주거지역에 편입된 토지의 양도소득세 감면, 비사업용 토지 여부와 가산세 부과의 정당성

사 건 2016구합23913 양도소득세부과처분취소 원 고 김aa 피 고 중bb세무서장 변 론 종 결

2017. 3. 23. 판 결 선 고

2017. 4. 6.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 7. 1. 원고에 대하여 한 2014년 양도소득세 310,698,030원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2006. 2. 20. 진cc로부터 부산 강서구 # 186-3 답 1,750㎡를 매수 하였다. 부산 강서구 # 186-3 답 1,750㎡는 그중 43㎡가 2006. 11. 23. 같은 동 186-18로 분할되어 1,707㎡만 남게 되었다(이하 위와 같이 분할되고 남은 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다). 원고는 2014. 11. 25. 주식회사 **코리아에 이 사건 토지를 매도하였다.
• 나. 원고는 2015. 1. 31. 피고에게, 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였다며 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조에 따른 장기보유특별공제 및 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제69조에 따른 양도소득세 감면을 적용하여 2014년 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다.
• 다. &&지방국세청은 원고에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 토지가 2006. 2.22. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)에 따른 주거지역에 편입되어 구 조세특례제한법 제69조 가 정한 양도소득세 감면대상이라 보기 어렵고, 비사업용 토지에 해당하여 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 판단하였다.
• 라. 피고는 이에 따라 2016. 7. 1. 원고에게 2014년 양도소득세 310,698,030원(=산출 세액 263,486,384원+신고불성실 가산세 6,344,909원+납부불성실 가산세 40,866,738원)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 2016. 9. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016.12. 7. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 주위적 주장 원고는 8년 이상 이 사건 토지를 직접 경작하였고, 매도 시까지 위 토지가 국토계획법에 따른 주거지역에 편입된 사실을 전혀 알지 못하였으므로 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문이 정한 양도소득세 감면대상에 해당한다. 즉 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문과 같은 법 시행령 제66조 제1항, 제4항 제1호는 농지가 국토계획법에 따른 주거지역에 편입되는 경우 비록 농지소유자가 그 농지소재지에 거주하면서 자경하고 있더라도 그 농지 가격이 상승할 가능성이 높아 투기적 거래의 대상이 될 수 있다는 점을 고려하여 감면대상에서 제외하는 것이다. 또한 농지가 주거지역에 편입된 사실을 인식한 사람과 그것을 인식하지 못한 사람은 그 비난가능성 측면에서 경중을 달리 하므로, 양자를 달리 취급하는 것이 조세평등주의 관점에서 더 합리적이다. 따라서 원고와 같이 농지가 국토계획법에 따른 주거지역에 편입된 사실을 전혀 인식하지 못한 경우에는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문과 같은 법 시행령 제66조 제1항, 제4항 제1호가 적용되지 않는다. 또한 이 사건 토지는 ‘비사업용 토지’에 해당하지 않으므로 양도소득세를 중과할 수 없다. 즉 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 는 같은 법 제104조의3에 따른 ‘비사업용 토지’의 양도소득세를 중과하도록 규정하고 있고, 이는 토지에 대한 투기수요를 억제하기 위함이다. 그런데 원고는 이 사건 토지를 처분할 때까지 이 사건 토지가 국토계획법에 의한 주거지역에 편입된 사실을 전혀 알지 못하였으므로, 위 소득세법 규정이 적용되지 않는다.

2. 예비적 주장 설령 이 사건 토지가 양도소득세 감면대상에서 제외된다 하더라도, 원고가 양도소득세의 과세표준에 세율을 곱한 산출세액을 정당하게 신고한 이상 피고는 원고에게 양도소득세의 신고불성실 가산세를 부과할 수 없다. 또한 피고의 이 사건 처분을 통해 비로소 원고의 양도소득세에 대한 납부기한이 정해진 점 등에 비추어 보면, 피고는 원고에게 양도소득세 미납을 이유로 한 납부불성실 가산세를 부과할 수 없고, 설령 피고가 납부불성실 가산세를 부과하더라도, 납부불성실 가산세의 기산일은 이 사건 처분일인 ‘2016. 7. 1.’이거나 이 사건 토지의 양도일(2014. 11. 25.)을 기준으로 한 양도소득세 납부기한(2015. 5. 31.) 다음날인 ‘2015. 6. 1.’로 삼아야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 주위적 주장에 대한 판단

1. 구 조세특례제한법 제69조 제1항 은 본문에서 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전부 면제한 다고 규정하면서도, 그 단서에서는 해당 토지가 국토계획법에 따른 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 ‘주거지역 등’이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 정하고 있다. 또한 구 조세특례제한 법 시행령(2016. 1. 22. 대통령령 제26922호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제4항 제1호는 ‘양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시[지 방자치법 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주 특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다]에 있는 농지 중 국토계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지’는 법 제69조 제1항 본문의 양도소득세 면제대상인 "대통령령으로 정하는 토지"에서 제외된다고 규정하고 있다. 이처럼 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서와 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호에서 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에 의한 양도소득세 면제범위를 제한한 것은, 농지가 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다. 위와 같은 구 조세특례제한법의 규정 체계, 내용 및 그 입법취지, 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점 등을 고려하면 농지소유자가 농지가 주거지역 등에 편입된 사실을 알았는지 여부와 관계없이 위 규정들이 적용된다고 보는 것이 타당하다. 이 사건 토지는 2006. 2. 22. 국토계획법에 따른 주거지역에 편입된 사실은 앞서 본 바와 같고, 2014. 11. 25. 양도일 현재 이 사건 토지는 부산광역시에 있는 농지 중 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 해당하므로, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 에 따라 양도소득세 감면대상에서 제외된다. 따라서 이와 배치되는 원고의 주장은 이유 없다.

2. 구 소득세법 제95조 제1항, 제2항에 의하면, 일정한 자산을 3년 이상 보유한 후 양도한 경우 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하여 양도소득금액을 산정하도록 하면서, 같은 법 제104조의3에 따른 ‘비사업용 토지’는 장기보유특별공제의 대상에서 제외하고 있고, 같은 법 제104조 제1항 제8호에 의하면 같은 법 제104조의3에 따른 ‘비사업용 토지’의 양도소득세를 중과하고 있다. 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목에 따라 논․밭 및 과수원(이하 ’농지‘라 한다)의 경우 ’대통령령으로 정하는 기간동안 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다) 및 시지역(지방자치법 제3조 제4항 에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다) 중 국토계획법에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다)에 있는 농지‘는 비사업용 토지에 해당한다. 그리고 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기전의 것) 제168조의6 제1호는 위 ’대통령령으로 정하는 기간‘에 대하여 ’토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 ① 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, ② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, ③ 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을초과하는 기간(이 경우 기간의 계산은 일수로 한다)의 모두에 해당하는 기간‘이라고 규정하고 있다. 비사업용 토지에 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 중과하는 제도의취지는 토지에 대한 투기수요를 억제하고 투기로 인한 이익을 환수하여 부동산 시장의 안정과 과세형평을 도모하기 위한 것이고, 위와 같은 구 소득세법의 규정 체계, 내용 및 그 입법취지와 더불어 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 한다는 점 등을 고려하면, 농지소유자가 농지가 주거지역 등에 편입된 사실을 알았는지 여부와 관계없이 위 규정들이 적용된다고 보는 것이 타당하다. 원고는 2006. 2. 20. 이 사건 토지의 소유권을 취득하여 2014. 11. 25. 위 토지를 처분하였고, 2006. 2. 22. 위 토지가 주거지역에 편입되었음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 5년 이상 이 사건 토지를 소유하였고, 이 사건 토지는 그 양도일 직전 5년중 2년을 초과하는 기간 및 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간의 모두에 해당하는 기간 동안 국토계획법에 따른 도시지역에 있는 농지로 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목에서 정한 비사업용 토지에 해당한다. 따라서 구 소득세법 제96조 제2항 에 따라 이 사건 토지의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 적용될 수 없고, 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 에 따라 양도소득세가 중과되므로, 이와 배치되는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

• 라. 예비적 주장에 대한 판단 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지․착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44391 판결 등 참조). 원고는 양도가액 중 장기보유특별공제액의 공제를 잘못하여 양도소득과세표준의 기초가 되는 양도소득금액을 제대로 산정하지 못하였고, 또한 이 사건 토지가 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에 의한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니함에도 이에 해당함을 전제로 양도소득 과세표준 예정신고를 하고 이에 따라 양도소득세를 전혀납부하지 아니한 것이므로, 이는 법령의 부지․착오에 해당하고, 위 법리에 비추어 가산세를 면제받을 수 있는 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없다. 그러므로 가산세의 부과 자체가 부적법하다고 다투는 원고의 주장은 이유 없다. 또한 원고는 구 소득세법 제105조, 제106조에 따라 예정신고납부를 할 의무가 있었음에도 위와 같이 이를 제대로 이행하지 않았으므로 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의4에 따라 예정신고기한의 다음날인 2015.2. 1.부터 2016. 7. 1.까지의 기간에 대해 납부불성실 가산세를 부과한 것은 적법하고 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.