제3자에게 지급한 손해배상금은 양도가액에서 직접적으로 공제되는 금액에 해당하지 않음

사 건 2021구합679 양도소득세감액경정청구거부처분취소 원 고 김○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2021. 10. 28. 판 결 선 고

2021. 12. 02.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2020. 7. 7. 원고에게 한 75,107,000원의 양도소득세 감액경정 청구에 대한 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고와 배우자인 최AA, 형제인 김BB, 김CC(이하 통칭하여 ‘원고 등’이라고 한다)은 2017. 8. 25. KKK조합(이하 ‘매수법인’이라고 한다)에 원고 등이 보유하던 주식회사 DD(이하 ‘DD’이라고 한다)의 발행주식 300,000주[원고 지분율 80%(240,000주), 최AA 지분율 10%(30,000주), 김BB 및 김CC 각 지분율 5%(각 15,000주)]를 총 ## 원(주당 #)에 양도하였다.
• 나. 원고는 2018. 1. 30. 원고의 지분에 해당하는 DD 발행주식 240,000주(이하 ‘쟁점 주식’이라고 한다)의 양도가액인 ## 원에 대하여 양도소득액을 #,##, 기본공제액을 2,500,000원으로, 양도소득세율을 2%로 계산한 과세표준을 #,##, 납부세액을 #,## 하여 양도소득세를 신고‧납부하였다.
• 다. 원고는 2019. 6. 25. DD과 주요 내용이 아래와 같은 면책합의를 하였다(이하 ‘면책합의’라고 한다).
• 라. ○○지방국세청은 2019. 8.경 DD에 대한 법인통합조사를 실시한 후 DD에 대표이사 가지급금인정이자 계상 누락, 원고의 업무와 무관한 접대비 등의 대표이사 상여처분 등을 이유로 법인세 #,##, 원천세 #,## 각 부과하였는데, 원고는 그 무렵 DD에 부과된 세금 중 법인세 #,## 및 원천세 #,## 합계 #,##(이하 ‘이 사건 손해배상금’이라고 한다) 상당액을 DD에 지급하였다.
• 마. 원고는 2020. 2. 26.경 피고에게 이 사건 손해배상금을 쟁점 주식의 양도가액에서 차감하여 산정한 양도소득세가 정당한 양도소득세라는 이유로 과다납부한 양도소득세 #,## 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 바. 피고는 2020. 4. 23. 원고에게 ‘① 원고는 쟁점 주식의 매수인이 아니라 제3자인 DD에 합의금을 지급한 것이므로, 이를 쟁점 주식의 양도와 관련된 비용 등으로 보아 양도가액에서 차감할 수 없고, ② 이 사건 손해배상금은 원고가 DD의 대표이사로 근무할 당시 원고 자신의 귀책사유로 발생한 세액 상당액에 대한 손해배상금이므로, 쟁점 주식의 양도와 직접 관련이 없다’는 이유로 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 사. 원고는 2020. 5. 12. 피고에게 이 사건 손해배상금 중 원천세 상당액은 원고가 부담하여야 한다는 이유로 제외하고 나머지 법인세 상당액인 #,## 양도가액에서 차감하여 과다납부한 양도소득세 #,## 환급하여야 한다고 주장하면서 이의신청을 하였는데 2020. 7. 7. 기각되었고, 그 후 2020. 8. 12. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2021. 6. 4. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 쟁점 주식 양도 당시 매수법인에 이미 발생한 쟁점 주식의 하자로 인하여 DD에 발생한 조세 부담 등의 손해를 원고가 배상하고 이를 양도대금에서 차감하기로 약정하고, DD과 이 사건 면책합의를 하였다. 그 후 DD이 법인세 및 원천세를 부과‧고지받았는데, 이 사건 손해배상금 상당액은 쟁점 주식 양도 당시 이미 존재하던 하자로 인한 손해이나 구체적인 금액을 산정할 수 없는 것으로서 쟁점 주식의 하자에 해당하므로, 쟁점 주식의 양도대금에서 차감되어야 한다. 면책합의 당시에 이미 매수법인의 조합원이자 쟁점 주식의 매수인 지위를 포괄승계한 주식회사 TT(이하 ‘주식회사’ 표시는 생략한다)의 대표이사 겸 지배주주인 정AA이 DD을 지배‧경영하고 있었고, 법인세 및 원천세가 부과‧고지될 당시 매수법인은 해산된 상태였으므로, 원고가 매수법인에 이 사건 손해배상금을 지급하더라도 최종적인 이익은 어차피 DD에 귀속될 것이었다. 원고는 매수법인이 해산하여 존재하지 않자 주식 양도계약상 손해배상의무 이행을 위해 부득이 DD과 면책합의를 하고 손해배상금을 지급한 것이므로, 실질적으로 매수법인에 지급한 것과 같다. 따라서 이 사건 손해배상금은 쟁점 주식의 양도와 관련하여 지급된 것으로서, 쟁점 주식의 양도가액에서 차감되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 인정 사실 살피건대, 아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거와 갑 제5내지 11호증, 을 제5 내지 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있다.

① DD은 2003. 3.경 설립된 후 □□시 △△동 ##-# 등의 사업장에서 인조대리석을 가공하여 아파트 신축현장 등에 공급하는 업체인데, 원고는 설립 당시부터 2017. 12. 7.까지 DD의 대표이사로, 최AA, 김BB, 김CC은 각 이사로 각 등재된 자들로서, DD의 특수관계인이었다.

② 원고 등은 2017. 8. 25. 매수법인과 주식 양도계약을 체결하면서 주식매매에 관한 합의서(갑 제1호증의 2)도 함께 작성하였는데, 주요 내용은 아래와 같다.

③ 원고는 2019. 8.경 법무법인에 이 사건 손해배상금 지급의무를 이행하여야 하는지 및 누구에게 이행하여야 하는지에 대한 자문을 구하였는데, ‘매수인을 찾을 수 없는 경우에도 주식매매합의서에 따른 손해배상의무를 이행해야 하고, 쟁점 주식의 양도와 관련한 주요 이해관계인인 DD에 손해배상금을 지급함으로써 의무를 이행하면 된다’는 취지의 답변을 받았다.

④ 2017년경까지 매수법인이 DD의 1인 주주였으나 2018년경 목적을 달성하여 해산하고 매수법인의 조합원이던 TT가 매수법인에서 DD의 발행주식을 전부 취득하였다. 그 무렵 DD은 SS을 흡수합병하여 발행주식이 300,000주에서 3,200,610주로 변경되었는데, 2018. 12. 말경 기준으로 DD의 발행주식 총 3,200,610주는 TT가 전부 보유하고 있고, 2019. 12. 말경 기준으로 DD의 주주는 TT, FFF조합 제오십육호 등으로 구성되어 있다.

⑤ 한편 정AA은 매수법인의 업무집행조합원인 GGG, 조합원인 TT 등의 대표이사 겸 지배주주이고, 매수법인이 DD의 발행주식 300,000주를 매수한 후 DD의 대표이사로도 취임하였다. 피고는 원고에게서 양도소득세 경정청구를 받고 GGG에 주식 양도계약에 따른 손해배상금을 받았는지 여부를 문의하였는데, 2020. 1. 4. GGG에서 원고에게서 주식 양도계약에 따른 손해배상금을 받은 사실이 없다는 취지의 확인서를 받았다.

2. 판단

• 가) 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항은 자산의 양도가액은 ‘양도 당시 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(실지거래가액)’으로 규정하고 있고, 같은 법 제95조 제1항은 ‘양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(양도가액)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있다. 이때 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지거래가액이란 거래당시 자산을 취득 또는 양도하고 그 대가로 수수한 금액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다(대법원 2012. 2. 9. 선고 2010두27592 판결 등 참조). 한편 구 소득세법 제97조 제1항 은 양도가액에서 공제되는 필요경비로서 취득가액, 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 및 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것을 열거하고 있다. 구 소득세법 시행령(2020. 02. 18. 대통령령 제30423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제5항 제1호는 구 소득세법 제97조 제1항 제3호 의 ‘양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것’에 관하여 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세(가목), 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용(나목), 공증비용, 인지대 및 소개비(다목), 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용(라목), 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용(마목)으로서 그 지출에 관하여 구 소득세법 제160조의2 제2항 에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다고 규정하고 있다.
• 나) 살피건대, 앞서 본 인정 사실 및 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고가 DD에 지급한 이 사건 손해배상금은 쟁점 주식의 양도가액에서 직접적으로 공제되는 금액에 해당하지 않는다.

① 원고 등과 매수법인 사이의 쟁점 주식에 대한 양도계약에 따르면, 양도목적물인 주식의 양도대금은 ## 원이고, 그중 원고 지분에 해당하는 쟁점 주식의 양도대금은 ## 원으로 명시되어 있다. 반면 양도계약 당시 실사 결과에 따라 DD의 재무제표상 가액과 실제 자산의 차액이 약 # 원 존재함을 확인하였으면도, 원고가 잔금 중 일부를 받아 원고의 비용으로 이를 처리하고 양도대금에서는 제외하지 않기로 하였다.

② 원고 등과 매수법인은 주식매매 거래가 실제 이루어지는 날을 ‘거래종결일’로 정하면서 별도의 합의가 없는 한 거래종결일과 지급일을 같은 날로 정하였는데[주식매매에 관한 합의서 제4조 (1)], 원고가 사실상 매수법인에서 자금을 조달하여 재무제표상 가액과 실제 자산의 차액 약 # 원을 충당하면서도 이를 자신의 계산과 비용으로 부담하였으므로, 결국 원고 등과 매수법인은 2017. 11. 24.까지 이를 양도대금에서 공제하지 않고 금액의 변경 없이 양도대금 전액(## 원, 원고 ## 원)을 수수하여 거래종결이 이루어졌다.

③ 이 사건 손해배상금은 주식 양도계약의 당사자가 아닌 제3자에게 지급되었는데, 설령 주식매매에 관한 합의서에 따라 진술 및 보장에 위배되는 경우로서 쟁점주식과 관련한 손해배상의무가 발생하였다고 하더라도, 주식매매에 관한 합의서에 ‘원고 등의 진술 및 보장사항에 위배되는 경우’와 ‘DD을 실사하는 과정에서 인지하지 못한 사유가 발생되는 경우’ 해당 금액은 매매대금에서 감액할 수 있다고 약정하였을 뿐이므로[주식매매에 관한 합의서 제2조 (2)], 진술 및 보장 위반으로 인하여 손해배상의무가 발생한 경우 논리필연적으로 주식 양도대금이 감액된다고 해석할 수는 없다. 더군다나 거래종결 전에 위와 같은 사유가 발생하게 되는 경우는 별론으로, 당사자 사이에 이미 양도대금이 전액 수수되어 거래종결에 이른 이상 진술 및 보장 위반으로 인하여 발생한 손해배상금이 양도대금의 액수에 변경을 초래한다고 볼 수 없고, 주식 양도계약 및 주식매매에 관한 합의서상 양도대금의 사후정산을 예정하고 있지도 않다.

④ 원고는 DD에 법인세 등이 부과되자 DD과 면책합의 및 손해배상금 지급에 관한 합의를 한 후 이 사건 손해배상금을 지급하였는데, 면책합의 및 손해배상금 지급에 관한 합의는 원고가 매수법인과 주식 양도계약 및 주식매매에 관한 합의를 한 지 2년 이상, 거래종료일부터 2년 가까이 지난 시점에 매수법인이 아닌 DD과 새로이 체결한 것이다. 그런데 면책합의 당시 쟁점 주식을 포함한 매수법인이 보유하고 있던 DD의 발행주식은 TT가 취득하였을 뿐 DD은 매수법인에서 자사주를 취득한 바 없고, 면책합의에도 DD이 쟁점 주식에 관하여 주식 양도계약에 따른 매수법인의 권리‧의무를 승계한다는 약정은 없다. 오히려 DD은 면책합의 당시 주식매매에 관한 합의서상 진술 및 보장의 수익자 지위에서 합의한다는 점을 분명히 하였으므로, 단지 주식매매에 관한 합의에 있어 수익자로서 진술 및 보장에 따른 손해배상책임을 면책한 데 불과하다. 한편 이 사건 손해배상금이 주식 양도계약 및 주식매매에 관한 합의에 따른 손해배상금이라는 원고의 주장에 의하더라도, 주식회사와 주주는 독립된 별개의 권리주체인 이상 손해배상금 지급 당시 매수법인에서 DD의 발행주식을 전부 양수한 TT와 면책합의를 하여야 하고, 이는 TT가 매수법인의 조합원이었고, 정AA이 TT의 지배주주 겸 DD의 대표이사로서 면책합의 당시 실질적으로 TT와 DD을 지배‧경영하고 있었다고 하더라도 마찬가지이다.

⑤ 이 사건 손해배상금은 원고가 DD의 대표이사로 재직하면서 발생한 대표이사 가지급금 등의 세액으로서, 구 소득세법 및 같은 법 시행령에 따르면 대표이사 가지급금 등의 보전액을 주식 양도에 따른 필요경비에 포함하는 규정을 두고 있지 않고, 원고가 DD 또는 매수법인에 이를 지급하였다고 하더라도, 쟁점 주식의 양도에 수반하는 필요경비로서의 성격을 가지고 있다고 보기도 어렵다. 즉 가지급금 인정이자에 따른 법인세 및 인정 상여 상당액은 DD이 원고가 대표이사로 재직할 당시 금전을 무상 또는 세법에서 규정한 적정 이자를 받지않은 데 대하여 발생한 세액인데, 이는 원고가 DD을 경영하면서 자신의 귀책사유로 발생한 손해배상금에 불과하므로, 이를 양도가액에서 공제할 것도 아니다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.