이 사건 건물을 철거하고 이 사건 아파트를 신축하기 위한 것으로 매입세액 공제대상아님

사 건 2021구합21607 부가가치세 부과처분 취소 원 고 주식회사 AA투자개발 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2021. 08. 20. 판 결 선 고

2021. 09. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 5. 1. 원고에게 한 2017년 제1기 부가가치세 2,536,200,000원의 부과처분 을 취소한다.

• 가. 원고는 부동산임대 및 매매업, 부동산분양, 컨설팅업 등을 주된 목적으로 설립된 법인이다.
• 나. 1) 원고는 2016. 8. 5. BBBB 주식회사(이하 BBBB이라 한다)와 00시 000구 00동 587-1 대 8570㎡ 외 3필지(이하 이 사건 토지라 한다) 및 그 지상 8층 건물 (이하 이 사건 건물이라 하고, 이 사건 토지와 건물을 통틀어 이 사건 부동산이라 한 다)을 630억 원에 매수하는 내용의 매매계약(이하 이 사건 매매계약이라 한다)을 체결 하였다. 이 사건 매매계약 중 이 사건과 관련된 내용은 다음과 같다. 2.2 매매대금. 본건 부동산에 대한 매매대금은 63,000,000,000원(부가가치세 별도)(이하 매 매대금)으로 한다. 매매대금 중 일정부분은 본건 토지에, 매매대금에서 본건 토지 부분 에 안분된 부분을 공제한 나머지 부분은 본건 건물 및 본건 정착물에 안분된다. 이와 같이 본건 토지 및 본건 건물에 안분되는 매매대금액은 매수인이 자신의 비용으로 독 립적인 감정평가법인에게 의뢰하여 적법하게 실시한 부동산 감정평가에 따라 산출된 본건 토지 및 본건 건물에 대한 각 가격으로서 매도인의 사전 서면동의를 얻은 가격의 비율에 비례하여 결정하기로 한다. 매수인은 2016. 10. 31. 이전까지 매도인에게 본건 토지 및 본건 건물의 합리적이고 공정한 가격 및 그 배분비율을 서면으로 제시하여야 하고, 매도인은 매도인의 의견으로 그 가격이나 비율이 공정하거나 합리적이지 않은 경우 이의를 제기하고 동의를 거부할 권한을 보유한다. 2.4 부가가치세의 지급. 부가가치세와 관련하여 (a) 매도인은 거래종결일(또는 연기된 거래 종결일)에 매수인에게 본 계약에 기한 본건 부동산(본건 건물 부분) 매매에 부과된 부 가가치세 세금계산서를 교부하여야 하고 (b) 매수인은 거래종결일(또는 연기된 거래종 결일)에 부가가치세 세금계산서상에 기재된 금액을 매도인에게 즉시 통용될 수 있는 원화로 본건 은행계좌에 지급하여야 한다. 7.1 본건 임대차계약 등의 승계 (a) 매수인은 거래종결 또는 그 이전에, 본건 임대차계약등과 이에 따른 매도인의 모든 의 무(관련 법령에 따라 발생하는 임대인으로서의 의무를 포함한다)를 승계하여야 한다. 더욱 명확하게 하기 위하여, 매수인은 승계동의서(아래 7.2조 제(b)항에서 정의)의 획 득 여부를 불문하고 본건 임대차계약 등에 따른 매도인의 모든 의무를 승계하여야 한
• 다. (b) 매수인과 매도인은 거래종결일(또는 연기된 거래종결일) 이전에, 본건 임대차계약 등의 임대인으로서 매도인이 가지는 모든 권리, 명의, 이익, 의무 그리고 계약상의 지위를 매수인에게 양도, 인수, 전달 및 교부하는 매도인과(합리적으로 행동하는)매수인이 수 용할 수 있는 형식의) 임대차양도계약(이하 본건 임대차양도계약)을 체결하여야 한다.

2. 원고는 2017. 3. 15. BBBB에 잔금을 지급하고, 같은 날 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 각 마쳤다.

• 다. 이 사건 매매계약 2.2에 따라, 원고와 BBBB은 이 사건 부동산에 대해 감정평 가를 실시한 후 이 사건 건물의 가액을 25,362,000,000원으로 결정하였다. 원고는

2017. 3. 15. BBBB으로부터 이 사건 건물 공급가액을 25,362,000,000원, 매입세액을 2,536,200,000원으로 한 매입세금계산서(이하 위 매입세액을 이 사건 매입세액이라 한 다)를 교부받았다. 원고는 2017년 1기분 부가가치세를 신고·납부하면서 이 사건 매입세 액을 공제하였다.

• 라. 피고는 원고의 2017년 귀속 부가가치세 등에 관한 세무조사를 실시하여, 원고는 이 사건 토지에 건물을 신축할 목적으로 이 사건 건물을 토지와 함께 취득한 것이어 서, 이 사건 매입세액은 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’에 해당하여 매출세액에 서 공제할 수 있는 매입세액이 아니라는 이유로 2019. 5. 1. 원고에게 2017년 1기 부 가가치세 3,366,707,370원(부가가치세 2,561,820,401원 + 일반과소신고 가산세 256,182,040원 + 납부불성실 가산세 548,704,938원, 원 이하 버림)을 경정·고지하였다 (이하 당초처분이라 한다).
• 마. 원고는 2019. 8. 12.경 당초처분에 불복하여 조세심판을 청구하였고, 조세심판원 은 2021. 1. 5. ‘당초처분은 신고 및 납부불성실가산세를 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구를 기각한다’는 결정을 하였다. 피고는 2021. 1. 15.경 위 조세심판원 결정의 취지에 따라 당초처분 중 위 각 가산세 합계 804,886,978원 부분을 전액 감액 경정하였다(이하 당초처분 중 감액경정되고 남은 부분을 이 사건 처분이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9, 19 내지 21호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 BBBB으로부터 이 사건 건물에 관한 임대차계약들을 포괄적으로 승계한 점, 원고가 이 사건 매매계약 체결 이전 주식회사 CC과 용역 계약을 체결한 후 이 사건 건물에서 임대사업을 진행할 경우 수익성이 있는지를 검토하고 매장 재구성 등 임대사업의 수익성을 강화할 수 있는 방안을 모색하였던 점, 이 사건 건물의 일부 임 차인은 건물 철거 이전까지 계속 사업을 영위하였고 원고는 새로운 임차인과 임대차계 약을 체결하기도 한 점, 이 사건 건물은 건축된 지 약 15년 밖에 되지 않은 것으로서 감정가가 이 사건 매매대금의 40% 가량을 차지하는 등 현실적인 가치가 있었던 점, 원 고는 이 사건 부동산의 재매각을 검토하기도 하였던 점 등에 비추어, 원고는 BBBB 으로부터 포괄적으로 승계받은 부동산 임대사업에 사용할 목적으로 이 사건 건물을 취 득하였으므로 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하고, 따라서 이를 공제하 지 않은 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지와 같다.
• 다. 인정 사실

1. 가) 원고는 2016. 8. 6. 주식회사 CC(이하 CC이라 한다)과 이 사건 부동산 매수 및 개발 사업에 관한 용역 계약(이하 이 사건 컨설팅 계약이라 한다)을 체결하였

• 다. 이 사건 컨설팅 계약 중 이 사건과 관련된 내용은 다음과 같다. 제1조(목적) 본 계약은 원고가 CC에게 원고가 매입하고자 하는 부동산인 이 사건 건물의 매입과 향 후 개발 사업을 위해 현재 입점하여 영업 중에 있는 임차인을 법적인 분쟁이 없이 원만하 게 명도하는 것과 개발사업 전반에 대한 컨설팅을 목적으로 상호간의 권리의무를 명확히 하는 데 그 목적이 있다. 제2조(컨설팅 업무 범위)

① 원고는 CC에게 아래 기재 업무의 이행을 의뢰한다.

4. 현재 입점 임차인의 임대차계약중도해지 및 명도를 위한 업무

5. 이 사건 건물 활성화를 위한 임차인 입점 관련한 업무

6. 소유권 이전 이후 건물의 운영관리와 관련한 업무

7. 재매각 시 매수인 주선과 관련한 업무

8. 주상복합아파트 사업시행과 관련한 업무 제3조(컨설팅 보수) 원고는 CC에게 업무의 대가로 아래와 같은 컨설팅 보수(부가세 별도)를 지급한다.

1. 컨설팅 보수금액의 산출은 다음에 의하여 산출한 금액으로 한다. BBBB으로부터 매수금액 630억 원의 2%인 12.6억 원과 주상복합아파트 사업시행 시 예상매출액 4,000억 원의 2%인 80억 원의 합계액 92.6억 원으로 한다. 단, 매수금액이나 주상복합아파트 사업시행 매출액의 변동이 있더라도 컨설팅 보수금액 의 증감은 없다.

2. 컨설팅 보수금액의 지급 시기는 다음과 같다. 주상복합아파트 사업시행으로 인허가관청으로부터 사업승인을 득하여 본 PF(프로젝트파 이낸싱)시에 50%인 46.3억 원 지급하고, 아파트 분양완료 시에 40% 37.04억 원 지급하고, 사업종료 시에 10%인 9.26억 원을 지급한다. 다만 그 지급시기에 대하여 상황의 변화로 인 하여 별도로 원고와 CC이 합의하여 변경할 수 있다. 제5조(계약기간 및 해지)

① 본 계약기간은 2017년 3월 22일부터 원고의 시행사업 종료일까지로 한다. 연번 제출일자 제목 비고 1 2016.3.18. 이 사건 부동산 물건개요 및 매수금액 산정 갑제22호증 2 2016.5.31. 이 사건 부동산 컨설팅계약 검토 갑제23호증 3 2016.5.31. 이 사건 부동산 임대사업 보고서 case1 임대진행시 갑제24호증 4 2016.7.6. 매도인 BBBB 및 덕경그룹 재산현황 갑제25호증 5 2016.7.8. 이 사건 부동산 매수 관련 매매계약 초안 갑제26호증 6 2016.7.27. 이 사건 부동산 임차인 현황 갑제27호증 7 2016.12.8. 이 사건 부동산 임차인 명도대행 검토

• 나) 원고와 CC은 2017. 3. 1. 이 사건 컨설팅 계약 중 제3조 제2항의 컨설팅 보수 지급시기를 ‘원고의 요청이 있을 시 CC은 컨설팅 용역 결과물에 상응하는 기성 금 청구를 하여야 하며, 원고의 승인을 득한 후 컨설팅 용역 기성금을 지급하도록 한 다.’는 내용으로 변경하는 부동산 컨설팅 변경 계약을 체결하였다.
• 다) CC은 원고에게 다음과 같은 용역 결과물(용역 보고서)을 제출하였다.

2. 가) 이 사건 매매계약 7.1(b)에 따라, 원고는 2016. 11. 4. BBBB과 이 사건 건물에 관한 임대차계약을 승계하고 임대인 지위를 양수하는 내용의 임대차양도계약을 체결하였다.

• 나) 원고는 2017. 2. 23. 이 사건 건물 6, 7층의 임차인인 DDDD 주식회사와 그에게 영업손실 보전을 위한 금원(이하 보상금이라 한다)으로 52억 5,000만 원을 지 급하고 계약종료일 이전에 기존의 임대차계약을 합의해지하기로 하는 내용의 합의서 (을 제6호증)를 작성하였다.
• 다) 원고는 2017. 3. 9. 이 사건 건물의 2층의 임차인 윤EE(블레싱, 임대차기간

2013. 6. 14.~2017. 5. 13., 임대차보증금 15,560,000원)에게 보상금으로 1,600만 원을,

2017. 5. 31. DDDD 주식회사(임대차기간 2013. 2. 22.~2022. 12. 31., 임대차보증금 35억 원)에 위 나)항 합의에 따라 보상금으로 52억 5,000만 원을 지급하는 등 2017. 3. 9.부터 2017. 5. 31.까지 이 사건 건물의 임차인들 중 임대기간이 남아 있는 임차인 전 부에게 보상금으로 합계 12,045,540,000원을 지급하고 기존의 임대차계약을 합의해지 하였다.

3. 원고는 2017. 1. 12. 국세청에 이 사건 매매계약이 사업의 포괄양도·양수로서 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도로 볼 수 있는지에 관해 세법해석 사전답변 신청을 하였다. 국세청은 2017. 2. 14. ‘부동산임대사업을 양도하는 경우 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무가 포괄적으로 승계되어 사업의 동일성이 유지되는 경우 에는 부가가치세법 제10조 제8항 제2호 및 같은 법 시행령 제23조에 따라 재화의 공 급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당한다.’는 취지로 답변하였다.

4. 원고는 2017. 1. 26. FFF광역시 000구청장(이하 000구청장이라 한다)에 게 이 사건 토지 상에 공동주택(아파트) 548세대 및 판매시설 등(이하 이 사건 아파트 라 한다)을 신축하는 내용의 건축위원회 심의 신청서를 제출하였고, FFF광역시 건축위 원회는 2017. 5. 19. 조건부 의결을 하였다. 원고는 2017. 8. 21. 000구청장에게 위 사업에 관한 주택건설사업계획 승인 신청을 하였고, 해운대구청장은 2017. 11. 16. 주 택건설사업계획을 승인하였다(이하 위와 같이 승인받은 사업을 이 사건 신축사업이라 한다).

5. 원고는 2017. 12. 11. 주식회사 웅진이엔씨와 이 사건 건물 철거공사 계약을,

2017. 12. 13. 주식회사 대우건설과 이 사건 토지에 이 사건 아파트를 신축하는 내용의 공사도급 계약을 각 체결하고, 그 후 이 사건 건물은 철거되고 이 사건 아파트가 건축 중이다. [인정 근거] 앞서 든 증거, 갑 제10 내지 18, 22 내지 27호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재

• 라. 판단

1. 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 (2017. 12. 29. 법률 제15223호로 개정되 기 전의 것)는 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 매입세액 공제 제외 대상으로 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것) 제80조는 ‘법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지 에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건물의 취득 및 철거 비용과 관 련된 매입세액, 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비 용에 관련된 매입세액’이라고 규정하고 있다.

2. 앞서 본 사실, 앞서 든 증거 및 갑 제28호증(가지 번호 포함)의 각 기재를 종합 하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 아파트를 신축하기 위하여 이 사건 매매계약을 체결하였다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 건물의 취득에 관련된 이 사건 매입세액은 부가가치세법 시행령 제80 조 제2호가 규정한 매입세액 공제 제외 대상이므로, 이를 이유로 한 이 사건 처분은 적법하고 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고는 이 사건 매매계약을 체결한 다음 날인 2016. 8. 6. CC과 이 사건 컨설팅 계약을 체결하면서, 컨설팅 보수를 ‘이 사건 부동산 매매대금 630억 원의 2%인 12억 6,000만 원과 이 사건 신축사업의 예상매출액 4,000억 원의 2%인 80억 원을 합한 92 억 6,000만 원’으로 정하는 한편, 위 보수를 이 사건 신축사업의 진행 정도에 따라 나 누어 지급하기로 하였으며, 컨설팅 계약기간을 이 사건 신축사업 종료일까지로 정하였

• 다. 이 사건 컨설팅 계약의 위와 같은 내용에 비추어 보면 원고는 이 사건 매매계약을 체결할 무렵 이미 이 사건 신축사업을 진행하기로 결정한 것으로 보인다.

② 원고는 이 사건 부동산을 취득하기 이전인 2017. 1. 26. 해운대구청장에게 이 사 건 신축사업에 관한 건축위원회 심의를 신청하였고, 그로부터 11개월 후인 2017. 11.

16. 000구청장으로부터 주택건설사업계획 승인을 받아, 2017. 12. 11. 이 사건 건물 의 철거공사 계약을 체결하였다. 이처럼 이 사건 신축사업은 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 전에 시작되어 비교적 신속하게 진행되었는바, 원고는 위 건축위원회 심의를 신청하기 이전부터 사업의 진행을 위해 많은 노력을 기울였을 것으로 보인다.

③ 원고는 이 사건 부동산을 취득하기 이전인 2017. 2. 23. 이 사건 건물 6, 7층의 임차인인 DDDD 주식회사와 보상금을 지급하고 기존의 임대차계약을 해지하는 내용 의 합의서를 작성하였는바, 원고는 그 이전부터 이 사건 건물의 임차인들과 기존 임대 차계약 해지를 위한 협의를 하였던 것으로 보인다. 또한, 원고는 이 사건 신축사업에 관한 건축위원회의 의결 이전인 2017. 3. 9.부터

2017. 5. 31.까지 이 사건 건물의 임차인들 중 임대기간이 남아 있는 임차인 전원에게 보상금을 지급하고 기존 임대차계약을 계약종료일 이전에 해지하는 합의를 하였고, 원 고가 지급한 보상금은 합계 12,045,540,000원으로 기존 임대차보증금 합계 5,081,283,270원(이 사건 매매계약 별지 3)의 2배를 넘는 금액이다. 만약 원고가 이 사 건 신축사업 이전 이 사건 건물에서 임대업을 지속하고자 하였다면 위와 같이 거액의 보상금을 지급하는 방법으로 모든 임대차계약을 단기간에 해지할 필요는 없었을 것이

• 다. 한편, 원고가 이 사건 부동산을 취득 이후인 2017. 3. 24. 강GG에게 이 사건 건물 지하 1층, 지상 1, 2층을 임대하는 내용의 임대차계약을 체결한 사실은 인정된다. 그러 나 위 임대차계약의 임대기간은 약 2개월(2017. 4. 14.~2017. 5. 31.)에 불과하고 원고 가 위 임대수익 이외에 이 사건 건물의 임대로 인한 매출을 신고한 사실은 없다.

④ 원고가 CC으로부터 이 사건 건물에서 임대업을 지속할 경우의 수익성 또는 매 장재구성 등 임대수익을 높일 수 있는 방안을 검토한 용역결과물을 제공받는 등 이 사 건 건물에서 임대업을 지속하는 방안에 대해 검토한 사실은 인정되나, 이는 이 사건 매매계약을 체결하기 이전의 사정에 불과하고 원고가 이 사건 매매계약 체결 이후 강 GG와 단기 임대차계약을 체결한 외에 새로운 임차인이나 임대업종을 물색하는 등 임 대업을 지속하기 위한 방안을 검토한 사실을 인정할 증거가 없다.

⑤ 원고는 그가 BBBB으로부터 이 사건 건물의 임대차계약을 승계하는 등 임대사 업에 관한 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다고 주장한다. 그러나 사업양도의 경우 일 반적으로 자산·부채의 평가와 영업권의 평가 등이 중요한 요소로 작용하는데 원고와 BBBB 사이에 BBBB이 영위하던 임대업과 관련된 자산·부채의 평가와 영업권의 평가가 있었다고 볼 사정이 없고 사업상 비밀, 경영조직 등의 이전이 있었다고 볼 수 도 없는 점, 원고의 세법해석 사전답변 신청에 대한 국세청의 답변은 사업에 관한 모 든 권리와 의무가 포괄적으로 승계되어 사업의 동일성이 유지되는 경우를 전제로 한 것에 불과한 점 등에 비추어, 원고의 주장을 받아들이기 어렵다.

⑥ 원고가 이 사건 매매계약을 체결할 무렵 이 사건 건물이 준공된 지 약 15년 밖에 되지 않았고, 2016. 9.경 그 가액이 358억 원으로 감정평가된 사실은 인정된다. 그러나 BBBB이 2012. 4.경 이 사건 부동산을 취득할 당시 감정평가액의 51.2%인 691억 원 (감정평가액 1,350억 원)에 낙찰받은 사정(갑 제22호증 19쪽)에 비추어 위 감정평가액 이 이 사건 건물의 시가를 정확히 반영한다고 보기 어렵고, 원고는 이 사건 신축사업 의 예상매출액을 4,000억 원으로 산정하는 등(이 사건 컨설팅 계약 제3조 제1항) 위 신축사업에 따라 더 큰 이익을 얻을 것으로 판단한 것으로 보인다.

⑦ 이 사건 건물의 관리업체였던 HH스코리아 주식회사의 직원인 증인 홍II는 이 법정에서 ‘원고에게 이 사건 건물의 상권, 운영 현황에 관한 정보를 제공하거나 매장 재구성 방안 등을 논의한 사실이 있다. 원고로부터 이 사건 건물의 재개발에 관한 이 야기를 들은 사실은 없다.’는 취지로 증언하였다. 그러나 홍II는 BBBB과의 계약 에 따라 건물관리업무를 수행하던 회사의 직원에 불과하고, 상업시설의 매장관리 업무 만을 담당하였을 뿐 재개발 관련 업무를 수행한 사실이 없어 원고의 이 사건 매매계약 및 신축사업의 진행 경위를 상세히 알 수 없었던 것으로 보인다. 증인 홍II의 일부 증언만으로는 위와 같은 판단을 뒤집기에 부족하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한