세금계산서 기재 거래가 가공거래인지에 대한 입증책임

사 건 2019구합546 종합소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BBB세무서장 변 론 종 결

2020. 4. 23. 판 결 선 고

2020. 5. 28.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 3. 9. 원고에게 한 종합소득세 2013년 귀속분 413,575,980원, 2014년 귀속분 390,223,860원, 2015년 귀속분 131,038,820원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2016. 2. 23.부터 00시 00구 00로 00에서 CCCC이라는 상호로 의약품 등의 도매업을 영위하고 있다.
• 나. 원고는 2013년 제1기부터 2015년 제2기 부가가치세 과세기간 중 DDD 외 10개 업체(이하 ‘이 사건 거래처들’이라 한다)로부터 숙취 해소제, 강장음료 등을 매입하는 내용으로 공급가액 합계 2,673,664,000원 상당의 매입세금계산서를 수취하고, 위 매입세금계산서 상 매입세액을 공제하고 필요경비에 산입하여 부가가치세 및 종합소득세 신고를 하였다.
• 다. EE세무서장은 원고가 아래 <표1>과 같이 위 나.항의 매입세금계산서 중 공급가액 1,481,500,000원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 실물거래 없이 수취하였다고 보아, FF세무서장과 피고에게 부가가치세 및 종합소득세 경정결의안을 통보하였다.
• 라. 이에 FF세무서장은 2018. 3. 5. 이 사건 세금계산서 기재 공급가액에 대해 매입세액을 불공제하고 아래 <표2>의 ①항 내지 ⑥항과 같이 원고에게 2013년 제1기부터 2015년 제2기까지 귀속 부가가치세 총 285,689,440원을 부과하였고(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다), 피고는 2018. 3. 9. 위 공급가액을 필요경비에 불산입하여 아래 <표2>의 ⑦항 내지 ⑨항과 같이 원고에게 2013년부터 2015년까지 귀속 종 합소득세 총 934,838,660원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 처분에 대하여 불복하여 2018. 6. 14. 이의신청을 하였으나, 2018. 8. 3. 그 기각결정의 통지를 받았다.
• 바. 원고는 2018. 11. 2. 조세심판원에 심판청구(이하 ‘이 사건 심판청구’라 한다)를 하였으나, 조세심판원은 2019. 3. 14. 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 부분을 각하하고 이 사건 처분에 대한 부분은 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호, 을 1 내지 6호 증(가지번호 있는 것은 가지번 호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안 전 항변에 관한 판단

• 가. 피고의 주장 이 사건 소는 전심절차인 이 사건 심판청구에 관한 청구기간을 준수하지 못하여 부적법하다.
• 나. 판단 1) 국세기본법 제68조 제2항, 제61조 제2항 본문은 처분에 대한 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제81조, 제61조 제3항은 위 기한까지 우편으로 제출한 심판청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 그 기간의 만료일에 적법한 청구를 한 것으로 본다고 규정하고 있다.

2. 원고는 2018. 6. 14. 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하여 2018. 8. 3. 그 기각결정 통지를 받은 사실은 앞서 본바와 같고, 원고는 2018. 11. 1. GG아파트 우편취급국에 이 사건 심판청구서를 접수하였고, 이는 2018. 11. 2. 조세심판원에 송달된 사실은 이 법원의 우정사업본부에 대한 사실조회결과에 의하여 인정된다. 위 인정사실을 앞서 본 법령의 내용에 비추어 보면, 이 사건 심판청구서는 원고가 이의신청에 대한 기각결정을 통지받은 날로부터 90일이 도과한 후에 도달하였다 하더라도, 원고는 위 기각결정을 통지받은 날로부터 90일이 도과하기 전에 위 심판청구서를 우편으로 제출하였음이 역수상 분명하므로, 이 사건 심판청구는 청구기간을 준수한 것으로서 적법하다.

3. 따라서 피고의 주장은 이유 없다.

• 가. 원고의 주장 요지 원고는 이 사건 거래처들로부터 실물거래 없이 이 매입세금계산서를 수취한 사실이 없는데도, 이 부분 거래를 가공거래로 보아 그 공급가액을 필요경비에 불산입한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. EE세무서장은 2017. 5. 11.경 원고에 대한 세무조사를 개시하면서 원고에게 이 사건 거래처들과의 거래사실에 대한 증빙자료를 요청하였으나, 원고는 이를 제출하지 못하였다.

2. 이에 EE세무서 소속 공무원은 2017. 5. 15. 원고 업장을 방문하였으나, 물류 창고에 이 사건 거래처들로부터 매입한 상품재고를 발견하지 못하였고, 전산프로그램에도 의약품 이외에 상품이 입고되거나 출고된 흔적을 발견하지 못하였다. 원고는 당시 ‘2017. 5. 15. 현재 이 사건 거래처들로부터 매입한 품목(상품)에 대한 재고는 없음을 확인합니다’는 내용의 확인서(이하 ‘이 사건 확인서’라 한다)를 작성하여 제출하였다.

3. EE세무서 소속 공무원은 2017. 5. 17. 재차 원고 업장을 방문하였는데, 2017. 5. 15. 방문 시와는 다르게 전산프로그램에 거래명세서가 입력되어 있었고, 종이로도 출력된 자료가 있음을 확인하였다.

4. 원고는 2017. 6. 1. EE세무서에 출석하여 2017. 5. 15. 방문 당시 재고가 없었던 것은 재고가 소진되었기 때문이고, 전산프로그램에 누락이 된 것은 여직원 2명이 동시에 결혼을 하면서 그만두고 사업장 이전을 하게 되면서 2∼3년 간 관리가 소홀하였기 때문이며, 그 후 매입처에 관련 자료를 요청하여 2017. 5. 17. 방문 시에는 전산 입력이 되어있었고 종이자료도 구비하게 된 것이라고 진술하였다. 또한 원고는 이 사건 거래처들과의 거래는 대부분 현금으로 결제되었으며, 그 이유는 거래처들에서 현금으로 결제를 하면 같은 상품을 싸게 살 수 있다고 하였기 때문이라고 진술하였다.

5. 원고는 2017. 6. 9. EE세무서에 재차 출석하여, 2013년 제1기부터 2015년 제2기 부가가치세 과세기간까지 HHH, DDD, III, JJJ, KKK로부터 발급받은 세금계산서 중 일부를 제외한 나머지와, LLL, MMM, OOO, PPP, QQQ, RRR로부터 발급받은 세금계산서 전부는 실물 거래 없이 발급받은 것이라고 진술(이하 ‘이 사건 진술’이라 한다)하였다. 또한 원고는 위 HHH, DDD, III, JJJ, KKK와 거래 중 실물거래가 있었던 부분에 대해서는 대금결제 내역과 거래명세서를 제출하겠다고 진술하였다.

6. EE세무서는 이 사건 진술과 원고가 제출한 이체내역, 거래명세표, 입금표 등을 검토한 다음, 대금결제이체내역이 있는 거래는 정상거래로 인정하고, 거래명세표와 입금표만 있는 거래는 가공거래로 보고, 이 사건 처분을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호 증의 2, 을 7호(가지번호 포함), 을 8호 증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 1) 소득세법 제19조 제2항 은 사업소득금액은 해당 과세기간의 총 수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제27조 제3항 및 같은 법 시행령 제55조 제1항 제1호는 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격과 그 부대비용을 사업소득금액을 계산할 때 공제할 필요경비로 규정하고 있다.

2. 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조). 이러한 법리는 필요경비와 마찬가지로 과세소득확정의 기초가 되는 소득공제의 경우에도 적용된다고 할 것이다.

3. 앞서 인정한 사실에다가 앞서 든 각 증거, 갑 2 내지 8호 증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 더하여 보면, 이 사건 세금계산서의 경우 원고가 실물거래 없이 수취한 것이라고 봄이 타당하다.

• 가) 가공거래사실을 인정한 원고의 이 사건 진술은, 원고가 자신에 대한 세무조사가 계속되는 과정에서 가공거래임을 의심하게 하는 정황들이 포착되자, 기존에 부인하던 진술을 번복하여 이루어진 것인 점, 가공 세금계산서를 수취할 업체들을 알게 된 경위와 가공거래와 관련된 후속업무 등에 관하여 구체적인 내용을 담고 있는 점에 비추어 그 신빙성이 인정된다. 이에 대하여 원고는 담당자가 강요에 의해 작성된 이 사건 확인서의 내용대로 진술하여야 한다고 하여 이 사건 진술을 할 수 밖에 없었다고 주장하나, 이를 인정할 증거가 없을 뿐 아니라, 위 확인서는 ‘2017. 5. 15. 이 사건 거래처들로부터 매입한 품목에 대한 재고가 없다’는 내용으로서 가공거래사실을 직접적으로 인정한 이 사건 진술과는 그 내용을 달리하므로, 위 주장은 믿기 어렵다.
• 나) 원고는 이 사건 세금계산서 기재 거래가 전산프로그램에서 누락된 이유에 대해, 여직원 2명이 동시에 결혼을 하면서 그만두게 되고 사업장 이전을 하면서 2∼3년 간 관리가 소홀하였기 때문이라고 주장하나, 의약품거래에 대한 전산관리는 철저히 이루어지고 있었으면서 유독 음료거래에 대해서만 관리가 소홀했다는 것은 납득하기 어렵다.
• 다) 이 사건 세금계산서 기재 거래금액은 합계 14억 8,000만 원을 넘는 큰 금액이고, 거래기간도 2013년부터 2015년까지로 짧지 않은 기간인바, 위 기간 동안 이루어진 거래 대부분이 현금으로 이루어졌다는 것은 일반 상거래 관행에 반하고, 원고는 위와 같이 많은 액수의 현금거래가 이루어진 이유에 대해 수긍할 만한 설명을 하지 못하고 있다.
• 라) 원고는 2013. 9.경부터 2014. 6.경까지 자신이 사용하는 계좌에서 약 11억 9,000만 원이 인출되었다는 자료를 제출하면서, 위 인출된 자금은 이 사건 거래처들에게 거래대금으로 지급된 것이라고 주장하나, 위 자금이 원고의 사업과 관련하여 인출되었는지 여부, 인출된 자금의 구체적 흐름 등을 알 수 있는 다른 자료가 없는 이상 위 인출된 금원 전부가 이 사건 거래처들에게 지급되었다고 단정하기 어렵다.
• 마) 원고는 이 사건 변론과정에서 III에 대한 거래명세서, 입금표 이외에 다른 거래처들과의 거래를 뒷받침할 증빙자료를 제출하지 못하고 있고, III에 대한 거래명세서, 입금표도 해당 거래가 이루어질 때 마다 작성된 것이 아니라, 세무당국의 세무조사가 개시되어 자료제출을 요구받자 뒤늦게 작성된 것으로 보이므로, 이를 그대로 믿기 어렵다. 한편 원고는 2015년도에 이루어진 III과의 계좌결제내역을 제출하였으나, 피고는 2015년도에 이루어진 III과의 거래 부분은 가공거래가 아니라고 보고 이 사건 처분에서 제외하였으므로, 이를 이 사건 세금계산서 기재 거래가 가공거래가 아님을 뒷받침하는 증거로 삼을 수는 없다.

4. 따라서 이 사건 세금계산서 기재 거래를 가공거래로 보고 그 공급가액을 필요경비에 불산입하여 한 이 사건 처분은 적법하고, 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.