이 사건 세금계산서가 실물 거래 없이 허위로 작성되었거나 그 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되었음

사 건 2019구합24962 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2020. 11. 19. 판 결 선 고

2020. 12. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 7. 24. 원고에 대하여 한 별지 1. 기재 부가가치세 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 2. 18. 설립되어 현재 ○○ ○○○구 ○○○○로 00, 000호, 000호에서 산업용자동화 기계설비 제조업 등을 영위하고 있다.
• 나. 원고는 2012년부터 2016년까지(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다) 주관기관 또는 참여기관의 자격으로 8건의 국책연구과제(이하 ‘이 사건 연구과제’라 한다)를 수행하면서 국책연구과제 전담기관으로부터 사업비 명목으로 연구개발출연금(이하 ‘이 사건 출연금’이라 한다)을 지원받았다.
• 다. 원고는 이 사건 과세기간 동안 BBB와 CCC(위 두 업체를 총칭하여 ‘이 사건 거래처들’라고 한다)으로부터 아래 표 기재와 같이 공급가액 합계 768,558,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였고, 사업비 명목으로 지원받은 이 사건 출연금으로 BBB와 CCC에게 매입대금을 집행하였으며, 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 공제하였다.
• 라. 피고는 2018. 2. 28.부터 2018. 4. 18.까지 원고에 대한 이 사건 과세기간 법인세 부분조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시하여, 원고가 실물 거래 없이 이 사건 거래처들로부터 매입한 공급가액 합계 768,558,000원의 이 사건 세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 2018. 7. 24. 원고에게 별지 목록 기재와 같이 2012년 1기부터 2016년 2기까지의 부가가치세 합계 156,002,780원(이하 ‘이 사건 부가가치세’라 한다)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 이에 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 10. 22. 이의신청을 거쳐 2019. 4. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2019. 8. 29. 심판청구가 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4호증, 을 1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 처분은 다음과 같은 사정 즉, ① 피고가 이 사건 과세기간 동안 이 사건 거래처들로부터 원고가 수취한 169건의 세금계산서에 대하여 전수조사를 하지 아니하고, 단지 3건의 세금계산서에 대해서만 조사하고서 이 사건 세금계산서 모두에 대하여 실물 거래 없이 발행된 세금계산서라고 판단한 점, ② 이 사건 세금계산서상의 매입거래는 원고가 실제로 이 사건 거래처들로부터 재료를 매입하고, 투입하여 이 사건 연구과제를 수행하고 이를 납품받은 업체들에 정상적으로 납품한 것으로서 가공거래에 해당하지 않는 점 등에 비추어, 근거과세의 원칙과 과잉금지의 원칙을 위반한 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 2. 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. BBB의 대표자인 甲은 원고의 대표이사인 乙의 형인데, BBB를 개업한 이후인 2011. 11. 14.부터 2012. 4. 30.까지 렌트카 회사인 DDD(주)에서 근무하였고, 2013. 7.부터 같은 해 8.까지는 ㈜EEE에서 일용근로소득자로 근무하였다.

2. CCC의 대표자인 丙은 乙의 외삼촌인데, 1992년부터 1998년까지 자동차 부품 제조업체인 FFF(유) ○○공장 및 GGG(주) ○○공장에서 근무하였고, CCC를 폐업한 후인 2016. 10. 4.부터 2017. 4. 17.까지 페인트 도소매업체인 HHH를 운영하였다.

3. 이 사건 거래처들은 이 사건 과세기간 동안 원천세 신고 및 지급명세서 제출내역이 없고, 甲과 丙의 종합소득세 추계 신고 시 주요 경비로 인건비를 계상한 사실이 없다.

4. 원고는, BBB에 대한 원가 분석 시 연간 총 인건비를 30,714,000원으로 산정하였고, CCC에 대한 원가 분석 시 연간 총 인건비를 29,509,000원으로 산정하였다.

5. BBB의 이 사건 과세기간 부가가치세 신고서상 매출과표는 636,755,000원이고, 매입과표는 57,393,000원이었고, CCC의 이 사건 과세기간 부가가치세 신고서상 매출과표는 426,990,000원이고, 매입과표는 19,913,000원이었다.

6. 원고의 사업장 소재지는 2009. 7. 14.부터 2013. 4. 23.까지 ○○ ○○구 ○○동 000-00 ○○○○○○빌딩이었고, 2013. 4. 24.부터 현재까지는 ○○ ○○○구 ○○○○로 00, 000호, 000호이다.

7. BBB의 사업장 소재지는 2011. 11. 23.부터 2012. 6. 11.까지는 ○○ ○구 ○○○○로 00번길 00이었다가, 2012. 6. 12.부터 2016. 7. 24.까지는 ○○ ○○○○구 ○○로 00번길 00으로 옮겼고, 2016. 7. 25.부터 2017. 7. 12.까지는 ○○시 ○○읍 ○○로 000, 000호였다. 그리고 BBB 대표자인 甲의 주소는 ○○○구 ○○로 00번길 00이었다.

8. CCC의 사업장 소재지는 2007. 3. 16.부터 폐업한 2015. 7. 30.까지 ○○ ○○○구 ○○○로 000에 위치하고 있었다. 그리고 CCC 대표자인 丙의 주소는 ○○도 ○○시 ○○로 000, 000동 000호였다.

9. 甲은 이 사건 과세기간 중에 원고로부터 합계 4억 6,600여만 원을 입금 받아 그 중 약 289,611,000원을 26일 내에 출금하였는데, 그 가운데 약 189,450,000원은 당일 출금되었고, 丙은 이 사건 과세기간 중 원고로부터 합계 3억 5,100여만 원을 입금 받아 그 중 약 244,398,000원은 21일 내에 출금하였는데, 그 가운데 약 170,334,000원은 당일 출금되었으며, 위 각 돈은 원고의 사무소 소재지 인근의 현금인출기에서 인출되었다.

10. 丙은 2013. 7. 23.부터 2013. 7. 26.까지 해외로 출국한 상태였는데, 丙의 예금계좌에서 2013. 7. 24. 원고로부터 8,400,000원이 입금된 후 약 30분 후 원고의 사무소 소재지 인근의 ○○은행 ○○○○지점에서 8,400,000원이 현금으로 출금되었다.

11. BBB가 원고에게 전자세금계산서를 54건을 발급하였는데, 그 가운데 원고와 동일한 IP 주소와 CPU 고유번호를 사용한 경우가 38건이었고, CCC가 원고에게 전자 세금계산서를 20개를 발급하였는데, 그 가운데 원고와 동일한 IP 주소와 CPU 고유번호를 사용한 경우가 17건이었다.

12. 이 사건 거래처들이 원고에게 발행한 전자세금계산서에 기재된 공급자 이메일주소가 서로 동일하고, 일부는 원고의 대표이사나 직원이 사용하는 이메일 주소가 기재되어 있었다(BBB의 경우 발급된 전자세금계산서 37건 중 32건이, CCC의 경우 발급된 전자세금계산서 20건 중 16건이 원고의 대표이사나 직원이 사용하는 이메일 주소가 기재되어 있었다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3호증, 을 2 내지 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 1) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 는 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 여기서 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 한편 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지 비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 참조).

2. 살피건대, 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거들과 을 9 내지 13호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 세금계산서가 실물 거래 없이 허위로 작성되었거나 그 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 피고에 의하여 상당한 정도로 증명되었다고 봄이 타당하다.

• 가) 우선, 피고는 이 사건 세금계산서 중 3건의 세금계산서상의 거래에 대하여만 조사한 것이 아니라 이 사건 세금계산서상 거래 전부에 대하여 매입대금 입금과 출금 내역을 조사하고, 이 사건 세금계산서의 발급 장소 및 이메일 주소 등 기재 내용, 원고의 대표자와 이 사건 거래처들의 대표자들의 관계 등에 대하여 모두 조사한 후 그 조사결과에 근거하여 이 사건 처분에 이르게 되었다.
• 나) 앞서 본 바와 같이, 피고가 가공거래로 확인한 매입세금계산서 관련 이 사건 거래처들의 매입처는 그 대표자가 원고의 대표자의 형과 외삼촌으로 특별한 관계에 있고, 해당 전자세금계산서 대부분이 원고의 사업장에 있는 컴퓨터에서 발급되었으며, 심지어 이 사건 거래처들이 원고 이외의 다른 거래처에 발급한 전자세금계산서 역시 원고의 사업장에서 발부되었다.
• 다) 위와 같은 매입세금계산서 중 대부분은 공급자 이메일 주소란에 원고 측 직원이나 원고 대표이사의 이메일 주소가 기재되어 있었다.
• 라) 이 사건 거래처들은 각 거래처의 사업장이나 그 대표자의 주소지 인근이 아닌 원고 사업장 인근에서 입금 받은 매출대금의 대부분을 입금된 날로부터 수일 내로 현금으로 인출하였다. 그리고 이 사건 거래처들의 매출대금 인출 장소는 원고의 사업장 이전에 따라 이전된 원고의 사업장 인근으로 바뀌었다.
• 마) 정상적인 사업자의 사업용 계좌의 경우 매출대금이 입금되면 그 대금을 자재 매입에 사용하거나 인건비로 지급하는 등의 사용내역이 드러나는데, 이 사건 거래처들의 경우 사업용 계좌의 거래 내역에 자재 매입이나 인건비 지출에 관한 거래 내역이 드러나지 않는다.
• 바) BBB로부터 영상노이즈필터를 매입한 증거자료로 제출된 회로기판출력물이 매입일자보다 훨씬 이전인 2012. 2. 13.로 표기되어 있고, PCB Layout과 PCB Artwork의 경우 2013. 7. 24. BBB로부터 매입하였다는 사실에 관한 증거자료와 2014. 12. 31. BBB로부터 매입하였다는 사실에 관한 증거자료가 동일한 것이 첨부되어 있으며, 각 매입 증거자료에는 작성일자가 매입일 훨씬 이전인 2012. 12. 9.로 표기되어 있으며, 2013. 7. 30. BBB로부터 신호증폭모듈과 노이즈필터모듈을 매입한 사실에 대한 증거자료와 2015. 9. 3. III로부터 데이터입출력보드, 전원모듈, 데이터취득모듈 등을 매입한 사실에 대한 증거자료에 동일한 사진이 첨부되어 있다.
• 사) 아래와 같은 사정들에 비추어, 이 사건 거래처들의 경우 원고에게 세금계산서에 기재된 연구과제의 필요한 부품을 제작하여 공급할 수 있는 능력을 갖추지 못하였음을 알 수 있다.

(1) 이 사건 과세기간의 부가가치세 신고서상 매출과표 대비 매입과표 비율이 BBB의 경우 약 9%, CCC의 경우 약 4.7%에 불과한 점에 비추어, 이 사건 거래처들이 원고에게 고액의 매출을 발생시킬 수 있을만한 원자재를 매입하지는 않았던 것으로 보인다.

(2) 甲과 丙의 종합소득세 추계 신고 시 주요 경비로 인건비를 계상한 사실이 없는 점에 비추어, 이 사건 거래처들은 이 사건 과세기간 동안 인건비를 지출하지 아니한 것으로 보인다.

(3) 丙의 경우 이 사건 과세기간 동안 ○○도 ○○시에서 거주하고 있었기 때문에 ○○에 사업장을 둔 CCC에 출퇴근 하면서 정상적으로 사업체를 운영하기 어려웠을 것으로 보인다.

(4) 이 사건 거래처들은 이 사건 과세기간 동안 원천세 신고 및 지급명세서 제출내역이 없다.

(5) 甲이 BBB 개업 이후에도 렌트카 회사나 기계설비 회사에서 근무하였고, 丙은 CCC를 폐업한 직후 페인트 도소매업체를 운영하였으며, 甲나 丙이 이 사건 거래처들을 개업하기 이전에 이 사건 연구과제와 관련된 분야의 사업을 영위한 적은 없는 것으로 보인다.

3. 위와 같이 피고에 의하여 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 상당한 정도로 증명된 이상, 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 원고가 이 사건 세금계산서에 기재된 공급자와 거래를 실제로 하였다는 점에 관하여 입증할 필요가 있다. 그런데 이 사건 변론에서 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 세금계산서에 기재된 공급자인 이 사건 거래처들로부터 실제 이 사건 연구과제에 필요한 부품들을 공급받았다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

• 가) 갑 10 내지 16호증의 각 기재 및 이 법원의 JJJ 주식회사, KKK공사, LLL연구원에 대한 사실조회결과에 의하면, 비록 원고가 이 사건 연구과제를 적절히 수행하였음을 인정할 수 있다손 치더라도, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, 원고가 이 사건 과세기간 동안 수행한 연구과제의 수가 많고, 그와 관련한 증빙의 양도 방대할 것으로 보이는 점, 전담기관이 이 사건 연구과제에 대한 평가나 감사를 할 때 사업계획서에 기재된 원재료가 이 사건 거래처들로부터 매입한 원재료인지 확인하는 절차는 없었던 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위 각 증거들만으로는 원고가 이 사건 거래처들로부터 이 사건 세금계산서 기재 재료들을 실제 공급받았다는 사실이 입증되었다고 보기는 어렵다.
• 나) 원고가 BBB의 이 사건 연구과제에 관한 원재료 공급 능력에 관하여 증거로 제출하는 BBB의 벤처기업확인증(갑 5호증), 4대보험사업장 가입장 명부(갑 6호증)는 모두 이 사건 과세기간 이후의 것으로, 이러한 증거만으로 BBB가 이 사건 과세기간 중 이 사건 연구과제에 필요한 원재료를 공급할 능력을 갖추었다고 볼 수는 없다.
• 다) 원고는 이 사건 거래처들의 원가 분석자료에 의하면 인건비, 기술료 등이 많이 소요되어 이 사건 거래처들의 수익 자체가 많지 않았다는 취지로 주장하나, 원고가 주장하는 내용의 원가 분석자료를 뒷받침할만한 객관적인 증거가 전혀 제출되지 않았고, 甲, 丙의 종합소득세 신고 시에도 필요경비로 인건비, 기술료 등의 비용들이 계상되지도 아니하였으므로, 위 주장을 그대로 받아들이기 어렵다.
• 라) 丁 작성의 사실확인서(갑 7호증)는 이를 뒷받침할 만한 객관적인 증거가 없고, 앞서 본 바와 같이 甲이 종합소득세 추계 신고 시 주요 경비로 인건비를 계상한 사실이 없는 점에 비추어 보면 그 기재 내용을 믿기 어렵다.

4. 이상의 사정을 종합하면, 이 사건 세금계산서는 실물 거래 없이 발급된 세금계산서로 판단되므로, 이 사건 세금계산서상의 부가가치세 매입세액을 불공제하여 이 사건 부가가치세를 각 경정·고지한 이 사건 처분은 적법하고, 거기에 원고의 주장과 같이 근거과세의 원칙이나 과잉금지의 원칙을 위반하였다고 볼 만한 사정이 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.