국내 미등록 특허권 사용료 지급은 국내원천소득이 아님

사 건 부산지방법원2017구합24319 경정거부처분취소 원 고 신00 주식회사 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2019. 10. 11. 판 결 선 고

2019. 12. 13.

1. 피고가 2017. 4. 7. 원고에 대하여 한 별지 1 ‘경정거부처분 목록’ 기재 각 경정거부처분을 모두 취소한다..

청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 당사자의 지위 원고는 유전공학적 기법을 이용한 신기술, 신제품의 연구개발 및 제조, 판매업 등을 목적으로 2006. 3. 23. 국내에 설립된 법인이고, aaa, Inc.(구 bbb. Inc., 이하 “ccc바이오”라 한다)는 미국법에 따라 설립된 미국법인으로 3세대 항암 치료제 ddd에 관한 특허권을 보유하고 있는 회사로서 원고가 100% 주식을 보유하고 있는 원고의 자회사이다.
• 나. 원고와 ccc바이오 사이의 배타적 라이센스 계약 체결 및 법인세 신고․납부

1. 원고는 2014. 11 21. ccc바이오와 사이에 원고가 ccc바이오로부터 별지 2 ‘제1계약 대상 특허 목록’ 기재와 같이 미국, 일본, 사이프러스, 캐나다, 호주에 등록 또는 출원된 특허를 독점적으로 이용하여 유럽, 중국, 한국을 제외한 전 세계에서 ddd을 생산 및 판매할 수 있는 권리를 취득하는 대가로 별지 3 ‘지불약정내역’ 기재와 같이 ccc바이오에게 착수금 5,000,000미국달러(이하 ‘달러’라고만 한다)와 단계별 과업의 진행경과에 따라서 총 50,000,000달러를 지급하고, 시판 후 순 매출총액의 18% 내지 23%의 로열티를 ccc바이오에 지급하는 것을 내용으로 하는 배타적 라이센스 계약(이하 ‘이 사건 제1계약’이라 한다)을 체결하였다.

2. 원고는 이 사건 제1계약에 따라 ccc바이오에게 아래 표 기재와 같이 각 사용대가 지급일에 사용대가(이하 ‘이 사건 제1계약 사용료’라 한다)를 각 지급하였고, 지급된 사용대가에 대한 법인세를 원천징수하여 피고에게 각 법인세 납부일에 신고․납부하였다.

• 표 생략 -

• 다. 원고와 ccc바이오 사이의 자산양수도 계약 체결 및 법인세 신고․납부

1. ccc바이오는 ① 2006. 10.경 주식회사 eee(이하 ‘eee’라고만 한다)에게 한국에서 간암을 대상적응증으로 하는 ddd 기술에 관하여 ddd을 개발 및 판매하거나 ddd 관련 기술, 특허를 실시할 수 있는 권리를 부여하는 특허권 라이센스 계약을 체결하였고, ② 2019. 11.경 ffff에게 중국, 홍콩, 마카오에서 간암, 대장암, 신장암(기타 적응증우선권 보유)을 대상적응증으로 하는 ddd 기술에 관하여 ddd을 개발 및 판매하거나 ddd 관련 기술, 특허를 실시할 수 있는 권리를 부여하는 특허권 라이센스 계약을 체결하였다.

2. 원고는 2015. 4. 29. ccc바이오로부터 위와 같이 eee와 ffff 사이에 체결한 특허권 라이센스 계약상의 지위를 이전받는 자산양수도 계약(이하 ‘이 사건 제2계약’이라 한다)을 ccc바이오와 체결하였는데, 이 사건 제2계약에서 원고는 ccc바이오로부터 별지 4 ‘제2계약 대상 특허 목록’ 기재의 한국 및 중국(홍콩, 마카오를 포함한다, 이하 같다)에서의 ddd 관련 등록 또는 출원 중에 있는 특허를 양도받고, 그 대가로 ccc바이오에게 총 16,525,212달러(= 중국지역에 대한 대가 11,335,050달러 + 한국지역에 대한 대가 5,190,162달러)를 4차례에 걸쳐 지급하기로 약정하였다.

3. 원고는 이 사건 제2계약에 따라 ccc바이오에게 아래 표 기재와 같이 각 사용대가 지급일에 사용대가(이하 ‘이 사건 제2계약 사용료’라 한다)를 지급하였고, 지급된 사용대가에 대한 법인세를 원천징수하여 피고에게 각 법인세 납부일에 신고․납부하였다.

• 표 생략 -

• 라. 원고의 법인세 경정청구 및 이에 대한 피고의 거부처분

1. 원고는 2017. 2. 9. 이 사건 제1계약 및 이 사건 제2계약(이하 ‘이 사건 각계약’이라 한다)에 따라 ccc바이오에게 지급한 사용료는 국내 미등록 특허권에 대한 사용대가로 원천징수의 대상이 아니라는 취지로 아래 표 기재와 같이 이미 신고․납부한 사용료소득에 대한 원천세에 대하여 감액경정 및 환급을 구하는 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다).

2. 피고는 2017. 4. 7. 이 사건 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사 건 거부처분’이라 한다)

• 표 생략 -

• 마. 원고의 조세심판청구 원고는 2017. 5. 17. 이 사건 거부처분에 대하여 조세심판원에 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2017. 9. 13. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제6호증의 기재, 을 제5호증, 을 제6 호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한·미 조세협약’이라고만 한다)의 해석상 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 사용대가는 외국법인의 국내원천소득에 해당하지 않는바, 이 사건 제1계약은 유럽, 중국 및 한국을 제외한 나머지 전 세계에서 원고가 관련 특허권을 사용할 수 있도록 하는 내용의 계약으로 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 사용대가로 ccc바이오의 국내원천소득이 아님이 명백하므로, 이 사건처분 중 이 사건 제1계약 사용료에 관하여 원고가 납부한 법인세 2,555,639,998원에 대한 경정청구를 거부한 것은 위법하다.

2. 이 사건 제2계약 사용료 합계 10,290,724,013원 중 국내에서의 사용대가가 3,232,341,533원이고, 이 사건 제2계약의 양수도대상이 된 21건의 특허권 및 특허출원권 중 국내에 등록 또는 출원된 특허권은 9건, 그 중 이 사건 제2계약 체결 당시 국내에 등록되어 있었던 특허권은 1건에 불과하므로, 한국지역에 대한 사용대가 중 국내등록 특허에 대한 대가 359,149,059원(= 3,232,341,533원 × 1건/9건, 원 미만 버림, 이하 같다)만이 국내원천소득에 해당한다. 그렇다면 이 사건 처분 중 이 사건 제2계약 사용료 중 국내 등록 특허에 대한 사용료에 해당하는 원천징수액 53,872,358원(= 359,149,059원 × 15%)을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 따라서 이 사건 처분 중 국내 등록 특허에 대한 사용료에 해당하는 원천징수액 53,872,358원을 초과하는 나머지 부분은 위법하여 모두 취소되어야 한다.

• 나. 피고의 주장

1. 2008. 12. 26. 개정된 법인세법 제93조 제9호 는 ‘특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.’라고 규정함으로써 법인세법상의 ‘사용’의 개념을 구체화하여 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가에 대하여 과세할 수 없는 문제점을 입법적으 로 보완하였다.

2. 원고는 국내에서 특허 관련기술을 발전시키거나, 제조방법, 응용제품 개발등을 위해 사용하고 있으며, ddd 국내 임상을 진행 중에 있고, 이와 관련하여 정부보조금을 수령하는 등 ddd 특허의 실질적인 개발자로서의 지위를 획득하여 특허를 국내에서 사용하고 있으므로, 이 사건 제1, 2계약 사용료는 이 사건 각 계약의 대상이 된 특허가 국내에 등록되었는지 여부에 관계없이 국내원천소득에 해당한다.

3. 설령 한․미 조세협약에 따라 국외에 등록되었으나 국내에 등록되지 않은 발명에 관한 특허권에 대한 사용료를 국내원천소득으로 볼 수 없다고 하더라도, 이 사건 각 계약의 대상이 된 특허권 중 이 사건 각 계약에 따른 대금 지급일을 기준으로 ① 국외에 등록된 특허라고 하더라도 국내에 동일한 발명에 관한 특허가 등록되어 있는 경우에는 해당 발명을 국내에서 사용할 경우의 사용료는 국내 원천소득에 해당하고, ② 어느 국가에도 등록되지 아니한 출원 중인 발명은 특허권이 아닌 법인세법 제93조 제8호 가목의 ‘특허권 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리’에 해당하여 특허권에 관한 속지주의가 적용되지 않아 국내에서 당해 특허가 사용되는 경우 국내 원천소득에 해당한다고 보아야 하는데, 원고는 이 사건 각 계약의 대상인 등록 또는 출원된 특허를 사용하여 국내에서 ddd을 연구·개발하였으므로, 이 사건 각 사용료 중 외국에 등록되었으나 동일한 발명이 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 사용료만 국내원천소득에서 제외되어야 한다.

• 가. 관계 법령 별지 5 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 나. 판단

1. 관련 규정 및 법리

• 가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하‘구 법인세’라 한다) 제2조 제1항 제2호는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고, 제2조 제5항, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다.
• 나) 구 법인세법 제93조 는 ‘외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.’라고 하면서, 제8호에서 ‘다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리․자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에 서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.‘라고 규정하고 있다.
• 다) 한편 ‘한·미 조세협약’ 제14조 제4항에서는 ‘본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.‘라고 규정하면서 제a호에서 ’문학ㆍ예술ㆍ과학작품의 저작권 또는 영화필름․라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금‘을 규정하고, 제6조에서는 ’이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.‘라고 하면서 제3항에서 ’제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.‘라고 규정하고 있다.
• 라) 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조는 ‘비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.’라고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한·미 조세협약의 문맥과 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한·미 조세협약제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점 적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한·미 조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 7. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조).이와 같은 법리는 해당 특허권이 국내에 등록되어 있지 않는 이상 미국 이외의 국가에 기록된 경우에도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다.

2. 구체적 판단 위와 같은 법리를 토대로 앞에서 본 증거와 사실관계에 변론 전체의 취지를 더하여 이 사건에 관하여 살펴본다.

• 가) 이 사건 제1계약은 원고가 국내 아닌 미국, 일본, 사이프러스, 캐나다, 호주에 출원 또는 등록된 특허를 독점적으로 이용하여 유럽, 중국, 한국을 제외한 전세계에서 ddd을 생산 및 판매할 수 있는 권리를 취득하는 것을 내용으로 하는바, 등록된 특허권은 속지주의 원칙에 따라 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 특허실시에 관한 권리를 가지므로, 설령 그와 동일한 발명이 국내에 등록 또는 출원되었다고 하더라도, 이 사건 제1계약은 외국에 등록 또는 출원된 특허에 관한 것임은 앞에서 본 바와 같다. 따라서 원고가 사실상 국내에서 위 특허 등을 사용하여 ddd 연구․개발을 진행하였는지 여부를 불문하고, 이 사건 제1계약에 따른 대가는 원천징수대상인 국내원천소득에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.
• 나) 이 사건 제2계약은 원고가 한국 및 중국에서의 ddd 관련 등록 또는 출원 중에 있는 특허를 양도받는 것을 내용으로 하는바, 이 사건 제2계약의 대상이 된 특허 중 중국에 등록 또는 출원된 특허는 중국 내에서만 특허실시에 관한 권리를 가지므로, 설령 동일한 발명이 국내에 등록 또는 출원되었다고 하더라도 이 사건 제1계약 사용료와 마찬가지로 이 사건 제2계약 사용료 중 중국에 등록 또는 출원된 특허에 대한 사용료는 원천징수대상인 국내원천소득에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.
• 다) 또한 이 사건 제2계약의 대상이 된 국내에 등록 또는 출원된 특허 중 별지 4 ‘제2계약 대상 특허 목록’ 순번 1번 기재 특허만이 유일하게 이 사건 제2계약 체결 이전인 2012. 7. 27. 국내에 등록되었으므로, 위 특허에 대한 사용료만이 국내원천소득이 되는 사용료에 해당한다고 보아야 한다[피고는 이 사건 제2계약의 대상인 특허권은 전부 이 사건 제2계약 체결 이전인 PCT 국제출원일에 국내에 출원된 것으로 간주되었고 국내에 특허등록까지 완료되었으므로 ccc바이오의 국내원천소득에 해당한다고 주장하나, 갑 제6호증(가지번호 포함)의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 별지 4 ‘제2계약 대상 특허 목록’ 순번 1번 기재 특허만이 이 사건 제2계약 체결 전인 2012. 7. 27. 국내에 등록되었고, 나머지 별지 4 ‘제2계약 대상 특허 목록’ 순번 2번 내지 9번 기재 각 특허는 국내에 등록되지 않았거나, 원고가 ccc바이오에게 이 사건 제2계약 사용료를 지급한 이후에 국내에 등록된 사실을 인정할 수 있다].
• 라) 나아가 피고는 어느 나라에도 등록되지 않은 출원 중인 특허의 경우에는 등록된 특허와는 달리 법인세법 제93조 제8호 가목의 ‘특허권 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리’에 해당하여 특허권에 관한 속지주의가 적용되지 않음을 전제로 위와 같은 특허가 사실상 국내에서 사용될 경우에는 국내원천소득에 해당한다고 주장하나, 어느 나라에도 등록되지 않은 특허라도 국내에 등록되지 않은 이상 국내에서의 사용의 개념을 상정할 수 없는 것은 마찬가지일 뿐 아니라, 피고의 주장과 같이 등록된 특허권은 속지주의 원칙에 따라 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 특허실시에 관한 권리를 갖는다고 보는 반면, 등록되지 않은 권리는 미등록 상태라는 이유로 권리 행사의 범위를 국내까지 확장한다면, 미성숙한 권리에 대한 보호를 오히려 더 강화하는 모순된 결과를 가져오게 되어 부당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 받아들이기 어렵다.

3. 소결론

• 가) 그렇다면, 이 사건 제2계약의 대상인 별지 4 ‘제2계약 대상 특허 목록’순번 1번 기재 특허에 대한 사용료만이 ccc바이오의 국내원천소득에 해당한다고보아야 하는바, 이 사건 거부처분 중 위 순번 1번 기재 특허의 사용료에 해당하는 원천징수액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나) 나아가 이 사건 처분 중 취소하여야 할 범위에 관하여 보면, 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 과세금액의 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아닌바(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조), 이 사건 제2계약은 그 대상이 된 특허 전체의 가액만을 정하였을 뿐 개개 특허권에 대한 가액을 특정하지 않았고, 이 사건 변론에서 나타난 자료만으로는 별지 4 ‘제2계약 대상 특허 목록’ 순번 1번 기재 특허에 해당하는 가액을 산출할 수도 없으므로, 이 사건 처분 전부를 취소하기로 한다[원고는 이 사건 소장의 청구취지에서는 이 사건 처분의 전부 취소를 구하면서도 청구원인에서는 별지 4 ‘제2계약 대상 특허 목록’ 순번 1번의 특허에 해당하는 가액을 임의로 산정하여 그 해당 부분을 초과하는 세액 부분에 한하여 취소를 구한다는 취지로 주장하고 있는데, 이는 원고의 위와 같은 특허 가액 계산 방법이 정당한 것임을 전제로 하나, 그와 같은 방법이 적절한 것인지 여부에 대하여 명확하지 않아서 이를 곧바로 수용하기 어려우므로 정당한 세액을 산출할 수 없는 것으로 보아서 이 사건 처분을 전부 취소하기로 한다].

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.