이 사건 현물출자의 취득시기는 관리처분계획인가고시일로 보아야 함

사 건 2020구합24081 법인세경정거부처분취소 원 고 OOO구역주택재개발정비사업조합 피 고 AAA세무서장 변 론 종 결

2022. 6. 17. 판 결 선 고

2022. 8. 12.

1. 피고가 2019. 10. 2. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 0,000,000,000원에 대한 경정거부처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분 및 2017 사업연도 법인세0,000,000,000원에 대한 경정거부처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2011. 4. 14. OO광역시 OOO구 O동 00-00번지 일원에 주택재개발사업을 목적으로 설립된 주택재개발정비사업조합으로, BBB구청장으로부터 2013. 2. 15. 사업시행계획인가(고시일 2013. 2. 20.)를 받고, 2014. 3. 3. 관리처분계획인가(고시일 2014. 3. 12.)를 받은 후 2015. 6. 11. 착공신고를 하여 아파트 8개동 813세대분(조합원분 253세대, 일반분양분 560세대)을 건설하고, 2018. 1. 30. 준공인가를 받았다.
• 나. 원고는 최초 조합원들로부터 기존 토지 및 건물 등(이하 ‘종전자산’이라 한다)을 현물출자로 취득하였고(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다), 그 취득가액을 사업시행계획인가 고시일(2013. 2. 20.) 기준으로 감정평가한 금액인 48,110,816,039원으로 보고, 아파트 건설공사의 수익사업 비율과 작업진행률에 따라 2015 사업연도부터 2017 사업연도까지의 소득금액을 산정하여 법인세(2015 사업연도 0원, 2016 사업연도 1,383,112,308원, 2017 사업연도 1,732,476,971원) 신고를 하였다.
• 다. 원고는 2019. 7. 24. 피고에게 ‘① 이 사건 현물출자의 취득가액은 관리처분계획인가일(2014. 3. 3.) 기준으로 평가한 감정가액 56,884,523,455원(기신고 가액에 비해8,773,707,416원을 증액)이고, 위 증액된 금액 중 수익사업 부분인 5,987,011,240원을 분양원가로 보아 추가로 손금산입하여야 한다. ② BBB구청으로부터 무상으로 양여받은 기존의 정비기반시설에 대한 공사착공일(2015. 6. 11.) 기준 감정가액 8,544,897,000원과 새로 설치하여 기부채납한 정비기반시설에 대한 준공인가일(2018. 1. 30.) 기준 감정가액 15,377,856,000원의 차액인 6,832,959,000원 중 수익사업 부분인 4,662,681,395원을 공통경비로 보아 추가로 손금산입하여야 한다‘는 취지로 2016 사업연도 법인세액 1,065,612,102원, 2017 사업연도 법인세액 1,064,326,425원의 환급을 구하는 법인세 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2019. 10. 2. 원고의 위 법인세 경정청구를 거부하였는데(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다), 그중 위 ① 사유에 대해서는 ’이 사건 현물출자의 취득시기를 관리처분계획인가일로 볼 수 없고, 원고가 주장하는 관리처분계획인가일을 그 취득시기로 보더라도 이 사건 소급감정가액은 합리성과 객관성이 결여되어 시가로 인정할 수 없다‘는 취지로 판단하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 2019. 12. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2020. 7. 7. 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4 내지 6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 당사자들의 주장

1. 원고의 주장 이 사건 현물출자의 경우 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 단서에 따라 현물출자된 자산에 대한 사용수익일인 관리처분계획 인가일(2014. 3. 3.)을 취득시기로 보아야 하고, 이를 기준으로 산정한 종전자산의 취득가액은 이 법원에서의 감정결과에 따라 56,671,539,630원 {= 토지 24,776,156,480원 + 건물 31,895,383,150원 }이 된다. 따라서 위 금액과 기신고한 사업시행계획인가 고시일(2013. 2. 20.) 기준 종전자산 취득가액의 차액 8,560,723,591원 {= 56,671,539,630원 – 48,110,816,039원 } 중 수익사업에 해당하는 68.65% 부분을 2015 사업연도부터 2017 사업연도까지 누적 작업진행률에 따라 추가로 손금산입하면, 기신고한 2016 사업연도 법인세액 1,383,112,308원 중 518,228,282원, 2017 사업연도 법인세액 1,732,476,971원 중 583,814,896원이 각 환급되어야 한다. 따라서 이 사건 거부처분 중 위 각 환급세액에 해당하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2. 피고의 주장 이 사건 현물출자에 있어 종전자산의 취득가액은 사업시행인가일(내지는 사업시행인가 고시일)을 기준으로 산정되어야 한다. 설령, 관리처분계획인가일(2014. 3. 3.)을 취득시기로 보더라도 이 법원에서의 감정결과는, 위 관리처분계획인가일로부터 상당한 기간이 경과한 이후에 소급감정한 것이므로 당시의 시가를 객관적이고 합리적으로 평가한 것으로 보기 어렵다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 손금산입에 있어 이 사건 현물출자에 의한 원고의 종전자산 취득시기 가) 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고, 동조 제2항은 ‘제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 각 규정하고 있고, 동법 시행령 제69조 제1항은 ‘법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 ’건설등‘이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(작업진행률)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다’고 규정하고 있다. 한편, 법인세법 제41조 제1항, 제2항, 동법 시행령 제72조는 ‘내국법인이 현물출자에 따라 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 해당 자산의 시가이다’라고 규정하고 있다.

• 나) 위 법령의 내용에 의하면, 원고가 주택재개발사업을 추진하면서 법인세법 제40조, 동법 시행령 제69조 제1항에 따라 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하게 되는데, 위 손금으로 산입하게 되는 종전자산의 취득가액은 원고가 이 사건 현물출자에 의해 종전자산을 취득할 당시의 시가가 된다.
• 다) 그런데 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 는 ‘상품 등외의 자산의 양도의 경우 그 대금을 청산한 날(다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다)이 속하는 사업연도를 익금 및 손금의 귀속사업연도로 한다’고 규정하고 있고, 구 도시 및 주거환경정비법(2014. 5. 21. 법률 제12640호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 도시정비법’이라 한다) 제49조 제6항 본문에 따라 관리처분계획인가의 고시가 있을 때에는 종전의 토지 또는 건축물의 소유자·지상권자·전세권자·임차권자 등 권리자는 구 도시정비법 제54조 에 의한 이전의 고시가 있은 날까지 종전의 토지 또는 건축물에 대하여 이를 사용하거나 수익할 수 없고, 사업시행자가 이를 사용·수익할 수 있게 되며, 이에 따라 사업시행자는 관리처분계획인가의 고시가 있게 되면 위 조항을 근거로 정비구역 내에 있는 토지 또는 건축물의 임차권자 등을 상대로 그들이 점유하고 있는 부동산의 인도를 구할 수 있다(대법원 2020. 8. 20.선고 2017다260636 판결 등 참조). 이러한 법령의 내용이나 법리에 비추어 보면, 사업시행자인 원고가 이 사건 현물출자에 의해 종전자산을 사용·수익할 수 있게 되는 시점인 ‘관리처분계획인가의 고시일’을 손금산입에 있어 종전자산의 취득시기로 봄이 타당하다(달리 위 고시일 무렵 종전자산에 관하여 원고에게 이전등기가 마쳐졌거나 인도가 되었다고 볼 만한 증거가 없다).
• 라) 따라서 이 사건에 있어서는 관리처분계획인가 고시일인 2014. 3. 12.을 종전자산의 취득시기로 보아 그 취득가액을 산정하여야 한다. 다만, 원고의 주된 주장은 ‘종전자산의 취득시기를 사업시행계획인가가 아닌 관리처분계획인가를 기준으로 하여야 한다’는 취지인 점, 관리처분계획 인가일과 관리처분계획인가 고시일 사이의 시간적 간격은 9일에 불과하여 그 감정평가에 있어 유의미한 차이가 있다고 보기 어려운 점 등을 고려하여, 이 사건에 있어서 관리처분계획 인가일(2014. 3. 3.)을 기준으로 평가된 증거들(이 법원에서의 감정촉탁 결과나 감정보완촉탁 결과 등)을 관리처분계획인가 고시일(2014. 3. 12.)을 기준으로 평가한 것과 동일한 것으로 인정하여 적용하기로 한다.

2. 이 법원에서의 감정결과를 시가로 적용할 수 있는지 여부

• 가) 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제167조 제4항에서 부당행위계산 부인 대상인 저가양도의 기준으로 규정하고 있는 ‘시가’는 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미하지만, 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념으로서 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다(대법원 2012. 6. 14. 선고 2010두28328 판결 등 참조). 한편, 상속세를 부과함에 있어 과세관청이 비록 상속재산의 상속 당시의 시가를 평가하기 어렵다는 이유로 상속재산의 가액을 개별공시지가로 평가하여 과세처분을 하였다고 하더라도 그 과세처분 취소소송의 사실심 변론종결시까지 상속재산의 시가를 입증한 때에는 그 상속재산의 시가에 의한 정당한 상속세액을 산출한 다음 과세처분의 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 따라 과세처분의 위법 여부를 판단하여야 하고, 여기서 '시가'라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 '시가'로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다(대법원 2005. 9. 30. 선고 2004두2356 판결 등 참조).
• 나) 법인세법이나 동법 시행령 규정에서는 ‘시가’의 범위를 사전에 감정한 것으로만 인정한다는 등의 제한을 특별히 하지 않고 있고, 여기에 앞서 본 상속세 및 증여세법이나 소득세법에서 정하고 있는 ‘시가’의 의미에 관한 판례의 취지를 더하여 보면, 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 것이라면 공신력 있는 감정기관의 소급감정에 의한 감정가격도 위 '시가'로 볼 수 있다고 봄이 타당하다.
• 다) 그런데, 갑 제4, 10호증의 각 기재, 이 법원의 감정인 CCC에 대한 감정촉탁 및 감정보완촉탁 결과, 이 법원의 감정인 CCC에 대한 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 이 법원의 감정촉탁 및 감정보완촉탁 결과에 의한 종전자산에 대한 감정가액 56,671,539,630원 {=토지 24,776,156,480원 + 건물 31,895,383,150원 }은, 원고가 이 사건 현물출자에 의해 취득한 종전자산에 대해 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액으로서 ‘시가’에 해당한다고 봄이 상당하다.

① 감정인 CCC은 관리처분인가일인 2014. 3. 3.을 기준으로 감정평가에 관한 규칙 제5조 제1항의 ‘시장가치’를 기준으로 종전자산의 가액을 감정평가하였는데, 그 감정가액은 최초 56,521,733,390원 {= 토지 24,626,350,240원 + 건물 31,895,383,150원 }이었다.

② 원고는 위 감정촉탁 결과에 대해, ‘➊ 감정평가에 관한 규칙 제12조 제2항에 따라 거래사례비교법으로 산출한 가액과 비교하여 합리성을 검토할 것, ➋ 토지 감정평가에 관하여 ‘개별요인’의 요소가 되는 수치들의 구체적인 근거를 보완할 것, ➌ 각 토지별로 ‘그 밖의 요인’ 보정치를 개별적으로 산정하여 적용할 것, ➍ 건물 감정평가에 관하여 ‘가치형성요인’인 외부요인, 건물요인, 개별요인, 기타요인의 구체적인 산정 근거를 보완할 것‘을 요청하는 내용의 감정보완촉탁 신청을 하였고, 그에 따라 보완·수정된 감정보완촉탁 결과가 회신되었는데, 그에 따르면 감정가액은 56,671,539,630원 {=토지 24,776,156,480원 + 건물 31,895,383,150원 }이 된다.

③ 종전자산 중 건물 부분은 이미 철거가 완료되어 새롭게 아파트가 준공된 상태이나, 위 감정촉탁 및 감정보완촉탁 과정에서 기준시점 당시의 지적도, 용도지역(제3종일반주거지역) 등을 기준으로 관리처분을 위해 2개 감정평가법인이 평가한 조합원별 종전자산 평가서(사업시행계획인가 고시일 기준), 2014년 기준 로드뷰, 건축물 현황조사도면, 사진, 항측도 등 관련 자료를 종합적으로 참작하여 감정평가가 이루어진 것으로 보인다. 건물 등의 평가는 원가법(대상물건의 재조달원가에 감가수정을 하여 가액을 산정하는 방법)으로 이루어졌는데, 각 건물에 대한 건축물 현황조사도면 및 사진, 평면도, 사진, 종전자산 평가서 등에 기초하여 건물의 구조, 신축년도, 내용년수 등을 참작하여 평가되었고, 건물신축단가표는 기준시점(2014. 3. 3.) 이전에 조사하여 발표된 것들 중 가장 최근의 것인 2012. 6.경을 기준으로 한 것을 적용하였다.

④ 특히, 종전자산 평가서의 기준시점인 사업시행계획인가 고시일(2013. 2. 20.)과 이 법원에서의 감정 기준시점인 관리처분계획 인가일(2014. 3. 3.)은 그 시간적 격차가 약 1년에 불과하므로, 건물의 구체적인 현황이나 관리상태 등은 대부분 그대로 유지되었을 것으로 추정되는바, 종전자산 평가서를 기초로 감정평가를 하는 것이 특별히 불합리하다는 사정은 찾을 수 없다.

⑤ 한편, 피고는 관련 판결들(부산고등법원 2019. 9. 25. 선고 2019누20730 판결, 부산고등법원 2021. 4. 30. 선고 2020누23315 판결)을 예시로 들면서 이 법원에서의 감정촉탁 결과 및 감정보완촉탁 결과에 의한 감정가액은 약 7년 이상 소급하여 이루어진것이어서 신빙할 수 없다는 취지의 주장도 하나, 위 판결들은 상속 또는 증여받은 자산에 대해 약 15년 내지 30년 이상 지난 후 소급감정을 한 것으로서 재개발과정에서 기준시점에 관한 종전자산 평가서가 작성되었던 이 사건과는 사안을 달리하므로, 이에 관한 피고의 주장은 그대로 받아들일 수 없다.

• 라. 소결론

1. 이 사건 현물출자에 의해 취득한 종전자산의 시가는 56,671,539,630원이고, 기신고한 종전자산 취득가액과의 차액은 8,560,723,591원 {= 56,671,539,630원 – 48,110,816,039원 }이 된다. 그리고 위 차액 중 수익사업 비율(일반분양원가 면적비율)이 68.65%이고, 2015 내지 2017 사업연도의 누적 작업진행률이 각 5.64%, 49.73%, 99.40%인 사실, 이를 반영하여 산정한 법인세액은 2015 사업연도 0원, 2016 사업연도 864,884,026원, 2017 사업연도 1,148,662,075원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 기신고한 법인세액이 2015 사업연도 0원, 2016 사업연도 1,383,112,308원, 2017 사업연도 1,732,476,971원인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 2016 사업연도 환급세액은 518,228,282원 {= 1,383,112,308원 – 864,884,026원 }, 2017 사업연도 환급세액은 583,814,896원 {= 1,732,476,971원 – 1,148,662,075원 }이 된다.

2. 따라서 이 사건 거부처분의 2016 사업연도 법인세 1,065,612,102원에 대한 부분 중 547,383,820원 {= 1,065,612,102원 – 518,228,282원 }을 초과하는 부분 및 2017 사업연도 법인세 1,064,326,425원에 대해 480,511,529원 {= 1,064,326,425원 – 583,814,896원 }을 초과하는 부분은 각 위법하므로, 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.