개정된 상장주식 대주주 요건에 해당

사 건 2019구합22249 양도소득세부과처분취소 등 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2019. 9. 5. 판 결 선 고

2019. 9. 26.

1. 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 1. 4. 원고에 대하여 한 2016년도 귀속 양도소득세 13,843,530원과 지방소득세 1,384,350원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고와 원고의 배우자 CCC는 2015. 12. 31. 주권상장법인인 주식회사 TTTTT(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 주식 237,598주(총 발행주식의 1.46%)를 소유하였고, 그 후 수차례에 걸쳐 위 주식을 양도하여 2016. 3. 31.에는 149,408주를 소유하였다.
• 나. 원고는 2016. 4. 1.부터 2016. 12. 31.까지 위 주식 131,408주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 365,894,020원에 양도하였는데, 양도소득세를 신고․납부하지 아니하였다.
• 다. 피고는 소득세법 제94조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령(2017. 1. 17. 대통령령 제27793호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제157조 제4항 제1호의 규정에 따라 이 사건 주식의 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도인 종료일인 2015. 12. 31. 현재 원고와 원고의 배우자인 특수관계인이 이 사건 회사의 대주주(총발행 주식의 1% 이상)에 해당한다는 이유로, 2019. 1. 4. 원고에게 이 사건 주식의양도에 관하여 2016년 귀속 양도소득세 13,843,530원(= 신고불성실가산세 2,028,802원 및 납부불성실가산세 1,670,718원 포함, 이하 ‘이 사건 양도소득세 부과처분’이라 한다)및 지방소득세 1,384,350원(이하 ‘이 사건 지방소득세 부과처분’이라 한다)을 결정․고지하였다.
• 라. 원고는 이 사건 양도소득세 부과처분에 불복하여 2019. 3. 4. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2019. 5. 29. 기각결정을 받았다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 2, 3호증, 을 1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 지방소득세 부과처분 취소청구 부분의 적법 여부 직권으로 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부에 관하여 본다. 이 사건 지방소득세는 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조, 제85조, 제89조, 제100조 등에 따라 지방자치단체가 부과․징수하는 지방세이므로, 이 사건 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 상대방은 원고의 소득세 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장이 되어야 한다(대법원 2005.2. 25. 선고 2004두11459 판결, 대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두205 판결 등 참조). 따라서 이 사건 소 중 이 사건 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 피고 적격이 없는 자를 상대로 한 것으로 부적법하다.

3. 이 사건 양도소득세 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

1. 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제1호 는 ‘주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 소유주식의 비율이 100분의 1 이상인 경우’를 대주주로 규정하고 있고(이하 ‘이 사건 개정규정’이라 한다), 위 규정은 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항 제1호 ‘주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 소유주식의 비율이 100분의2 이상인 경우’를 개정한 규정으로, 해당 부칙에 따라 2016. 4. 1.부터 적용된다. 따라서 이 사건 개정규정의 해석상, 원고처럼 이 사건 개정규정이 적용되는 2016. 4. 1. 이후로 이 사건 회사의 주식을 1%이상 소유한 사실이 없는 경우에는 양도소득세의 과세대상에 해당하지 않으므로, 원고가 이 사건 개정규정에 따른 대주주임을 전제로 한 이 사건 양도소득세 부과처분은 위법하다(이하 ‘이 사건 첫 번째 주장’이라 한다).

2. 이 사건 개정규정이 그 시행 시점 이전인 2015. 12. 31.을 기준으로 과세요건인 대주주요건을 판단할 수 있다고 규정한 것이라면, 이 사건 개정규정은 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 정한 위임범위를 일탈하여 위법할 뿐만 아니라 소급입법금지원칙에도 반하므로 무효로 봄이 상당하다. 따라서 무효인 이 사건 개정규정에 근거한 이 사건 양도소득세 부과 처분은 위법하다(이하 ‘이 사건 두 번째 주장’이라 한다).

3. 가산세는 납세의무자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는바, 이 사건 주식 양도에 관한 양도소득세 과세는 관련 법령의 해석상 그 과세 여부가 명백하지 아니한 경우에 해당하여 원고가 위 주식 양도 후 양도소득세 과세표준 신고와 납부를 하지 않은 것에 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 양도소득세 부과 처분 중 가산세 부분은 위법하다(이하 ‘세 번째 주장’이라 한다).

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 첫 번째 주장에 관한 판단 가) 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식 등의 양도로 발생하는 소득을 양도소득으로 규정하고 있고, 이에 따라 이 사건 개정규정은 대주주란 ‘법인의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 국세기본법 시행령 제1조 의 2 제1항 제3호가 규정한 배우자 등 특수관계에 있는 자가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 ’소유주식의 비율‘이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주’라고 규정하고 있다.

• 나) 살피건대, 이 사건 개정규정의 문언에 비추어 보면 원고처럼 이 사건 개정규정이 시행된 이후인 2016. 4. 1. 이후 해당 법인의 주식을 1% 이상 보유하지 아니한경우에는 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식의 합계액이 100분의 1 이상인 경우라도 양도소득세의 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 이 사건 개정규정을 제한하여 해석할 만한 합리적인 근거를 찾기 어렵고, 그와 같은 해석은 과세형평의 측면에서도 타당성을 인정하기 어렵다. 따라서 이 사건 개정규정의 ‘직전 사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우’에는 이 사건 개정규정 시행 이후 해당 법인의 주식을 1% 이상 보유하지 아니한 자도 포함되는 것으로 해석함이 상당하다.
• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2. 두 번째 주장에 관한 판단

• 가) 소급입법은, 신법이 이미 종료된 사실관계에 작용하는지 아니면 과거에 시작되었으나 아직 완성되지 아니하고 현재 진행 중에 있는 사실관계에 작용하는지에 따라 '진정소급입법'과 '부진정소급입법'으로 구분되고, 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙인 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다(헌법재판소 1995. 10. 26. 선고 94헌바12 결정, 헌법재판소 2001. 4. 26.선고 99헌바55 결정 등 참조). 한편, 부진정 소급효를 가지는 입법의 경우 법령의 개정시 구법 질서에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며 법령의 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 입법으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 당사자 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면 새로운 입법은 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없다고 할 것이나, 국민이 가지는 모든 기대 내지 신뢰가 헌법상 권리로서 보호될 것은 아니고, 신뢰의 근거 및 종류, 상실된 이익의 중요성, 침해의 방법 등에 의하여 개정된 법규․제도의 존속에 대한 개인의 신뢰가 합리적이어서 권리로서 보호할 필요성이 인정되어야 한다(헌법재판소 2003. 12. 18. 선고 2001헌바91, 92, 93, 94(병합) 결정 참조).
• 나) 살피건대, 양도 자산이 과세요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는 것이고, 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 위임에 따른 이 사건 개정규정은 그 시행 이전에 이미 양도되어 과세요건이 완성된 주식양도에 대하여 소급하여 양도소득세를 부과하는 것이 아니라 위 개정규정의 시행 이후에 양도된 주식에 대하여 양도소득세를 부과하는 것으로서 이른바 ‘부진정 소급효’의 입법이라 할 것이므로, 위 개정규정은 헌법 제13조 제2항이나 국세기본법 제18조 제2항 의 소급입법에 의한 재산권박탈 금지원칙에 위반되지 아니할 뿐만 아니라(헌법재판소 2002. 7. 18. 선고 99헌마574 결정, 헌법재판소 2004. 7. 15. 선고 2002헌바63 결정 등 참조), 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 개정규정이 그 시행 이전 시점을 기준으로 과세요건을 판단하도록 규정하였다고 하더라도 위임입법의 한계를 벗어났다거나 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없어 위법하다고 볼 수도 없다.

① 소득세법 제94조 제1항 제3호 는 자본이득의 성격을 갖는 상장주식의 양도소득에 대하여 과세하는 것으로서 담세능력이 있는 자에게 그에 상응한 세금을 납부하도록 하는 응능과세의 실현을 통하여 조세평등의 원칙 실현을 그 입법목적으로 하고 있다.

② 자본시장육성이라는 정책적 목적 및 상장주식 양도에 따른 과세의 필요성등을 고려한 정책적 판단에 따라 애초에 양도소득세 과세대상에 포함되지 않은 상장주식에 대하여 관련법령이 개정되어 과세대상에 포함, 점차 확대되었고, 대주주 요건을 판단하기 위한 소유주식의 비율 기준은 100분의 5에서 100분의 3, 100분의 2로 점차 완화되어 이 사건 개정규정에서는 100분의 1로 규정된바, 위와 같은 이 사건 개정규정의 개정 과정에 비추어 보면, 위 규정의 개정 전 규정들은 장래의 변화를 전제로 한 잠정적인 성격이 강하였던 것으로 보인다.

③ 위와 같은 이 사건 개정규정의 성격에 비추어 2% 미만의 상장주식을 보유한 경우에 과세대상으로 하지 않는 소득세 관련 법령이 장래에도 변함없이 유지되리라 는 기대 내지 신뢰가 크다고 보기 어렵다.

④ 이 사건 개정규정이 달성하고자 하는 과세의 형평 내지 조세평등주의의 실현이라는 공익은 원고가 개정 전 세법질서에 대하여 가지고 있던 신뢰에 비하여 크다고 보인다.

⑤ 이 사건 주식의 취득 당시 시행되던 개정 전 법령에서 향후 법령이 개정되더라도 그 개정 전까지의 상장주식의 보유지분이 2% 미만이면 개정 후에도 대주주가 되지 않아 양도소득세를 비과세한다거나 면제한다고 규정하지 아니하였다.

⑥ 나아가 이 사건 개정규정은 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목의 ‘소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주’ 규정에 따라 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대주주의 범위를 구체적으로 규정하고 있으므로 위 법조항의 입법목적을 달성하기 위하여 그 위임범위 내에서 정당하게 규정된 것으로 보인다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두4394 판결 등 참조).

• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 세 번째 주장에 관한 판단

• 가) 가산세는 과세권 행사와 조세채권 실현을 쉽게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 정해진 신고, 납세 등의 의무를 어긴 경우에 세법 규정에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2003. 12. 11. 선고 2002두4761 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, 이 사건 주식 양도 당시 시행되던 법령에 의하면 양도소득세 과세가 법령의 문언 해석상이나 법령의 입법 취지상 명백하다고 보이므로, 원고가 이 사건주식 양도 후 양도소득세 과세표준 신고와 납부를 하지 않은 것에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소청구 부분은 부적법하므로 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.