이 사건 노무비 등과 관련하여 원고가 이를 증명하여야 함에도 그 주장을 뒷받침할 수 있는 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있어 믿기 어려움

사 건 2022구합21819 부가가치세 및 법인세 부과처분취소 청구의 소 원 고 주식회사 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2023.3.30. 판 결 선 고 2023.4.13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 4. 1. 1) 원고에 대하여 한 2016년도 법인세 29,317,805원, 2017년도 법인세 7,989,370원, 2019년도 법인세 33,403,516원, 2020년도 법인세 37,689,220원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 OO OO구에 소재하며 토공사업, 철근콘크리트 공사업 등을 영위하는 회사이다.
• 나. 원고는 2016 사업연도 법인세를 신고하면서 2016. 3.경부터 2016. 12.경까지 사이에 C 신축공사현장에서 지출한 노무비(이하 ‘이 사건 노무비’라 한다)를 403,106,560원으로 하여 손금산입하였다.
• 다. 또한 원고는 2019 사업연도 법인세를 신고하면서 2018년부터 2019년까지 사이에 주식회사 DD건설(이하 ‘DD건설’이라 한다)에 지출한 비용 내지 공급가액(이하 ‘이 사건 DD건설 비용’이라 한다)을 353,140,000원(공급대가: 388,454,000원)으로 하여 손금산입하였다.
• 라. OO지방국세청은 2021. 8. 18.부터 2021. 12. 15.까지 원고에 대하여 2016 사업연도부터 2020 사업연도 과세기간에 대한 통합조사를 실시하였고, 원고가 신고한 2016 사업연도 법인세 항목 가운데 이 사건 노무비 중 51,338,720원(신고 금액: 403,106,560원 - 실제 금액: 351,767,840원)이 가공인건비로서 과다하게 계상되었고, 이 사건 DD건설 비용 353,140,000원 중 합계 264,640,139원(2018 사업연도 120,000,000원 + 2019 사업연도 144,640,139원)은 거짓 세금계산서가 수수되는 등 가공 매입에 해당된다는 조사 결과를 통보하였다.
• 마. 이에 따라 피고는 2022. 4. 1. 위와 같이 과다하게 계상되거나 가공 거래에 해당되는 부분을 손금불산입한 다음 원고에 대한 법인세를 2016 사업연도 95,948,293원, 2017 사업연도 83,221,659원, 2019 사업연도 178,845,619원, 2020 사업연도 38,575,770원으로 경정․고지하였다.
• 바. 원고가 위 처분에 불복하여 조세심판을 청구하였는데, 조세심판원은 이 사건 노무비와 이 사건 DD건설 비용에 대한 원고의 심판청구를 기각하되, 이 사건 이외의 다른 부분에 관한 원고의 심판청구를 일부 인용하여 과세표준과 세액 등을 경정하는 결정을 하였다(조세심판원 2022. 12. 20.자 2022부6271 결정).
• 사. 피고는 위 조세심판원 결정에 따라 2023. 1. 3. 원고에 대한 법인세를 2016 사업연도 32,069,328원, 2017 사업연도 16,414,063원, 2019 사업연도 102,660,585원, 2020 사업연도 37,689,220원으로 경정하고, 여기서 기납부세액을 공제한 나머지 금액을 납부할 것을 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 20, 21호증, 을 제1 내지 7호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 노무비 관련 주장 원고가 C 신축공사현장에서 지출한 실제 비용은 하도급업자인 EEE에 대한 자재비․경비 등을 포함하여 총 409,683,720원으로, 이 사건 노무비 신고액인 403,106,560원을 초과한다. 따라서 원고는 노무비를 과다하게 계상하여 신고하지 않았다.

2. 이 사건 DD건설 비용 관련 주장 원고는 DD건설과의 거래에 따라 이 사건 DD건설 비용 353,140,000원 전액을 실제로 지출하였다. 다만 그 중 145,283,974원은 DD건설과의 비용 정산이 완료되지 않은 상태에서 DD건설의 폐업으로 인하여 DD건설의 대표자 개인에게 지불하였을 뿐이다. 따라서 이 사건 DD건설 비용 353,140,000원 중 264,640,139원 부분을 가공 거래로 보고 손금불산입한 피고의 조치는 부적법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 관련 법리 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세 요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 경험칙상 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자 측에 입증책임을 돌리는 경우가 있으므로, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청에 의해 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두8306 판결 등 참조).
• 라. 이 사건 노무비 부분에 대한 판단 원고는 이 사건 노무비에 관하여 그중 일부가 신고내역대로의 비용지출이 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 즉, 그의 수급인인 EEE에 대한 자재비와 경비 소요사실이 있다는 취지로 주장하고 있으므로, 그와 같은 다른 비용으로 소요되었다는 점 및 그 금액 등에 관해서는 원고가 이를 증명하여야 한다. 그러므로 과연 원고가 그 주장과 같이 C 신축공사현장에서 EEE에 대한 자재비․경비 등을 포함하여 합계 403,106,560원 내지 409,683,720원을 지출한 것인지 여부에 관하여 살피건대, 이에 부합하는 듯한 갑 제18, 24, 25호증의 각 기재는, ① 원고는 실제 내역과 다른 세무기관 신고용 노무비 대장을 임의로 작성하여 실제 노무비 대장과 별도로 관리해 온 점, ② 이 법원에서 원고가 증거로 제출한 각 신고용 노무비 대장(갑 제18호증, 제25호증의 1)은 그 지급총액(갑 제18호증: 411,545,140원, 갑 제25호증의 1: 409,683,720원)이 상호 일치하지 않을 뿐만 아니라, 원고가 신고한 노무비 총액(403,106,560원)과도 일치하지 않으며, 구체적인 지급내역도 서로 맞지 않는 점, ③ 실제 공사현장에서의 월별 노무비 대장과 원고의 자금일보 등에 따르면 노무비 명목으로 지출된 금액 총액이 351,767,840원에 불과함이 분명하게 확인되는 점(을 제4호증의 1), ④ 원고는 자신이 주장하는 총액(403,106,560원 내지 409,683,720원)에 EEE에 대한 자재비․경비가 포함되어 있다는 취지로만 주장하고 있을 뿐 구체적으로 노무비 부분과 EEE에 대한 자재비․경비 부분을 제대로 구분하여 특정하고 있지 못하고 있는 점, ⑤ EEE에 대한 자재비․경비를 노무비 항목으로 포함시킨 이유에 관하여 ‘신자재대가 아니면 세금계산서를 발행하지 못하기 때문에, 이 현장은 구자재대를 사용했으므로 노임으로 자료를 맞추었다’는 취지로 해명하기도 하나 이를 뒷받침할 별다른 자료를 제출하지 않고 있고, 다른 납득할만한 사유를 제시하지도 않고 있는 점, ⑤ 반면 원고의 기존 대표이사인 FFF은 세무조사에서 과다하게 신고한 인건비의 사용처(다른 공사현장 건축주에게 비용 보전 명목으로 지급)를 분명하게 밝혔고, 이를 뒷받침할 수 있는 금융거래내역 등 객관적인 자료도 제시한 점 등에 비추어 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 이 사건 노무비 신고 금액 중 진정한 자료를 통하여 확인되는 351,767,840원을 제외한 나머지 51,338,720원(403,106,560원 - 351,767,840원)을 과다계상된 것으로 인정하여 손금불산입한 것은 적법하고, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
• 마. 이 사건 DD건설 비용 부분에 대한 판단 살피건대, 갑 제2, 21호증, 을 제1, 2, 4, 5호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고가 DD건설로부터 2018. 10. 31. 공급대가 77,000,000원, 2018. 11. 22. 공급대가 55,000,000원, 2019. 2. 28. 공급대가 60,500,000원, 공급대가 49,500,000원, 2019. 6. 25. 공급대가 3,454,000원, 2019. 7. 30. 공급대가 41,800,000원, 2019. 8. 3. 공급대가 35,200,000원, 2019. 8. 30. 공급대가 33,000,000원, 2019. 9. 30. 공급대가 33,000,000원 등 공급대가 합계 388,454,000원(공급가액 합계 353,140,000원)의 매입세금계산서를 교부받은 사실, ② 그러나 실제 원고가 2018년 2기부터 2019년 2기까지 DD건설에 비용 명목으로 송금한 금액은 2018. 11. 22. 132,000,000원, 2019. 3. 7. 10,000,000원, 2019. 6. 28. 34,609,000원, 2019. 7. 26. 3,297,848원, 2019. 8. 27. 3,000,000원, 30,443,000원, 2019. 9. 6. 3,000,000원, 2019. 9. 17. 5,000,000원, 2019. 9. 19. 5,000,000원, 2019. 10. 16. 3,000,000원 등 합계 229,349,847원에 불과한 사실, ③ 그중 2018. 11. 22. 132,000,000원의 경우 원고가 DD건설 계좌로 132,000,000원을 송금한 직후 같은 날 DD건설 대표자 GGG 등 명의의 개인계좌를 통하여 9회에 거쳐 합계 138,000,000원을 되돌려 받은 사실, ④ 원고의 기존 대표이사인 FFF이 세무조사 당시 DD건설로부터 되돌려 받은 위 자금을 현금화하여 다른 건축공사현장의 시행사 내지 도급인 관계자들에게 비용을 보전해 주는 명목으로 사용하였다는 취지로 진술한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고가 DD건설로부터 발행받은 매입세금계산서상의 금액 중 DD건설에 대하여 실제로 비용으로 지급한 내역이 확인되는 금액을 제외한 나머지 291,104,153원 388,454,000원 - (229,349,847원 - 132,000,000원) 은 그 실제 지급내역과 거래의 내역이 전혀 확인되지 아니하므로 실물거래 없이 세금계산서만 발행된 가공의 거래에 의한 것이라고 봄이 타당하다. 이에 대하여 원고는, 145,283,974원은 DD건설과 사이에서 제대로 비용을 정산하지 못한 상태에서 DD건설이 폐업함으로 인하여 DD건설의 대표자 개인에게 지불하였다는 취지로 주장하나, 이에 부합하는 듯한 갑 제23, 26호증의 각 기재는, 그 집계표상의 금액 145,283,974원 중 2019년 GGG, HHH 명의 계좌로 송금된 금액 합계 75,054,846원 부분은 모두 DD건설에 지출한 비용으로 인정되어 손금산입된 점, 나머지 합계 70,229,128원은 그 지급일이 2020. 3. 30. 이후이므로 사업연도를 2018, 2019로 하는 이 사건 법인세와는 무관한 것으로 보이는 점 등에 비추어 믿기 어렵고, 갑27호증의 기재만으로는 원고의 주장을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 DD건설로부터 발행받은 매입세금계산서상의 금액 중 실제 지급 내역이 확인되는 금액을 제외한 나머지 291,104,153원에 관한 거래를 가공거래로 인정하여 그에 관한 공급가액 264,640,139원을 필요경비에 불산입한 이 사건 처분은 적법하고, 이에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 원고는 피고의 부과처분 일자를 2023. 1. 3.(감액경정처분일)로 기재하였으나 이는 착오에 의한 것임이 명백하므로 직권으로 이를 당초 부과처분일인 2022. 4. 1.로 수정한다. 과세관청이 조세부과처분을 한 뒤에 그 불복절차과정에서 국세청장이나 국세심판소장으로부터 그 일부를 취소하도록 하는 결정을 받고 이에 따라 당초 부과처분의 일부를 취소, 감액하는 내용의 경정 결정을 한 경우 위 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아있는 부분이 위법하다고 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니다(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누391 판결, 대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조).