피고가 제출한 증거만으로는 위 세금계산서가 실물거래 없이 발급된 것으로서 사실과 다른 세금계산서라는 점을 인정하기 부족함

사 건 2020구합20867 부가가치세부과처분취소 원고, 항소인 AAA 피고, (피)항소인 KKK세무서장 제1심 판 결 변 론 종 결

2020. 12. 17. 판 결 선 고

2021. 01. 14.

1. 피고가 2018. 12. 1. 원고에 대하여 한 2011년 1기분 부가가치세 4,094,680원,2011년 2기분 부가가치세 6,367,910원, 2013년 1기분 부가가치세 3,414,530원, 2014년 2기분 부가가치세 3,784,350원의 각 부과처분과 2020. 3. 9. 원고에 대하여 한 2012년 2기분 부가가치세 27,632,640원, 2013년 2기분 부가가치세 23,530,020원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2006. 3. 15.부터 BB VVV구 CCCC로 97 비동 401, 412호에서 MMMMMM(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)라는 상호로 전자기기 및 부품 도매업을 하고 있다.
• 나. XXX세무서장은 ㈜JJJJ(대표자 TTT, 이하 ‘이 사건 매입처’라 한다)에 대한 법인세 조사 결과, 이 사건 매입처가 2011년 제1기부터 2014년 제2기까지 이 사건 사업장에 발급한 세금계산서 공급가액 368,820,000원 중 308,518,997원을 실물거래 없이 발급한 세금계산서로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 다. 피고는 통보받은 과세자료를 검토하여, 원고가 이 사건 매입처로부터 세금계산서 8매를 수취하고 공급가액 합계 130,950,000원 중 86,719,089원을 실물거래 없이 수취한 것으로 보아, 2018. 12. 1. 원고에게 부가가치세 2011년 제1기 4,094,680원, 2011년 제2기 6,367,910원, 2013년 제1기 3,414,530원, 2014년 제2기 3,784,350원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 2. 13. 이의신청을 거쳐 2019. 6. 25. 심판청구를 제기하여 2019. 11. 28. 기각결정을 받았다.
• 마. 피고는 이 사건 소 계속 중인 2020. 3. 9. 원고가 이 사건 매입처로부터 세금계산서 9매를 수취하고 공급가액 합계 237,870,000원 중 221,799,908원을 실물거래 없이 수취한 것으로 보아, 원고에게 부가가치세 2012년 제2기 27,632,640원, 2013년 제2기 23,530,020원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 추가 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 추가 처분에 불복하여 2020. 5. 26. 조세심판원에 심판 청구를 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4, 21호(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)증, 을 1 내지 9호 증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 매입처로부터 실물거래 없이 매입세금계산서 17매(이하 통틀어 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 수취한 사실이 없는데도, 이에 대한 원고의 소명을 성실하게 검토확인하지 아니하고 만연히 이 부분 거래를 가공거래로 보아 한 이 사건 처분 및 추가처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 인정사실 아래와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 5호 증, 을 10호 증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

• 가) 원고는 아래 이 사건 매입처에게 이 사건 매입세금계산서상 매입대금을 아래와 같이 이체하였고, 그 후 이 사건 매입처의 대표자인 TTT의 개인계좌에서 원고의 배우자인 PPP의 계좌로 아래와 같이 돈이 송금되었다.
• 나) XXX세무서장은 이 사건 매입처에 대한 법인세 조사를 실시한 다음 2017. 10. 27. BB지방검찰청에 위 매입처의 대표자인 TTT이 2001년 1기부터 2016년 2기까지 실제 공급 없이 원고 등을 수취자로 하여 총 63회에 걸쳐 1,399,164,815원의 허위 매출세금계산서를 발급하고, 청파전자 등으로부터 허위매입세금계산서 총 62회에 걸쳐 778,514,227원을 수취하였다는 사실에 대해 TTT과 위 매입처를 조세범처벌법위반죄로 고발(이하 ‘이 사건 고발’이라 한다)하였다.
• 다) 이 사건 고발사실에 포함된 허위 발급 매출세금계산서 중 원고 앞으로 발급된 세금계산서는 아래와 같다.
• 라) BB지방검찰청 검사는 이 사건 고발사실 중 총 31회에 걸쳐 합계 752,770,000원의 허위 매출세금계산서를 발급한 부분과 총 27회에 걸쳐 합계 498,726,000원의 허위 매입세금계산서를 수취한 부분에 대해 이 사건 매입처와 TTT을 조세범처벌법위반으로 기소하였다.
• 마) BB지방법원(2018고단45)은 2019. 8. 29. 위 공소사실을 모두 유죄로 인정하고, 이 사건 매입처에 대해서는 벌금 1,000만 원을, TTT에 대해서는 징역 1년 6월에 집행유예 2년을 선고하였는데, 이는 그대로 확정되었다(이하 ‘관련 형사사건’이라 한다).
• 바) 관련 형사사건에서 유죄로 확정된 범죄사실 중 원고 앞으로 발급된 세금계산서 부분은 아래와 같다.

3. 구체적 판단

• 가) 관련법리 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 또한 부가가치세의 과세에 있어 어느 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 소정의 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청에게 있다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).
• 나) 증명이 이루어진 부분

(1) 행정소송에 있어 형사재판에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 이미 확정된 관련 형사판결에서 인정된 사실은 이를 채용할 수 없는 특별한 사정이 나타나 있지 아니하는 한 사실 인정의 유력한 자료가 되어서 이를 함부로 배척할 수 없는데(대법원 1985. 10. 8. 선고 84누411 판결 등 참조), 이 사건 매입처 및 TTT은 원고에게 재화나 용역을 공급한 사실이 없음에도 마치 이를 공급한 것처럼 ①공급일자 2013. 12. 2. 공급가액 42,000,000원, ② 공급일자 2013. 12. 9. 공급가액47,600,000원, ③ 공급일자 2013. 12. 23. 공급가액 14,070,000원으로 하는 각 세금계산서를 발급한 행위로 유죄판결을 받아 그대로 확정된 사실은 앞서 본바와 같고, 이 사건에서 위와 같은 사실을 채용할 수 없는 특별한 사정도 찾을 수 없다.

(2) 따라서 위 각 세금계산서에 대한 부분에 관한 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

• 나) 증명이 이루어지지 아니한 부분

(1) 이 사건 매입세금계산서 중 앞서 허위임이 인정된 3매를 제외한 나머지 부분에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실, 갑 6, 14, 15, 23 내지 27호, 을 1 내지 4, 7, 8호 증의 각 기재, 증인 TTT의 증언, 변론 전체의 취지에서 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하면, 피고가 제출한 증거만으로는 위 세금계산서가 실물거래 없이 발급된 것으로서 사실과 다른 세금계산서라는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. (가) 피고는, 원고가 2011년부터 2014년까지 허위의 세금계산서를 수취하고 매입대금을 이 사건 매입처에 입금한 다음 다시 그 대금 중 일부를 원고의 배우자인 PPP의 계좌로 돌려받는 방식으로 가공거래를 하였다고 보았다. 그런데 원고가 수취한 세금계산서의 공급가액, 원고가 이 사건 매입처에 입금한 금액, TTT이 PPP의 계좌로 입금한 금액이 상이하고, 공급일자로부터 약 2년 후에 PPP의 계좌로 입금된 부분도 존재한다 또한 원고는 원고의 배우자인 PPP이 TTT에게 현금으로 대여한 돈을 돌려받은 것이라고 주장하고 있는데, TTT이 PPP에게 작성해준 현금보관증이 존재하고, TTT은 이 법정에서 PPP의 계좌로 입금된 돈에 관하여 ‘PPP으로부터 회사에서 필요한 자금을 빌렸고 이에 대해 이자를 보태어 갚은 것이다’는 취지로 증언한 점 등에 비추어, 단지 TTT이 PPP에게 반복적으로 자금을 이체하였다는 사정만으로 원고가 위 이체 금액 상당만큼을 다시 돌려받은 것이라고 단정하기는 어렵다. (나) 이 사건 고발대상에는 이 사건 매입세금계산서 중【표1】순번 8번의 세금계산서가 포함되어 있지 아니하고, 검사는 위 고발사실 중 일부인【표2】순번 6, 7, 8번의 세금계산서 부분에 대해서만 기소하여 관련 형사사건에서도 위 3건의 세금계산서 부분에 대해서만 유죄판결이 확정되었다. 즉 이 사건 매입세금계산서 중【표1】순번 8번의 세금계산서에 대해서는 애당초 XXX세무서장의 고발대상에도 포함되지 아니하였고, 나머지 세금계산서에 대해서는 유죄판결이 확정된 3건의 세금계산서 이외의 부분에 대해서는 검사의 기소대상에 포함되지 않았다. 이에 대해서 피고는 조세범처벌법에서 정한 공소시효 5년이 도과되었기 때문에 기소대상에 제외되었다고 주장한다. 비록 이 사건 매입세금계산서 중 2011년에 발급된 부분(【표1】중 순번 1 내지 5번)은 이 사건 고발일인 2017. 10. 27. 당시 5년의 공소시효가 도과하였기는 하나, 검사는 공소시효가 도과되지 아니한 세금계산서에 관해서도 앞서 본 3건의 세금계산서를 제외한 나머지 부분을 기소대상에서 제외하였는데, 피고는 위 나머지 부분이 기소대상에서 제외된 이유에 대해 납득할 만한 설명하지 아니하고 있을 뿐만 아니라 수사를 통해 확보된 관련자들의 진술 등 위 나머지 부분이 가공거래임을 뒷받침할 증거를 제출하지 아니하고 있는 점에 비추어, 검사는 이에 다한 범죄 혐의가 없다고 보아 기소대상에서 제외한 것으로 보인다. (다) 이 사건 매입세금계산서 중 허위임이 인정된 3건을 제외한 나머지 부분과 관련하여, 원고와 이 사건 매입처 사이에 작성된 거래명세서가 존재하고, 원고가 작성한 매입장과 거래처원장에 그 거래내역이 기재되어 있으며, 위 거래명세서 등이 허위라고 볼 만한 사정도 나타나지 아니한다. (라) 원고는 이 사건 매입처 등으로부터 전원공급기, 뇌파제어기 등 전자기기를 구입한 다음 이를 재판매하여 차익을 남기는 방법으로 영업을 해온 것으로 보이는데, 피고의 주장과 같이 이 사건 매입세금계산서가 전부 또는 일부 허위로 발급된 것이라면, 결과적으로 같은 과세기간에 신고 된 매출금액이 매입금액에 비해 지나치게 높아지는바, 이를 통상적인 경우로 보기는 어렵다.

(2) 따라서 위 각 세금계산서에 대한 부분에 관한 원고의 주장은 이유 있다.

4. 이 사건 처분 및 추가처분의 위법 및 취소의 범위

• 가) 이상의 사정을 종합하면, 이 사건 처분 전부 및 피고가 이 사건 추가처분을 함에 앞서 이 사건 매입세금계산서 거래 중 ① 공급일자 2013. 12. 2. 공급가액 42,000,000원, ② 공급일자 2013. 12. 9. 공급가액 47,600,000원, ③ 공급일자 2013.

12. 23. 공급가액 14,070,000원 부분을 제외한 나머지 부분도 가공거래로 보아 이를 매출세액 공제 대상이 되는 매입세액에서 제외시킨 것은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 나) 그런데 과세처분취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 과세금액의 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).
• 다) 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 추가처분 중 2013년 제2기 23,530,020원 부과 부분의 경우 앞서 가공거래로 인정된 부분만을 매입세액 공제대상에서 제외하고 나머지 부분은 공제대상에 포함시켜 부가가치세액을 산정해야 하나, 이 사건 변론에서 나타난 자료만으로는 정당한 부가가치세액을 평가할 수 없으므로, 이 부분 추가 처분 역시 그 전부를 취소하기로 한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.