매출누락금액에는 부가가치세가 포함되어 있지 아니하고 비용의 손금산입은 납세의무자가 주장 · 입증해야 함

사 건 2016구합22057 부가가치세등부과처분취소 원 고

○○○○ 주식회사 피 고 △△세무서장 변 론 종 결 2017.11.02. 판 결 선 고 2017.11.30.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에게 한, 2013. 12. 1.자 2011년 1기분 부가가치세 263,919,750원(가산세 포함) 중 23,411,047원, 2011년 2기분 부가가치세 312,985,280원(가산세 포함) 중 26,367,344원, 2012년 1기분 부가가치세 288,641,270원(가산세 포함) 중 26,960,367원, 2012년 2기분 부가가치세 332,797,090원(가산세 포함) 중 32,261,277원, 2013년 1기분 부가가치세 251,452,850원(가산세 포함) 중 17,669,062원의 각 부과처분, 2013. 12. 2.자 2011사업연도 327,358,780원(가산세 포함), 2012사업연도 341,612,360원(가산세 포함)의 법인세 부과처분, 2013. 12. 1.자 소득자를 박□□로 한 2011년 귀속 소득금액 956,339,173원, 2012년 귀속 소득금액 1,022,007,090원의 소득금액통지처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 정유사로부터 매입한 해상선박용 유류(해상유)를 준설·수중공사 건설업체의 선박에 급유선을 이용하여 유류를 공급하는 등으로 석유류 도·소매업을 영위하는 법인사업자로 박□□가 그 대표자이다.
• 나. ☆☆지방국세청장은 2013. 8. 29.부터 2013. 11. 20.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 ‘원고가 2011년 1기부터 2013년 1기까지의 부가가치세 과세기간 중 러시아 선박 등에서 유출되어 불법 유통되는 해상유를 매입세금계산서 없이 매입하여 거래처에 정상판매하고, 이에 관한 부가가치세 등 세부담을 줄이려는 데 사용하기 위한 매입세금계산서를 확보하고자 정유사로부터 정상매입한 육상유 5,468,725ℓ, 총 7,495,212,851원(이하 ‘이 사건 매출누락금액’이라 한다)을 이◇◇와 공모하여 매출세금계산서 발급 없이 판매하거나 직접 주유소에 무자료 판매하였다‘고 보고, 불법 유통 해상유와 정상 유류와의 차액인 판매이윤을 유류세로 판단하여 무자료 매출이 확인된 5,468,725ℓ의 면세유 가격 상당액(이 사건 누락매출금액의 약 70%, 5,242백만 원 상당)을 이 사건 매출누락금액에 대응되는 원가로 추인한 후 피고에게 통보하였다.
• 다. 이에 피고는 이 사건 매출누락금액을 공급가액으로 산정하고 통보받은 과세자료를 기초로 원고에게, 2013. 12. 1. 2011년 1기분 부가가치세 263,919,750원, 2011년 2기분 부가가치세 312,985,280원, 2012년 1기분 부가가치세 288,641,270원, 2012년 2기 분 부가가치세 332,797,090원, 2013년 1기분 부가가치세 251,452,850원을 경정·고지하고(이상 가산세 포함, 이하 ‘이 사건 부가가치세 처분’이라 한다), 2013. 12. 2. 2011사업연도 327,358,780원, 2012사업연도 341,612,360원(이상 가산세 포함)의 법인세를 경정·고지하는 한편, 2013. 12. 1. 소득자 박□□의 2011년 귀속 소득금액 956,339,173원, 2012년 귀속 소득금액 1,022,007,090원을 상여로 소득처분하는 소득금액통지처분을 하였다(이하 법인세 부과처분과 소득금액통지처분은 ‘이 사건 법인세 등 처분’이라 하고, 이 사건 부가가치세 처분과 통칭할 때는 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2014. 3. 3. 이의신청을 거쳐 2014. 5. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2016. 2. 24. ‘이 사건 부가가치세 처분과 법인세 처분은 2011년 1기부터 2013년 1기까지의 부가가치세 과세기간 중 원고의 재고수량 및 매출수량을 재조사하여 전체 유류의 매출수량이 재고수량 및 매입수량을 초과하는 경우 그 초과부분을 해상유의 무자료 매입으로 보아 위 무자료 해상유 매입수량에 유종별 단가율(MGO는 62.5%, B-A는 53.68%, B-C는 51.77% 등)을 적용하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다’는 결정을 하고, 나머지 심판청구는 기각하였다.
• 마. 피고는 2016. 3. 14.부터 2016. 5. 6.까지 조세심판원 결정에 따라 재조사를 진행하여 원고에게 재고수량 및 매출수량 등의 자료 제출을 요구하였고 이에 원고는 관련 자료를 제출하였는데, 피고는 2016. 5. 16. 원고에게 ‘실제 매출수량 및 재고수량을 파악할 수 있는 근거서류가 제출되지 않는 등 조세심판원 결정에 따른 재고수량 및 매출수량을 확인할 수 없어 당초 결정이 정당한 것으로 조사종결한다’고 통보하고 당초 처분을 유지하였다.
• 바. 한편 원고, 박□□, 이◇◇는 ☆☆지방법원 2013고합571호로 이 사건 매출누락금액에 관한 범죄사실을 포함한 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반(조세)의 범죄사실로 기소되어(이하 ‘관련 형사사건’이라 한다) 위 법원으로부터 2014. 2. 18. 조세범처벌법 위반의 범죄사실로 유죄판결을 선고받았다. 이에 쌍방이 ☆☆고등법원 2014노150호로 항소하였으나 2014. 7. 2. 모두 기각되어 위 판결은 2014. 7. 10. 확정되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~6, 11, 21~24, 27, 30, 31, 45호증, 을 제1~4, 7, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

(1) 이 사건 부가가치세 처분 및 이 사건 법인세 등 처분 중 일부에 관한 주장 원고는 이◇◇로부터 이 사건 매출누락금액 외에 별도로 부가가치세를 지급받지 아니하기로 하였으므로, 이 사건 매출누락금액에는 부가가치세가 포함되었거나 포함되어 있는지가 불분명한 경우에 해당한다. 또한 무자료 거래의 경우 실제 거래된 무자료 매출금액에 부가가치세가 포함되어 있다고 보는 것이 과세관행이다. 따라서 부가가치세법 제29조 제7항, 같은 법 기본통칙 13-48-1에 따라 이 사건 매출누락금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 보아야 함에도 피고는 이 사건 매출누락금액 전액을 공급가액으로 하여 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 부가가치세 처분 중 청구취지 기재 금액 및 이 사건 법인세 등 처분 중 2011사업연도 법인세 66,192,675원, 2012사업연도 70,212,214원(이상 가산세 포함)의 부과처분, 2011년 귀속 소득금액 267,769,720원, 2012년 귀속 소득금액 318,567,212원에 관한 소득금액통지처분은 위법하다.

(2) 이 사건 법인세 등 처분에 관한 주장 (가) 박□□가 세무조사 당시 불법 유통 해상유를 정상판매할 때 30% 정도의 이윤을 본다고 진술하였음에도 피고는 원고가 위 해상유를 이◇◇ 등에게 육상유로 제공한 것으로 오인하여 위 30% 상당액을 제외한 이 사건 매출누락액의 약 70%를 매입원가로 추인하였다. 그러나 원고의 이 사건 매출누락액에 대응되는 매입원가는 정유사로부터의 정상 매입액이고 해상유 매입누락액에 대응되는 매출액은 해상유의 정상 매출신고액임에도 피고는 육상유 무자료 매출금액인 이 사건 누락매출금액의 약 70%를 이와 관련 없는 해상유 매입누락금액으로 잘못 인정하여 해상유 매입원가를 과소추인하였다. 이와 같이 부당하게 산정된 매입원가를 전제로 한 피고의 이 사건 법인세 등 처분은 실질과세, 근거과세, 신의성실, 조세법률주의 원칙에 위반된다. (나) 조세심판원의 재조사 결정 이후 원고가 제출한 자료에 따라 원고의 실제 매출수량 및 재고수량 등을 파악할 수 있음에도 피고는 근거서류가 제출되지 않았다는 이유로 당초 처분을 유지하였는바, 이는 조세심판원 결정에 따른 재조사를 의도적으로 거부한 것이고, 재조사 결정의 기속력에도 반한다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 이 사건 부가가치세 처분 및 이 사건 법인세 등 처분 중 일부에 관한 주장에 대하여 (가) 이 사건 매출누락금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부

1. 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 생략)에 의하면 재화의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우 그 대가를 비롯한 공급가액을 합한 금액으로 하되 다만 부가가치세는 제외하므로(제13조 제1항), 재화를 공급하고 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있지 아니하면 그 대가가 공급가액으로서 과세표준에 해당한다. 부가가치세법 기본통칙 13-48-1은 사업자가 재화를 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다고 정하고 있다.

2. 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 매출누락금액에는 부가가치세가 포함되어 있지 아니하므로, 피고가 이 사건 매출누락금액 전액을 공급가액으로 하여 부가가치세 과세표준으로 정한 것은 적법하다.

• 가) 박□□는 원고에 대한 세무조사 당시 이◇◇ 등에 대한 육상유 무자료 판매 시 부가가치세 처리에 관한 조사관의 질문에 ‘이 사건 매출누락금액은 부가가치세가 포함되어 있지 않은 금액이며 묵시적으로 부가가치세는 서로 없는 것으로 하기로 하였다’고 진술하였고, 이는 이◇◇ 등으로부터 부가가치세를 받지 아니하기로 하였다는 취지이다.
• 나) 원고는 정유사로부터 유류를 정상 공급받아 그 공급받은 금액의 90% 내지 88% 가격으로 무자료 판매를 하였는데, 이는 외국 선박 등에서 선원들에 의하여 횡령되어 불법으로 유통되는 면세유 등을 원고가 정상가보다 낮은 가격으로 매입하여 이를 정상적인 유류로 유통하는 방법으로 수익을 남기는 과정에서 그에 해당하는 매입세금계산서가 필요하였기 때문이다. 따라서 원고의 무자료 판매는 처음부터 부가가치세액을 뺀 금액을 기준으로 성립되었고, 그 대가는 현금으로 수수되었다.
• 다) 이와 같은 박□□의 진술, 무자료 판매거래의 내용과 동기 등에 비추어 이 사건 매출누락금액은 부가가치세가 포함되지 아니한 금액이므로, 구 부가가치세법 제13조 제1항 이 정한 공급가액으로서 부가가치세의 과세표준이 된다고 봄이 타당하다.
• 라) 원고는 이 사건 매출누락금액이 무자료 매출장부 등에 공급가액과 세액이 별도 표시되지 아니하였으므로 부가가치세법 기본통칙 13-48-1에 따라 이 사건 매출누락금액에 110분의 100을 곱한 금액이 과세표준이 된다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 원고는 무자료 판매 시 이 사건 매출누락금액에서 부가가치세를 제외하였으므로 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도로 표시되었다고 봄이 타당하고[즉 세액이 없다고(0원) 별도 표시된 것이다], 공급가액과 세액이 별도 표시되지 않은 경우라고 할 수 없다. (나) 무자료 거래의 경우 부가가치세 과세표준에 관한 관행의 존재 여부 원고가 제출한 조세심사결정례 등은 무자료 거래 매출금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부가 분명하지 않은 경우 그 매출금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 보아 과세표준으로 한 것에 불과하고, 매출금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않은 경우까지 무자료 매출금액을 공급대가로 보는 관행이 성립되었다고 인정할 증거가 없다.

(2) 이 사건 법인세 등 처분에 관한 주장에 대하여 (가) 피고의 매입원가 추인에 따른 이 부분 처분이 실질과세, 근거과세, 신의성실, 조세법률주의 원칙에 위반되는지 여부

1. 관련 법리 과세관청이 실지조사방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금 산입을 구하는 납세의무자가 스스로 그 누락사실을 주장·입증하여야 한다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결, 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두28076 판결 등 참조).

2. 판단

• 가) 원고가 이◇◇ 등에 육상유를 매출세금계산서 없이 판매한 누락수입액이 이 사건 매출누락금액임은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 특별한 사정이 없는 한 누락수입에 대응되는 매입원가 등의 손금이 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있다고 볼 것인데, 피고는 이 사건 매출누락금액 중 유류세 상당액을 공제한 금액을 매입원가(2011, 2012 사업연도 부분, 갑 제3호증 참조)로 추인하여 이 사건 법인세 처분 등을 하였으므로, 그 이상의 매입원가를 공제받기 위하여는 납세의무자인 원고가 그 누락사실을 주장·입증하여야 한다.
• 나) 이에 관하여 원고는, 조세심판원의 결정에 따른 무자료 해상유 매입수량의 산정공식은 다음 표 기재와 같고, 이에 관한 자료가 조세심판원의 재조사 결정 전후로 피고나 조사청에 제출되거나 조사청에 의하여 작성되었으므로, 이를 근거로 무자료 해상유 매입수량을 산정할 수 있고 매입원가 역시 구할 수 있다고 주장한다. 총매출수량[=해안석유 무자료 매출(갑 제8호증)+해안석유매출내역(갑 제9 호증 또는 갑 제29호증)] + 재고수량(=기말 재고수량-기초 재고수량) - 육 상유 매입수량(전부 정상 신고된 것임, 갑 제10호증) - 정상 신고된 해상 유 매입수량(갑 제10호증) = 무자료 해상유 매입수량 그러나 앞서 든 각 증거와 갑 제7~10, 25, 26, 29, 30, 32~34호증, 을 제5, 6, 8~10, 12, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제시한 산정공식과 자료로는 원고의 무자료 해상유 매입수량을 정확히 산정할 수 없다.

① 재고수량 항목에 관하여 피고는 재조사 결정 이후 원고에게 관련 자료 제출을 요구하였고, 원고는 2011년~2013년 재고량이 기재된 상품수불현황표 1장(갑 제33호증)을 제출하였다. 그러나 위 증거에는 해당년도 유종별 재고수량, 단가 등의 단순수치만 기재되어 있을 뿐 이를 뒷받침할만한 구체적인 근거 자료는 없고, 피고가2016. 4. 7. 당시 원고의 유종별 재고를 직접 확인한 후(아래 표 ① 항목) 원고가 제출한 2016. 1. 1.부터 2016. 4. 7.까지 매출·매입 수량자료를 토대로 2015. 12. 31.자 재고량을 역산출하여 원고의 장부상 기말재고량과 비교하였는데, 그 수량 차이는 아래와 같이 총 965,454ℓ(아래 표 ⑥의 합계 항목)로 상당한 차이를 보였다. 따라서 원고 측이 작성한 재고수량 자료는 믿기 어려우므로 이를 기초로 재고수량의 값을 정확히 산정할 수 없다. (단위: ℓ) 유종 실재고액① (’16.4.7) 매입② (’16.1.1 ~ 4.7) 매출③ (’16.1.1 ~ 4.7) 기초재고 역산(’16.1.1)

④ =①+③-② 장부상 ⑤ 기초재고 (’16.1.1) 차액

⑥ =⑤-④ 무연휘발유 0 40,408 1,992 -38,416 15,548 53,964 실내등유 120,000 624,000 317,953 -186,047 3,798 189,845 경유 254,200 3,334,985 3,325,349 244,564 571,363 326,799 BA(벙커A) 75,800 402,761 485,665 158,704 75,600 -83,104 BC(벙커CU) 150,000 219,859 9,000 60,859 317,600 378,459 벙커B 0 906,491 462,000 444,491 0 444,491 벙커C 0 110,000 455,000 345,000 0 -345,000 합계 600,000 5,638,504 5,056,959 18,455 983,909 965,454 이에 대하여 원고는 피고가 역산한 재고수량은 정유사에서 출하되었으나 유류탱크에 저장되지 아니한 미착 재고수량, 다른 곳에 보관된 재고수량 등 모든 요소를 반영하지 아니한 것으로 신뢰하기 어렵다고 주장하나, 이러한 사정의 존재는 입증의 난이 내지 당사자의 형평 등을 고려하여 원고가 증명하여야 할 것으로, 이를 인정할 자료가 없는 이상 위 주장은 받아들이기 어렵다.

② 원고는 기말 및 기초 재고수량이 같다거나 기말 재고수량을 원고에게 불리한 ‘0’으로 가정하는 방법으로 재고수량을 산정할 수 있다고 주장한다. 그러나 기말 및 기초 재고수량이 같다고 볼만한 자료가 없고, 기초 재고수량에 관한 신빙성 있는 자료가 없는 이상 기말 재고수량을 0으로 가정하는 방법으로도 재고수량을 산정하기는 어렵다.

③ 박□□는 이 사건 매출누락금액에 관한 검찰 1회 조사에서 이◇◇에게 무자료로 유류를 판매한 동기, 정상 거래 매입세금계산서의 용처 등에 관한 검사의 질문에 ‘고온에 의한 유류 팽창으로 자연적으로 증가된 기름, 배가 흔들리면서 측정에서 약간의 오차가 발생하여 남는 기름, 거래처에 기름을 주었는데 대금을 주지 않아 다시 일부 회수한 기름, 기름을 배달하였는데 운반비를 주지 않아서 다시 일부 회수한 기름, 기름을 배달하였는데 거래처의 직원들이 일부 남은 기름을 돌려주면서 그만큼의 돈으로 달라고 하여 돈을 주고 받아온 기름 등이 재고물량(이하 ’비정상 재고물량‘이라 한다)으로 남게 되는데, 이를 판매하는 경우 매입세금계산서가 없으면 세금이 많이 부과되어 비정상 재고물량을 판매하는 데 매입세금계산서로 사용한다’고 답변하였다(을 제5호증, 9~10쪽). 이러한 진술은 박□□가 불법 유통 해상유의 매입 사실을 부인하는 과정에서 나오기는 하였으나, 불법 유통 해상유의 매입 사실을 인정한 검찰 2회 조사에서도 박□□는 ‘비정상 재고물량을 매출하고 이에 필요한 매입세금계산서로 사용한 것도 일부 있다’는 취지로 진술함으로써(을 제7호증, 7쪽) 비정상 재고물량의 존재사실을 재차 인정하였다. 그리고 관련 형사사건에서 박□□는 ‘유류의 특성상 사용공차, 유류의 팽창으로 인하여 발생한 유류의 증가분에 대한 매입세금계산서가 존재하지 아니하였다’고 진술하여 비정상 재고물량의 존재를 다시금 시사하기도 하였다. 따라서 원고에게는 비정상 재고물량이 존재한다고 볼 것인바, 이는 무자료 해상유 매입수량의 값 산정에 영향을 주는 변수임에도 그 수량이 얼마인지 알 수 있는 자료는 없다(박□□의 진술 내용에 비추어 그 수량이 극히 적다고 보기 힘들다).

• 다) 이와 같이 원고가 제시한 산정방법과 자료로는 해상유 무자료 매출수량 및 이에 따른 매입원가를 산정할 수 없고, 원고가 제출한 증거만으로는 피고가 추인한 금액 이상의 매입원가가 누락되었음을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고가 이 사건 누락매출금액에서 세금 상당액을 공제한 금액을 매입원가로 추인한 것이 위법하다고 할 수 없고, 이를 전제로 한 피고의 이 사건 법인세 등 처분이 실질과세, 근거과세, 신의성실, 조세법률주의 원칙에 반한다고 볼만한 사정 또한 없다. (나) 피고가 재조사를 거부하였거나 재조사 결정의 기속력을 위반하였는지 여부

1. 갑 제11, 29~31, 33호증, 을 제1, 8~10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 조세심판원의 재조사 결정 이후 피고는 2016. 3. 14.부터 2016. 5. 6.까지 해상유 무자료 매입수량을 조사한 사실이 인정되고, 달리 피고가 조세심판원 결정에 따른 재조사를 거부하였다고 볼만한 증거는 없다.

2. 심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로, 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결 참조). 그런데 이 사건에서 조세심판원이 한 재조사 결정은 ‘피고가 원고의 재고수량 및 매출수량을 재조사하여 전체 유류의 매출수량이 재고수량 및 매입수량을 초과하는 경우, 그 초과부분을 해상유의 무자료 매입으로 보아 위 무자료 해상유 매입수량에 유종별 단가율을 적용하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라’는 것이므로, 위 결정에 따라 피고가 당초 처분을 경정하기 위하여는 재조사결과 재고수량과 매출수량이 확인되고 전체 유류의 매출수량이 재고수량 및 매입수량을 초과한다는 전제가 충족되어 해상유의 무자료 매입수량이 산출될 수 있어야 한다. 그러나 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고의 재조사 결정의 취지에 따른 재조사에도 불구하고 재고수량을 산정할 신뢰 있는 자료가 없고 수량을 알 수 없는 비정상 재고수량의 존재로 인하여 조세심판원이 제시한 방법으로는 해상유 무자료 매입수량을 정확히 산정할 수 없으므로, 그 내용을 보완하는 후속 처분을 할 수 없는 경우에 해당한다. 따라서 피고가 재조사결과 해상유 무자료 매입수량을 산정할 수 없다고 보고 당초 처분을 유지한 것이 재조사 결정의 기속력에 반한다고 볼 수 없다.

(3) 소결론 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없으므로, 이 사건 각 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.