이중장부를 작성하는 등의 행위는 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 하는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당함.

사 건 2019구합24092 법인세등부과처분취소 원 고 주식회사 AAAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2020. 5. 8. 판 결 선 고

2020. 6. 12.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 6. 1. 원고에게 한 2010년 사업연도 법인세 395,442,720원, 2010년 제1기 부가가치세 177,772,380원, 2010년 제2기 부가가치세 182,445,310원(각 가산세 포함) 부과처분 및 별지2 목록 상여처분에 따른 2010년 귀속 총 1,361,159,608원의 소득금액변동통지(이하 위 각 부과처분과 소득금액변동통지를 통칭하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다)를 각 취소한다.

• 가. 원고는 건강보조식품 수입 및 도, 소매업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
• 나. ○○ 지방국세청장은 2014. 10. 8.부터 2014. 11. 21.까지 원고에 대하여 2011년부터 2013년까지의 사업연도에 대한 법인통합조사(이하 ‘이 사건 제1차 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 이후 2018. 1. 3.부터 2018. 2. 21.까지 원고에 대하여 2014년부터 2016년까지의 사업연도에 대한 법인통합조사(이하 ‘이 사건 제2차 세무조사’라 한다)를 실시하다가 2018. 1. 30. 2010년부터 2016년까지의 사업연도 법인세에 대한 조사확대를 결정한 뒤 세무조사기간을 연장하여 2018. 3. 23. 세무조사를 종료하였다.
• 다. 피고는 2018. 6. 1.

○○ 지방국세청장의 세무조사결과를 기초로 원고의 2010년부터 2016년까지의 사업연도 법인세 합계 1,009,837,860원, 2010년 제1기분부터 2016년 제1기분까지의 부가가치세 합계 1,147,465,740원을 각 경정·고지하고, 소득금액 합계 4,350,616,410원에 대한 소득금액변동통지를 하였다.

• 라. 원고는 2018. 8. 30. 조세심판원에 위 각 처분에 대한 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2019. 7. 15. “위 각 처분 중 2011 ~ 2013 사업연도 법인세 합계 446,653,49원, 2011년 제1기 ~ 2013년 제2기 부가가치세 합계 588,177,630원의 각 부과처분 및 2011 ~ 2013년 귀속 합계 2,001,562,830원의 소득금액변동통지를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.”라는 결정을 하였다. 이에 따라 최종적으로 이루어진 2010년 법인세 및 부가가치세(가산세 포함) 부과처분과 2010년 귀속 소득금액변동통지가 이 사건 처분이다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5 내지 7호증 및 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 부과제척기간 도과 원고의 매출 누락 및 세금계산서 미발행 행위는 거래처인 약국에서 세금계산서 발급을 거절하여 불가피하게 한 행위이고, 세금계산서 미발행분에 대하여 원고의 임원 및 특수관계인 명의 계좌를 이용하였기 때문에 피고는 원고의 매출 누락 및 세금계산서 미발행에 대하여 손쉽게 파악할 수 있었으므로 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 각 처분에 대하여 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하므로 이 사건 처분은 위법하다.

2. 세무조사범위 확대 제한 규정 위반 피고는 이 사건 제1차 세무조사에서 이미 2010년도 자료를 확보하고 이에 대하여 조사하였기 때문에 세무조사범위 확대 사유가 없음에도 조사범위 과세기간을 확대하여 이 사건 제2차 세무조사를 실시하였으므로 이는 위법한 세무조사이다. 따라서 위법한 세무조사에 기초한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 부과제척기간 도과 여부

• 가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 본문 제1호는 ‘국세는 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년의 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다’고 규정하고, 구 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항 은 ‘법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다’라고 규정하고, 조세범 처벌법 제3조 제6항 은 ‘제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다’라고 규정하면서 제1호에서 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장’, 제3호에서 ‘장부와 기록의 파기’, 제4호에서 ‘재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐’, 제5호에서 ‘고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작’, 제7호에서 ‘그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위’ 등을 각 들고 있다. 한편, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 의 입법 취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 당해 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데 있다. 따라서 위 조항의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 참조). 이때 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등을 기재한 기본 장부를 허위로 작성하였는지 여부뿐만 아니라, 당해 조세의 확정방식이 신고납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상위한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방식, 허위 내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가지는 기능 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결).
• 나) 위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 인정사실과 갑 제4, 8호증, 을 제3 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 더하여 보면 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 원고의 소득금액을 적극적으로 은닉하여 피고의 조세 부과와 징수를 현저히 곤란하게 하였다고 인정할 수 있으므로, 피고가 원고에게 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따른 사기 기타 부정한 행위가 있었다고 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하다.

① 법인세와 부가가치세는 신고납세방식의 조세로서 법인인 원고로서는 정확하게 작성된 회계장부에 따라 과세표준을 신고할 것이 요구되는데, 원고의 대표이사 BBB은 BBB임상병리학회를 설립하여 운영하면서 원고의 거래처들로부터 지급받은 거래대금을 법인 매출과 학회 매출로 구분하여 학회 매출분에 대하여는 매출액을 과세신고하지않는 방법으로 1년간 15억여 원의 매출을 은닉하였고, 이는 해당 과세기간에 신고된 수입금액의 약 40%에 이른다.

② 원고는 거래처들이 세금계산서 발행을 원치 않는 경우에 한하여 이 사건 각 계좌를 이용하였다고 주장하나, 법인 매출과 학회 매출을 별도의 회계프로그램을 이용하고 별도의 장부를 작성한 점, 학회 매출 관련 거래의 경우 관련 기록을 삭제 지시하거나 영업사원에 대하여 세무조사 문제 발생 시의 대응 요령을 지시하는 서류가 발견된 점, 원고가 학회 매출분에 대한 현금매출액을 신고하지 않은 점 등에 비추어 보면 당초부터 신고를 누락할 의도가 있던 것으로 보인다.

③ 원고는 학회 매출분에 대하여 세금계산서를 발행하지 않고 원고의 대표이사 BBB, 원고의 전무이사인 DDD 및 DDD의 배우자인 CCC 명의의 각 계좌(이하 ‘이 사건 각 계좌’라 한다)를 이용하여 거래대금을 지급받음으로써 여러 개의 차명계좌를 사용하였으므로, 이 사건 각 계좌가 대표이사와 전무이사, 전무이사의 부인 명의이고 이 사건 각 계좌에 있던 일부 금원이 원고의 경비로 사용되었다는 사정을 감안하더라도 피고가 이 사건 각 계좌에 입금된 원고의 소득금액을 확인하여 정당하게 과세권을 행사하는 데 지장이 초래되었다고 봄이 상당하다.

2. 세무조사범위 확대 제한 규정 위반 주장에 대하여

• 가) 구 국세기본법 제81조의9 제1항 에서는 “세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.”고 규정하고, 구 국세기본법 시행령 제63조의11 제1항 제1호 에서는 ‘구체적인 세금탈루 혐의가 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에도 있어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우’를 그 예외사유로 규정하고 있다.
• 나) 살피건대, 갑 제4, 8호증, 을 제3 내지 8호증의 각 기재, 증인 EEE의 증언 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 제1차 세무조사는 2011년부터 2013년까지 사업연도를 조사대상기간으로 하고 있고, 이 사건 제1차 세무조사 당시 원고에 대하여 2011년부터 2013년까지의 자료에 대한 질문만 이루어진 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제2차 세무조사 당시 관리이사 EEE의 USB를 통해 원고가 원고의 매출을 법인 매출과 학회 매출로 구분하여 학회 매출분은 차명 계좌를 이용하여 관리하면서 매출신고를 누락한 사실을 구체적으로 파악하게 된 것으로 보이고, 피고가 이 사건 제1차 세무조사 당시 원고의 2010년도 매출 및 수금 엑셀자료 취득했다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.