공시지가가 포함되어 결과적으로는 비교표준지 공시지가가 약분되고, 이는 결국 비교표준지 공시지가를 평가의 근거로 삼는 공시지가기준법의 취지와 관련 규정 등에 어긋난다는 취지로 주장한다. 그러나 격차율 산출 과정에서 거래 사례에 해당하는 토지와 비교표준지 간에 개별 요인 비교가 이루어지는 이상, 위와 같은 개별 요인 비교 자체가 잘못되었을 여지는 있을지언정 위와 같이 산출한 격차율을 적용하는 것만으로 비교표준지 공시지가가 무의미해진다고 볼 수는 없다. 즉, 피고의 주장처럼 거래 사례에 해당하는 토지의 거래 가액만이 평가액 산정에서 의미를 갖는 것이 아니라, 어떤 토지가 평가 대상 주택 부지의 비교표준지로 선정되었고 그 비교표준지의 공시지가가 얼마인지가 거래 사례 해당 토지와 위 비교표준지 간 개별 요인 비교값에 반영됨으로써 결과적으로는 비교표준지의 공시지가 역시 평가 대상 토지의 가액 산정에 중요하게 작용할 수밖에 없다. 그 밖에 이 사건 각 감정평가에서 이루어진, 각 비교표준지에 대한 격차율 산출 과정에서 거래 사례 선정이나 개별 요인 비교 등이 객관성·합리성을 결여하였다거나 관련 규정에 어긋나 이루어졌다고 볼 만한 아무런 단서도 찾을 수 없다.

• 다. 소결 결국 이 사건 감정가액을 이 사건 각 부동산의 시가로 보기 어렵다는 이유에서 내려진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다(위와 같이 원고의 제2주장을 받아들여 이 사건 처분을 취소하는 이상, 원고의 제1주장에 관하여는 더 나아가 판단하지 않는다).

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하여, 주문과 같이 판결한다.