이 사건 토지의 취득가액으로 환산취득가액을 적용할 수 있는지

사 건 2021구합25289 양도소득세부과처분취소 원 고 최○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2022.6.30. 판 결 선 고 2022.9.1.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 8. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 530,120,480원[가산세 포함(청구취지에 기재되어 있지 않으나, 위와 같이 선해한다)]에 대한 부과처분을 취소 한다.

• 가. 원고는 2000. 4. 24. ○○ 주식회사와의 매매(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)를 원인으로 2000. 6.29. ○○ (이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 이 사건 토지에 근린생활시설 및 창고시설 A동 315.42㎡을 건축하여2001. 2. 2. 사용승인을 받았으며, 이 사건 토지에 근린생활시설 B동 3,937.89㎡을 건축하여 2004. 3. 26. 사용승인을 받았다(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다, 이하 이 사건 토지와 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다).
• 다. 원고는 주식회사 ○○에게 2017. 12. 19. 이 사건 각 부동산을 매도 후2018. 6. 21. 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 라. 원고는 이 사건 각 부동산에 관하여 2018년 귀속 양도소득세 예정신고를 하면서 이 사건 토지 취득 당시의 매매계약서와 금융자료 등을 확인할 수 없다는 이유로 29억 7,500만 원을 취득가액으로 보아 납부하여야 할 양도소득세가 1,499,464,691원이라고 신고·납부하였다.
• 마. 피고는 이 사건 토지에 관한 실제취득가액을 15억 원으로 계산하면 정당한 양도소득세가 1,912,508,048원이고, 여기에 가산세 117,077,138원을 더하여야 하므로, 원고에게 추가로 530,120,480원(피고의 방식대로 계산한 양도소득세 1,912,508,048원과 가산세 117,077,138원에서 이미 원고가 납부한 1,499,464,691원을 공제하면 530,120,495원이나, 원단위 절삭 등을 통해 피고가 원고에게 530,120,480원을 추가로 납부하라고 고지하였다)을 납부하라는 내용의 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)

• 가. 원고의 주장 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시의 실제 매매계약서와 금융자료 등을 확인할 수 없으므로 이 사건 토지의 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 산정하여야 함에도, 이와 다른 방식으로 양도소득세를 산정한 이 사건 처분은 위법하므로, 이 사건 처분의 취소를 구한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말한다(대법원 1999. 2. 9. 선고 97누6629 판결, 대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조). 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결, 대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조). 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 1998. 3. 24. 선고 97누9895 판결, 대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조).

2. 앞서 본 증거와 갑 제5호증, 을 제2, 3호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 또는 사정들을 위 법리에 비추어보면, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지의 취득가액은 15억 원이라고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고는 ‘○○’라는 상호로 부동산임대업을 한 복식부기의무자로서 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 비치하고 그 사업에 대한 모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 의해 장부를 기록·관리하여야 하는데, 2004년 귀속 종합소득세 신고시 대차대조표상 이 사건 토지의 가액을 15억 원으로 기재하였다.

② 원고가 이 사건 토지를 취득할 무렵 이 사건 토지의 시가표준액은 1,267,920,000원이었는데, 원고는 이 사건 토지에 관한 취득세를 납부하는 과정에서 이 사건 토지에 관한 취득가액을 15억 원으로 신고하였다. 원고는 이 사건 토지에 관한 취득세를 신고·납부할 당시 매매대금이 15억 원으로 기재된 매매계약서를 제출하였을 것으로 보이는데, ○○ 주식회사가 매매대금을 15억 원이 아닌 금액으로 정하면서도 매매대금이 15억 원이라고 기재된 매매계약서를 별도로 작성하였다고 보기 어려울뿐더러, ○○ 주식회사가 원고에게 이 사건 토지를 양도 후 과세관청에 양도소득세를 신고·납부하는 과정에서 양도가액을 15억 원이 아닌 다른 가격으로 신고·납부하였다는 사정도 찾아볼 수 없다.

③ 원고는 ○○ 주식회사와 이 사건 매매계약을 체결한 후 금융기관을 통해 매매대금을 지급하였을 것으로 보이나, 이 법원에 그에 관한 금융자료를 제출하지도 아니하였고, 매매계약서도 제출하지 않았다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한 다