1. 처분의 경위
- 가. 원고는 2011. 11. 30. 주식회사 ○○개발(이하 ‘○○개발’이라 한다)과 일반산업단지 조성공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)에 관하여 다음과 같은 공사도급계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다). 건설공사표준(하)도급계약서
1. 공 사 명: ○○일반산업단지 조성공사
2. 공사장소: 경남 ○○군 ○○면 산 일원
3. 공사기간: 착공 2011. 11. 30. 준공 2013. 11. 30.
4. 계약금액: 000원(부가세 포함) 공사(하)도급계약조건 제14조(대금지급)
① 공사대금의 지급은 계획고 대로 토취 및 소할, 운반을 완료하고 부지가 정지된 때까지의공사금액은 사석 납품으로 대체하기로 하고, 수급인은 도급인에게 대금을 청구할 수 없다(단, 국도77호선 개설공사는 기성에 따라 월 마감하여 청구하면 기성검사 후 도급인의 정기지급 일자에 지불하기로 한다).
② 수급인의 대금청구는 부지가 정지된 후부터 부대공사 월 기성을 마감하여 청구하면 기성검사 후 도급인의 정기지급 일자에 지불하기로 한다. 특별약정서 제9조 산업단지 및 국도 개설공사의 실행 공사비 내역은 약 000억 원을 기준으로하되, 이 중 도급인의 부담 도급공사비 000억 원(부가세 별도)으로 확정하고, 나머지 공사비는 수급인이 사석채취 반출 납품대금으로 대체하기로 하되 수급인의 책임과 비용으로 ◎개발 주식회사 또는 수요처에 납품하여 그 대금으로 공사를 진행 완공하기로 한다. 제10조 수급인은 토석채취허가 물량(000만㎥)의 증가 및 물가변동 등의 어떠한 사유로도공사비 증액을 도급인에게 요구하지 않기로 하고 증가물량이 발생시는 수급인의 책임과 비용으로 반출하기로 한다. 제15조 공사대금의 기성은 계획고 대로 토취 및 소할, 운반을 완료하여 부지가 정지될 때까지 공사금액은 사석 납품으로 대체하기로 하고 수급인은 도급인에게 기성을 청구할 수 없다(단, 국도개설 공사는 기성에 따라 지불하기로 함). 기성의 청구는 부지가 정지된 후부터 부대공사 기성을 월 마감하여 청구하면 그 다음달 도급인의 정기지급 일자에 지불하기로 상호 합의한다.
- 나. 원고와 ○○개발은 여러 차례 이 사건 도급계약의 계약금액 및 공사기간을 변경해 오다가 2015. 9. 25. 이 사건 도급계약의 계약금액을 000,000원으로, 공사기간을 2011. 11. 30.부터 2015. 12. 31.까지로 변경하였다(이하 ‘이 사건 변경계약’이라한다).
- 다. 원고와 ○○개발은 2016. 4. 29. 이 사건 공사계약의 계약금액을 000,000원에서 000,000원을 감액한 000,000원으로 정하는 내용의 정산합의서를 작성하였다(이하 ‘이 사건 정산합의서’라 한다).
- 라. ○○지방국세청장은 2016. 12. 17.부터 2017. 3. 7.까지 원고에 대한 세무조사를실시한 결과, 원고가 2012년 제1기부터 2015년 제2기까지 부가가치세 과세기간에 이사건 공사를 도급받고 그 공사대금 중 부지정지 공사대금은 위 공사에서 채석한 사석을 제3자에게 판매한 금액 00억 원(공급가액)으로 대체하면서 매출을 누락한 것으로보는 한편, 위 금액을 2012년 내지 2015년 사업연도 공사원가로 추인함과 동시에 이사건 공사의 도급공사가액에 포함하여 작업진행률(이 사건 공사의 완료시점을 2015.12. 31.로 봄)을 적용하여 해당 과세기간의 공사수입금액을 재산정한 과세자료를 피고에게 통보하였다.
- 바. 원고는 2017. 7. 26. 위 부가가치세 및 법인세 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였다.
- 사. 피고는 2017. 8. 22. 직권으로 원고에 대한 법인세를 아래 표 4 기재와 같이 감액하는 경정처분을 하였다(이하 ‘이 사건 법인세 처분’이라 한다).
- 아. 조세심판원은 2017. 12. 28. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 4호증, 을 1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 부가가치세 및 법인세 처분의 적법 여부
- 가. 원고의 주장 이 사건 부가가치세 및 법인세 처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.
1. 이 사건 공사 중 부지정지 용역은 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속공급하는 경우로서, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제22조 제3호에 따라 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 보아야 하는데, 원고는 부지가 정지될 때까지 공사대금을 청구할 수 없고, 2015. 12. 31.에도 부지정지 용역의 공급가액이 확정되지 않았으며, 원고는 2016. 2.경 이후에도 이 사건 공사를 계속 진행하고 2016. 4. 29. ○○개발과 이 사건 정산합의서를 작성함으로써 그 공사대금을 확정하였다. 따라서 이 사건 공사 중 부지정지 용역의 공급시기는 공사대금이 확정된 2016.4. 29.이고, 위 시점을 기준으로 부가가치세의 과세표준 및 세액을 산정해야 한다. 그럼에도 피고는 ‘사석의 판매시점’을 부지정지 용역의 공급시기로 보아 2012년 1기부터2015년 2기까지 공급시기를 나누어 이 사건 부가가치세 처분을 하였으므로, 위 처분은 위법하다.
2. ○○개발은 사석 교환거래로 인한 부지정지 용역제공을 부가가치세 과세대상의 거래로 보지 않고 원고에게 세금계산서를 요구하지 않아서 원고가 ○○개발에게 부지정지 용역공사비에 대한 매출세금계산서를 발행하지 않은 것으로, 이는 원고에게 책임을 물을 수 없는 정당한 사유가 있거나 그 발행에 관한 기대가능성이 없는 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 부가가치세 처분 중 매출세금계산서 미발행가산세 부분은 위법하다.
3. 원고가 부지정지 용역제공의 대가로 받은 사석의 판매와 관련하여, 매출누락으로 매출세금계산서 미발행가산세를 부과받았음에도 불구하고, 피고는 원고가 ○○개발로부터 취득한 사석에 대한 매입세금계산서를 수취하지 않았음을 이유로 원고에게 이 사건 법인세 중 적격증빙미수취 가산세를 부과하였는데, 이는 용역의 공급과 재화의 공급이라는 동일거래에 대하여 가산세를 중복으로 부과하는 것이어서 위법하다.
- 나. 관계 법령 별지2 관계 법령 기재와 같다.
- 다. 판단
1. 이 사건 공사 중 부지정지공사 부분의 성격 살피건대 이 사건 공사는 위 인정사실에서 알 수 있는 바와 같이 부지정지공사(공사 계획에 맞게 땅의 높낮이를 정리하는 공사), 국도 개설공사, 부대공사로 구분되어 이루어져 있고, 이에 관한 이 사건 도급계약서의 공사하도급계약조건 제14조, 특별약정서 제9조, 제10조, 제15조에 의하면, 원고는 이 사건 공사장에서 나오는 사석을 채취하여 그 판매대금으로 부지정지 공사대금을 충당하기로 ○○개발과 약정하였음을 알 수 있다. 이와 같은 약정내용 및 대금지급방법 등에 비추어 이 사건 도급계약중 부지정지공사에 관한 부분은 원고가 ○○개발에게 부지정지 용역을 제공하되 그 대가로 ○○개발로부터 사석을 제공받기로 하는 교환거래라고 봄이 타당하다.
2. 부지정지 용역의 공급시기
- 가) 앞서 든 각 증거, 갑 12호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고와 ○○개발은 사석판매대금을 부지정지공사에 따라 채석한 사석의 양과 상관없이 00억 원으로 약정한 점, ② 원고는 ○○개발과 공동 명의로 ○○은행 등에 계좌를 개설하였는데, 2012. 4.경부터 2015. 11.경까지 위 공동계좌로 사석 판매대금을 입금한 점, ③ 원고는 ‘월별 업체 토석대금 청구집계표’를작성하여 ○○개발에게 사석 반출 및 판매 내역을 보고하였고, ○○개발의 승인에 따라 매월 위 공동계좌로 입금된 금액을 원고의 개인 계좌로 이체한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 공사 중 부지정지공사 용역의 제공은 원고가 그 대가로 취득한 사석을 그때마다 제3자에게 판매한 것을 기성으로 봄이 상당하고, 이는 원고가 전체 공정에 대비한 용역의 완성도에 따라 피고에게 기성고를 청구하는 완성도기준지급 조건부계약에해당한다.
- 나) 그렇다면 이 사건 공사 중 부지정지 용역의 공급시기는 부가가치세법시행령 제22조 제2호 에 따라 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때, 즉 ‘원고가 부지정지용역의 제공대가로 채석한 사석을 제3자에게 판매한 시점’이라고 할 것인데, 피고는 위 사석의 판매시점을 부지정지 용역의 공급시기로 보아 원고에게 이 사건 부가가치세 처분을 하였으므로, 위 처분에 원고 주장과 같은 위법사유가 있다고 할 수 없다.
- 다) 또한 이 사건 공사의 완공 시점에 관하여 보건대, 갑 3 내지 7, 10, 11호증, 을 3, 6, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 정산합의서에는 이 사건 공사의 공사기간을 변경한다는 내용이 기재되어 있지 않고, ‘부지정지 계획고 조정 및 토지이용계획 변경 등에 따른 토공사절, 성토 반출수량 증감에 따른 보전액 변경조정 등’을 이유로 공사대금을 최종적으로 정산한다는 내용만 기재되어 있는 점, ② 만일 이 사건 변경계약 이후 공사기간이 연장되어 원고가 이 사건 공사를 계속 수행하였다면 사회통념상 공사대금이 증액되어야 함에도 2016. 4. 29. 작성된 이 사건 정산합의서에는 공사대금이 오히려 7억 8,000만원이나 감액된 점, ③ 현장자금 집행내역서에 의하면, 원고는 2016. 2.경까지 공사를 진행한 것으로 되어 있으나, 이는 이 사건 공사를 완료한 이후 통상적으로 이루어지는 유지보수공사의 일종에 불과한 것으로 보이는 점, ④ 원고가 공정거래위원회 및 ○○군청에 ○○개발의 불공정행위에 대하여 고발한 문서에는 원고가 2015년 말경 이 사건 공사를 완공한 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 부지정지 용역을 포함한 이 사건 공사는 이 사건 변경계약에 명시된 공사기간 종료일인 2015. 12. 31. 완료되어 그 공급가액이 모두 확정되었고, 다만 원고와 ○○개발의 공사대금에 관한 분쟁으로 인하여 2016. 4. 29. 이 사건 정산합의서를 통해 그 금액만 정산되었다고 봄이 상당하다.
- 라) 따라서 이 사건 부지정지 용역의 공급시기가 이 사건 정산합의서의 작성일인 2016. 4. 29.임을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.
3. 이 사건 부가가치세 처분 중 가산세 부분
- 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두7370 판결 등 참조).
- 나) 위 법리에 비추어 살피건대, 원고는 1998년부터 건설업을 영위해 오던 법인으로 매출세금계산서 미발행으로 인한 가산세 부과 여부에 대하여 잘 알고 있었을 것으로 보이는 점, 더구나 원고는 당초 부가가치세를 신고·납부함에 있어 세무대리인의 자문도 거친 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, ○○개발이 원고에게 부지정지 용역공사비에 대한 매출세금계산서의 발행을 요구하지 않았다는 등 원고가 주장하는 사유만으로 원고에게 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
- 다) 따라서 이 사건 부가가치세 처분 중 매출세금계산서 미발행가산세 부분에 관한 원고의 주장은 이유 없다.
4. 이 사건 법인세 중 가산세 부분
- 가) 살피건대 이 사건 공사 중 부지정지공사 부분은 원고가 ○○개발에게 부지정지 용역을 제공하되 그 대가로 ○○개발로부터 사석을 제공받기로 하는 교환거래임은 앞서 본 바와 같은데, 이 사건 부가가치세 처분 중 가산세 부분은 원고가 ○○개발에게 제공한 부지정지 용역공사비에 대한 매출세금계산서를 발행하지 않은 부분에 대한 것이고, 이 사건 법인세 처분 중 가산세 부분은 원고가 ○○개발로부터 제공받은 재화인 사석에 대한 매입세금계산서를 수취하지 않은 부분에 대한 것이어서, 그 가산세의 대상, 목적, 적용법조 등을 달리 하는 별개의 처분에 해당하여, 원고 주장과 같이 동일거래에 대하여 가산세를 중복으로 부과한 것이라고 볼 수 없다.
- 나) 따라서 이 사건 법인세 처분 중 적격증빙미수취 가산세 부분에 관한 원고의 주장도 이유 없다.