납세자 신고행위가 중대 명백한 하자인지

사 건 부산지방법원2020구합22764 부가가치세환급 등 청구의 소 원 고 명륜제2구역 주택재개발정비사업조합 피 고 대한민국 변 론 종 결

2020. 11. 26. 판 결 선 고

2021. 1. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고는 원고에게 별지 청구목록 제②항 기재 각 돈 및 이에 대하여 제④항 기재 각 해 당 기산일부터 이 사건 소장 송달일까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

• 가. 원고는 부산 동래구 명륜동 000-000 일원 121,469.22㎡를 사업시행예정구역으로 하여 구 도시 및 주거환경정비법(2009. 2. 6. 법률 제9444호로 개정되기 전의 것)에 의한 주택재개발정비사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하기 위하여 2005. 8. 23. 부산광역시 동래구청장(이하 ‘동래구청장’이라 한다)으로부터 조합설립인가를 받았다.
• 나. 동래구청장은 2006. 7. 10. 원고를 사업시행자로 하여 이 사건 사업에 대한 사업시행인가를 한 다음 그 무렵 이를 고시하였고, 2008. 2. 4. 관리처분계획인가를 한 다음 2008. 2. 13. 이를 고시하였다(이하 위와 같이 인가된 관리처분계획을 ‘이 사건 관리처분계획’이라 한다). 이후 이 사건 사업의 시행이 완료됨에 따라 원고는 2015. 11. 30. 동래구청장으로부터 이 사건 사업에 대한 준공인가를 받았고, 2016. 7. 20. 이 사건 사업의 이전고시를 하였다.
• 다. 원고는 2010년경부터 조합원 소유의 토지와 건물을 현물출자 받고 2010년 제1기 부터 2019년 제2기까지 사이에 아래 표 기재와 같이 부가가치세 신고(이하 ‘이 사건 신고’라 한다)·납부를 하였다.
• 라. 원고는 2015. 1. 26.부터 2018. 1. 12.까지 사이에 아래 표 기재와 같이 총 8회에 걸쳐 부가가치세 합계 2,419,381,850원을 납부하였다.
• 마. 피고는 2010. 8. 18.부터 2016. 3. 1.까지 사이에 원고에게 아래 표 기재와 같이합계 3,493,678,258원의 부가가치세를 환급하여 주었다(별지 청구목록 제②항 기재 각돈 중 매입세액은 매입세액 신고 금액에서 환급된 금액을 제외한 금액이다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 9호증, 을 1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 신고는 아래와 같은 이유로 납세의무가 없는 부분에 대한 납세의무자인 원고의 신고행위에 해당하므로, 당연무효이다. 설령 이 사건 신고가 당연무효가 아니더라도, 이 사건 신고의 중요부분에 대한 동기의 착오가 있었던 경우에 해당하므로 착오를 이유로 이 사건 신고행위를 취소한다. 따라서 피고는 원고에게 원고가 이 사건 신고에 따라 피고에게 납부한 별지 청구목록 제②항 기재 각 돈 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

• 가. 구 조세특례제한법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제104조의7 제3항은 ‘정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물은 부가가치세법 제6조 에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다’고 규정하고 있고, 조합원 외에 일반에게 분양하는 토지 및 건축물에 대해서는 구 도시 및 주거환경 정비법(2010. 12. 27. 법률제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 도시정비법’이라 한다) 제55조 제2항에서 ‘일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제34조 규정에 의한 보류지 또는 체비지로 본다’고 규정하고 있는데, 이는 조합원 외에 일반에게 분양하는 토지 및 건축물은 도시개발사업의 시행 등에 필요한 경비를 충당하기 위한 것으로서 과세의 대상이 되는 재화의 공급으로 보지 않도록 하는 규정이므로, 부가가치세법상의 ‘거래’가 성립될 수 없다. 설령 그렇게 보지 않더라도 원고가 이 사건 사업에 따라 일반분양하는 토지 및 건축물을 공급 내지 분양하는 것은 구 부가가치세법(2011. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제12조 제1항 제13호의 경우에 해당하여 부가가치세 면세대상에 해당한다.
• 나. 원고는 고유목적사업을 위하여 관할 행정청으로부터 관리처분계획을 인가받고, 위 관리처분계획인가서에서 정한대로 이 사건 사업을 시행하였는바, 위 관리처분계획인가는 도시정비법이 정한 바에 따라 이루어진 공법상의 처분에 해당하고, 위 처분에는 공동주택을 조합원과 일반에 분양하도록 규정되어 있으며, 이에 따라 일반에게 분양한 것은 공법상 처분에 따른 것으로서 법률의 규정에 의하여 이루어진 것이므로 부가가치세 과세대상이 되는 부가가치세법 제1조 제1항 의 ‘거래’에 해당한다고 볼 수 없다.
• 다. 원고의 조합원들은 원고의 고유목적사업에 소요되는 사업비 전부를 종전의 토지 등에서 충당해야 하고, 일반분양분에 해당하는 토지와 건축비를 자신들의 토지 등에서 안분하여 부담하게 된다. 그런데 일반분양의 대가로 돌아오는 분양대금은 이 사건 관리처분계획에 의한 공법상의 권리의무인 청산금으로서 결국 원고의 고유목적사업의 사업비용에 충당되는 것이므로 이는 원고가 자신의 고유목적사업에 자신의 재화를 투입한 것으로 보아야 하고 부가가치세법 제1조 제1항 의 ‘거래’에 해당한다고 볼 수 없다.
• 라. 원고는 민법 제32조 에 따라 설립된 공익법인으로서 일반인에게 대지 또는 건축물을 분양하는 것은 도시정비법 제38조 에 따른 공익사업에 해당하므로 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행규칙’이라 한다) 제11조의5 제1항에 해당하여 부가가치세 면세대상에 해당한다.

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

• 가. 당연무효 주장에 관한 판단

1. 관련 법리 부가가치세와 같은 신고납세 방식의 조세에서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며, 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 않는 한 그것이 바로 부당이득이 된다고 할 수 없다. 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당되는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2006. 1. 13. 선고 2004다64340 판결 등 참조).

2. 첫 번째 주장에 대한 판단

• 가) 구 조세특례제한법 제104조의7 제3항 은 원고와 같은 정비사업조합이 조합원에게 공급하는 것에 한정하여 부가가치세법에 따른 재화의 공급에 해당하지 아니한다고 명확히 규정하고 있으므로, 위 규정은 정비사업조합인 원고가 일반에게 아파트를 공급한 것에 관하여 적용할 수 있는 조항이 아니다.
• 나) 구 도시정비법 제55조 제2항 은 ‘일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 보류지 또는 체비지로 본다’고 규정하고 있다. 보류지는 사업시행자가 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약·정관·시행규정 또는 실시계획으로 정하는 목적을 위하여 환지로 지정하지 않은 토지를 말하고, 그 중 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하기 위하여 환지로 지정하지 않은 토지를 체비지라고 한다. 그런데 구 도시정비법 제55조 는 그 표목인 ‘대지 및 건축물에 대한 권리의 확정’과 같이, 토지등소유자(조합원)에게 분양하는 대지 또는 건축물은 ‘환지’로 보고, 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 ‘보류지 또는 체비지’로 보아, 각각의 소유권 취득 시기나 종전 대지 또는 건축물에 설정된 권리의 이전 여부 등의 권리관계를 확정하기 위한 조항으로 해석될 뿐이므로, 위 법조항에 의하여 정비사업조합이 일반에게 건축물 등을 공급하는 것이 부가가치세법의 부과대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 보거나 일반에게 토지를 공급하는 것으로 보아 부가가치세의 면세대상으로 볼 수는 없다.
• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 두 번째 주장에 대한 판단

• 가) 이 사건 관리처분계획에 일반분양에 관한 분양계약체결에 대한 내용이 포함되어 있다고 하더라도, 그에 따라 실제 체결된 분양계약의 성격은 원고와 수분양자인 일반인과 상호 대등한 지위에서 합의하여 분양계약을 체결한다는 점에서 사법상의 계약이라 할 것이므로, 그 분양계약 자체를 공권력의 행사로서의 처분(이 사건 관리처분계획)에 따른 것으로서 부가가치세법 제1조 제1항 의 ‘거래’에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다.
• 나) 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

4. 세 번째 주장에 대한 판단

• 가) 이 사건 사업의 경우 그 성격 및 내용에 비추어 원고의 조합원들로서는 고유목적사업(조합원분양)과 수익사업(일반분양) 모두에 충당하기 위해 재화(자신들의 토지 등)를 투입한 것이고, 그 중 고유목적사업의 사업비용은 조합원분양에 의해 충당된다고 볼 것이지, 일반분양에 따른 분양대금까지 모두 원고의 고유목적사업의 사업비용에 충당되는 것으로 볼 수는 없으므로, 일반에 대한 분양은 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 관한 거래에 해당한다.
• 나) 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

5. 네 번째 주장에 대한 판단

• 가) 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 는 ‘종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여는 부가가치세를 면제한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제37조 는 “법 제12조 제1항 제17호에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 다음 각 호의 것을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역‘을 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 은 “영 제37조 제1호에서 ’기획재정부령이 정하는 사업‘이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교․자선․학술․구호․사회복지․교육․문화․예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.”고 규정하고 있다. 따라서 위 각 규정에 의한 부가가치세 면제 대상이 되기 위해서는 재화 또는 용역을 공급하는 단체가 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 이 규정하는 사업을 하는 단체이어야 하고, 공급하는 재화 또는 용역이 그 단체 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하는 것이거나 실비 또는 무상으로 공급하는 것에 해당하여야 한다.
• 나) 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고가 비영리내국법인인 사실과 원고의 정관 제2조는 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지하는 것을 원고의 목적 사항으로 규정하고 있는 사실은 인정되고, 원고가 조합원에게 대지 및 건축물을 분양하는 것은 위 정관 제2조에서 정한 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상이라는 원고의 고유목적사업을 위한 재화의 공급으로 볼 수는 있으나, 원고가 일반인에게 대지 및 건축물을 공급하는 일반분양의 경우 위 정관 제2조에서 정한 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상과는 무관하므로, 이를 두고 원고의 고유목적사업을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화라고 볼 수는 없고, 앞서 본 바와 같이 일반분양 과정에서 체결한 분양계약은 사법상 계약에 해당하고, 그에 따라 원고는 수익을 얻게 되므로 일반분양은 수익사업에 해당한다고 보일 뿐이므로, 원고의 일반인에 대한 건축물 등의 분양이 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 구 부가가치세법 시행령 제37조, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 소정의 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 볼 수는 없다.
• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

6. 소결론 이상의 사정을 종합하면, 원고가 일반에게 건축물 등을 분양한 것은 부가가치세에 따른 과세대상에 해당한다고 할 것이므로, 이 사건 신고가 납세의무가 없는 부분에 대한 납세의무자의 신고행위로서 당연무효라고 볼 수는 없다.

• 나. 착오 취소 주장에 관한 판단

1. 조세의 과오납이 부당이득이 되기 위하여는 납세 또는 조세의 징수가 실체법적으로나 절차법적으로 전혀 법률상의 근거가 없거나 과세처분의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효이어야 하고, 과세처분의 하자가 단지 취소할 수 있는 정도에 불과할 때에는 과세관청이 이를 스스로 취소하거나 항고소송절차에 의하여 취소되지 않는 한 그로 인한 조세의 납부가 부당이득이 된다고 할 수 없고(대법원 1987. 7. 7. 선고 87다카54 판결 참조), 신고납부방식의 조세에 있어 신고행위는 공법관계인 조세채무를 구체적으로 확인하는 공법상의 준법률행위이므로, 의사표시에 관한 민법 규정이 적용될 수 없어 착오를 이유로 취소할 수 없다고 봄이 상당하다.

2. 살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 신고가 납세의무가 없는 부분에 대한 납세의무자의 신고행위라고 볼 수 없으므로, 원고가 이 사건 신고를 함에 있어 착오를 하였다고 볼 수도 없고, 설령 이 사건 신고가 원고의 착오에 의하여 이루어졌다 하더라도 착오를 이유로 이 사건 신고를 취소하고 그 납부세액의 반환을 청구할 수 없다.

3. 따라서 원고의 이 부분 주장은 어느모로 보나 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.