산업용 건축물 등의 신축을 위해 취득한 부동산의 면적을 구별해서 과세해야 함

사 건 2014구합20552 종합소득세부과처분취소 원 고 주식회사 KKKK 피 고 YY세무서장 변 론 종 결

2014. 11. 28. 판 결 선 고

2015. 1. 9.

1. 피고가 별지 목록 기재와 같이 원고에게 한 각 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

원고는 AA광역시로부터 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되면서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률로 명칭이 변경되었다)상 산업시설구역으로 지정된 AA BBB구 C동 XX68 대 16,726.6㎡를 2003. 2. 18.에, 같은 동 XX69 대 10,088㎡(이하 위 각 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다)를 2003. 10. 17.에 각 분양받아 2007. 10. 16. 원고 앞으로 그 각 소유권이전등기를 마쳤다. 그리고 원고는 지방세법 제276조 본문에 의해 이 사건 토지에 대한 취득세 및 재산세를 전액 감면받았다. 그 후 원고는 2010. 6. 17. 이 사건 토지에서 신사옥과 아트홀 등 2개 건물의 건축에 착공하여 2012. 10. 19. 위 2개의 건물을 완공했다. 위 2개 건물의 용도는 다음과 같다. 그런데 BBB구청장은 원고가 지방세법 제276조 제1항 단서에 해당한다는 이유로 이 사건 토지를 분류한 후 위 2개의 건물이 완공되기 이전까지 지방세법 제276조 제1항 본문에 따라 감면되었던 이 사건 토지에 대한 취득세, 재산세를 추징하고, 피고에게 과세자료를 통보했다. 이에 따라 피고는 별지 목록 기재와 같이 원고에게 2008년 내지 2012년 귀속 종합부동산세, 농어촌특별세를 경정․고지했다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 원고는 BBB구청장의 재산세 부과처분에 대해서는 불복하지 않은 반면, 2013. 8. 19. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 했으나, 2013. 12. 31. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고

1. 형식적 위법성 피고가 이 사건 처분에 관한 납세고지를 하면서 그 과세대상을 제대로 특정하지 않았으므로, 이 사건 처분에는 형식적 위법이 있다.

2. 실체적 위법성

① 이 사건 토지 중 지방세법 제276조 제1항 본문의 ‘산업용 건축물등’에 해당하는 지식산업시설, 문화산업시설인 DDD 타워의 방송시설 부분, 지식산업센터 임대 부분 중 중소기업에 임대한 부분의 비율에 해당하는 면적에 대해서는 종합부동산세 및 농어촌특별세 전부가 감면되어야 하고, 문화집회시설인 DDD 아트홀의 대지에 대해서는 그 면적 전체가 종합부동산세 및 농어촌특별세에서 면제되어야 한다.

② 원고가 이 사건 토지의 취득 후 3년 이내에 완공하지 못한 것은 AA광역시 BBB구청장이 건축물의 용도에 관한 원고의 입주계약 변경신청을 불허했기 때문이다. 따라서 원고가 이 사건 토지의 취득 후 3년 이내에 완공하지 못한 데는 지방세법 제276조 제1항 단서의 ‘정당한 사유’가 있다고 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

③ 이 사건 토지는 AA광역시 BBB구세 감면 조례에 따른 재산세 면제대상에 해당한다.

④ 피고는 이 사건 토지상에서 착공이 이루어지기 전까지인 2008년부터 2010년 까지는 이 사건 토지가 종합합산과세대상임을 전제로 세율을 적용했으나, 이 사건 토지에서 착공이 지연된 것은 AA광역시 BBB구청장이 원고의 입주계약 변경신청을 불허했기 때문이므로, 이는 별도합산과세대상인 건축법 제18조 에 따라 착공이 제한된 건축물의 부속토지에 해당한다. 따라서 이 사건 토지에는 별도합산과세대상에 대한 세율이 적용되어야 한다.

• 나. 피고

1. 원고는 지방세특례제한법 제58조의2 ‘지식산업센터 등에 대한 감면’ 규정에 기초하여 이 사건 토지 지상에 2개의 건물을 준공했으므로, 이 사건 토지에 대해 지방세법 제276조 가 적용될 수는 없다. 또한 이 사건 토지 지상에 준공된 2개의 건물은 지방세법 제276조 제1항 본문의 ‘산업용 건축물등’에 해당하지도 않는다.

2. 이 사건 토지는 당초 그 용도가 산업시설용지로 특정되어 있었으므로, 원고가 AA광역시 BBB구청장에게 입주계약상의 용도변경을 신청했으나 이를 거부당했다는 사정은 지방세법 제276조 제1항 단서의 ‘정당한 사유’에 해당하지 않는다.

3. AA광역시 BBB구청장이 원고의 입주계약 변경신청을 불허한 것을 두고 건축법 제18조 에 따라 착공이 제한된 것이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 토지에는 종합합산과세대상에 대한 세율이 적용되어야 한다.

별지 관련 법령 기재와 같다.

• 가. 구 지방세법(2008. 2. 29. 법률 제8864호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항 본문은 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역에서 산업용 건축물․연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 지방세법 시행령 제224조의2 는 위 법에서 말하는 ‘대통령령이 정하는 건축물’ 중 하나로 “ 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 의 규정에 의한 공장․지식산업․문화산업․정보통신산업․자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육․연구․정보처리․유통시설용 건축물”을 정해두고 있다. 그런데 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 제3호, 문화산업진흥 기본법 제2조 제1호 라, 차목에 의하면, ‘문화산업’이란 문화상품의 기획ㆍ개발ㆍ제작ㆍ생산ㆍ유통ㆍ소비 등과 이에 관련된 서비스를 하는 산업을 말하며, 이는 방송영상물과 관련된 사업, 문화상품을 대상으로 하는 전시회ㆍ박람회ㆍ견본시장 및 축제 등과 관련된 산업을 포함한다. 원고가 이 사건 토지상에 준공한 2개의 건물 중 상당 부분이 구 지방세법 제276조 제1항 의 ‘산업용 건축물등’에 해당한다고 주장하는 반면, 이에 대해 피고는 원고가 위 2개의 건물에 대해 지방세특례제한법 제58조의2 ‘지식산업센터 등에 대한 감면’에 의해 취득세, 재산세를 경감 받았으므로 구 지방세법 제276조 제1항 의 ‘산업용 건축물등’에 해당하지 않고, 또한 그 자체로도 ‘산업용 건축물등’에 포섭되지 않는다고 주장한다. 그러나 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거 규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 따른 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두26414 판결 참조). 따라서 원고가 이 사건 토지상에 준공한 2개의 건물에 대해 지방세특례제한법 제58조의2 ‘지식산업센터 등에 대한 감면’에 의해 취득세, 재산세를 경감 받았다고 하더라도, 이러한 사정만으로 이 사건 토지에 대한 지방세의 감면 여부를 결정함에 있어서 위 2개의 건물이 구 지방세법 제276조 제1항 의 ‘산업용 건축물등’에 해당하지 않게 된다고 볼 수 없다. 오히려 위 2개의 건물 중 상당 부분은 방송시설, 문화집회시설로 구 지방세법 제276조 제1항 본문의 ‘산업용 건축물등’에 해당한다고 판단되므로, 이 사건 토지 중 산업용 건축물등의 면적에 대응하는 부분은 구 지방세법 제276조 제1항 본문의 재산세 감면대상에 해당하고, 이러한 경우 종합합산과세대상, 별도합산과세대상에서 제외된다(구 지방세법 제182조).
• 다. 한편, 구 지방세법 제276조 제1항 단서는 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세․등록세 및 재산세를 추징한다고 정하고 있다. 여기서의 취득일은 지방자치단체로부터 유상승계취득을 하는 경우 그 사실상의 잔금지급일을 의미하고(지방세법 시행령 제73조 제1항 제1호, 구 지방세법 제111조 제5항 제1호), 그 ‘직접사용’의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다(지방세법 시행령 제230조). 이 사건에서 원고가 이 사건 토지에 대한 잔금을 지급한 날은 2007. 8. 14.이고(갑 제5호증), 그로부터 3년이 경과하기 전인 2010. 6. 17. 이 사건 토지상에 위 2개의 건물 신축공사에 착공했으므로, 취득일부터 3년 내에 이 사건 토지를 산업용 건축물등의 용도에 ‘직접 사용’한 경우에 해당한다. 따라서 이 사건의 경우 구 지방세법 제276조 제1항 단서의 추징사유가 없다.
• 라. 위와 같은 사정을 종합해 보면, 이 사건 토지 중 상당 부분은 구 지방세법 제276조 제1항 본문의 ‘산업용 건축물등’ 신축을 위해 취득한 부동산으로서 재산세 감면대상에 해당한다. 따라서 이 사건 토지 중 산업용 건축물등의 신축을 위해 취득한 부동산에 해당하는 면적을 구별하여 재산세 감면대상으로 정하지 않은 채 이루어진 이 사건 처분은 위법하고, 제출된 증거만으로는 위법한 부분을 가려내기 어려우므로, 결국 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다. 따라서 이 사건 처분의 형식적 위법성에 대한 원고의 주장은 나아가 살피지 않는다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.