공급시기가 다른 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당함

사 건 2014구합20859 부가가치세부과처분취소 원 고 AAA000 주식회사 피 고 000세무서장 변 론 종 결

2014. 9. 19. 판 결 선 고

2014. 11. 21.

1. 피고가 2013. 1. 18. 원고에 대하여 한 2010년 제1기분 부가가치세 OOOO원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2008. 11. 6. 태양광 발전 전력생산 및 판매업 등을 주된 목적으로 설립된 법인으로, 일본국 법인 AAA 주식회사의 한국현지법인이다.
• 나. 원고는 2009. 4. 14. BBB 주식회사(이하 ‘BBB’라 한다)와 사이에 도급금액을 OOOO원으로 하여 OO도 OO군 OO면 OO리 119-8 잡종지 29,575㎡(같은 리 산 85 임야 39,669㎡에서 일부 분할·합병을 거쳐 2010. 1. 25. 등록전환되었다) 지상 CC에너지 태양광발전소 건설공사 도급계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 다. 원고는 BBB에게 이 사건 도급계약에 따른 대금의 일부로 OOOO원을 지급하고 2009. 6. 25. BBB로부터 금액 OOOO원(공급가액 OOOO원 + 부가가치세 OOOO원)의 세금계산서를 발급받아 2009년 제1기 부가가치세 신고를 하고, 위 공급가액 OOOO원을 장부상 건설 중인 자산으로 계상하였다.
• 라. 일본국 법인 AAA 주식회사에서 2009. 3. 27. 인수한 주식회사 CC태양광발전 소(2009. 5. 20. 주식회사 CC에서 상호가 변경되었다. 이하 ‘CC’이라 한다)와 원고, BBB는 2009. 6. 26.자로 이 사건 도급계약의 발주자(도급인)를 원고에서 원고와 CC으로 변경하는 내용의 도급계약서를 작성하였다.
• 마. CC은 2009. 11. 16. BBB로부터 금액 OOOO원(이 사건 도급계약 대금 OOOO원에서 2009. 6. 25. 발급된 세금계산서 금액 OOOO원과 감리비 정산금액 OOOO원을 뺀 금액, 공급가액 OOOO원 + 부가가치세 OOOO원)인 세금계산서를 발급받아 2010. 1. 25. 2009년 제2기 부가가치세 신고를 하였다.
• 바. CC은 2010. 2. 3. 이 사건 도급계약에 따라 신축된 태양광발전소 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.
• 사. 원고는 2011. 12. 28. CC과 사이에 이 사건 건물에 관하여 다음과 같은 내용의 부동산매매계약서와 대금지급에 관한 합의서를 작성하고, 같은 날 CC에게 금액 OOOO원(공급가액 OOOO원 + 부가가치세 OOOO원)의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급하였다. 부동산매매계약서 부동산의 표시 건물소재지 OO도 OO군 OO면 OO리 84-1 면적 대지 40,537㎡ 건물구조 및 용도 경량철골구조 판넬지붕 외 건물 146.4㎡ 태양광발전시설 제1조 위 부동산매매에 대하여 매수자는 다음과 같은 지불방법으로 매도자에게 대금을 지불키로 한다. 대금 총액: OOOO원 대금지불방법: 별도 작성한 대금지급에 관한 합의서 제4조에 따라 지불함 제2조 모든 계약은 별도 작성한 ‘대금지급에 관한 합의서’를 바탕으로 체결한다. 대금지급에 관한 합의서 계약공사명: CC 태양광발전소 건설공사 계약자: 원고 / CC 도급자: BBB 공사계약총액: OOOO원 계약서 체결일: 2009. 4. 14. 계약내용 변경적용일: 2009. 6. 26. 계약변경내용: 계약자에 CC을 추가함 상기 공사대금지급에 관련하여 하기와 같이 합의한다. 제1조 공사대금의 1차금 OOOO원에 대해서는 원고가 도급자에게 지불한다. 제2조 공사대금의 잔금 OOOO원에 대해서는 CC이 도급자에게 지불한다. 저I3조 공사대금 1차금에 대해서는 원고가 대신 지불하는 것으로 하고, 지불 후, 해당공사에 대한 모든 권리는 CC에 귀속된다. 또한, 원고는 CC에게 1차금과 동일한 금액의 세금계산서를 발행한다. 제4조 원고가 도급자에게 대신 지불한 공사대금 1차금 OOOO원 중 OOOO원에 대해서는 CC은 원고에게 매월 말에 OOOO원을 20년간 지불한다. OOOO원에 대해서는 5년마다 일부씩 지불하는 것으로 하고, 20년간 전액을 지불하는 것으로 한다. 제5조 제4조에서 정한 월 지급액은 최저액으로 하고, 이보다 더 지불하는 것도 가능하다. 제6조 합의서 내용을 일부 변경하는 경우에는 재차 합의서를 체결하고, 변경부분만을 체결하는 것으로 한다.
• 아. CC은 피고에게 2011년 제2기 부가가치세 신고를 하면서 이 사건 세금계산서 관련 매입세액을 조기환급해 달라는 신청을 하였으나, 피고는 조사결과 이 사건 세금계산서 관련 실제 공급시기가 2011. 12. 28.이 아니라 이 사건 건물에 관한 소유권보존 등기가 경료된 2010. 2. 3.이고, 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로, 원고에게 2011년 제2기 매출세액 중 OOOO원을 환급하고, 2013. 1. 18. 원고에게 2010년 제1기 부가가치세 OOOO원을 경정 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 자. 원고는 이에 불복하여 2013. 4. 18. 이의신청을 거쳐 2013. 8. 16. 심판청구를 하였으나 2014. 3. 27. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 9호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장

1. 원고의 주장 원고의 CC에 대한 재화의 공급시기는 원고와 CC 사이에 부동산매매계약 및 대금지급에 관한 합의가 이루어진 2011. 12. 28.이다. 따라서 이 사건 건물의 소유권보존등기일자가 공급시기임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 피고의 주장 원고는 2010, 2. 3. CC 단독 명의로 이 사건 건물에 관하여 소유권보존등기를 마치도록 함으로써 CC태양광발전소와 관련하여 보유하고 있던 건설 중인 자산을 CC에게 매각한 것이고, 2011. 12. 28,자 매매계약 및 대금지급합의는 이를 사후적으로 뒤늦게 처리한 것에 불과하므로, 그 공급시기는 2010. 2, 3.로 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고가 CC에 공급한 것이 ‘원고가 CC태양광발전소와 관련하여 보유하고 있던 건설 중인 자산’임은 당사자들 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건의 쟁점은 위 자산의 공급시기가 언제인지 여부이다. 그리고 이 사건 세금계산서상의 공급시기가 사실과 다르다는 점은 과세관청인 피고가 증명하여야 한다.

2. 앞서 든 각 증거와 증인 이DD의 증언, 이 법원에 현저한 사실에 의하면 다음 각 사실이 인정된다.

① 일본국 법인 AAA 주식회사는 CC태양광발전소를 운영하도록 할 목적으로 2009. 3. 27. CC을 인수하였으나, BBB가 CC의 대금지급능력이 불확실함을 이유로 원고와의 계약체결을 희망하여 원고가 도급인으로서 이 사건 도급계약을 체결하였다.

② 원고는 BBB에 공사대금 잔금을 지급하기 위해 대출을 받는 과정에서 이 사건 공사도급계약의 도급인이 태양광발전소 운영 당사자인 CC이 아니라는 이유로 대출이 어렵게 되자, BBB에게 이 사건 도급계약상의 도급인을 원고에서 CC으로 변경하여 줄 것을 요청하였고, 선급금 OOOO원에 대한 세무처리 등에 문제가 될 것을 우려한 BBB와의 협의를 통해 이 사건 도급계약의 도급인을 원고에서 원고와 CC으로 변경하기로 합의하였다. 이에 따라 원고, CC, BBB는 2009, 11.경 2009, 6. 26.자 도급계약서를 소급하여 작성하였다.

③ 원고와 CC은 2011. 5, 13. 이 사건 건물의 시공상 하자 등을 주장하며 BBB 등을 상대로 수원지방법원 성남지원 2011가합72호로 약 OOOO원의 손해배상 등 청구의 소를 제기하여 2013. 4. 26, 일부 승소판결을 선고받았고, 패소 부분에 대한 원고와 CC의 항소가 기각되고(서울고등법원 2013나36*호), 원고와 CC이 상고하지 않음으로써 위 판결은 그대로 확정되었다.

3. 위에서 인정한 사실 및 앞서 든 각 증거를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, CC이 2010. 2. 3. 이 사건 건물에 관하여 단독명의로 소유권보존등기를 경료하였다는 사정만으로는 ‘원고가 CC태양광발전소와 관련하여 보유하고 있던 건설 중인 자산’의 공급시기가 이 사건 세금계산서상의 공급시기인 2011. 12. 28.이 아니라는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 이 사건 건물에 관하여 CC 단독 명의로 소유권보존등기가 마쳐진 2010. 2. 3. 이후에도 원고가 여전히 CC과 같이 이 사건 건물의 하자에 관하여 손해배상청구의 소를 제기하는 등 권리를 행사한 점에 비추어 보면, CC이 소유권보존등기를 마칠 당시 원고에게 이 사건 건물에 관한 일체의 권한을 CC에게 이전하려는 의사가 있었다고 보기 어렵다. 원고 회사 직원인 증인 이DD는 “CC이 전기를 생산해서 대출금을 갚고 나면 돈이 얼마 없기 때문에 소송에서 승소하면 그 수익으로 원고와 정산을 한다고 생각하던 중, 소송이 길어져 2011. 12. 28.에 이르러 정산하게 되었다.”고 진술하고 있다.

② 비록 원고와 CC이 모두 일본국 법인 AAA 주식회사의 계열사이고 CC이 CC태양광발전소를 운영할 것이 예정되어 있었다고 하더라도, 원고가 CC으로부터 CC태양광발전소와 관련하여 보유하고 있던 건설 중인 자산의 대가로 지급받을 금액이 당연히 원고가 BBB에 선지급한 OOOO원으로 확정되었다고 보기 어렵다, 실제로 앞서 본 대금지급에 관한 합의서에는 OOOO원을 20년에 걸쳐 분할하여 원금만을 지급하는 내용으로 기재되어 있고, 이는 원고가 BBB에 선지급한 OOOO원과는 상당한 차이가 있다. 결국 원고가 BBB에게 OOOO원을 지급하고 보유하게 된 CC태양광발전소 관련 자산의 이전대가 및 그 지급 방법은 원고와 피고의 2011. 12. 28.자 부동산 매매계약 및 대금지급에 관한 합의에 따라 비로소 정해졌다고 봄이 상당하다.

③ 증인 이DD의 증언에 의하면 이 사건 건물의 건축주 명의는 당초부터 CC 단독 명의로 되어 있었던 사실을 인정할 수 있다. 따라서 CC이 2010, 2. 3. 이 사건 건물에 관하여 자신의 명의로 소유권보존등기를 마친 것은 건축물대장의 등록 명의에 근거하여 CC 스스로 행한 것일 뿐 원고의 양도행위에 의한 것으로 평가할 수는 없다. 나아가 원고가 그 무렵 CC 단독 명의의 소유권보존등기틀 용인한 사정만으로 원고와 CC 사이의 양도약정이 추인되기에는 부족하다.

④ 이 사건 세금계산서상의 공급시기가 잘못되었다는 취지로 작성된 원고 대표이사 명의의 확인서, 사유서 등은 증인 이DD의 증언에 의하여 알 수 있는 당시의 구체적인 상황에 비추어 그 내용을 그대로 믿기는 어렵다.

4. 따라서 ’원고가 CC태양광발전소와 관련하여 보유하고 있던 건설 중인 자산’의 공급시기가 이 사건 세금계산서상의 공급시기인 2011. 12. 28.이 아님을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.