법인세법상 수익사업에 해당하기 위해서는 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 함

사 건 2020구합21778 법인세부과처분취소 원 고 AAAAAA공단 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2020. 7. 17. 판 결 선 고

2020. 9. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 3. 27. 원고에게 한 2013년 귀속 법인세 377,938,340원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 수산자원관리법 제55조의2 에 따라 수산자원을 보호·육성하고 어장관리 및 기술을 연구·개발·보급하는 등 수산자원 사업을 원활히 수행함으로써 어업생산성을 증대하고 어촌의 경제·사회적 발전에 기여함을 목적으로 설립된 비영리법인이다.
• 나. 원고는 2013년경 CC시장과 연안바다목장조성사업협약을, 충청남도지사와 어초 어장관리사업 위탁협약을, DD시장과 DD시 수출전략 해삼양식단지 조성사업협약을, EE시장과 EE시 인공어초 적지조사 위·수탁협약을 각 체결하는 등 지자치단체와 위탁협약을 체결하고 인공어초·바다목장의 조성 등 수산자원조성사업(이하 이 사건 사업이라 한다)을 수행하여 왔다.
• 다. □□지방국세청장은 2018. 12. 13.부터 2019. 3. 29.까지 원고에 대한 2013 사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 지방자치단체로부터 위탁받은 이 사건 사업과 관련하여 사업비를 직접사업비와 간접비(위탁수수료)로 나누어 지급받고 있는 사실을 확인하고, 위 각 사업비를 법인세법상의 수익사업에 해당하는 것으로 보아, 간접비인 위탁수수료는 부가가치세 부과대상으로 보아 그 공급가액 1,186,161,026원에 대하여 부가가치세 118,616,102원을 부과하면서 원고의 신고수입금액 중 위 부가가치세 상당액을 손금산입 및 기타사외유출로 소득처분하고, 직접사업비 21,025,296,849원 중 계산서 미발급액 20,083,078,449원에 대하여 계산서미발급 가산세를 부과하도록 통 보하였다.
• 라. 이에 피고는 2019. 3. 27. 원고에게 2013 사업연도 법인세 377,938,340원을 경정·고지하였다(이하 이 사건 처분이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증 및 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 사업과 관련하여 지방자치단체로부터 받은 사업비 중 92%에 해당하는 직 접사업비는 이 사건 사업을 수행함에 있어 지방자치단체를 위하여 대신 지출하는비용이므로 원고가 제공하는 용역과 대가관계에 있지 않고, 이 사건 사업은 그 자체로 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위하는 것이 아니므로 수익사업에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 사업과 관련하여 제공한 용역 중 직접사업비 부분에 대하여 계산서를 발급할 의무가 없으므로, 원고에게 계산서 발급의무가 있음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실 1) 수산자원관리법 제55조의2 제3항 에 의하면 원고는 인공어초·바다숲·바다목장의 조성과 수산종자의 방류 등 수산자원조성사업, 수산자원조성사업과 관련되는 기술개발, 대상해역 적지조사, 생태환경조사, 사후관리 및 효과분석 등 기초연구사업, 수산자원의 관리를 위한 총허용어획량 조사사업 및 기후 온난화 관련 현장지원사업, 수산자원관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업, 그 밖에 수산자원관리를 위하여 대통령령으로 정하는 사업을 수행한다.

2. 원고의 설립과 운영에 드는 자금은 정부의 출연금, 정부의 보조금, 정부, 지방 자치단체 또는 민간의 용역 수행에 따른 수입금으로 충당하는데(수산자원관리법 제55조의2 제4항), 원고의 운영재원 및 사업비 관련 내부 규정은 다음과 같다.

3. 이 사건 사업에 관한 지방자치단체와의 각 위탁협약의 공통적인 내용은 다음과 같다. -원고는 기본계획을 수립하여 지방자치단체의 승인을 받고 사업비를 집행한다. -원고가 이 사건 사업 수행에 따른 사업비는 원고의 요청에 따라 지방자치단체가 정하는 절차에 따라 사업비를 정산하여 지급하고, 사업종료 후 정산결과 발생하는 집행 잔액 및 발생이자는 지체 없이 지방자치단체에 반납하여야 한다. -이 사건 사업 수행상 발생하는 재산손실 및 인적피해 등에 대한 민·형사상 책임은 원고가 부담한다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 별지 기재 구 법인세법 제3조 제3항 은 법인세의 과세소득의 범위에 관하여 규정 하면서 비영리 내국법인은 같은 항 각 호 소정의 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과할 수 있다고 규정하고 있으므로, 비영리 내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것이다(대법원 1980. 11. 11. 선고 80누278 판결, 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결 등 참조). 살피건대, 앞서 본 인정사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정 되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 사업은 그 자체로 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 영위한 것이라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고가 위탁받아 수행한 이 사건 사업은 수산자원조성사업의 제반 업무로서 한국표준산업분류 중 어업 관련 서비스업에 속하고, 사업활동으로서 요구되는 계속성과 반복성도 갖추고 있다.

② 원고는 이 사건 사업의 시행 전반에 관한 책임을 지고 사업시행계획을 수립하여 사업비를 집행하는 등 지방자치단체로부터 이 사건 사업을 포괄적으로 위탁받았다고 봄이 상당하다.

③ 원고가 이 사건 사업을 수행함에 있어 제3자와의 관계에서는 원고가 계약당사자로서 제3자로부터 이 사건 사업과 관련된 재화나 용역을 공급받으면서 자기의 명의와 계산으로 비용을 지출한 점 등에 비추어 보면, 원고가 지방자치단체로부터 지급받은 직접사업비 및 위탁수수료는 모두 이 사건 사업에 따른 용역의 공급에 대한 대가에 해당한다 할 것이고, 지방자치단체로부터 승인받아 사업계획을 수립하거나 사업비 정산이 이루어진다는 사정만으로 원고가 단순히 지방자치단체를 대행하여 사업비를 지출하는 지위에 있었다고 볼 수 없다.

④ 이 사건 사업은 그 목적과 수행방식에 비추어 볼 때 하나의 사업인바, 하나의 사업 안에서 사업의 수행에 직접적으로 소요되는 경비 부분과 사업수행자의 이익 부분을 구분하여 전자는 비수익사업, 후자는 수익사업으로 나누어 볼 어떠한 근거도 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한