이 사건 연구개발비는 광의의 ERP시스템으로 연구개발비세액공제 대상이 될 수 없음 ​

사 건 2018구합24422 법인세경정청구거부처분취소 원 고

○○○○○보험 주식회사 피 고

□□□세무서장 변 론 종 결 2020. 7. 17. 판 결 선 고 2020. 9. 4.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2017. 9. 1. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 2,072,061,370원, 2013 사업연도 법인세 139,683,870원의 경정청구 거부처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 생명보험업 등을 영위하는 회사(변경 전 상호: ○○○○○○○보험 주식회사)로서 2010년경 연구개발 전담부서를 보유한 AA시스템즈 주식회사(이하‘AA시스템즈’라 한다)와 사이에 차세대 전산시스템(이하‘이 사건 시스템’이라 한다) 구축 등을 위탁하는 내용의 계약을 체결하고, AA시스템즈에게 위탁개발비용으로 2011 사업연도에 6,501,882,862원, 2013 사업연도에 4,334,588,577원 합계 10,836,471,439원(이하‘쟁점 비용’이라 한다)을 지급하였다.
• 나. 이 사건 시스템의 기본 구조는 별지1 그림과 같다.
• 다. 원고는 당초 2011 및 2013 사업연도 법인세 신고 시에는 쟁점 비용에 대해 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것과 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구·인력개발비(이하 ‘연구개발비’라 한다) 세액공제(같은 법 제9조 제2항, 제5항에 의한 연구개발비를 세액공제 하는 것으로서 이하 ‘쟁점 세액공제’라 통칭한다)를 적용하지 아니하였다가 2017. 6. 28.에 이르러 피고에게 쟁점 비용을 위 조항에 따른 연구개발비 세액공제 대상에 추가하여 2011 사업연도 법인세 2,072,061,370원, 2013 사업연도 법인세 139,683,870원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2017. 9. 1. 쟁점 비용이 쟁점 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 10호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 요지

1. 피고

• 가) 이 사건 시스템 개발은 기존 소프트웨어의 응용에 불과할 뿐 구 조세특례제한법 제9조 제5항 에서 정한 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라고 볼 수 없다.
• 나) 쟁점 비용은 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호, 제5항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조 제1항 [별표 6](이하 ‘이 사건 별표’라 한다) 1의 나. ①항 중 괄호규정인‘전사적 기업자원 관리설비(ERP, Enterprise Resource Planning) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’(이하 위 괄호규정을 ‘쟁점 예외규정’이라 한다)에 해당한다.
• 다) 쟁점 비용은 원고가 AA시스템즈에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용일 뿐 이 사건 별표 1의 나. ①항 ㉲목에서 정한 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서’에게 위탁함에 따른 비용이 아니므로 쟁점 세액공제 대상이 아니다.

2. 원고 가) 이 사건 시스템 개발은 쟁점 세액공제 대상인 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다.

• 나) 이 사건 시스템은 원고의 업무 기반을 혁신적으로 개선한 것으로 단순한 ERP 시스템과는 본질적으로 다르므로 쟁점 예외규정은 적용되지 않는다.
• 다) 쟁점 세액공제 대상인 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용’에 해당하기 위해서는 전담부서를 보유한 업체에 연구개발을 위탁하기만 하면 되고, 반드시 연구기관 또는 전담부서에 위탁하거나 연구기관 또는 전담부서에서 연구개발을 직접 수행할 것까지 요구되는 것은 아니다.
• 나. 관계 법령 별지2 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 그리고 쟁점 세액공제의 경우 과세소득 자체에 부수되는 것이 아닐 뿐만 아니라 법인세 과세과액결정에 예외적으로 영향을 미치는 특별한 사유에 속하므로 그 존재사실, 즉 쟁점 비용이 세액공제 대상이 되는 연구개발비에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 납세의무자인 원고에 있다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

2. 이 사건 시스템 개발이 쟁점 세액공제 대상인 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’인지 여부

• 가) 구 조세특례제한법이 연구개발비용을 손금 산입에서 더 나아가 세액공제의 대상으로 한 취지는 연구개발의 속성상 시행착오나 실패의 위험이 따르므로 연구개발에 투자하는 기업이 감내해야 하는 위험에 대하여 세제지원이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지하자는 데 있다. 그러나 구 조세특례제한법은 연구개발에 관하여 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다고만 규정하고 있을 뿐 그 구체적 의미와 범위 등에 관하여 별도로 규정하고 있지는 않다. 다만, 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항 은 위 연구개발활동에 포함되지 않는 유형의 활동으로 ‘① 일반적인 관리 및 지원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치 확인 등을 조사·탐사하는 활동, ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동’을 들고 있고, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호는 "연구개발활동"에 관하여 ‘과학기술 분야 또는 특정 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정’이라고 규정하고 있다. 위 각 규정의 내용에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제9조 제5항 이 규정하고 있는“연구개발”이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’, ‘지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ‘체계적이고 창조적인 활동’에 해당할 것을 그 핵심적인 지표로 한다. 따라서 순수한 기초연구활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있겠지만, 기존에 이미 상용화·사업화된 기술 수준을 벗어나지 못하고 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였거나 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것이 아닌, 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야“연구개발”에 해당한다. 그리고 구 조세특례제한법에서 연구개발의 개념으로 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이 처음 도입된 것은 2008. 12. 16. 법률 제9272호로 개정된 때부터인데, 그 개정취지는 연구개발의 정의 및 세액공제 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준, 즉 OECD의 연구개발(R&D) 개념에 맞게 정비하고자 한 것이었다. 따라서 적어도 위 개정 이후로는 쟁점 세액공제의 요건인 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’인지 여부에 관하여 OECD의 연구개발 개념도 주요 판단기준이 될 수 있는데, OECD가 발간한 연구개발조사를 위한 표준지침인 '프라스카티 매뉴얼(FrascatiManual)‘에 따르면, 연구개발은 (인간, 문화 그리고 사회에 대한) 지식의 집적을 향상시키기 위해서 새로운 응용을 고안하기 위해 이렇게 집적된 지식의 사용을 증가시키려는 목적으로 체계적 토대 위에서 수행하는 창조적 작업을 의미하고, 연구개발을 관련 활동들로부터 구별하는 기준은 ’괄목할 만큼 새로운 요소의 존재 여부, 과학적 혹은 기술적 불확실성에 대한 해결책의 존재 여부‘이다. 특히 소프트웨어 개발 프로젝트가 연구개발로 분류되기 위해서는 해당 프로젝트의 완수는 과학적 또는 기술적 진보에 의해 결정되어야 하고, 프로젝트의 목적은 과학적 또는 기술적 불확실성이 체계적으로 해결되어야 한다. 기존 소프트웨어 프로그램이나 체계에 대한 업그레이드 또는 수정 작업도 위와 같은 결과와 목적을 구비한다면 연구개발로 분류될 수 있으나, 그에 미치지 않는 응용이나 개선 수준에서 이미 알려진 방법들이나 기존 소프트웨어 도구를 이용하여 기업용 응용소프트웨어나 정보시스템을 개발하는 정도의 것은 연구개발에 해당하지 않는다고 할 것이다.
• 나) 나아가 이 사건 시스템 개발이 위와 같은 개념의 ’과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동‘에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 갑 제5호증의 1 내지 제8호증, 제17호증 내지 제21호증의 5의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 시스템 개발이 ’과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동‘에 해당된다고 보기 어렵다.

① 앞서 본 이 사건 시스템의 수행 기능들을 보면, 이 사건 시스템은 이를 구축하기 위한 개별적인 솔루션(비즈니스 또는 고객의 문제점을 해결할 수 있는 제품이나 서비스의 조합)이 개발되어 있는 상태에서, 축적된 경험을 이용하여 원고의 구체적인 요구사항과 실정에 맞추어 개별 솔루션들을 조합하고 연계하는 과정[이른바 Customizing(커스터마이징)]을 통해 만들어 진 결과물로 보일 뿐, 과학적 또는 기술적 진전 내지 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 것이라고 보기는 어렵다.

② 이미 개발되어 있는 기존 솔루션의 응용이나 개선이 항상 확실히 성공한다고 단언할 수는 없겠으나 위 솔루션들의 성능, 수준, 활용가능성 등에 비추어 그에 기초한 최적화된 시스템의 개발이 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 연구개발이라고 보기 어렵다. 실제로 다수의 금융기관이 비슷한 시기에 위탁개발방식으로 이 사건 시스템과 유사한 역할을 수행하는 차세대 시스템을 구축하였는데, 이 사건 시스템은 수행하는 기능이나 역할의 측면에서 다른 금융기관 등이 구축한 차세대 시스템과 본질적으로 다르지 않다. 또한 원고가 이 사건 수탁업체들과 체결한 이 사건 시스템 개발 관련 계약에 ‘완료 기한’이나 이를 지키지 못하였을 경우 수탁업체들이 배상하여야 할 ‘지체상금’ 등이 정해져 있었던 점에 비추어, 원고나 수탁업체들의 입장에서 개발의 전면적인 실패 또는 포기 가능성이 크지 않았던 것으로 보이는바, 이 사건 시스템의 개발은 실패의 위험이나 비효율을 감수한 활동을 전제로 하는 연구개발비 세액공제제도의 근본 취지에 맞지 않다.

③ AA시스템즈와의 계약은 그 수탁자가 기술적·경험적으로 제공 가능한 시스템을 개발하여 이를 약정한 공급기한 내에 공급하는 것을 내용으로 하는 것으로서, 연구개발이라는 ‘하는 채무’를 목적으로 하는 계약이 아니라 물품(시스템)공급이라는 ‘주는 채무’를 목적으로 하는 계약이므로, 그 비용 중 연구개발에 투입된 비용을 상정하기가 쉽지 않고, 일부 비용이 그에 해당한다고 하더라도 이를 특정하기가 불가능하다.

3. 쟁점 예외규정의 적용 가부

• 가) 쟁점 예외규정의 해석 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 는 ‘연구․인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’을 연구개발비로 규정하고 있고, 그 위임을 받은 이 사건 별표는 세액공제의 대상이 되는 연구개발비를 구체적으로 규정하고 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제9조 제5항 이 규정한 과학기술 활동이나 서비스 활동의 요건을 충족한다 하더라도 이 사건 별표에 부합하지 않는 비용은 세액공제의 대상이 될 수 없다. 살피건대, 쟁점 예외규정의 개정 연혁 및 입법 취지를 비롯하여 갑 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 쟁점 예외규정 중 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’이란 ‘전사적 기업자원 관리설비’ 자체는 물론 ‘그와 유사한 시스템’을 포함하는 의미이고, 위 ‘그와 유사한 시스템’은 기능적으로 ‘기업의 업무를 효율화하는 시스템으로서 그 개발위탁비용이 범용화된 시스템의 구입․응용 또는 개선을 위한 것으로 평가될 수 있는 것’을 의미한다고 봄이 타당하다.

(1) 쟁점 예외규정이 도입되기 이전에는 금융·보험업을 영위하는 법인의 전사적 기업자원 관리설비에 대한 연구개발비 세액공제를 인정하는 과세관청의 유권해석사례가 있었으나, 2009년경부터 금융·보험업 이외의 다른 사업을 영위하는 법인에 대하여 전사적 기업자원 관리설비가 연구개발비 세액공제의 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나오기 시작하였고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 쟁점 예외규정을 도입하여 모든 업종의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 세액공제 대상에서 제외하였다. 위 개정 취지는 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설’에 의하면 “ERP 등 시스템개발 위탁비용이 제외된다는 것을 ‘명문화’하였다”는 것이고, 기획재정부가 발간한 ’2010년 세제개편 주요내용‘에 의하면‘ERP 도입비용에 대하여는 명확한 규정이 없어 실무상으로는 위탁 R&D 비용의 일종으로 해석하여 운용해 왔으나, ERP 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R&D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상투자세액공제(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호)의 적용 대상이므로 R&D 세액공제 대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 이를 세액공제 대상에서 제외한다’는 것이다.

(2) 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항 은 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호)를, 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항 은 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호)를 각 세액공제의 대상이 되는 생산성향상시설로 추가하였는데, 위 법률 제6762호의 개정 취지는‘ERP(전사적 기업자원 관리설비)와 유사한 정보화시스템인 SCM(공급망관리 시스템설비), CRM(고객관계관리 시스템설비)을 동일하게 세제지원하여 생산성 및 투명성을 제고하기 위함’이었다.

2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제24조 는 생산성 향상시설로 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호), 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호), 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(제8호), 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템(제9호) 등에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있었는데, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 제4호와 제5호가 삭제되었다. 위 개정 취지는 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 2001년 지원대상에 포함된 이래 금융·유통·제조업 등에 상용화된 설비이므로 그 세제 지원 목적이 달성되어 지원을 중단’하였다는 것이다.

(3) 협의의 ERP인 구 조세특례제한법 시행령이 정한 ‘전사적 기업자원 관리설비’ 외에 공급망관리, 고객관계관리, 제품정보관리 등의 기능과 솔루션이 더해진 ‘확장형 ERP’도 ERP로 통칭되는 점, 위 각 시스템들은 기업의 업무 효율화를 도모하기 위한 것으로서 상호 간에 본질적으로 유사성이 있고, 하나의 프로그램으로 망라될 수 있으며, 구 조세특례제한법 제24조 제1항 도 각 호의 생산성향상시설로서의 유사함이 있음을 전제로 개정되어 온 점 등에 비추어, ‘확장형 ERP’에 포함될 수 있는 유형의 업무효율화 시스템 또한 쟁점 예외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템’에포함될 수 있다고 해석함이 타당하다.

• 나) 이 사건 시스템의 경우 이 사건 시스템은 본질적으로 원고의 업무수행을 효율화하기 위한 것임이 분명해 보이고, 전자상거래, 고객관계 관리 및 상품개발 등의 기능이 통합되어 있으며, 앞서 본 바와 같이 이 사건 시스템은 이를 구축하기 위한 개별적인 솔루션이 개발되어 있는 상태에서, 축적된 경험을 이용하여 원고의 구체적인 요구사항과 실정에 맞추어 개별 솔루션들을 조합하고 연계하는 과정을 통해 만들어 진 결과물로서 과학적 또는 기술적 진전 내지 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 것이라고 보기는 어려운 점에 비추어 보면, 이 사건 시스템은 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 시스템에 관한 위탁비용은 쟁점 예외규정에 의하여 쟁점 세액공제 대상에서 제외된다.

4. 소결 이 사건 시스템 개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하지 않고, 설령 이에 해당한다고 하더라도 쟁점 예외규정으로 인해 쟁점 세액공제의 대상에서 제외되므로, 이에 대한 원고의 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.