1. 처분의 경위
- 가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○대로○○번길 ○○에서 AAA병원을 운영하는 의료법인이고, BBB은 원고의 이사장이며, CCC는 BBB의 처이다.
- 나. BBB은 2008. 1. 15. ○○시 소재 ○○대학교를 운영하는 학교법인 EE학원(이하 ‘EE학원’이라 한다)의 이사장인 DDD로부터 EE학원의 운영권을 인수하면서, 출연각서를 작성하여 교육과학기술부 감사결과로 EE학원이 보충해야 할 수익용 기본재산 부족액 ○○억 원 등의 출연을 약속하고, 개인자금으로 약속한 출연금 일부를 납입하면서 2008. 2. 19. EE학원의 이사장으로 취임하였다.
- 다. BBB은 EE학원의 경영권을 인수한 후 학교 재정상태를 확인한 결과 교직원 미지급 급여 등 우발채무 ○○억 원을 발견하여, 2008. 4. 8. DDD에게 계약해제 의사를 통보하면서 출연금 반환을 요구하였고, 2008. 4. 29. 출연금 반환을 합의하였다.
- 라. 그런데 위 출연금 반환이 지연되던 중 BBB은 2008. 5. 22. 교육과학기술부로부터 EE학원의 수익용 기본재산부족액 ○○억 원의 이행결과 보고를 독촉받고, 2008. 6. 25. 미이행시 교육부의 제재조치를 우려하여 원고의 자금 ○○○○원(이하 ‘이사건 쟁점금액’이라 한다)을 EE학원에 납입하여 교육과학기술부 감사처분의 이행을 완료하였다.
- 마. 한편, 원고는 2007. 12. 1. 내부 기안문서로 안식년 휴가제 도입과 안식년 휴가기간에도 정상적인 급여 지급을 기안하고, 2007. 12. 18. 직원운영위원회 임시회의에서CCC의 안식년 휴가를 승인한 뒤, 2008 ~ 2010사업연도에 CCC에게 급여 ○○원을 지급하면서 이를 손금으로 계상하였으며, 안식년 휴가기간 이후(2011년 ~ 2012년)에는 CCC가 행정원장의 직책을 담당한 것으로 하여 급여 ○○원을 지급하고 이를 손금으로 계상하였다.
- 바. 피고 ○○지방국세청장은 2013. 9. 27.부터 2013. 11. 15.까지 원고에 대한 조사를 실시하여, ① 이 사건 쟁점금액은 BBB 개인이 출연각서에 납입을 약속한 수익용 기본재산 부족액 ○○억 원의 일부로서 BBB이 부담해야 할 출연금을 원고가 대신 부담한 것으로 보아 2014. 1. 2. 이 사건 쟁점금액을 BBB의 2008년 귀속 상여로 처분하여 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다)를 함과 동시에, ② CCC가 병원 업무를 수행한 사실이 없는 것으로 보아 별지 목록 순번 2 내지 6 기재와 같이 2008년부터 2012년까지 CCC의 급여 ○○원(이하 ‘이 사건 급여’라 한다)을 CCC의 기타소득으로 처분하여 소득금액변동통지를 한 후, ③ 피고 ○○세무서장에게 위 급여 관련 퇴직급여충당금한도초과액 ○○원을 손금불산입하도록 과세자료를 통보하였다.
- 마. 이에 피고 ○○세무서장은 2014. 1. 2. 원고에 대하여 별지 목록 순번 7 내지 11기재와 같이 2008 ~ 2012사업연도 법인세 합계 ○○원을 부과․고지하였다(피고 ○○지방국세청장의 CCC 관련 소득금액변동통지처분과 피고 ○○세무서장의 위 법인세 부과처분을 합하여 이하 ‘이 사건 제2처분’이라 한다).
- 사. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2015. 3. 2. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함,이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
1. 이 사건 제1처분의 근거가 된 출연각서의 작성주체는 BBB 개인 명의가 아닐 뿐만 아니라 출연각서 자체가 합의해제되어 BBB은 EE학원에 대하여 출연의무를 부담하지 않게 되었는데, 원고가 위 해제 시점 후인 2008. 6. 25.경 출연한 이 사건 쟁점금액은 위 출연각서와는 관련 없이 원고가 ○○대학교의 발전을 도모하고 경쟁력을 높임으로써 지방대학을 육성하는데 기여하고자 하는 판단에 따라 이사회의 결의를 거쳐 지급한 것이며, 이 사건 쟁점금액은 최종적으로 EE학원에 귀속되었으므로, BBB이 EE학원에 대하여 출연의무를 부담함을 전제로 한 이 사건 제1처분은 위법하다.
2. 원고는 CCC의 안식년 기간 동안에 병원의 운영규정 및 운영위원회의 의결에 따라 CCC에게 급여를 지급하였고, CCC는 안식년 이후 원고의 AAA병원에서 비상근으로 근무하면서 의약품 구입, 예산안 수립 및 원고의 사회봉사활동에 참여하는 등의 업무를 실제로 수행하였으므로, CCC에게 지급된 급여는 전부 손금에 산입되어야 한다. 따라서 이 사건 제2처분은 위법하여 취소되어야 한다.
- 나. 이 사건 제1처분의 적법 여부에 관한 판단
1. 인정사실
- 가) BBB은 2007. 11.경 DDD와 사이에 EE학원의 경영권을 인수하기로 합의하였고, 이에 따라 2008. 1. 15. 아래와 같이 당시 교육과학기술부의 EE학원에 대한 감사결과에서 지적된 수익용 기본재산 부족분 ○○억 원을 EE학원에 출연한다는 내용의 출연각서(이하 ‘이 사건 출연각서’라 한다), DDD 소유 주택을 ○○억 원에 매입하는 약정에 대한 이행각서 및 DDD에게 학원운영권 인수대가로 ○○억 원을 지급하기로 하는 약정에 대한 차용금증서를 각 작성하였다.
- 나) BBB은 2008. 2. 12. 이 사건 출연각서상의 의무를 이행하기 위하여 개인 소유의 부동산 ○○억 원, 보증금반환채권 ○억 원 등을 EE학원에 이전하였고, 2008. 2. 19. EE학원 이사장에 취임하였다.
- 다) 이후 BBB은 학교 재정 상태를 확인한 결과 교직원 미지급 급여 등 우발채무 ○○억 원을 발견함에 따라 2008. 4. 8. DDD에게 계약해제의 의사를 통보하여 출연금의 반환을 요구하였다.
- 라) BBB과 DDD 사이의 계약해제 논의가 진행되던 중 2008. 5. 22. EE학원은 교육과학기술부로부터 수익용 기본재산부족액 ○○억 원의 이행결과 보고를 독촉받게 되었고, 이에 2008. 6. 25. BBB은 주식 ○○억 원 상당을, 원고는 이 사건 쟁점금액을 각 EE학원에 출연함으로써 위 감사지적 사항인 EE학원의 수익용 기본재산 부족분 ○○억 원이 충족되었다.
- 마) DDD는 2010. 6. 10. BBB을 상대로 서울중앙지방법원 2010가합59467호로 EE학원 인수약정의 이행을 구하는 내용의 소를 제기하였는데, 위 소송은 2011. 11. 15. 아래와 같은 내용으로 조정이 성립하여 종결되었다.
- 바) 한편, BBB은 2013. 3. 29. DDD와 사이에 ‘① DDD가 EE학원의 운영권을 현재 상태로 양수하고, ② DDD가 EE학원의 운영권을 타인에게 양도할 경우에는 DDD는 BBB의 기부정신을 기리기 위하여 ○○억 원을 출연하여 BBB 명의의 장학재단을 설립하여 BBB이 운영하도록 하며, ③ 본 약정과 동시에 위 조정조서는 효력을 상실한다’는 내용의 약정을 체결하였다. [인정근거] 갑 제3, 7, 28호증, 을 제3, 4호증의 각 기재, 증인 김○○의 증언, 변 론 전체의 취지
2. 판단 위 인정사실과 앞서 든 증거들을 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 출연각서에 의하면 BBB이 EE학원에 ○○억 원을 출연하고 그 의무불이행에 대하여 민사상 책임을 지기로 기재되어 있어, 위 출연금의 부담에 관한 종국적인 법적 책임은 BBB이 부담하는 점, ② 원고가 이 사건 쟁점금액을 EE학원에 지급할 당시에 비록 BBB과 DDD 사이에 학교법인 인수계약의 합의해제가 논의 중이었지만, BBB이 위 ○○억 원을 출연하지 아니하면 EE학원은 교육과학기술부의 제재조치를 피할 수 없는 상황이었고, BBB으로서는 향후 원상회복을 위한 정산의 편의를 위해서라도 위와 같이 약정한 출연의무를 모두 이행할 필요가 있었던 점, ③ BBB과 DDD는 이 사건 쟁점금액을 포함하여 출연금에 대한 반환 합의를 해오다가, 소송을 통하여 위 출연금을 BBB이 반환받기로 조정이 성립된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 쟁점금액은 원고의 자발적인 의사에 의한 기부금이 아니라 BBB이 부담해야 할 출연금을 원고가 대신 지급한 것으로 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
- 다. 이 사건 제2처분의 적법 여부에 관한 판단
1. 인정사실
- 가) CCC는, 원고가 2007. 12. 18. 운영위원회를 통하여 CCC의 안식년을 승인하기 이전인 2007. 10. 4. 이미 출국하여, 2008. 1. 26. 귀국하였다가, 다시 2008. 3. 3.부터 2009. 8. 6.까지 외국에서 장기간 체류하였다.
- 나) BBB은 원고에 대한 세무조사 과정에서 “2008 ~ 2012사업연도 기간 동안 CCC에게 지급한 이 사건 급여는 근로를 제공하지 않았음에도 인건비를 계상하고 세무조정시 퇴직급여충당금한도액을 과다하게 설정하여 법인세 과세표준을 과소 신고한 사실을 확인한다”는 내용의 확인서를 작성하였다.
- 다) CCC의 안식년 휴가기간 이후에도 원고의 병원 조직도, 그룹웨어의 사원명단, 진료예약사이트의 의료인 명단 등에 CCC의 이름은 없고, 내부결재문건의 행정원장 결재란은 모두 공란으로 되어있거나 결재란 자체가 빠져 있다. [인정근거] 을 제5, 6, 7호증의 각 기재, 증인 김○○의 증언, 변론 전체의 취지
2. 판단 위 인정사실에다가 원고와 BBB, CCC의 관계, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 조사상대방으로부터 구체적인 위반사실에 대하여 이를 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 점(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 참조) 등을 보태어 보면, 이 사건 급여는 CCC가 원고에게 근로를 제공하지 않았음에도 원고의 인건비로 계상된 것이라고 봄이 타당하고, 갑 제9, 26, 27호증의 각 기재, 증인 김○○의 증언만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.