도시지역 편입된 농지는 비사업용 토지임

사 건 2018구합23887 양도소득세부과처분취소 원 고 이00 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2018. 11. 23. 판 결 선 고

2018. 12. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 7. 1. 원고에 대하여 한 2013년도 양도소득세 1,681,330원과 2015년도 양도소득세 86,998,480원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 12. 10. 평택시 00동 000- 전 2,096(이하 '이 사건 토지'라 한다. 위 토지는 뒤에서 보는 바와 같이 2013. 6. 25. 토지구획정리사업에 따라서 환지되어 00시 00동 011-14 대 879.10가 되었다) 1/3 지분을 80.000,000원에 매수하였다
• 나. 이 사건 토지의 환지 과정

1. 이 사건 토지가 속한 평택시 동삭동 060-0번지 일원 519,390㎡는 2000. 3. 3. 구 도시계획법(2000. 1. 28, 법률 제6243호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 제1항 및 제4항에 의하여 도시계획 구역으로 지정되어 2000. 5. 15. '평택 서재지구 토지구획정리사업'(이하 '이 사건 토지구획정리사업'이라 한다) 시행이 공고되었다.

2. 평택시는 2007. 5. 21 이 사건 토지구획정리사업에 대하여 사업기간을 2007. 5. 21.부터 2010. 5. 20.까지로 정하여 사업시행인가를 하였고, 2008. 1. 10. 평택 서재지구 토지소유자 580명에게 "서재지구 토지구획정리사업에 대하여, 사업지구 전지역의 영농(경작)을 제한(금지)한다"라는 공문을 보내어 경작금지 조치를 하였다,

3. 이후 평택시는 2010. 4.경 이 사건 토지구획정리사업에 관하여 사업기간을 2012. 5. 20.까지로 연기하는 내용으로 사업시행변경인가를 하였고, 2013. 5. 10, 환지 예정지 지정을 하였다. 이에 따라 2013. 6. 25. 공사가 완료되어, 이 사건 토지는 평택시 동삭동 011-4 대 879.110로 환지되었다

4. 이 사건 토지는 토지구획정리사업지구로 지정된 후 현재까지 아래 표와 같이 용도지역이 주거지역으로 지정되었다

• 표 생략 -

• 다. 원고는 피고에게 2013. 6. 25. 환지청산금 74,473,667원을 교부받은 후 2013 10, 31. 취득가액 41,271,670원으로 하고 장기보유특별공제액 7,590,546원을 공체하여 산출한 양도소득세 2,150,500원을 신고ㆍ납부하였다
• 라. 또한 원고는 3015. 4. 10. 환지된 이 사건 토지를 948,448,000원에 양도한 후, 2015. 6, 30. 취득가액을 351,731,200원으로 하고 장기보유특별공제액 176,015,040원을 공제하여 산출한 양도소득세 135,309,824원을 신고ㆍ납부하였다.
• 마. 피고는 2017, 7. 1. 원고가 이 사건 토지를 취득하기 이전인 2000. 3. 3. 부터 히미 이 사건 토지는 토지구획정리사업지구로 지정 되어 있었기 때문에 원고의 자경여부와 상관없이 비사업용 토지에 해당하여 장기보유특별공제 대상이 아니라는 이유로 원고가 과세표준 및 세액을 자진 신고하면서 적용한 장기보유특벌공제를 모두 부인한 다음 기납부세액을 반영하여 원고에 대하여 3013년도 귀속 양도소득세 1,681,330원과 2015년도 귀속 양도소득세 86,998,480원을 각 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다). 바, 원고는 2017. 11. 20. 이 사건 처분에 관하여 조세심판원에 심판을 청구하였으 나, 2018. 6. 182. 기각되었고, 2018. 6. 15. 이를 수령하였다. 【[인정근거】다툴 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제8호증, 갑 제11호증, 갑 제13호증 (가지번호 포함), 을 제1호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 8, 이 사건 처분의 적법 여부
• 가. 원고의 주장 요지

1. 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득하기 이전인 2000, 3. 3. 부터 이미 이 사건 토지는 토지구획정리사업지구로 지정되어 도시지역에 편입되었기 때문에 원고의 자경여부와 상관없이 비사업용 토지에 해당하여 장기보유특별공제 대상이 아니라고 보고서 이 사건 처분을 하였는데, 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법'이라 한다) 제104조의3 제2항에 의하면 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 농지에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 않을 수 있다고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행규칙(2016. 8. 25. 기획재정부령 제538호로 개정되기 전의 것, 이하 ' 소득세법 시행규칙'이라 한다) 제83조의5 제8호는 환지방식으로 도시개발이 진행되는 토지의 경우에는 도시개발이 사실상 완료되어 건축이 가능한 경우 건축이 가능한 날로부터 2년을 사업용 토지로 보는 의제 규정을 두고 있는바, 이러한 각 규정의 취지에 비추어 보면 이 사건 토지와 같이 환지방식으로 도시개발사업이 진행된 경우는 토지를 취득한 시점과 상관없이 토지사용이 제한된 기간 동안은 사업용 토지에 해당한다고 봄이 타당하므로 피고의 이 사건 처분은 부당하다

2. 또한 토지 사용을 제한하는 사유의 발생 시점은 단순히 법률로 토지사용 제한을 지정한 시기를 기준으로 보는 것이 아니라 실질적으로 토지사용이 제한된 시점을 기준으로 판단하여야 하는데, 이 사건의 토지의 경우 평택시장이 2008. 1. 10, 평택 서재지구 토지소유자 530명에게 경작을 제한한다는 공문을 보내어 경작금지 조치를 한 때부터 사용의 금지 또는 제한이 있었다고 보아야 하고, 이는 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후이므로 소득세법 제104조의3 제2항 이 적용되어 토지 경작이 금지된 2008. 1. 10.부터 이 사건 농지를 양도한 2015. 4. 10.까지는 사업용 토지에 해당한다고 할 것이다. 따라서 원고가 이 사건 토지를 보유한 10년 4개월 중 토지 경작이 금지된 2008. 1. 10.부터 원고가 이 사건 토지를 양도한 2015. 4. 10.까지 약 7년 3개월 동안 은 이 사건 토지는 사업용 토지에 해당이 되고, 그 기간이 70% 이상이므로 이 사건 토지는 사업용 토지에 해당한다. 3) 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호 에서는 '당해 토지를 취득한 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지의 경우에는 당해 사유가 발생한 기간' 동안은 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 그 기간을 비사업용 토지의 기간 기준에서 제외하고 있는데, 이 사건 토지는 원고가 취득한 후 토지구획정리사업계획의 변경으로 사용이 금지 또는 제한된 기간이 2010. 5. 21.에서 2012, 5. 20.으로 연장되어 2013. 6. 25.에야 비로소 환지 처분이 이루어졌으므로 2010, 5. 21.부터 2013. 6, 25. 전날까지 1,131일(3년 1개월 4일) 기간 동안은 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호 에 따라 도시계획 변경 등 정당한 사유로 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

• 나. 관련 벌령 별지 관련 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 등 가) 소득세법 제104조의3 제1항 에서 '비사업용 토지'의 범위에 관하여 규정하고 있는데, 제1호 농지에 관하여는 가목에서 '대통령령에 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지'를, 나목에서 '특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역에 있는 농지'를 비사업용 토지로 규정하되, 다만 도시지역에 있는 농지의 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지에 대하여는 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외하는 것으로 예외를 두고 있다. 즉, 녹지지역ㆍ그린벨트를 제외한 도시지역에 편입된 농지의 경우 개촌ㆍ자경 여부와 상관없이 비사업용 토지에 해당하는 것이 원칙이고, 다만 구 소득세법 시행령(2016, 2. 17. 대통령령 제26988호로 개정되기 전의 것, 이하 ' 소득세법 시행렁'이라 한다) 제168조의8 제5항, 제6항에 의해 재존ㆍ자경한 농지가 도시지역에 편입된 경우 편입일로부터 3년이 미경과한 경우 예외가 인정될 수 있다

• 나) 또한 소득세법 제104조의3 제2항 에서는 토지취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항의 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령에 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니함 수 있다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 은 그 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 그 각 호에서 정하는 기간 농안 소득세법 제104조의3 제1항 이 정한 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하도록 하면서, 제1호에서 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지의 경우 그 사용이 금지 또는 제한된 기간을, 제4호에서 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용 상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지의 경우 기획재정부령으로 정하는 기간을 규정하고 있다. 이와 같은 제168조의14 제1항 제4호의 위임에 따라 소득세법 시행규칙 제83조의8 는 각 호에서 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준에 관하여 규정하고 있다
• 다) 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도는 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는 데 그 입법목적이 있다. 그런데 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우에도 그 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 불합리하므로, 위와 같이 법 제104조의3 제2항, 시행령 제168조의14 제1항, 시행규칙 제88조의 5 제1항 등은 그러한 사유가 존재하는 기간 동안은 그 토지를 비사업용으로 사용한 것으로 보지 아니하도록 규정하고 있는 것이다(2013. 2. 14. 선고 2011두28950 판결 참조). 반면 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목은 도시지역 안의 농지의 경우에는 그 지역의 특성상 토지 가격이 상승할 가능성이 높아 투기적 거래의 대상이 될 수 있고, 이를 농지로 계속 이용하는 것은 국토의 균형 있는 이용개발이라는 측면에서 볼 때에도 바람직하지 아니하여 양도소득세를 중과하거나 이를 일정한 기간 내에 처분하도록 할 필요가 있어 마련된 것이어서(대법원 2013. 6. 87. 선고 2013두2921 판결), 재촌ㆍ자경 여부를 묻지 않고 비사업용 토지로 규정한 것이다.
• 라) 이와 같은 소득세법 제104조의3 제1항, 제2항의 취지와 문언, 같은 법 시행령 제168조의14 및 같은 법 시행규칙 제83조의5의 체계상 소득세법 제104조의3 제2항 과 같은 법 시행규칙 제83조의5 제8호, 제19호는 재촌ㆍ자경을 요건으로 하는 도시지역 외 지역의 농지에 대하여 농지소유자가 법률의 규정이나 그밖에 부득이한 사유로 인해 당해 농지를 경작하지 못하게 된 경우에 예외적으로 비사업용토지에서 배제하는 근거로 삼을 수 있을 뿐, 재촌ㆍ자경여부와 상관없이 농지에 해당하는 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문이 적용되는 농지에는 그대로 적용될 수 없다고 봄이 타당하다

2. 판단

• 가) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 먼저 앞에서 본 바와 같이 이 사건 토지는 2000. 3. 3. 평택 서재치구 토지구획정리사업지역으로 지정 되어 같은 날 평택시 주거지역에 편입됨으로써 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따 른 도시지역에 소재한 농지가 되었으므로 특별한 사정이 없는 한 이 사건 토지는 도시 지역 농지로서 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목이 정한 비사업용 토지에 해당함이 명백하다. 나아가 원고가 이 사건 토지 소재지에 거주한 사실을 인정할 만한 자료가 없는 이 사건에서 이 사건 토지를 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에 의하여 예외적으로 사업용 토지로 볼 여지도 없다.
• 나) 또한 앞에서 본 바와 같이 이 사건 토지는 원고가 취득하기 이전부터 도시지역에 편입된 농지로서 비사업용 토지임이 명백하고, 원고는 이러한 사실을 알고 이를 취득한 것인데, 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후인 2008. 1. 10. 이 사건 토지 에 대한 평택시장의 경작금지통지가 있었다는 점을 들면서 그 무렵부터는 사용의 금지 또는 제한이 있었다고 보아서 소득세법 제104조의3 제8항 에 따라서 이 사건 농지를 양도한 2015. 4, 10.까지는 사업용 토지로 보아야 한다는 원고의 주장은 앞에서 본 법리에 비추어 보면 이를 받아들일 수 없다
• 다) 원고는 이 사건 토지를 취득한 후 토지구획정리사업계획의 변경으로 사용이 금지 또는 제한된 기간이 2010. 5. 21,에서 2012. 5. 20.으로 연장되어 2013. 6 295.에야 비로소 환지 처분이 이루어졌으므로 2010. 5. 21.부터 2013. 6. 25. 전날까지 1,131일(3년 1개월 4일) 기간 동안은 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호 에 따라 도시계획 변경 등 정당한 사유로 비사업용토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 앞선 든 법리에서 살펴본 바와 같이 소득세법 시행규칙 제83조의5 제8호, 제12호는 재촌ㆍ자경을 요건으로 하는 도시지역 외 지역의 농지에 대하여 농지소유자가 법률의 규정이나 그밖에 부득이한 사유로 인해 당해 농지를 경작하지 못하게 된 경우에 예외적으로 비사업용 토지에서 배제하는 근거로 삼을 수 있을 뿐이지 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문이 적용되는 농지인 이 사건 토지에는 적용할 수는 없으므로 이 부분에 대한 원고의 주장도 이유 없다

3. 소결론 따라서 피고가 이 사건 토지에 대하여 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목을 적용하여 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

그렇다면 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이판결한다.