원고가 처리하는 용역은 폐기물관리법에서 규정하는 생활폐기물로 볼 수 없음

사 건 2019구합21963 부가가치세부과처분취소 원고, 항소인 AA환경 주식회사 피고, (피)항소인 KKK세무서장 제1심 판 결 변 론 종 결

2019. 7. 5. 판 결 선 고

2019. 8. 30.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 ① 2017. 11. 1. 원고에 대하여 한 2012년 제1기분 부가가치세 14,017,150원, 2012년 제2기분 부가가치세 16,619,150원, 2013년 제1기분 부가가치세18,047,990원, 2013년 제2기분 부가가치세 30,459,150원, 2014년 제1기분 부가가치세20,534,150원, 2014년 제2기분 부가가치세 28,254,830원, 2015년 제2기분 부가가치세15,330,134원, 2016년 제1기분 부가가치세 3,749,398원, 2016년 제2기분 부가가치세 7,975,926원, 합계 154,987,878원의 부과처분, ② 2018. 4. 17. 원고에 대하여 한 2015년 제1기분 부가가치세 12,884,157원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고의 지위

1. 원고는 1993. 3. 30. 폐수처리 기계제조업, 지정폐기물 중간처리업, 지정폐기물 수집운반업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 1997. 12. 26. BB광역시 SS구청장으로부터 부산 사상구 농산물시장로9번길 50(엄궁동)에서 사업장생활계폐기물(야채, 청과, 화훼 등의 잔재물)을 영업대상으로 하는 폐기물 중간재활용업 허가를 받았고,2006. 8. 18. 부산광역시 HHH구청장으로부터 BB HHH구 NN강변대로 626(MM농산물도매시장 내)에서 음식물류 쓰레기(식물성 잔재물)를 영업대상으로 하는 폐기물중간재활용업 허가를 받았으며, 2013. 8. 20. 사업장생활계 폐기물 수집·운반업 허가를 받았다.

2. 원고는 위와 같이 폐기물 중간재활용업 허가를 받아 1997. 12. 26.부터 BB시내 농산물 도매시장과 재래시장 등에서 발생하는 농산물 폐기물(이하 ‘이 사건 폐기물’이라 한다)의 처리 및 수집·운반업을 영위하였다.

• 나. 피고의 원고에 대한 조사 피고는 2017. 8. 30.부터 2017. 9. 28.까지 원고의 2012년 내지 2016년 사업연 도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 원고가 대표자 김규태 명의의 계좌로 입금된 현금매출의 신고를 누락한 사실 등을 확인하였다.
• 다. 이 사건 처분의 경위 이에 피고는 2017. 11. 1. 원고에게 아래 표 기재와 같이 2012년 제1기 내지 2016년 제2기 부가가치세 합계 188,984,470원을 각 경정·고지하였고, 원고는 이에 불복하여 2018. 2. 1. 이의신청을 제기하여 2018. 4. 11. 일부인용 결정을 받았으며, 이에 따라 피고는 2018. 4. 17. 아래 표 기재와 같이 2015년 제1기 내지 2016년 제2기 부가가치세에 대하여 감액 또는 증액 경정하였다(이하 피고의 2017. 11. 1.자 경정 및 2018. 4. 11.자 재경정을 합쳐 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 행정심판 청구 원고는 이에 불복하여 2018. 5. 17. 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2019. 2. 18. 원고의 청구를 기각하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증, 갑 제4호증, 갑 제9호증 내지 갑 제11호증, 을 제1호증의 각 기재(가지 번호 있는 것은 가지 번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고가 수집·운반 및 처리하는 사업장생활계폐기물은 성상이 생활폐기물과 유사하여 부가가치세 면제 대상인 생활폐기물에 해당하는 것으로 봄이 타당함에도, 피고는 이 사건 폐기물이 부가가치세 과세 대상인 사업장폐기물에 해당한다고 보아 이 사건 처분을 하였다.

2. SS구청으로부터 수령한 원고의 허가증에 “생활폐기물”이라고 기재되어 있 지 않기 때문에 면세를 적용할 수 없다는 것은 실질과세원칙 및 조세평등주의 원칙에 반한다.

3. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 등 가) 부가가치세법 제26조 제1항 제5호 는 의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 면제하는 것으로 규정하고, 그 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제35조 제12호 는 ‘ 폐기물관리법 제25조 에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역’을 부가가치세법 제26조 제1항 제5호 의 의료보건 용역에 해당하는 것으로 규정하고 있다.

• 나) 한편 구 폐기물관리법(2017. 1. 17. 법률 제14532호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2호는 ‘"생활폐기물"이란 사업장폐기물 외의 폐기물을 말한다.’, 같은 조 제3호는 ‘"사업장폐기물"이란 대기환경보전법, 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 또는 소음·진동관리법에 따라 배출시설을 설치·운영하는 사업장이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업장에서 발생하는 폐기물을 말한다.’고 각 규정하고, 폐기물관리법 시행령 제2조 제7호 에 의하면, ‘폐기물을 1일 평균 300킬로그램 이상 배출하는 사업장’은 폐기물관리법 제2조 제3호 의 ‘그 밖에 대통령령으로 정하는 사업장’에 해당한다.
• 다) 또한 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞에서 본 사실, 을 제3호증 내지 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 수집·운반 및 처리하는 폐기물은 부가가치세 면제 대상인 구 폐기물관리법 제2조 제2호 의 ‘생활폐기물’이 아니라 부가가치세 과세 대상인 구 폐기물관리법 제2조 제3호 의 ‘사업장폐기물’에 해당하는 것으로 봄이 타당하고, 이 사건 폐기물에 대하여 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 부가가치세법 등 관련 법령에 근거한 것으로서 조세법률주의 또는 평등의 원칙을 위반한 것으로 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 구 폐기물관리법 제2조, 폐기물관리법 시행령 제2조 제7호 에 의하면, ‘폐기물을 1일 평균 300킬로그램 이상 배출하는 사업장’에서 발생하는 폐기물은 ‘사업장폐기물’에 해당하고, ‘생활폐기물’은 사업장폐기물 외의 폐기물을 의미하는 것임이 법문언상 명백하다. 원고는 성상이 ‘생활폐기물’과 유사하면 비과세대상인 ‘생활폐기물’에 해당하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이러한 해석은 법문언에 정면으로 반할 뿐만 아니라 법에 아무런 근거 없이 비과세대상을 확장하는 것으로서 허용될 수 없다.
• 나) 원고는 처음부터 사업장생활계폐기물을 영업대상으로 허가를 받아 사업장생활계폐기물 수집·운반·처리업을 영위하였고, 생활폐기물에 관한 영업을 영위하지 않았는바, 부산광역시 사상구 폐기물관리 및 수수료 등에 관한 조례, 폐기물관리법과 같은 법 시행규칙의 규정, BB광역시 SS구청 내 폐기물 허가 현황 등을 보더라도, 원고가 영업대상으로 한 사업장생활계폐기물은 생활폐기물과는 명확히 구별된다.

(1) BB광역시 SS구 폐기물관리 및 수수료 등에 관한 조례(이하 ‘이 사건 조례’라 한다) 제2조 제4호는 ‘“사업장생활계폐기물”이란 영 제2조 제7호 및 제9호에 따른 사업장에서 배출되는 폐기물로서 생활폐기물과 성질·상태가 유사하며 생활폐기물의 기준 및 방법으로 수집·운반·보관·처리할 수 있는 폐기물을 말한다.’고 규정하고 있는바, 폐기물관리법 시행령 제2조 제7호 의 사업장에서 배출되는 폐기물이 구 폐기물관리법 제2조 제3호 에서 정한 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업장에서 발생하는 사업장폐기물에 해당하므로, 결국 사업장생활계폐기물이란 사업장폐기물의 한 종류에 속한다.

(2) 또한 이 사건 조례 제9조에 의하면 사업장생활계폐기물을 배출하려면 사업장용봉투를, 생활폐기물을 배출하려면 일반용봉투를 사용하여야 하는데, 원고는 사업장 쓰레기 전용봉투를 사용하여 폐기물을 수거하였다(갑 제15호증).

(3) 구 폐기물관리법 제14조 제1항 본문은 ‘특별자치시장이나 도지사 혹은 시장·군수·구청장은 관할 구역에서 배출되는 생활폐기물을 처리하여야 한다.’고 규정하여 사업장폐기물과 달리 생활폐기물의 처리 책임은 지방자치단체장에게 있고, 그 처리구역도 관할 구역으로 제한되어 있다. (4) 폐기물관리법 시행규칙 [별지 제17호 서식] 폐기물처리사업(변경)계획서의 작성방법에 의하면, ‘⑦ 영업대상 폐기물’란에 생활폐기물과 사업장생활계폐기물 등을 구분하여 적도록 하고, ‘⑧ 영업구역’란은 생활폐기물을 대상으로 하는 폐기물 수집·운반업의 경우에만 시·군·구 단위로 적는 것으로 되어 있다.

(5) 사상구청 관내 폐기물 허가 현황에 의하면, 아래 표 기재와 같이 사업장생활계폐기물과 생활폐기물의 수집·운반업을 구분하여 별도로 허가하고 있다.

• 다) 원고는 BB 시내 농산물 도매시장과 재래시장 등에 농산물 폐기물의 처리 및 수집·운반에 관한 용역을 제공하면서 자신이 제공하는 용역이 부가가치세 부과 대상임을 전제로 공급가액에 부가가치세 10%를 더하여 세금계산서를 발급하였다 (을 제3호증). 따라서 원고는 자신이 제공하는 용역이 부가가치세 부과 대상임을 인식 하였던 것으로 보인다.
• 라) 원고와 원고로부터 사업을 양수한 FF산업 주식회사의 세금계산서 발급내역을 보면, 원고는 일일 평균 300킬로그램 이상의 폐기물을 배출하는 사업장을 대상으로 폐기물 처리 등의 영업을 한 사실이 확인된다.

(1) 1개월 동안 매일 평균 300kg의 폐기물을 1개월 동안 처리하는 경우 그 비용은 810,000원(= kg당 90원 × 300㎏ × 30일)이 되는바, 원고가 2016년 12월경 발급한 전자세금계산서 현황(을 제3호증) 중 ZZ청과, XX시장상인회, CC상가상인회, CC김치, CC시장번영회, VV동새벽시장상인회, BB청과, BB공판장, NN무역, MM식품가공공장에 대한 공급가액이 각 810,000원을 초과하고, 1일 평균 300kg 이상의 폐기물을 배출하는 사업장의 처리량은 전체의 96%에 달한다.

(2) 원고로부터 사업을 양수한 FF산업 주식회사가 2017. 12. 발급한 세금계산서 현황(을 제4호증)을 보더라도, 청과물직판장, CC시장번영회, CC김치, CC상가상인회, VV동새벽시장상인회, BB시장상인회, NN무역, JJ냉장식품, BB청과, BB공판장, MM식품가공공장에 대한 공급가액이 각 810,000원을 초과하고, 1일 평균 300kg 이상의 폐기물을 배출하는 사업장의 처리량은 전체의 95%에 달한다.

• 마) 원고는 이 사건 폐기물이 부가가치세 면제 대상인 생활폐기물에 해당함에도 피고가 부가가치세를 부과한 이 사건 처분이 실질과세 원칙에 위반된다고 주장하나, 이 사건 폐기물은 구 폐기물관리법 제2조, 폐기물관리법 시행령 제2조 제7호 에 규정된 1일 평균 300킬로그램 이상의 폐기물을 배출하는 사업장에서 발생하는 폐기물로서 부가가치세 부과 대상인 사업장 폐기물에 해당하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
• 바) 원고는 원고가 용역을 제공하는 QQ시장, WW동 새벽시장, CC시장, VV동시장을 제외한 부산 소재 다른 재래시장에서 배출하는 폐기물은 생활폐기물로 분류되어 폐기물 처리 용역에 대하여 부가가치세를 부담하지 않음에도 원고가 처리하는 이 사건 폐기물의 용역에만 부가가치세가 부과되어 조세평등주의 원칙에 위반된다고 주장하나, 다른 시장에서 배출하는 폐기물이 생활폐기물로 분류되어 부가가치세가 면제된다고 볼 만한 자료가 없을 뿐만 아니라, 원고가 처리하는 이 사건 폐기물은 구 폐기물관리법 제2조, 폐기물관리법 시행령 제2조 제7호 에 규정된 사업장폐기물로 분류됨에 따라 부가가치세가 부과되는 것이므로, 이 사건 처분이 조세평등주의 원칙을 위반한 것으로 볼 수 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같 이 판결한다.