심판결정에 따른 증액처분은 불이익변경금지 원칙에 위배됨

사 건 2018구합1757 법인세등부과처분취소 원 고

○○○○ 주식회사 피 고 △△△세무서장 변 론 종 결 2019.07.25. 판 결 선 고 2019.08.29.

1. 피고가 2017. 7. 6. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 법인세 44,518,139원의 부과처분(가산세 포함) 중 37,575,699원을 초과하는 부분, 2018. 10. 1. 원고에 대하여 한 2014년도 귀속 법인세 32,325,490원의 부과처분(가산세 포함) 중 24,672,350원을 초과하는 부분 및 2015년도 귀속 법인세 30,452,940원의 부과처분(가산세 포함)을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 3/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에 대하여 한 ① 2017. 7. 6.자 2012년 귀속 법인세부과처분 4,518,139원 (가산세 포함, 이하 같다) 중 26,562,528원을 초과하는 부분, 2013년 귀속 법인세부과처분 35,937,098원 중 20,666,394원을 초과하는 부분, ② 2018. 10. 1.1)자 2014년 귀속 법인세 32,325,490원 부과처분 중 16,918,990원을 초과하는 부분, 2015년 귀속 법인세부과처분 30,452,940원, ③ 2017. 7. 6.자 2012년 귀속 근로소득세 3,113,610원, 2013년 귀속 근로소득세 5,576,180원, 2014년 귀속 근로소득세 7,095,490원, 2015년 귀속 근로소득세 8,351,720원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2012. 5. 18. 금형 제조업 등을 목적으로 설립한 회사인데, 대표이사 김□□이 기존에 개인사업자로 등록하여 운영하던 ○○○○공업사를 원고로 법인 전환하였고, 김□□의 배우자인 손◇◇이 감사, 아들인 김AA이 원고의 사내이사로 등기되어 있다.
• 나. ××세무서장은 2017. 2. 10.부터 2017. 3. 16.까지 원고에 대한 법인세 등 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하여 원고에게 별지1 기재와 같은 내용을 통보하였고, 이에 대하여 원고가 2017. 4. 27. 과세전적부심사를 청구하자 2017. 6. 15. 별지1 순번 6, 7 임차보증금 35,000,000원 부분을 원고의 자산으로 인정하여 과세표준과 세액을 경정하는 한편 나머지 청구에 관하여는 불채택 결정을 하였다.
• 다. 피고는 위 결과를 통보받고 2017. 7. 6. 원고에 대하여 2012년부터 2015년까지의 사업연도에 관한 법인세 합계 216,713,780원(= 2012년 161,447,480원 + 2013년 43,142,830원 + 2014년 24,672,350원 - 2015년 12,548,880원, 원이하 버림)의 부과처분 및 2012년 귀속 근로소득세 9,340,850원, 2013년 귀속 근로소득세 16,728,550원, 2014년 귀속 근로소득세 21,286,500원, 2015년 귀속 근로소득세 17,108,060원의 각 부과처분(이하 ‘이 사건 근로소득세 부과처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 위 각 부과처분 등에 불복하여 2017. 10. 10. 피고에 대한 이의신청을 거쳐 2018. 4. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 이에 대하여 2018. 9. 12. 아래와 같은 결정(이하 ‘이 사건 심판’이라 한다)을 하였다.

1. 피고가 가공경비로 본 김AA에 대한 인건비 합계 190,676,260원 중 어학연수기간 동안 지급된 급여를 제외한 나머지는 손금산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 소득금액변경통지에서 제외하고,

2. 원고가 사업양수도시 취득한 Oilpan 등 11개 품목의 취득가액은 최종 수출가액인 510,561,535원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 처분청 평가금액 429,296,299원과의 차액 81,265,236원을 소득금액변동통지에서 제외하며,

3. 처분청이 2012년부터 2014년까지 사업연도 기말재고자산 과소계상액으로 산정한 837,545,389원은 익금불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

4. 2012년부터 2015년까지 사업연도 원천징수분 근로소득세 합계 64,463,960원을 각 취소한다.

• 마. 피고는 2018. 10. 1. 조세심판원의 위 결정에 따라 원고에게 다음과 같이 2012년부터 2015년까지 사업연도에 관한 법인세를 감액 내지 증액경정하고(이하 감액경정된 2012년 및 2013년 귀속 각 법인세의 당초 부과처분과 증액경정된 2014년 및 2015년 귀속 각 법인세의 증액경정처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다), 같은 기간에 관한 근로소득세를 감액경정하였다. (단위: 원) 세목 사업연도(귀속)

① 당초처분

② 경정 세액

① -② 변동된 세액 43,001,8250법인세 2012 161,447,480 44,518,130 -116,929,350 2013 43,142,830 35,937,100 -7,205,730 2014 24,672,350 32,325,490 7,653,130 2015 -12,548,880 30,452,940 43,001,820 원천징수분 근로소득세 2012 9,340,850 3,113,610 -6,227,237 2013 16,728,550 5,576,180 -11,152,370 2014 21,286,500 7,095,490 -14,191,001 2015 17,108,060 8,351,720 -8,756,335 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 을 1, 2, 4, 6호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 인정사실

1. 원고 설립 당시 재고자산의 산정 등

• 가) ○○○○공업사는 2011. 12. 26. 주식회사 ◎◎◎◎와 사이에 공급가액 합계386,500유로(580,399,320원)로 정하여 러시아 ☆☆☆ 자동차에 물품(이하 ‘이 사건 물품’이라 한다)을 공급하기로 하는 물품공급계약을 체결하였다가 2012. 1. 31. 위 물품공급계약과 관련하여 공급가액을 합계 354,500유로(510,561,535원)로 변경하는 내용의 변경계약을 체결하였고, 이 사건 물품의 생산을 완료하였다.
• 나) 원고는 2012. 4. 17. ○○○○공업사와 사이에 ○○○○의 사업에 관한 일체의 권리 ․ 의무를 포괄적으로 양수하는 내용의 사업양도 ․ 양수계약(이하 ‘이 사건 사업양 도 ․ 양수계약’이라 한다)을 체결하였는데, 위 계약 내용에는 원고가 2012. 4. 30.을 기준으로 ○○○○공업사의 장부상 자산총액과 부채총액을 인수한다는 내용이 기재되어 있고, 위 양도 ․ 양수 과정에서 제출된 재산목록에는 이 사건 물품의 가액이 580,399,320원으로 기재되어 있다.

2. 손◇◇에 대한 인건비 관련 세무조사 내역 등

• 가) 피고는 이 사건 세무조사 과정에서 2017. 2. 13.부터 2017. 2. 25.까지 기간동안 3회에 걸쳐 원고에게 감사로 등기되어 있는 손◇◇ 등에 대한 2012. 5. 1.부터2015. 12. 31.까지 근태서류 및 업무수행 증빙자료 등의 제출을 요청하였으나, 원고는 2012. 2. 13. 및 2012. 2. 20. 피고에게 ‘이사회 의사록, 감사 등의 업무수행일지, 출장일지, 출퇴근 근거서류를 보관하고 있지 아니하여 제출할 수 없다’는 내용이 기재된 확인서를 제출하였다.
• 나) 손◇◇에 대한 인건비는 원고가 설립된 2012. 5. 이후부터 지급되었는데, 원 고가 2012년부터 2015년까지 각 사업연도에 손금으로 계상한 손◇◇에 대한 인건비 지급내역은 합계 191,187,500원(= 2012년 26,937,500원 + 2013년 44,250,000원 + 2014년 45,000,000원 + 2015년 75,000,000원)이다.
• 다) 원고의 정관 제32조는 감사의 직무와 관련하여 ‘감사는 회사의 회계와 업무를 감사하며 이사가 주주총회에 제출한 의안 및 서류를 조사하여 총회 또는 이사회에출석하여 의견을 진술할 수 있고, 감사실시의 요령과 그 결과를 감사록에 기재하고 그 감사를 실시한 감사가 기명날인하여야 하며, 회의의 목적사항과 소집의 이유를 기재한 서면을 이사회에 제출하여 임시총회의 소집을 청구할 수 있다’고 규정하고 있다.

3. 이 사건 심판의 신청 및 결정 내용

• 가) 원고가 2018. 4. 16. 조세심판원에 심판청구를 제기하면서 제출한 심판청구서 에는 다음과 같은 내용이 포함되어 있다. 신청 취지

1. △△△세무서장이 2017. 7. 3.자로 원고에게 부과처분한 2012년 내지 2015년 귀속 법인세 부과처분은. ① 각 사업연도에 지출한 인건비 합계 381,863,760원을 각 손금에 산입하고, ② 2012년 익금산입하고 대표자에 대한 상여로 소득처분한 재고자산 151,103,022원 중 81,265,556원을 익금산입에서 제외하는 한편, ③ 각 사업연도에 익금산입한 기말재고액 2012년 287,713,814원, 2013년 315,393,301원, 2014년 234,438,274원을 각 익금과 손금에서 제외하여 각 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 이 사건 근로소득세 부과처분은 각 연도에 임직원이 수령한 자가운전보조금 2012년 66,200,000원, 2013년 101,000,000원, 2014년 103,200,000원 2015년 64,574,150원 합계 334,974,190원을 각 비과세소득으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. 신청 원인 위 각 부과처분은 다음과 같이 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 원고의 이사 김AA 및 감사 손◇◇이 실제로 근무하였음에도 불구하고 근무하지 않은 것으로 착오하여 2012년부터 2015년까지의 인건비 지출액 합계 381,863,760원을 손금불산입하여 상여로 소득처분하였다.

2. 원고가 2012. 4. 30. 법인으로 전환하는 과정에서 개인사업장의 기초재고자산을 확정된 공급가액으로 510,561,535원으로 평가하여야함에도 이를 임의로 원가감액평가한 후 151,103,022원을 허위로 과대계상하였다고 보아 동액을 익금산입하여 대표자에 대한 상여로 소득처분하였다.

3. 원고가 각 사업연도에 기말 재고자산을 임의로 과소계상하였다고 보아 이를 매 사업연도에 익금산입하여 유보로 처분하였다.

4. 원고가 근로자들에게 지급한 자가운전보조금을 근로자들에 대한 과세소득으로 판단하여 원천징수 소득세를 부과하였다.

• 나) 이에 대한 조세심판원의 결정 이유는 다음과 같다.

① 손◇◇의 근로 제공 및 경영참여 사실이 확인 되지 아니하므로 손◇◇에 대한 인건비는 손금으로 인정할 수 없으나, 김은 실제로 근무하지 아니하였다고 보기 어려우므로 인건비는 손금에 산입함이 타당하다. 다만 해외어학연수 기간 동안 지급된 인건비는 업무 관련 여부가 확인되지 아니하므로 손금에 산입하지 아니한다.

② 피고가 이 사건 물품의 취득가액을 산정할 수 없는 상황에서 임의로 매출가격환원법을 적용하여 그 가액을 429,296,299원으로 산정한 잘못이 있으므로, 취득가액을 최종수출가액인 510,561,535원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 피고 평가금액과의 차액 81,265,236원은 소득금액변동통지에서 제외함이 타당하다.

③ 원고는 월 합계 세금계산서를 수취하고 있어서 단순히 각 사업연도말 세금계산서상 매입액이 재고상태로 그대로 남아 있다고 추정하기 어려운 점 등에 비추어 피고가 각 해당 연도별 기말재고를 과소계상한 것으로 보아 그 차액을 익금산입하여 법인세를 과세한 잘못이 있다.

④ 원고가 시외출장비와 별도로 시내출장에 소요된 경비를 자가운전보조금명목으로 지급하고, 시내, 시외를 구분하지 않고 모든 출장에 대하여 월 20만 원을 지급하여 출장비 정산에 갈음하는 것은 타당하므로 피고가 원고에게 이 부분 근로소득세를 과세한 잘못이 있다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 3호증의 4, 3호증의 11, 을 8, 9, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 나. 관계 법령 별지2 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 이 사건 법인세 부과처분의 적법여부

1. 원고의 주장

• 가) 피고는, 손◇◇이 원고의 감사로 근무하면서 감사업무 이외에도 회사의 자금을 관리, 집행하는 중요 업무를 겸하였음에도, 손◇◇이 실제로 근무하지 아니하여 해당 인건비를 손금에 산입할 수 없음을 전제로 이 사건 법인세 부과처분을 하였을 뿐만 아니라, 원고가 이 부분 법인세와 관련하여 사기 기타 부정한 행위를 한 사실이 전혀 없음에도 이 부분 법인세에 관하여 부당과소신고가산세를 부과하였다. 따라서 가산세를 포함한 이 부분 법인세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나) 개인사업체인 ○○○○공업사에서 원고로 법인 전환한 당시 원고가 인수한 재고상품에 대한 가액 중 69,837,786원이 누락된 것은 업무상 착오로 인한 것이므로, 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 하지 않은 원고에게 부당과소신고가산세를 부과할 수 없고, 따라서 이에 대한 부당과소신고가산세와 단순가산세의 차액 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 다) 조세심판원의 이 사건 심판에 관한 2018. 9. 12.자 결정 중 원고에 대한 2014년 및 2015년 귀속 법인세에 관한 부분은 국세기본법 제79조 제2항 의 불이익변경금지원칙에 위배된 당연 무효의 결정이고, 위 결정의 취지에 따라 피고가 2018. 10. 1. 원고에 대하여 2014년 및 2015년 귀속 법인세를 각 증액경정 ․ 고지하였으므로 위 처분 중 이 사건 당초처분 금액을 초과하는 부분은 불이익변경금지원칙에 위배되어 당연무효이다.

2. 손◇◇의 인건비 및 관련 가산세 주장에 관한 판단

• 가) 손◇◇의 원고에 대한 근로 제공 여부

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 증명의 난이도나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결, 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조). 한편 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제2항은 손금으로 인정되는 ‘손비’를 ‘이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것’으로 규정하면서, 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 이에 따라 구 법인세법 시행령(2016. 1. 22. 대통령령 제26922호로 개정되기 전의 것) 제19조 제3호는 인건비를 손비로 규정하고 있다. 즉 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 되지만, 이러한 보수는 어디까지나 직무집행의 대가로 지급하는 것이므로 임원의 보수가 손금에 산입되기 위해서는 원고의 임원이 실제로 업무를 수행하였다는 사실이 증명되어야 하는바, 이는 원고에게 유리한 사정인 점, 손◇◇의 근무와 관련한 내역은 원고의 지배영역 내에 있는 점 등에 비추어 이를 원고가 증명함이 상당하다.

(2) 살피건대, 앞서 인정한 사실과 위 각 증거, 을 10호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 갑 3호증의 기재 및 영상, 증인 김CC의 증언만으로는 손◇◇이 감사 등의 업무를 수행하는 등으로 원고에게 근로를 제공하고, 그 대가로 인건비를 지급받은 것으로 인정할 수 없고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고가 이 부분 인건비를 원고의 손금으로 인정하지 아니한 것을 위법하다고 볼 수 없다.

① 원고의 정관에 의하면, 감사는 회사의 회계와 업무를 감사하고, 총회 또는 이사회에서 의견을 진술하는 등의 직무를 담당한다고 기재되어 있는데, 원고는 손◇◇이 담당한 구체적 업무에 관하여 감사 업무 이외에도 은행업무 등 회사의 자금에 관한 관리 및 집행을 하였다고 주장하고 있을 뿐이고, 이 사건 세무조사 과정에서 이사회의사록, 감사 등의 업무수행일지, 출장일지, 출퇴근 근거서류를 보관하고 있지 아니하여 제출할 수 없다는 내용이 기재된 확인서를 제출하면서 관련 자료를 제출하지 아니하였다.

② 원고는 감사 손◇◇의 인장이 날인된 2015. 3. 31. 감사직 중임승낙서, 위 중임승낙 의안 등이 기재된 2015. 3. 31. 정기주주총회의사록, 2015. 12. 9. 지점설치안건에 대한 가결 내역이 기재되어 있는 이사회 의사록 및 손◇◇이 은행업무를 담당하였다는 내용이 기재된 은행직원의 확인서 등을 제출하였을 뿐 손◇◇의 구체적 업무와 관련한 객관적인 자료를 제출하지 아니하였다. 이에 대하여 원고는 영세규모의 중소기업이므로 관련 자료를 모두 작성할 수는 없다는 취지로 주장하나, 손◇◇은 원고 설립 이후로 계속하여 장기간 감사로 등기되어 있는 점, 원고가 주장하는 손◇◇의 담당 업무가 감사 업무를 포함한 재무이사의 업무에까지 이르는 점 등에 비추어 보면, 그 업무과정에서 작성된 객관적인 자료가 전혀 존재하지 아니하는 것은 쉽사리 납득하기 어렵다.

③ 이 사건 심판절차에서 손◇◇에 대한 2012년부터 2015년까지의 일부 출근부가 제출되었고, 위 출근부에는 손◇◇이 위 기간 동안 출근한 내역이 표시되어 있으나, 손◇◇의 출근부는 회사의 직원이 대신하여 작성한 것으로 손◇◇이 해외에 출국한 후 입국하기 전 시점에 이미 출근하였다는 기재가 포함되어 있는 점 등 그 내용이나 형식, 제출시기 등에 비추어 사실과 달리 작성되었을 가능성을 배제할 수 없을 뿐만 아니라, 구체적인 업무 수행과 관련한 객관적인 자료가 제출되지 않은 이상 위 출근부의 기재만으로 원고가 감사 등 업무를 수행하였음을 인정하기 어렵다.

④ 원고는 김□□이 ○○○○공업사를 운영한 당시부터 손◇◇이 동일한 업무를 수행하여 왔고, 원고 설립 이후에는 별도로 감사실을 설치하여 계속하여 근무하면서 관련 업무를 처리하였다고 주장하나, 원고 설립 이전에 손◇◇의 인건비를 필요경비에 산입한 사실이 없고, 이 사건 세무조사 당시 원고가 주장하는 감사실은 숙직실로 이용되고 있는 것으로 조사되었으며, 이 사건 심판 절차에서 손◇◇은 다수의 건물을 임대하는 부동산 임대업을 영위하고 있는 것으로 확인되기도 하였다.

• 나) 부당과소신고가산세 대상 여부

(1) 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제47조의3 제2항은 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 ‘부정행위’로 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 ‘과소신소’라 한다)한 경우에는 과소신고납부액의 100분의 40에 상당하는 금액 등을 가산세로 한다는 취지로 규정하고 있다. 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1항, 구 국세기본법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26946호로 개정되기 전의 것) 제12조의2 제1항에 의하면, 여기서 ‘부정행위’는 구 조세범처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것) 제3조 제6항에 규정된 행위로서 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐, 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작, 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작, 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위이다.

(2) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 장기간 감사 등의 업무수행이나 근로를 제공하지 않은 손◇◇에 대하여 허위의 근로소득지급명세서를 작성하여 그 근로소득지급명세서에 기재된 금액을 지출하였는바, 이와 같은 원고의 행위로 인하여 피고는 손◇◇에 대한 급여 지급을 정상적인 비용 지출로 인식하게 되었다고 판단된다. 따라서 이러한 원고의 행위는 ‘국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위’에 해당하고, 그 행위가 수년간 반복적으로 이루어진 점에서 원고에게 국가조세 수입을 감소시킨다는 인식이 있었을 뿐만 아니라 그 행위는 조세포탈의 목적에서 비롯된 것이라고 할 수 있다. 따라서 이 사건 법인세부과처분을 하면서 손◇◇에 대한 인건비 지급액을 손금부인하는 한편 부당과소신고 가산세를 부과한 것은 적법하다.

• 다) 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 재고상품에 대한 부당과소신고가산세 주장에 관한 판단

• 가) 위 관계 규정의 내용과 취지에 비추어 보면, 부정과소신고의 경우에 가산세를 중과하는 이유는 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 경우에는 조세의 부과와 징수가 불가능하거나 현저히 곤란하므로 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 부정행위에 의하지 아니한 일반과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하는 제재를 가하려는 것으로 이해된다. 따라서 부정행위라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않고, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결, 대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, 앞서 인정한 사실과 위 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 2012년 귀속 법인세 신고시 이 사건 물품에 관한 공급가액 변경금액을 반영하지 아니하고 신고하였다고 하더라도, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고 한 것이라고 보기는 어렵다. 따라서 원고에 대해서는 구 국세기본법 제47조의3 제2항 의 부당과소신고가산세가 아닌 같은 조 제1항의 일반과소신고가산세가 부과되어야 할 것이므로, 이 부분 처분의 가산세 중 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세가 부과되었을 경우의 금액을 초과하는 부분은 위법하다.

① 이 사건 물품의 애초 계약금액이나 변경계약금액은 실제 계약금액으로서 허위가 전혀 없고, 변경계약금액은 나중에 구매자의 사정에 따라 부득이 할인해 준 금액으로 보인다.

② 원고가 ○○○○공업사로부터 이 사건 사업양도 ․ 양수계약에 따라 위 계약 당시 양수 받은 자산의 총계는 이 사건 물품을 반영하지 않더라도 5,159,185,595원 상당인바, 위 자산 내역과 관련하여 위 물품 가액 이외에 나머지 가액 산정에 오류가 있음을 인정할 자료가 없고, 위 물품의 애초 계약금액과 변경계약금액의 차이는 69,837,786원 정도로서 양수자산 총액에 비하여 그다지 크지 않다.

③ 원고가 법인세 신고 과정에서 조세를 포탈하기 위하여 다른 재고자산들과 별도로 이 사건 물품에 관한 부분만을 허위 기재하였다고 볼 만한 특별한 사정이 인정되지 아니할 뿐만 아니라, 이 사건 물품에 관한 법인세 신고 과정에서 변경계약에 따른 가액을 반영하지 아니하고 신고한 이외에 별도의 적극적 은닉의도가 드러나는 부정한 행위를 하였다고 보이지 않는다.

④ 원고가 위와 같은 변경내역을 신고하지 않음으로 인하여 과세관청이 이와 관련한 법인세 포탈 내역을 파악하기 어려웠던 사정은 인정되나, 이 부분 신고가 1회에 한정된 점, 이 사건 사업양도 ․ 양수계약 과정에서 다수의 자산에 관한 양도 절차를 진행하면서 변경된 계약을 반영하지 못하였을 가능성도 배제할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고의 행위는 단순한 허위의 신고에 그치는 것으로 보인다.

• 다) 이에 따라 2012년 귀속 법인세에 관하여 부당과소신고가산세(40%)가 아닌 일반과소신고가산세(10%)를 적용할 경우 원고에 대한 정당한 세액을 계산하면, 별지 3세액계산표 기재와 같이 37,575,699원이다. 따라서 이 부분 처분 중 37,575,699원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 불이익변경금지원칙 위반 주장에 관한 판단 가) 국세기본법 제79조 제2항 은 조세심판관회의 또는 조세심판관 합동회의는 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 하여 불이익변경금지원칙을 규정하고 있다. 위와 같은 불이익변경금지 원칙을 위반하여 당초 조세 부과처분 액수보다 증액하여 한 조세 부과처분 중 당초 처분액수를 초과하는 부분은 당연 무효에 해당하고, 기간과세로서 과세기간이 달라지면 과세단위도 달라지는 법인세의 경우, 수개의 사업연도에 대한 심판청구가 있었다고 하여도 그 불이익 여부는 수개의 사업연도에 대한 법인세 전체세액을 기준으로 따질 것이 아니라, 각 사업연도의 부과처분액을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2004. 12. 9. 선고 2003두278 판결 참조).

• 나) 살피건대, 조세심판원의 이 사건 심판에 관한 결정주문에 ‘처분청이 2012년부터 2014년까지 사업연도 기말재고자산 과소계상액으로 산정한 837,545,389원은 익금불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다’는 내용이 기재되어 있음은 앞서 본 바와 같고, 위 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 2017. 7. 6. 원고에 대하여 2012년부터 2015년까지의 사업연도에 관한 법인세에 관하여 합계 216,713,780원(= 2012년 161,447,480원 + 2013년 43,142,830원 + 2014년 24,672,350원 - 2015년 12,548,880원)의 부과처분(이하, ‘당초 처분’이라 한다)을 하였다가 이 사건 심판의 결정에 따라 과세표준를 경정하여 2018. 10. 1. 2014년 귀속 법인세에 관하여는 7,653,130원을, 2015년 귀속 법인세에 관하여는 30,452,940원(기존 -12,548,880원으로 산정하였다가 43,001,820원을 추가하였다)을 증액 ․ 추가하고, 2012년 및 2013년 귀속 법인세에 관하여는 당초 처분의 부과액에 대한 감액처분(이하, ‘후속 처분’이라 한다)을 한 사실을 인정할 수 있으며, 달리 피고가 후속 처분 당시에 이 사건 심판 결정과 무관하게 새로운 조사로서의 실질을 갖춘 조사에 기초하여 2014년 및 2015년 귀속 법인세를 증액한 것이라고 볼 만한 객관적 증거도 발견할 수 없다. 결국 위 후속 처분에 따라 2012년부터 2015년까지 귀속 법인세 부과처분 합계액이 당초 처분액보다 감액되었다고 하더라도 2014년 및 2015년 귀속 법인세 부분의 부과처분액을 기준으로 볼 때, 당초 처분액보다 원고에게 불이익하게 증액되었으므로, 위 증액 부분은 국세기본법 제79조 제2항 에서 정한 불이익변경금지 원칙에 위배되어 무효이다.
• 다) 따라서 피고가 2018. 10. 1. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 법인세 32,325,490원의 부과처분 중 24,672,350원을 초과하는 부분 및 2015년 귀속 법인세 30,452,940원의 부과처분은 당연 무효이다. 다만, 원고는 2014년 귀속 법인세 32,325,490원 부과처분 중 16,918,990원을 초과하는 부분, 2015년 귀속 법인세 부과처분 30,452,940원의 각 취소를 구하고 있는데, 원고의 위 각 취소 청구에는 무효를 선언하는 의미의 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다고 할 것이므로, 원고의 청구를 위 인정범위 내에서 받아들여 이 부분 법인세 부과처분을 각 취소한다.
• 라. 이 사건 근로소득세 부과처분의 적법여부

1. 원고의 주장

• 가) 원고는 야근을 하는 직원들에게 월 10만 원의 별도 식대를 지급하였고, 이는 소득세법 제12조 제3호 러목, 소득세법시행령 제17조 의 2 제2호에 규정된 식사 기타 음식물을 제공받지 아니하는 근로자가 받는 월 10만 원 이하의 식사대에 해당하는 금원으로 비과세소득에 해당한다. 따라서 이에 대하여 과세처분을 한 이 사건 근로소득세 부과처분은 위법하다.
• 나) 조세심판원이 이 사건 근로소득세 부과처분에 전부 관하여 취소를 명하였음에도 피고는 위 부과처분을 하였으므로, 이는 조세심판결정의 기속력에 반하여 위법하다.

2. 식사대 비과세 주장에 관한 판단

• 가) 과세대상이 되는 근로소득에 해당하는지 여부는 그 지급된 금원의 명목이 아니라 성질에 따라 결정되어야 할 것으로서 그 금원의 지급이 근로의 대가가 될 때는물론이고 어느 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 규칙적으로 지급되는 것이라면 과세의 대상이 되는 것이다(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결 등 참조). 한편 구 소득세법(2016. 1. 19. 법률 제13797호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제12조 제3호 러목, 구 소득세법시행령(2016. 1. 22. 대통령령 제26922호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법시행령’이라 한다) 제17조의2 제2호의 규정에 의하면, 음식물을 제공받지 아니하는 근로자가 지급받는 10만 원이하의 식사대는 비과세소득에 해당하여 소득세를 과세하지 아니한다.
• 나) 살피건대, 위 각 증거, 을 12, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고의 구내식당 운영자인 안DD은 원고와 사이에 운영시간을 12:00부터 20:00까지로 정하여 원고 직원들에게 식사당 3,000원의 식사를 제공하기로 약정하고, 위 약정에 따라 구내식당을 운영한 점, ② 원고는 안DD에게 위 구내식당에서 직원들에게 제공한 식사대 2012년 45,292,500원, 2013년 70,194,500원, 2014년 85,073,500원 합계 273,719,500원을 지급하였는데, 위 각 금원은 원고 근로자의 평일 점심식사 내역을 반영한 금원보다 고액인 점(원고는 2013년 기준으로 12,574,000원이 추가 지급되었다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 위 금원에 야식과 공휴일 식사는 포함되어 있지 않다고 주장하고 있다), ③ 구 소득세법시행령 제17조 의 2 제1항이 사내급식 등으로 제공하는 식사 기타 음식물을 제공받지 아니하는 근로자가 받은 월 10만 원 이하의 식사대를 비과세 식사대로 규정하고 있음은 앞서 본 바와 같은바, 근로자가 식사 등 음식물을 현물로 제공받지 아니하는 경우에 한하여 월 10만 원에 한정하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있는 점, ④ 원고가 지급하였다는 식비의 액수, 지급시기, 지급방법 등에 관하여 별다른 기준이 없고, 추가 식사의 빈도 등에 대한 고려 없이 지급되었으며, 원고 스스로 비용처리상의 편의 또는 직원들 사이에 형평성을 고려하여 매월 일률적으로 이를 지급하였다는 취지로 주장하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 지급하였다는 월 10만원의 식비는 실질적으로 근로 제공의 대가에 해당하거나 아니면 적어도 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루면서 규칙적으로 지급된 것으로 과세대상인 근로소득에 해당하여 보수월액에 합산하여야 한다고 봄이 상당하다.
• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 재결의 기속력 위반 주장에 관한 판단

• 가) 구 국세기본법 제79조 제1조는 조세심판관회의 등은 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다고 규정하고 있고, 같은 법 제80조는 조세심판원의 결정은 관계 행정청을 기속한다고 규정하고 있다. 한편 재결의 기속력은 재결의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분 등의 구체적 위법사유에 관한 판단에만 미친다(대법원 1998. 2. 27. 선고 96누13972 판결, 대법원 2005. 12. 9. 선고2003두7705 판결 등 참조).
• 나) 살피건대 이 사건 심판 중 이 부분에 관한 주문은 2012년부터 2015년까지 사업연도 원천징수분 근로소득세 중 자가운전보조비 및 식사대에 관한 근로소득세 부과처분을 모두 포함한 액수인 합계 64,463,960원을 각 취소하는 내용임은 앞서 본 바와 같으나, 위 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면 이 사건 심판의 효력은 자가운전보조비에 관한 근로소득세 부과처분에 관한 취소에 관하여만 미칠 뿐 식사대에 관한 근로소득세 부과처분에는 미치지 않는다고 봄이 상당하고, 따라서 피고가 위 심판의 취지에 따라 자가운전보조비에 관한 부분만을 근로소득세 부과처분의 과세대상에서 제외하여 경정처분을 한 이상 위와 같은 경정처분이 재결의 기속력에 위반한 처분이라고 볼 수 없다.

① 원고는 이 사건 심판 청구 당시 이 부분 청구와 관련하여 신청취지에 ‘이 사건 근로소득세 부과처분은 각 연도에 임직원이 수령한 자가운전보조금 2012년 66,200,000원, 2013년 101,000,000원, 2014년 103,200,000원 2015년 64,574,150원 합계 334,974,190원을 각 비과세소득으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다’고 기재하였고, 신청이유에도 식사대 부분에 관하여는 언급하지 아니한 채 자가운전보조금 부분만을 적시하였을 뿐이므로 식사대 부분과 관련하여서는 심판청구의 대상이 된 처분으로 보기 어렵다.

② 이 사건 재결서의 이유에도 자가운전보조금 부분이 위법하다는 내용으로 기재되어 있을 뿐 식사대 부분에 관하여는 아무런 내용도 기재되어 있지 않다.

③ 재결의 기속력은 재결의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분 등의 구체적 위법사유에 관한 판단에만 미치고 종전 처분이 재결에 의하여 취소되었다 하더라도 종전 처분시와는 다른 사유를 들어서 처분을 하는 것은 기속력에 저촉되지 않는데(대법원 2001. 9. 14. 선고 99두3324 판결 참조), 이 사건 심판에 관한 결정문에는 식사대와 관련한 부분은 그 위법사유가 특정되어 있지 않다.

④ 위와 같이 원고는 이 사건 심판에 관하여 그 신청 시부터 일관하여 자가운전보조금 부분만을 다투면서 그 내역을 반영한 경정처분을 청구하였고, 이 사건 심판의 결정이유에도 위 부분의 내역만 기재되어 있는 점에 비추어, 이 사건 심판의 주문은 이 부분 처분의 전부가 자가운전보조금에 관한 것이라고 잘못 판단하여 그에 따라 기재된 것으로 보인다.

• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.