주식과세이연금액에 대하여도 이 사건 양도 당시의 세율을 적용하는 것임

사 건 2021구합23511 양도소득세경정거부처분취소 원 고 최○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2022.1.14. 판 결 선 고 2022.2.11.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 10. 13. 원고에 대하여 한 양도소득세 680,200,000원의 감액경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 ○○의 주주인 원고는 2008. 2. 1.위 회사의 인적분할에 따라 분할신설법인인 주식회사 ○○의 주식 984,900주를 1주당 9,526원에 취득하였다.
• 나. 원고는 2008. 10. 10. ○○ 주식 975,756주를 ○○에 현물출자하고(이하 이 사건 현물출자라 한다) ○○ 주식 5,673,969주(이하 위와 같이 원고가 현물출자에 따라 취득한 주식을 이 사건 주식이라 한다)를 1주당 8,440원에 교부받았다. 원고는 위 현물출자에 따른 양도소득에 대해 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 구 조세특례제한법이라 한다) 제38조의2에서 정한 과세이연을 받기 위하여, 2009. 5. 31. ○○세무서장에게 구 조세특례제한법시행령(2009. 2. 24. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 구 조세특례제한법 시행령이라 한다) 제35조의3 제4항에 따라 현물출자·자기주식교환명세서를 제출하였다.
• 다. 원고는 2015. 4. 10. 이 사건 주식 5,673,969주 중 1,000,000주를 1주당 24,000원에 양도(이하 이 사건 양도라 한다)하였다.
• 라. 원고는 2015. 8. 31. 피고에게 이 사건 양도에 따른 양도소득세를 다음과 같이 산정하여 양도소득세 4,447,900,000원을 신고·납부하였다.
• 마. 원고는 2020. 8. 21. 피고에게 이 사건 양도에 따른 양도소득세 산정 시 이 사건 현물출자로 발생한 양도소득금액 부분(이 사건 주식 취득가액 – 원고가 현물출자한 ○○ 주식의 취득가액)에 대하여는 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제4호 나.목에서 정한 현물출자 당시의 세율인 10%)를 적용하여야 한다고 주장하며, 양도소득세 680,200,000원 {[8,440,000,000원(1,000,000주 × 8,440원/주) - 1,638,000,000원(1,000,000주 × 1,638원/주)] × 10% }의 감액을 구하는 경정청구(이하 이 사건 신청이라 한다)를 하였다.
• 바. 피고는 2020. 10. 13. 원고에게 ‘현물출자로 취득한 지주회사 주식의 양도 등으로 양도차익이 발생하는 경우, 지주회사 주식의 양도시점의 세율을 적용하는 것이므로 현물출자 당시의 세율을 적용하여 경정청구한 본 청구는 인용할 수 없음.’이라는 이유로 이 사건 신청을 거부하는 처분(이하 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 원고의 주장 구 조세특례제한법상 ‘주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례’에 있어 과세이연되는 것은 ‘양도차익’이 아니라 현물출자 당시 발생한 ‘양도소득세’이다. 또, 현물출자로 취득한 지주회사 주식의 사후관리 위반 시에도 현물출자 당시의 세율을 적용하도록 규정하고 있다. 뿐만 아니라 개정 현행법과 비교할 때도 양도 시점의 세율을 적용하는 것은 입법취지에 부합하지 않는다. 따라서 이 사건 양도에 따른 양도소득세 산정 시 이 사건 현물출자로 발생한 양도소득금액 부분에 대하여는 현물출자 당시의 세율인 10%를 적용하여야 한다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지와 같다.
• 다. 관련 법리

1. 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).

2. 내국인이 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 현물출자로 인하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 내국인이 그 지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다(구 조세특례제한법 제38조의2 제1항). 거주자가 법 제38조의2 제1항의 규정에 의하여 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하는 경우 당해 보유주식을 현물출자함으로써 발생하는 소득(이하 주식과세이연금액이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 당해 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다(구 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제1항).

• 라. 판단 앞서 본 사실을 앞서 본 법리에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 주식과세이연금액에 대하여도 이 사건 양도 당시의 세율을 적용하는 것이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 구 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제1항 은 거주자가 법 제38조의2 제1항의규정에 의하여 보유주식을 현물출자 하는 경우 그 주식과세이연금액에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 다만 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도에 대한 과세표준을 계산함에 있어 지주회사 또는 전환지주회사의 취득가액에서 주식과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 본다고 정하고 있다. 양도소득세는 자산의 양도로 실현된 소득에 대해 과세하는 것을 기본원칙으로 하는 것으로, 위 규정은 지주회사 전환 시 주식의 현물출자 단계에서는 실현된 소득이 없는 것으로 보고 주식 소유자의 소득이 실현되는 처분시점까지 주식과세이연금액에 대한 과세를 이연한 것이다. 위 규정에 비추어 보면 원고가 이 사건 양도에 따라 부담하는 양도소득세의 과세대상인 양도소득은 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도로 인하여 발생하는 소득일 뿐 이 사건 현물출자에 따른 양도소득이 아니다. 따라서 이 사건 양도소득세 산정시에는 원고의 소득이 실현된 이 사건 양도 시점의 세율을 적용함이 타당하다.

② 구 소득세법(2015. 5. 13. 법률 제13282호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호는 양도소득세의 과세대상이 되는 양도소득은 당해연도에 발생한 주식의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 정한다고 규정하고 있다. 그런데 주식과세이연금액은 당해연도에 발생한 소득에 해당하지 아니하고, 다만 구 조세특례제한법 시행령이 위 소득에 대한 과세를 위하여 향후 이 사건 양도에 따른 양도소득 계산 시 이 사건 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 차감하도록 정하고 있을 뿐이다.

③ 구 조세특례제한법 제38조의2 제1항 은 지주회사의 전환 시 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 현물출자로 인하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세에 대하여는 그 지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연 받을 수 있다고 정하여 과세 이연 여부를 납세자의 선택에 따르도록 정하고 있다. 원고는 이 사건 현물출자 시 주식과세이연금액에 대한 과세 이연을 선택하였다.

④ 나아가 현물출자 이후 사정의 변경으로 인하여 위 지주회사 주식의 양도 당시의 세율이 현물출자 당시의 세율보다 낮은 경우가 발생하기도 한다. 따라서 위 규정이 주식과세이연금액에 대해 지주회사 주식의 양도 당시의 세율을 적용한다고 하여 그것이 형평에 반한다고 볼 수도 없다.

⑤ 구 조세특례제한법 시행령 제35조의3 제2항 은 주식의 증여 또는 상속 등 출자주식의 사후관리 위반이 발생한 경우 현물출자 또는 자기주식교환 당시의 소득세법 제104조 제1항 의 규정에 의한 세율을 적용하여 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다고 정하고 있다. 그런데 위 규정은 지주회사 주식의 양도가 있기 전에 사후관리 위반 사항이 발생한 경우 현물출자로 인한 양도소득에 대하여 양도소득세 또는 법인세의 납부의무를 부과하는 것이므로 그 적용 세율을 현물출자 당시의 세율로 정하는 것이 합리적이다. 이와 달리 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도한 경우에는 그 양도로 인한 양도소득에 대하여 과세가 이루어지는 것이므로 그 양도 당시의 세율을 적용하는 것이 타당하다.

⑥ 현행 조세특례제한법 제38조의2 제1항 은 현물출자 시 양도차익이 발생하여 과세를 이연 받을 경우 그 양도소득세 또는 법인세를 분할하여 납부하도록 정하고 있으나, 위 규정은 기존의 과세특례 제도를 합리적으로 보완하기 위한 것으로 위와 같은 사정만으로 이 사건 주식과세이연금액에 대하여도 현물출자 시의 세율이 적용되어야 한다고 해석할 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한