수익사업에서 생긴 소득임을 전제로 한 부과처분은 위법함

사 건 2014구합3373 법인세등부과처분취소 원 고 학교법인 AAAA 피 고 BB세무서장 외 1 변 론 종 결

2015. 6. 19. 판 결 선 고

2015. 7. 10.

1. 원고에 대하여, 피고 CC세무서장이 2013. 12. 2.에 한 2012 사업연도 법인세181,958,470원의 부과처분 및 피고 DD세무서장이 2013. 12. 11.에 한 2012년 제1기 부가가치세 118,489,080원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 사립학교법에 따라 설립되어 EERR대학교 등을 운영하고 있는 학교법인으로, EE 000구 00동 산00-00 임야 6,534㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 HHH과 공동으로 소유하고 있다(각 1/2 지분).
• 나. 001구역 주택재개발정비사업조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)은 원고와 HHH에게 이 사건 토지 인접지에 신축하는 아파트의 안정성을 확보하기 위하여 이 사건 토지 지하에 옹벽구조물을 설치하는 데 동의해 줄 것을 요구하였고, 이에 원고는 2012. 2. 27. 이 사건 조합에 대하여 이 사건 토지 중 지하부분 705.5㎡(이하 ‘이 사건 지하부분’이라 한다)의 영구사용에 동의하고, 그 대가로 2012. 3. 9. 위 조합으로부터 9억 원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다)을 지급받았다(이하 ‘이 사건 약정’이라 한다).
• 다. EE지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점금액은 토지임대사업에 따른 수입에 해당한다고 보고, 피고들에게 원고에 대하여 부가가치세 및 법인세를 부과하도록 통보하였고, 이에 따라 피고 CC세무서장은 2013. 12. 2. 원고에 대하여 2012 사업연도 법인세 181,958,470원(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)을, 피고 DD세무서장은 2013. 12. 11. 원고에 대하여 2012년 제1기 부가가치세 118,489,080원(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다)을 각 부과하였다(위 각 부과처분을 통틀어 이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 7. 21. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 7, 8호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 조합에게 이 사건 지하부분을 영구사용하게 하고 그 대가를 일시에 받은 것이므로 그 실질은 토지임대가 아닌 지상권설정으로 보아야 한다. 따라서 쟁점금액은 원고가 지상권을 설정하고 수령한 일시적․우발적 소득이므로 이를 사업소득으로 보아 법인세를 부과하거나, 계속적이고 반복적인 용역의 공급으로 보아 부가가치세를 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것) 제3조 제3항은 비영리내국법인에 대하여는 같은 항 각 호 소정의 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있으므로, 비영리내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455판결 등 참조). 이 사건의 경우 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 약정을 체결하기 전에는 이 사건 조합이 이 사건 지하부분을 사용하는 데 동의하지 않다가 이로 인하여 조합원들이 시위를 하는 등 갈등이 일어나자 비로소 그 사용에 동의하면서 이 사건 약정을 체결하게 된 점, ② 이 사건 약정은 이 사건 지하부분에 옹벽구조물을 설치하여 영구적으로 사용하게 하는 것으로, 원고로서는 위 지하부분에 옹벽구조물이 설치되는 것을 용인할 의무만을 부담할 뿐 그 지상부분의 사용에 관하여는 특별히 제한을 받지 않는 점, ③ 위와 같이 이 사건 약정은 이 사건 조합의 필요와 요구에 의하여 체결된 것으로 그 경위나 내용에 비추어 원고가 수익을 창출할 목적으로 체결한 것이라 보기 어렵고, 또한 쟁점금액이 토지소유권 제한에 따른 보상금의 성격도 가지는 점 등을 고려해보면, 비록 원고가 이 사건 약정에 따라 지상권설정등기를 마쳐주지는 아니하였다고 하더라도, 쟁점 금액은 일시적․우발적 소득으로서 그 실질에 따라 지상권을 설정하고 받은 금액에 준하는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 쟁점금액이 원고가 수익사업에서 생긴 소득임을 전제로 한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

2. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호 는 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 납세의무자로 규정하고 있고, 위 ‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’란 부가가치를 창출하여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 뜻한다(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결 등 참조). 그런데 이 사건과 같이 지상권을 설정하고 지료를 받는 것은 과세대상인 ‘재화 또는 용역의 공급’에 해당한다고 할 수 없을 뿐만 아니라, 원고를 계속적․반복적 의사로 재화나 용역을 공급하는 자에 해당한다고 볼 수도 없으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 부가가치세 부과처분도 위법하다.

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 있어 인용한다.