사실과 다르게 기재된 세금계산서인지 여부

사 건 2020구합22092 부가가치세 등 경정 부과처분 취소의 소 원 고 주식회사 AA 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2021. 04. 15. 판 결 선 고

2021. 05. 06.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

• 가. 원고는 2017. 1. 10. 부동산분양업 등을 목적으로 설립된 회사인데, CC주식회사(이하 ‘CC’라고 한다)에서 광고수수료 명목으로 2018. 12. 31.자 공급가액 557,763,000원 상당의 매입세금계산서 1매(이하 ‘제1 세금계산서‘라고 한다)를수취하고, 주식회사 BB(이하 ‘BB’라고 한다)에서 조합원 모집 수수료 명목으로 2018. 9. 20.자 및 2018. 10. 25.자 각 공급가액 90,909,091원 상당의 매입세금계산서 2매(이하 ‘제2 세금계산서’라고 한다)를 수취하였다.
• 나. 원고는 2019. 1. 25. 00세무서에 제1, 2 세금계산서상 매입세액을 공제하여 부가가치세 환급을 구하는 내용으로 2018년 제2기 부가가치세 신고를 하였고(이하 ‘이사건 환급신고’라고 한다), 00세무서장은 2019. 2. 21. 원고에게 75,835,170원의 부가가치세 환급 결정을 하면서 이를 원고의 국세체납액에 충당하였으며, 이러한 내용이 기재된 국세환급금 충당통지서가 2019. 3. 1. 원고에게 송달되었다.
• 다. 00세무서 법인세과는 환급신고 내용의 적정성을 확인하기 위하여 2019. 3.11. 원고에 대한 현장확인 조사를 실시하였고(이하 ‘이 사건 현장확인’이라고 한다), 00세무서 조사과는 2019. 6. 25.부터 2019. 8. 2.까지 2018년도 제2기 부가가치세 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라고 한다)를 실시하였다.
• 라. 피고는 2019. 8. 12. 원고에게 제1, 2 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 각 세금계산서상 공급가액을 매입세액에서 불공제하고 사업연도 소득금액계산상 손금에 불산입하여 2018년도 제2기 부가가치세 128,779,560원, 2018 사업연도 법인세 120,070,180원을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).
• 마. 원고는 2019. 11. 11. 심판청구를 제기하였으나, 2020. 2. 18. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 9, 12, 13호증, 을 제1 내지 3, 5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 제1, 2 세금계산서는 모두 실물거래에 기하여 원고가 거래처에 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가를 지급하는 과정에서 정상적으로 수취한 것이다.

2. 00세무서 법인세과에서 실시한 현장확인도 실질이 세무조사이므로, 이 사건 세무조사는 중복 세무조사에 해당하여 위법하다.

3. 00세무서는 현장확인 후 별도의 통지 없이 부가가치세 환급 결정을 하면서 이를 국세체납액에 충당하였다. 이는 과세관청이 원고의 환급신고가 정당하고 제1, 2세금계산서가 정당한 거래로 수취되었다는 공적인 견해를 표명한 것이며 이를 신뢰한 원고에게 아무런 귀책 사유가 없다. 그 후 피고가 공적견해 표명을 번복하여 부과처분을 하였으므로, 신뢰보호원칙에 위배된다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 사실과 다르게 기재된 세금계산서인지 여부

• 가) 관련 법리 어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 등의 이유로 그 거래에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법(2010. 12. 27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호1) 등이 규정하고 있는 ‘사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조). 그런데 여기서 부가가치세법상 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어 볼 때, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이므로(대법원 1996. 12. 10.선고 96누617 판결 등 참조), 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재하더라도 공급주체가 세금계산서 발행 명의자와 다른 소위 ‘위장거래’로 발급된 세금계산서도 ‘사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해당한다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2014두5538 판결 등 참조).
• 나) 제1 세금계산서 부분 이러한 법리에 비추어 보건대, 앞서 든 증거와 갑 제4 내지 10호증, 을 제7, 8,10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면, CC가 광고용역을 제공한 상대방은 원고가 아닌 00위원회(이하 ‘DD’라고 한다)이고, 제1 세금계산서는 용역을 공급받는 주체를 사실과 다르게 기재하여 발행된 세금계산서에 해당한다.

① 제1 세금계산서는 CC가 00시 00동 828-1 일대에서 ‘FF’라는 명칭으로 진행되는 공동주택사업에 관한 광고용역을 수행하고 매체 광고 대행비 76,300,000원, 판촉물 및 인쇄비 476,343,000원, 외부광고 인건비 5,120,000원 합계557,763,000원의 광고수수료를 받은 거래에 관하여 2018. 12. 31. 원고를 공급받는 자로 기재하여 발행한 것이다.

② 그러나 실제로 CC는 2018. 3. 28. 및 2018. 7. 31. 공동주택사업을 추진 중이던 DD와 조합원 모집 및 사업 홍보를 위한 광고업무대행계약을 체결하였고(이하 ‘광고대행계약’이라고 한다), 제1 세금계산서상 광고수수료의 구체적인 산정 내역을 살펴보면 주로 DD가 모델하우스를 개관한 무렵인 2018.4.경 CC가 신문사 등에 게재한 광고비용, 모델하우스 설치‧운영과 관련한 판촉비 등으로 구성되어 있다.

③ 원고는 2018. 11.경 DD에서 FF 공동주택사업권의 일부를 양수함에 따라 CC에 대한 광고비채무를 부담하게 되었으므로, 제1 세금계산서는 사실대로 기재된 것이라고 주장하나, 원고의 주장에 의하더라도 원고가 DD에서 양수한 사업권에 관한 세금계산서를 수취하는 것은 별론으로, 그것이 곧바로 CC가 원고에게 광고대행용역비에 관한 세금계산서를 발행할 사유는 될 수 없다. 한편 원고가 CC와 별도의 광고비승계계약을 체결하여 광고대행계약상 채무를 인수하였으나, 이는 부가가치세법상 재화나 용역의 양도에 해당하지 않아 세금계산서 발행대상이 아니다.

④ 원고의 대표이사 GG와 CC의 대표이사 HH은 각 세무조사과정에서 CC가 DD와 체결한 광고대행계약에 따라 DD에 용역을 제공한 사실을 인정하였고, HH은 2020. 4. 1. 00지방법원 00지청에서 위와 같은 조세범처벌법위반의 범죄사실로 구약식 처분을 받았다.

• 다) 제2 세금계산서 부분 앞서 본 법리에 비추어 보건대, 앞서 든 증거와 갑 제11 내지 16호증, 을 제9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면, 원고에게 조합원 모집계약상 용역을 제공한 상대방은 BB가 아닌 ㈜ JJ(이하 ‘JJ’라고 한다)이고, 제2 세금계산서는 용역을 공급하는 주체를 사실과 다르게 기재하여 발행된 세금계산서에 해당한다.

① 원고는 00 00구 00동107-5 일대에서 공동주택사업을 추진하던 (가칭) KK 위원회(이하 ‘KK추진위’라고 한다)와 업무대행사인 MM 주식회사에서 KK 공동주택(이후 ‘ NN’라는 명칭으로 조합원 모집업무가 진행되었다) 조합원 모집 및 관리 권한을 위탁받았는데, 원고와 JJ는 2017. 3. 15. JJ가 조합원 모집 업무만을 대행하기로 하는 계약을 체결하였다(이하 ‘조합원 모집 대행계약’이라고 한다).

② 원고는 2018. 9. 20. 및 2018. 10. 25. BB가 KK 공동주택조합원 모집 수수료 명목으로 발행한 공급가액 각 90,909,091원 합계 181,818,182원의 제2 세금계산서를 수취하였다.

③ 원고는 JJ가 사정상 계약을 이행할 수 없게 되어 JJ의 대표이사 000이 영향력을 행사할 수 있는 BB가 대신 업무를 처리하고 대금을 받았으며 제2 세금계산서를 발행해주었다고 주장하나, JJ는 2017. 3. 25.부터 2017. 9. 30.까지 조합원 모집 대행계약에 따른 용역을 직접 수행하였다.

④ GG는 현장확인 및 세무조사 당시 BB가 용역을 수행하였다는 취지의 이야기를 하지 않았다. 오히려 조합원 모집업무와 관련하여 JJ에 용역비를 일부 지급하고 미지급채무가 남은 상태에서 JJ가 2017. 11. 폐업하는 바람에 세금계산서를 받을 수 없어 용역비 지급이 곤란한 상황이 되었고, 그 후 서진석이 BB 명의로 용역비를 청구하여 제2 세금계산서를 교부받은 사실을 인정하였으며, 2019. 10. 29. 00지방법원 00지청에서 위와 같은 조세범처벌법위반의 범죄사실로 구약식 처분을 받았다.

• 라) 소결 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 중복 세무조사에 해당하는지 여부

• 가) 관련 법리 ‘세무조사’란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함)을 의미하고(국세기본법 제2조 제21호, 제81조의2 제2항 제1호), 기본적으로 권력적 행위의 성질을 가지므로 원칙적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사가 금지된다(국세기본법 제81조의4 제2항). 세무조사의 성질과 효과, 납세자의 권익을 보호하기 위한 국세기본법의 여러 규정 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 그 절차의 명목에 불구하고 그것은 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 하는 반면 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 모두 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 한다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결 등 참조). 한편 국세기본법 제81조의4 제2항 은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사 할 수 있는 경우로서 제1호 내지 제6호를 구체적으로 명시하면서 같은 항 제7호에서 제1호 내지 제6호와 유사한 경우로서 그 밖의 경우를 대통령령으로 정할 수 있도록 위임하고 있고, 이에 따라 국세기본법 시행령 제63조의2 는 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우(제3호) 등을 규정하고 있다.
• 나) 판단 살피건대, 앞서 든 증거와 증인 000의 증언에 변론 전체의 취지를 더하여 알수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면, 이 사건 현장확인은 원고의 영업의 자유를 침해하지 않는 수준의 단순한 사실확인이나 질문조사로서 세무조사가 아니다(설령 그렇지 않더라도 국세기본법 제81조의4 제2항 제7호 및 같은 법 시행령 제63조의2제3호에 따라 재조사를 할 수 있는 경우에 해당한다).

① 환급신고 당시 원고는 설립 후 2년 정도 지난 신생회사였음에도 이미 근로소득세, 법인세 등 3억 3,800만 원 정도의 국세가 체납되어 있었다. 00세무서로서는 고액 체납자인 원고가 해당 과세기간인 2018년 제2기에 매출은 전혀 없는 반면 합계 7억 원이 넘는 매입세액만을 공제하는 것으로 신고하였으므로, 부당환급 신고인지 여부, 즉 제1, 2 세금계산서의 진위를 확인할 필요가 있었다.

② 부가가치세 사무처리규정 제52조 절차에 따라 현장확인이 실시되었는데, 00세무서 소속 세무공무원 4인이 원고의 사무실을 방문하여 원고의 대표이사 GG와 직원 000을 대면 접촉한 것은 2019. 3. 11. 단 하루, 3시간 정도이다. 당시 GG와 000에게 환급신고 내용이 적정한지 사실관계를 확인한다는 조사 목적을 안내하고 현장확인 기간 등을 설명하였으며, 현장확인 통지서를 교부하였다.

③ 세무공무원은 GG에게서 제1, 2 세금계산서를 교부받은 경위와 기초가 되는 거래에 관하여 계약당사자, 거래일시, 금액, 세금계산서의 수취 여부 등 기본적인 사실관계를 확인하면서 해당 거래와 관련된 계약서, 장부 등의 서류를 요청하여 GG와 함께 열람하였다. GG는 사실관계를 간략히 기재한 확인서를 작성하였다.

④ 현장확인의 목적은 환급신고의 적정 여부이고, 앞서 본 제1, 2 세금계산서의 수취 경위 등을 고려하면 DD와의 광고비승계계약, CC의 광고대행계약 및 JJ와의 조합원 모집 대행계약 등은 모두 제1, 2 세금계산서와 직접적으로 관련된 거래이므로, 위장거래로 수취된 세금계산서를 근거로 부당한 환급신고를 하였는지 여부를 확인하는 데 필요한 부분이었다.

⑤ 000은 세무공무원이 현장확인 과정에서 2018년 제2기 매출 관련 자료일체를 조사하였다는 취지로 증언하였으나, 당시 원고로서는 제1, 2 세금계산서 관련 거래가 유이한 거래로서, 별도의 매출 없이 매입세금 공제를 통하여 부가가치세를 환급받을 것으로 기대되는 매입 거래를 사실상 매출로 여겼으므로, 제1, 2 세금계산서에 직접적으로 관련된 계약의 사실관계를 확인하는 것만으로도 해당 과세기간의 매출 일체를 조사한 것으로 생각하였을 여지가 있다.

⑥ 현장확인 당시 환급신고의 오류나 적정성을 확인하기 위한 직접적인 자료로서 원고가 제출에 동의한 서류를 열람‧복사하는 것 외에 세무공무원들이 확인목적, 확인범위를 벗어난 행동이나 무리한 자료요구를 하지는 않았다.

• 다) 소결 따라서 이 사건 세무조사는 재조사 금지에 위배되지 않으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 신뢰보호원칙 위배 여부

• 가) 원고의 이 부분 주장은 과세관청이 현장확인을 통하여 환급신고가 적정한지 여부를 조사하고도 환급 결정을 함으로써 환급신고가 정당하다는 공적견해를 명시적‧묵시적으로 표명하였음을 전제로 한다.
• 나) 살피건대, 원고가 2019. 3. 1. 00세무서에서 환급신고에 따른 75,835,170원의 부가가치세 환급 결정 및 국세환급금 충당통지서를 수령한 사실, 그 후 00세무서 법인세과에서 2019. 3. 11. 제1, 2 세금계산서의 진위를 확인하기 위하여 현장확인을 실시한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 과세관청은 환급신고대로 부가가치세 환급결정을 한 다음에야 비로소 신고내용의 당부를 확인하는 조사에 나아갔다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다 [환급신고를 수리한 것 그 자체로 과세관청이 공적 견해표명을 하였다는 주장으로 보더라도, 부가가치세는 신고세 납부방식의 세목으로서, 원칙적으로 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하는 때 조세채무가 확정되고 신고가 없거나 신고내용에 오류나 탈루가 있는 경우 납세의무자에 대한 결정 내지 경정처분을 통해 조세채무가 확정되므로,신고‧납부행위의 적정 여부에 관한 책임은 일차적으로 납세의무자에게 있다. 따라서 2018년 제2기 부가가치세 신고에 해당하는 이 사건 환급신고를 단순히 수리하였다는사정만으로는 원고에게 부가가치세를 과세하지 않겠다는 언동이나 공적 견해표명을 한것으로 보기 어렵다(대법원 1992. 2. 25. 선고 91누6415 판결 등 참조)].

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.