대법원 판례 부가가치세

공제받을 수 있는 매입세액인지 여부는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단함

사건번호 부산지방법원-2017-구합-20478 선고일 2017.11.30

비용이 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액인지 아니면 토지와 무관하게 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용에 대한 매입세액인지 여부는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 한다

사 건 2017구합20478 부가가치세경정거부처분취소 원 고 @@ 주택재개발정비사업조합 피 고 zz세무서장 변 론 종 결

2017. 11. 2. 판 결 선 고

2017. 11. 30.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 10. 10. 원고에게 한 2016년 1기분 부가가치세 00,162,860원의 환급경정청구 거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위
  • 가. 원고는 부산광역시 qq구청장으로부터 2006. 4. 28. 조합설립인가를, 2010. 5.12. 사업시행계획인가를, 2015. 7. 20. 관리처분계획인가를 받은 주택재개발정비사업조합으로 부산 동래구 00동 000-0 일원을 사업시행구역으로 하여 주택재개발정비사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하고 있다.
  • 나. 원고는 피고에게 2016년 제1기 부가가치세를 신고하면서 손실보상 업무대행용역,이주관리, 철거 및 폐기물처리공사 용역, 명도소송 등 처리용역, 이주행정지원 용역, 석면해체 및 폐기물 처리공사 용역, 범죄예방, 지적측량, 감정평가업무 용역 등(이하 '이 사건용역'이라 한다)에 관한 별지1 목록 기재 매입세액 000,067,500원(이하 ‘쟁점 매입세액’이라 하고, 각 항목은 ‘제1~18번 항목’이라 한다)을 부가가치세법 시행령 제80조 토지에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액 공제대상에서 제외하였다.
  • 다. 원고는 2016. 8. 8. 피고에게, 쟁점 매입세액은 토지에 관련된 매입세액이 아니라과세․면세사업의 공통매입세액이며 이 사건 사업의 건물분양 과세․면세 비율에 따라안분하여 계산하여 과세사업에 해당하는 매입세액 00,125,033원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
  • 라. 피고는 2016. 10. 10. 쟁점 매입세액은 부가가치세법 시행령 제80조 에서 규정하고 있는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
  • 마. 원고는 2016. 10. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 2.2. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~3호증, 을 제1~3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
  • 가. 원고의 주장 제5~8, 11, 12, 16~18번 항목은 토지에 관련된 매입세액이 아니라 건물 건축에 관련된 매입세액에 해당하는바, 이 사건 처분 중 면세와 과세로 안분하여 과세에 따른 매입세액 00,162,860원을 환급하지 않은 부분은 위법하다.
  • 나. 관계 법령 별지2 관계 법령 기재와 같다.
  • 다. 판단

1. 관련 법리 등 가) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 는 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 들고 있다. 그 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제80조 는 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 제1호에서 ‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’, 제2호에서 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및철거 비용과 관련된 매입세액’, 제3호에서 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’을 들고 있다.

  • 나) 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지에 관한 매입세액은 토지의 취득원가를 구성하여 해당 토지를 양도할 때에 그 취득원가에 산입하는 방법으로 회수되고, 매출세액에서 공제되는 매입세액의 경우에는 매입세액 공제의 방법으로 회수된다. 따라서 주택재개발정비사업을 시행하는 사업자가 재고자산인 토지와 그 지상의 종전 건축물을 취득하여 종전 건축물을 철거한 후 주택 등의 건축물을 신축하기 위하여 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니다. 그리고 그 비용이 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액인지 아니면 토지와 무관하게 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용에 대한 매입세액인지 여부는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2012두22447 판결 참조).
  • 다) 한편 부가가치세법 시행령 제81조 은 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 공통매입세액에 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 안분하여 계산하도록 규정하고 있다.
  • 라) 제1~4, 9, 10, 13~15번 항목이 토지에 관련된 매입세액에 해당함은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이하에서 제5~8, 11, 12, 16~18번 항목이 토지에 관련된 매입세액에 해당하는지 살펴본다.

2. 제5~8번 항목에 관하여 갑 제9, 11호증, 을 제5호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 주식회사 aa환경, 주식회사 bb석면환경연구소, 주식회사 cc설계건축사사무소,주식회사 dd컨설팅으로부터 제공받은 용역은 ‘이 사건 사업구역 내 석면이 포함된 모든 건축물에 대한 석면해체 및 폐기물(석면)의 완전처리’, ‘석면조사 및 석면농도측정, 석면비산 모니터링’, ‘석면해체작업 감리용역’에 관한 업무인 사실을 인정할 수 있다. 위 용역비용은 종전 건축물의 철거 시 수반되는 석면해체작업 및 그와 밀접한 관련이 있는 작업에 대한 것으로 토지의 취득을 위하여 지출한 비용에 해당하므로, 위 용역비용에 관한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 그 시행령 제80조 제2호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다. 이와 배치되는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 제11, 12번 항목에 관하여 갑 제7호증, 을 제6호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 법무법인 ee, 법무법인 ff에 이 사건 사업구역 내에 조합원 및 청산인, 임차인(주택 및 영업) 등을 상대로 부동산점유이전금지가처분 신청 및 명도소송에 관한 업무를 위임한 사실을 인정할 수 있다. 위 업무비용은 종전 건축물의 철거를 위해 건축물의 점유권 확보를 위한 것으로서 토지의 취득을 위하여 지출한 비용에 해당하므로, 위 업무비용에 관한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 그 시행령 제80조 제2호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다. 이와 배치되는 원고의 주장은 이유 없다.

4. 제16번 항목에 관하여 갑 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 gg공사로 부터 제공받은 용역은 ‘지적확정 측량(도시개발사업 및 각종 토지개발사업을 하기 위하여 경위의 측량방법으로 하는 세부측량을 말한다)’에 관한 업무인 사실을 인정할 수 있다(원고는 지적도근점 측량 및 지적삼각점 측량도 한국국토정보공사가 제공하는 용역이라고 주장하나, 원고와 한국국토정보공사가 체결한 2016. 9. 29.자 지적측량계약에는 지적도근점 측량 및 지적삼각점 측량은 필요 시 재계약을 하도록 정하였고, 특별히 재계약을 체결하였다고 볼 만한 증거는 없다). 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제2조 제4호 의2, 제86조 제1항, 같은 법 시행령 제83조 제1항 제4호에 따르면 지적확정 측량은 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업 등이 끝나 토지의 표시를 새로 정하기 위하여 실시하는 지적측량을 말하는바, 위 측량비용은 이 사건 사업의 전반적인업무에 관련된 것으로 볼 여지는 있다. 한편 앞서 든 증거에 의하면, 지적측량계약서에는 계약기간이 계약체결일인 2016. 9. 29.부터 공사준공예정일 1개월 전까지로, 계약금(선수금) 00,314,710원을 계약 후 즉시 지급하는 것으로 규정되어 있는바, 2016. 9. 29. 지급된 계약금이나 이후 지급된 측량비용은 2016년 2기분 부가가치세 매입세액 공제와 관련이 있을 뿐 쟁점 매입세액과 관련된 비용이 아니다. 또한 위 매입세액이 토지에 관련된 매입세액에 해당하지 않아 매입세액 공제대상에 해당한다는 점은 그 매입세액 공제를 주장하는 원고가 증명하여야 하는데, 원고가 제출한 자료만으로는 위 측량비용의 구체적인 지출의 목적이나 경위를 확인할 수 없다. 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

5. 제17번 항목에 관하여 을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 hh주식회사로부터 제공받은 용역은 ‘이 사건 사업구역 내 토지 및 그 지상 물건에 대한 조사’, ‘보상협의, 계약체결 서류작성’, ‘수용을 위한 재결신청서류 작성’, ‘이의재결에 관한 심리자료 작성 및 민원처리 업무지원’, ‘등기관련 업무지원(법무사 업무제외)’, ‘그 밖의 보상과 관련한 부대업무’에 관한 업무인 사실을 인정할 수 있다. 위 용역비용은 위 사업구역 내 토지 및 건축물의 취득 편의를 위한 비용으로 토지에 관련된 매입세액에 해당하므로, 위 용역비용에 관한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 그 시행령 제80조 제1호, 제2호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다. 이와 배치되는 원고의 주장은 이유 없다.

6. 제18번 항목에 관하여 갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 주식회사 kk로부터 제공받은 용역은 ‘범죄예방대책수립 및 설치’, ‘청산자주택 거주세입자 실태조사’, ‘위장전입자 및 외부세력(zzz 등) 진입현황분석’에 관한 업무이고, 계약기간을 계약체결일로부터 철거완료 시까지로 정한 사실을 인정할 수 있다. 위 용역비용은 이 사건 사업구역 내 종전 건축물의 신속한 철거를 위해 현재 실거주자를 파악하고 철거작업에 방해가 되는 외부세력의 진입 또는 불법점유를 차단하는 등 종전 건축물 철거 편의 등을 위한 것으로 토지의 취득을 위하여 지출한 비용에 해당하므로, 위 용역비용에 관한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 그 시행령 제80조 제2호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다. 이와 배치되는 원고의 주장은 이유없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판결 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)