실질적으로 장기임대주택으로 사용수익하였다 하더라도 민간임대주택으로 등록하지 아니한 이상 1세대 3주택 계산시 제외되지 않음

사 건 2020구합23521 양도소득세부과 등 부과처분취소청구의 소 원 고 김○○ 피 고

○○ 세무서장 변 론 종 결

2020. 12. 18. 판 결 선 고

2021. 2. 5.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2019. 7. 26. 원고에 대하여 한 양도소득세 73,034,426원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제1호증 내지 제5호증, 제7호증 내지 10호증, 제12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

• 가. 원고는 2018. 4. 10. 박

○○ 에게 원고 소유이던

○○

○○ 구

○○ 동 00-00 지상

○○ 제

○ 동

○ 층 건물(이하 이 사건 건물이라고 한다)을 양도하였다.

• 나. 원고는 2018. 6. 15. 피고에게 이 사건 건물의 1층부터

○ 층의 전체 호실이 구 소득세법 시행령(2018. 7. 16. 대통령령 제29045호로 개정되기 전의 것, 이하 구 소득세법 시행령이라고 한다) 제167조의3 제1항에 따라 1세대 3주택에서 제외되는 장기임대주택에 해당되는 것으로 보고 일반세율을 적용하여 계산한 양도소득세 252,246,170원을 예정신고하고, 그 무렵 이를 납부하였다.

• 다. 그 후 피고는 원고에게, 이 사건 건물 중 1층부터 3층 부분이 구 민간임대주택에 관한 특별법(2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정되기 전의 것, 이하 구 민간임대주택법이라고 한다) 제2조에 규정된 민간임대주택으로 등록되어 있지 않다는 이유로(이하 위 1층부터 3층 부분을 이 사건 미등록주택 부분이라고 한다), 이 사건 미등록주택 부분의 양도는 조정대상지역 내 다주택자의 양도에 해당되어 일반세율이 아닌 중과세율 적용대상임을 통지하였다.
• 라. 이에 원고는 2018. 9. 27. 피고에게 이 사건 미등록주택 부분의 양도는 중과세율 적용대상임을 전제로 양도소득세를 다시 산정하여 수정신고하였고, 피고는 2019. 4. 15. 양도소득세 74,328,700원을 2019. 4. 30.까지 납부할 것을 결정·고지하였다.
• 마. 원고는 2019. 6. 4. 피고에게 이 사건 미등록주택 부분도 실제로는 장기임대주택이므로 이 사건 미등록주택 부분 양도소득세의 세율은 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 한다는 이유를 들어 양도소득세 73,034,426원을 감액하여 줄 것을 구하는 경정청구를 하였다.
• 바. 피고는 2019. 7. 26. 이 사건 미등록주택 부분이 구 민간임대주택법 제2조 에 규정된 민간임대주택으로 등록되어 있지 않다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 통지(이하 이 사건 처분이라고 한다)를 하였다.

• 가. 원고의 주장 원고가 이 사건 미등록주택 부분을 민간임대주택으로 등록하지 못한 것은 그 부분이 상가로 사용승인이 이루어졌기 때문이고, 원고는 그와 같은 사실을 알게 된 후 해당부분을 오피스텔로 용도변경하고 이를 관할구청에 신고하면서 이 사건 미등록주택부분을 민간임대주택으로 등록하는 절차만 누락하였을 뿐, 이 사건 건물 전체에 대하여 사업자등록을 하고 이 사건 미등록주택 부분을 임차인들에게 임대하여 사용·수익하게 하였으며, 임대수입에 대한 소득세를 신고하여 납부하여 온 이상 이 사건 미등록주택 부분도 구 소득세법 시행령 제167조의3 에 따라 1세대 3주택에서 제외되는 장기임대주택에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 미등록주택 부분의 양도는 조정대상지역 내 다주택자의 양도에 해당하지 아니하여 중과세율이 적용될 수 없으므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결 등 참조). 살피건대, 을 제7호증, 제8호증, 제12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 건물은 1층부터 3층까지는 상가로, 4층부터

○ 층까지는 다세대주택(도시형 생활주택원룸형)으로 사용승인을 받은 사실, 원고는 2012. 2.경

○○ 광역시

○○ 구청에 이 사건 건물 중 이 사건 미등록주택 부분을 제외한 나머지 부분(4~

○ 층)

○○ 호실을 구 민간임대주택법에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실, 원고는 2016. 10. 21.경 이 사건 미등록주택 부분의 용도를 업무시설(오피스텔)로 변경한 사실, 원고는 이와 같이 용도변경을 한 이후에 이 사건 미등록주택 부분을 민간임대주택으로 등록하지는 아니한 사실을 인정할 수 있고, 별지 관계법령 기재에서 보듯 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당하지 아니하기 위해서는 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록과 민간임대주택법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 주택일 것을 요하고 있으므로, 원고가 이 사건 미등록주택 부분을 민간임대주택으로 등록하지 아니한 이상 설사 원고가 그 부분을 임대하고 소득세를 납부하여 왔다고 하더라도, 이를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당하지 아니하는 주택이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한